# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 133 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.018 0.818 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.013 0.095 0.006 0.026 0.008 2 P 0.001 0.016 0.618 0.005 0.057 0.048 0.001 0.001 0.012 0.101 0.102 0.004 0.035 3 M 0.001 0.017 0.235 0.006 0.153 0.066 0.001 0.001 0.006 0.145 0.354 0.011 0.005 4 T 0.001 0.015 0.337 0.003 0.269 0.133 0.001 0.001 0.009 0.109 0.096 0.005 0.021 5 L 0.002 0.022 0.279 0.004 0.191 0.176 0.001 0.001 0.014 0.116 0.164 0.016 0.015 6 D 0.002 0.038 0.310 0.002 0.108 0.184 0.001 0.001 0.014 0.100 0.206 0.012 0.024 7 L 0.001 0.040 0.399 0.002 0.046 0.242 0.001 0.001 0.008 0.135 0.098 0.008 0.021 8 Q 0.001 0.012 0.620 0.001 0.011 0.178 0.001 0.001 0.004 0.129 0.023 0.012 0.008 9 P 0.001 0.004 0.131 0.001 0.036 0.749 0.001 0.001 0.001 0.028 0.043 0.001 0.006 10 G 0.001 0.001 0.008 0.001 0.018 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 11 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 16 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.927 0.001 0.001 0.001 0.006 0.054 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.022 0.001 0.006 0.946 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.001 0.002 18 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.016 0.001 0.018 0.868 0.001 0.001 0.001 0.009 0.082 0.001 0.002 22 R 0.001 0.003 0.054 0.002 0.066 0.744 0.001 0.001 0.001 0.022 0.101 0.003 0.003 23 A 0.001 0.003 0.079 0.003 0.085 0.464 0.001 0.001 0.002 0.066 0.283 0.005 0.009 24 H 0.001 0.001 0.062 0.006 0.060 0.101 0.001 0.001 0.001 0.094 0.669 0.002 0.003 25 G 0.001 0.002 0.112 0.005 0.022 0.020 0.001 0.001 0.009 0.184 0.633 0.009 0.003 26 F 0.007 0.015 0.655 0.005 0.008 0.007 0.002 0.002 0.061 0.105 0.031 0.012 0.090 27 V 0.019 0.019 0.324 0.008 0.002 0.002 0.012 0.015 0.301 0.050 0.004 0.200 0.044 28 S 0.036 0.031 0.144 0.013 0.003 0.003 0.047 0.053 0.338 0.024 0.006 0.028 0.275 29 V 0.046 0.015 0.226 0.070 0.017 0.010 0.028 0.043 0.326 0.025 0.006 0.109 0.079 30 E 0.053 0.005 0.159 0.174 0.085 0.019 0.027 0.023 0.174 0.036 0.040 0.072 0.134 31 E 0.060 0.010 0.144 0.015 0.067 0.020 0.020 0.017 0.198 0.047 0.047 0.236 0.121 32 F 0.075 0.032 0.227 0.009 0.022 0.008 0.018 0.010 0.091 0.045 0.015 0.052 0.395 33 V 0.025 0.036 0.420 0.007 0.008 0.005 0.005 0.003 0.048 0.072 0.012 0.307 0.052 34 P 0.005 0.039 0.523 0.005 0.027 0.012 0.001 0.001 0.014 0.083 0.085 0.013 0.190 35 A 0.001 0.005 0.167 0.014 0.043 0.010 0.001 0.001 0.001 0.146 0.588 0.017 0.007 36 R 0.001 0.002 0.061 0.003 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.187 0.715 0.004 0.007 37 G 0.002 0.010 0.241 0.003 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.380 0.311 0.014 0.020 38 L 0.008 0.035 0.533 0.010 0.009 0.004 0.001 0.001 0.007 0.254 0.034 0.073 0.031 39 R 0.022 0.044 0.357 0.009 0.007 0.005 0.009 0.002 0.037 0.074 0.049 0.038 0.348 40 V 0.074 0.023 0.406 0.103 0.008 0.003 0.024 0.008 0.056 0.042 0.016 0.092 0.145 41 D 0.083 0.008 0.135 0.184 0.003 0.003 0.025 0.012 0.062 0.051 0.007 0.370 0.058 42 V 0.280 0.002 0.017 0.006 0.003 0.002 0.074 0.040 0.112 0.005 0.003 0.055 0.401 43 M 0.529 0.001 0.008 0.079 0.004 0.002 0.131 0.048 0.042 0.003 0.001 0.086 0.067 44 G 0.586 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.110 0.031 0.040 0.001 0.001 0.148 0.072 45 L 0.374 0.030 0.051 0.007 0.002 0.001 0.051 0.039 0.029 0.009 0.004 0.042 0.360 46 G 0.023 0.008 0.654 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.031 0.036 0.003 0.167 0.064 47 P 0.001 0.001 0.092 0.007 0.035 0.002 0.001 0.001 0.004 0.125 0.678 0.006 0.048 48 K 0.001 0.001 0.010 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.905 0.002 0.001 49 G 0.001 0.001 0.075 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.713 0.183 0.014 0.003 50 E 0.071 0.027 0.444 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.105 0.015 0.055 0.265 51 I 0.363 0.009 0.046 0.014 0.001 0.001 0.099 0.011 0.034 0.007 0.003 0.080 0.333 52 W 0.396 0.002 0.006 0.186 0.001 0.001 0.082 0.014 0.013 0.003 0.001 0.250 0.048 53 V 0.619 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.133 0.013 0.013 0.001 0.001 0.041 0.163 54 I 0.489 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.315 0.059 0.026 0.001 0.001 0.046 0.029 55 E 0.487 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.240 0.086 0.044 0.001 0.001 0.071 0.056 56 C 0.411 0.001 0.026 0.007 0.001 0.001 0.123 0.036 0.126 0.004 0.002 0.093 0.168 57 K 0.186 0.012 0.156 0.038 0.003 0.005 0.051 0.018 0.229 0.032 0.016 0.171 0.084 58 S 0.028 0.032 0.458 0.004 0.004 0.007 0.011 0.005 0.154 0.098 0.009 0.040 0.149 59 S 0.004 0.010 0.749 0.007 0.005 0.013 0.001 0.001 0.031 0.083 0.009 0.023 0.065 60 R 0.002 0.006 0.077 0.003 0.126 0.559 0.001 0.001 0.004 0.058 0.148 0.004 0.013 61 A 0.001 0.005 0.045 0.003 0.265 0.497 0.001 0.001 0.002 0.025 0.151 0.003 0.003 62 D 0.001 0.003 0.096 0.001 0.276 0.507 0.001 0.001 0.002 0.041 0.058 0.005 0.008 63 F 0.002 0.006 0.106 0.001 0.091 0.656 0.001 0.001 0.002 0.040 0.087 0.002 0.008 64 Q 0.002 0.007 0.073 0.002 0.102 0.660 0.001 0.001 0.001 0.026 0.118 0.005 0.003 65 A 0.001 0.008 0.082 0.001 0.093 0.660 0.001 0.001 0.001 0.035 0.104 0.003 0.010 66 D 0.001 0.004 0.141 0.001 0.056 0.645 0.001 0.001 0.001 0.052 0.088 0.003 0.006 67 A 0.001 0.003 0.077 0.001 0.044 0.634 0.001 0.001 0.001 0.034 0.200 0.002 0.004 68 K 0.001 0.007 0.109 0.001 0.052 0.597 0.001 0.001 0.001 0.037 0.185 0.005 0.004 69 W 0.001 0.004 0.062 0.001 0.041 0.802 0.001 0.001 0.001 0.031 0.050 0.002 0.006 70 Q 0.001 0.003 0.057 0.002 0.040 0.751 0.001 0.001 0.001 0.038 0.101 0.003 0.003 71 G 0.001 0.005 0.074 0.002 0.076 0.560 0.001 0.001 0.001 0.043 0.227 0.004 0.007 72 Y 0.002 0.005 0.081 0.003 0.130 0.622 0.001 0.001 0.003 0.036 0.102 0.005 0.012 73 L 0.004 0.006 0.074 0.004 0.173 0.574 0.001 0.001 0.003 0.043 0.081 0.014 0.022 74 E 0.009 0.012 0.115 0.008 0.140 0.316 0.001 0.001 0.005 0.060 0.268 0.026 0.038 75 W 0.012 0.015 0.151 0.017 0.085 0.201 0.002 0.001 0.011 0.089 0.354 0.017 0.044 76 C 0.010 0.008 0.351 0.052 0.060 0.079 0.003 0.002 0.022 0.162 0.197 0.023 0.031 77 D 0.022 0.005 0.205 0.109 0.046 0.039 0.004 0.005 0.028 0.225 0.203 0.053 0.055 78 R 0.125 0.005 0.080 0.038 0.012 0.029 0.046 0.064 0.176 0.114 0.066 0.103 0.141 79 Y 0.175 0.002 0.019 0.019 0.003 0.010 0.159 0.290 0.166 0.013 0.008 0.046 0.089 80 F 0.270 0.001 0.008 0.014 0.001 0.004 0.170 0.266 0.149 0.003 0.002 0.074 0.038 81 W 0.325 0.002 0.013 0.024 0.002 0.004 0.165 0.191 0.136 0.004 0.002 0.049 0.083 82 A 0.316 0.013 0.055 0.019 0.004 0.004 0.094 0.051 0.163 0.015 0.007 0.156 0.104 83 V 0.057 0.018 0.326 0.013 0.006 0.004 0.025 0.014 0.159 0.060 0.019 0.046 0.254 84 D 0.006 0.006 0.644 0.020 0.024 0.004 0.002 0.001 0.019 0.142 0.056 0.027 0.048 85 M 0.001 0.002 0.106 0.004 0.084 0.010 0.001 0.001 0.004 0.186 0.581 0.015 0.006 86 E 0.002 0.024 0.149 0.002 0.130 0.012 0.001 0.001 0.003 0.154 0.502 0.003 0.019 87 F 0.001 0.045 0.298 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.005 0.537 0.045 0.048 0.005 88 P 0.001 0.032 0.873 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.046 0.004 0.001 0.032 89 A 0.001 0.020 0.138 0.005 0.670 0.057 0.001 0.001 0.002 0.034 0.062 0.004 0.005 90 E 0.001 0.004 0.036 0.002 0.759 0.037 0.001 0.001 0.002 0.015 0.136 0.003 0.005 91 L 0.001 0.018 0.075 0.001 0.607 0.046 0.001 0.001 0.003 0.057 0.171 0.005 0.015 92 L 0.001 0.045 0.406 0.002 0.033 0.016 0.001 0.001 0.008 0.362 0.082 0.030 0.014 93 P 0.001 0.028 0.703 0.003 0.054 0.020 0.001 0.001 0.003 0.105 0.052 0.006 0.025 94 A 0.001 0.007 0.060 0.011 0.366 0.031 0.001 0.001 0.002 0.057 0.453 0.005 0.007 95 E 0.005 0.005 0.077 0.020 0.296 0.021 0.001 0.001 0.005 0.104 0.424 0.012 0.030 96 S 0.056 0.009 0.247 0.051 0.065 0.016 0.009 0.003 0.027 0.192 0.126 0.056 0.144 97 G 0.185 0.009 0.111 0.037 0.004 0.007 0.041 0.019 0.084 0.083 0.026 0.286 0.107 98 L 0.416 0.005 0.039 0.008 0.001 0.004 0.070 0.057 0.055 0.008 0.004 0.098 0.236 99 L 0.566 0.001 0.008 0.007 0.001 0.003 0.122 0.036 0.052 0.002 0.001 0.124 0.077 100 I 0.565 0.004 0.019 0.010 0.002 0.003 0.098 0.024 0.034 0.003 0.003 0.091 0.145 101 A 0.300 0.013 0.104 0.019 0.004 0.003 0.041 0.012 0.037 0.026 0.013 0.217 0.212 102 D 0.046 0.008 0.399 0.015 0.004 0.003 0.005 0.001 0.016 0.128 0.032 0.084 0.257 103 A 0.010 0.004 0.116 0.011 0.055 0.018 0.001 0.001 0.002 0.152 0.561 0.016 0.053 104 Y 0.005 0.005 0.070 0.016 0.082 0.024 0.001 0.001 0.001 0.144 0.617 0.024 0.011 105 D 0.017 0.015 0.249 0.009 0.085 0.080 0.002 0.001 0.004 0.224 0.216 0.037 0.063 106 A 0.070 0.025 0.340 0.013 0.057 0.184 0.005 0.002 0.011 0.067 0.039 0.046 0.141 107 E 0.161 0.019 0.083 0.050 0.037 0.174 0.018 0.003 0.016 0.027 0.023 0.289 0.100 108 I 0.187 0.009 0.035 0.015 0.029 0.094 0.027 0.006 0.023 0.008 0.018 0.055 0.493 109 V 0.236 0.009 0.066 0.129 0.070 0.125 0.031 0.004 0.018 0.015 0.035 0.155 0.107 110 R 0.126 0.013 0.118 0.020 0.073 0.119 0.015 0.002 0.023 0.044 0.097 0.178 0.171 111 M 0.034 0.026 0.274 0.011 0.043 0.114 0.005 0.002 0.018 0.120 0.096 0.046 0.212 112 A 0.003 0.007 0.679 0.007 0.013 0.036 0.001 0.001 0.007 0.154 0.032 0.039 0.022 113 P 0.001 0.008 0.344 0.005 0.132 0.126 0.001 0.001 0.006 0.092 0.258 0.008 0.019 114 E 0.001 0.014 0.193 0.003 0.219 0.173 0.001 0.001 0.005 0.076 0.301 0.005 0.009 115 Q 0.001 0.014 0.367 0.002 0.165 0.191 0.001 0.001 0.008 0.143 0.085 0.011 0.012 116 K 0.001 0.031 0.448 0.001 0.068 0.157 0.001 0.001 0.010 0.113 0.144 0.006 0.021 117 L 0.001 0.038 0.431 0.003 0.088 0.175 0.001 0.001 0.009 0.164 0.066 0.010 0.013 118 A 0.001 0.013 0.505 0.002 0.050 0.194 0.001 0.001 0.006 0.152 0.064 0.006 0.008 119 P 0.001 0.007 0.153 0.001 0.136 0.506 0.001 0.001 0.002 0.039 0.148 0.002 0.005 120 A 0.001 0.005 0.084 0.001 0.061 0.684 0.001 0.001 0.002 0.027 0.132 0.002 0.002 121 R 0.001 0.005 0.124 0.001 0.044 0.729 0.001 0.001 0.002 0.029 0.059 0.002 0.005 122 R 0.001 0.003 0.054 0.001 0.017 0.891 0.001 0.001 0.002 0.015 0.012 0.002 0.003 123 K 0.001 0.001 0.016 0.001 0.010 0.946 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.001 0.003 124 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.002 125 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 128 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 130 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 132 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 133 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 135 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 136 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 138 Q 0.001 0.001 0.018 0.001 0.039 0.842 0.001 0.001 0.001 0.008 0.085 0.001 0.002 139 A 0.001 0.002 0.037 0.001 0.056 0.712 0.001 0.001 0.002 0.017 0.168 0.002 0.004 140 L 0.001 0.006 0.114 0.001 0.045 0.524 0.001 0.001 0.003 0.051 0.245 0.005 0.005 141 R 0.001 0.024 0.187 0.002 0.047 0.292 0.001 0.001 0.005 0.199 0.224 0.005 0.014 142 D 0.001 0.006 0.704 0.001 0.010 0.031 0.001 0.001 0.003 0.205 0.032 0.004 0.004 143 P 0.001 0.003 0.132 0.003 0.286 0.151 0.001 0.001 0.002 0.055 0.363 0.001 0.003 144 E 0.001 0.006 0.067 0.002 0.201 0.071 0.001 0.001 0.003 0.058 0.588 0.002 0.002 145 G 0.001 0.013 0.305 0.003 0.273 0.099 0.001 0.001 0.012 0.151 0.119 0.006 0.017 146 H 0.006 0.038 0.384 0.010 0.124 0.124 0.002 0.002 0.028 0.133 0.091 0.024 0.032 147 G 0.013 0.048 0.286 0.011 0.113 0.101 0.004 0.003 0.033 0.127 0.156 0.044 0.060 148 I 0.013 0.054 0.320 0.010 0.087 0.087 0.005 0.004 0.041 0.105 0.171 0.027 0.076 149 F 0.011 0.035 0.495 0.009 0.037 0.055 0.004 0.003 0.030 0.150 0.074 0.047 0.052 150 E 0.004 0.017 0.649 0.006 0.018 0.029 0.001 0.001 0.016 0.135 0.054 0.032 0.039