# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 133 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.068 0.003 0.027 0.045 0.032 0.148 0.011 0.001 0.077 0.502 2 P 0.129 0.111 0.005 0.037 0.022 0.025 0.119 0.014 0.002 0.053 0.483 3 M 0.132 0.106 0.008 0.037 0.018 0.043 0.103 0.012 0.003 0.063 0.476 4 T 0.213 0.083 0.003 0.023 0.016 0.030 0.095 0.012 0.001 0.061 0.464 5 L 0.090 0.047 0.003 0.028 0.026 0.030 0.115 0.005 0.001 0.132 0.523 6 D 0.016 0.110 0.002 0.032 0.012 0.027 0.103 0.003 0.001 0.077 0.618 7 L 0.028 0.304 0.002 0.016 0.015 0.020 0.082 0.004 0.001 0.051 0.478 8 Q 0.035 0.629 0.004 0.008 0.012 0.005 0.050 0.005 0.001 0.054 0.197 9 P 0.012 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.013 0.025 10 G 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.009 0.013 11 Q 0.007 0.853 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.097 0.026 12 R 0.008 0.717 0.008 0.003 0.002 0.002 0.012 0.002 0.001 0.213 0.032 13 L 0.013 0.888 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.059 0.020 14 A 0.007 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.018 0.018 15 R 0.004 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.021 0.028 16 G 0.005 0.879 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.078 0.021 17 V 0.009 0.932 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.025 0.014 18 A 0.011 0.930 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.016 0.026 19 R 0.027 0.821 0.007 0.004 0.003 0.004 0.012 0.004 0.001 0.029 0.087 20 H 0.076 0.570 0.033 0.008 0.003 0.006 0.037 0.017 0.013 0.125 0.112 21 L 0.094 0.028 0.290 0.009 0.005 0.005 0.053 0.014 0.190 0.210 0.102 22 R 0.536 0.008 0.003 0.006 0.002 0.005 0.054 0.004 0.002 0.022 0.357 23 A 0.024 0.004 0.001 0.016 0.002 0.008 0.068 0.002 0.001 0.014 0.861 24 H 0.013 0.002 0.002 0.024 0.006 0.011 0.157 0.001 0.001 0.022 0.763 25 G 0.008 0.005 0.001 0.061 0.026 0.075 0.118 0.002 0.001 0.072 0.633 26 F 0.008 0.003 0.001 0.071 0.082 0.061 0.080 0.001 0.001 0.041 0.652 27 V 0.002 0.002 0.001 0.597 0.097 0.130 0.027 0.001 0.001 0.024 0.120 28 S 0.014 0.012 0.002 0.294 0.102 0.194 0.044 0.004 0.001 0.081 0.252 29 V 0.067 0.008 0.002 0.372 0.068 0.100 0.047 0.009 0.001 0.090 0.236 30 E 0.044 0.005 0.001 0.138 0.099 0.184 0.081 0.003 0.001 0.085 0.358 31 E 0.013 0.004 0.001 0.063 0.059 0.195 0.120 0.002 0.001 0.044 0.499 32 F 0.007 0.003 0.001 0.084 0.127 0.188 0.098 0.001 0.001 0.064 0.425 33 V 0.051 0.005 0.006 0.028 0.113 0.132 0.103 0.004 0.006 0.133 0.420 34 P 0.163 0.004 0.001 0.016 0.018 0.029 0.091 0.005 0.001 0.053 0.618 35 A 0.390 0.002 0.001 0.005 0.005 0.008 0.064 0.003 0.001 0.036 0.486 36 R 0.014 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.100 0.001 0.001 0.010 0.860 37 G 0.019 0.002 0.001 0.010 0.010 0.022 0.124 0.001 0.001 0.032 0.779 38 L 0.017 0.002 0.001 0.052 0.161 0.097 0.137 0.001 0.001 0.058 0.472 39 R 0.005 0.002 0.001 0.121 0.038 0.089 0.106 0.001 0.001 0.059 0.577 40 V 0.006 0.002 0.001 0.179 0.130 0.138 0.075 0.002 0.001 0.100 0.366 41 D 0.004 0.002 0.001 0.357 0.140 0.261 0.034 0.001 0.001 0.076 0.125 42 V 0.007 0.002 0.001 0.323 0.126 0.258 0.034 0.002 0.001 0.086 0.162 43 M 0.002 0.001 0.001 0.478 0.165 0.232 0.017 0.001 0.001 0.037 0.068 44 G 0.002 0.001 0.001 0.229 0.163 0.291 0.046 0.001 0.001 0.057 0.211 45 L 0.004 0.001 0.001 0.236 0.116 0.186 0.104 0.001 0.001 0.042 0.307 46 G 0.640 0.002 0.001 0.017 0.018 0.024 0.050 0.006 0.002 0.072 0.167 47 P 0.246 0.002 0.001 0.006 0.003 0.009 0.101 0.003 0.001 0.035 0.596 48 K 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 0.086 0.001 0.001 0.007 0.882 49 G 0.007 0.001 0.001 0.015 0.093 0.122 0.126 0.001 0.001 0.021 0.613 50 E 0.001 0.001 0.001 0.018 0.234 0.488 0.041 0.001 0.001 0.020 0.197 51 I 0.002 0.001 0.001 0.027 0.301 0.395 0.025 0.001 0.001 0.032 0.218 52 W 0.001 0.001 0.001 0.039 0.407 0.488 0.008 0.001 0.001 0.015 0.041 53 V 0.002 0.002 0.001 0.074 0.317 0.417 0.014 0.001 0.001 0.048 0.125 54 I 0.001 0.001 0.001 0.079 0.449 0.407 0.006 0.001 0.001 0.018 0.039 55 E 0.002 0.001 0.001 0.048 0.384 0.460 0.009 0.001 0.001 0.049 0.046 56 C 0.007 0.004 0.001 0.093 0.340 0.298 0.035 0.001 0.001 0.049 0.172 57 K 0.016 0.008 0.001 0.114 0.279 0.287 0.054 0.002 0.001 0.015 0.222 58 S 0.034 0.026 0.004 0.042 0.081 0.108 0.083 0.003 0.002 0.019 0.599 59 S 0.200 0.212 0.003 0.020 0.023 0.028 0.065 0.022 0.001 0.032 0.392 60 R 0.288 0.271 0.003 0.010 0.010 0.015 0.053 0.019 0.001 0.021 0.310 61 A 0.109 0.209 0.007 0.013 0.011 0.013 0.071 0.005 0.002 0.026 0.534 62 D 0.170 0.204 0.014 0.016 0.013 0.021 0.064 0.016 0.004 0.028 0.450 63 F 0.249 0.155 0.003 0.016 0.011 0.013 0.063 0.009 0.001 0.022 0.459 64 Q 0.173 0.345 0.006 0.017 0.012 0.012 0.044 0.009 0.001 0.025 0.355 65 A 0.067 0.265 0.002 0.015 0.004 0.007 0.061 0.006 0.001 0.028 0.546 66 D 0.089 0.502 0.004 0.011 0.007 0.010 0.055 0.012 0.001 0.082 0.228 67 A 0.060 0.462 0.004 0.014 0.017 0.014 0.063 0.006 0.001 0.077 0.281 68 K 0.053 0.700 0.005 0.009 0.005 0.006 0.026 0.007 0.001 0.033 0.155 69 W 0.104 0.691 0.002 0.005 0.004 0.006 0.021 0.012 0.001 0.024 0.129 70 Q 0.039 0.659 0.006 0.010 0.010 0.010 0.036 0.004 0.001 0.032 0.193 71 G 0.034 0.646 0.005 0.010 0.009 0.016 0.033 0.005 0.001 0.040 0.201 72 Y 0.070 0.680 0.005 0.007 0.007 0.011 0.033 0.017 0.001 0.046 0.123 73 L 0.116 0.460 0.012 0.014 0.022 0.019 0.052 0.013 0.004 0.089 0.198 74 E 0.125 0.306 0.015 0.020 0.025 0.035 0.062 0.007 0.003 0.075 0.327 75 W 0.090 0.138 0.015 0.033 0.022 0.041 0.107 0.012 0.003 0.085 0.453 76 C 0.096 0.050 0.015 0.043 0.029 0.053 0.175 0.010 0.003 0.117 0.408 77 D 0.027 0.033 0.004 0.062 0.045 0.116 0.127 0.005 0.001 0.073 0.507 78 R 0.012 0.019 0.002 0.110 0.072 0.222 0.091 0.003 0.001 0.072 0.397 79 Y 0.008 0.012 0.001 0.181 0.144 0.310 0.050 0.002 0.001 0.075 0.215 80 F 0.007 0.007 0.001 0.173 0.217 0.290 0.039 0.002 0.001 0.070 0.193 81 W 0.005 0.004 0.001 0.273 0.232 0.239 0.033 0.001 0.001 0.044 0.169 82 A 0.007 0.005 0.005 0.201 0.164 0.254 0.058 0.002 0.003 0.059 0.243 83 V 0.100 0.014 0.002 0.095 0.078 0.115 0.096 0.010 0.002 0.049 0.438 84 D 0.504 0.009 0.001 0.017 0.013 0.021 0.057 0.010 0.001 0.079 0.289 85 M 0.020 0.007 0.001 0.024 0.009 0.021 0.115 0.001 0.001 0.023 0.779 86 E 0.015 0.015 0.001 0.018 0.008 0.023 0.106 0.001 0.001 0.012 0.801 87 F 0.049 0.025 0.011 0.025 0.086 0.027 0.111 0.008 0.004 0.026 0.629 88 P 0.678 0.079 0.001 0.008 0.006 0.009 0.026 0.029 0.001 0.018 0.143 89 A 0.428 0.023 0.001 0.007 0.008 0.019 0.053 0.009 0.001 0.052 0.399 90 E 0.013 0.012 0.001 0.031 0.017 0.037 0.092 0.001 0.001 0.037 0.756 91 L 0.017 0.012 0.001 0.022 0.026 0.047 0.098 0.003 0.001 0.051 0.724 92 L 0.103 0.015 0.005 0.022 0.079 0.033 0.123 0.005 0.002 0.097 0.515 93 P 0.290 0.019 0.004 0.023 0.020 0.025 0.085 0.008 0.004 0.148 0.374 94 A 0.116 0.010 0.001 0.018 0.006 0.022 0.132 0.004 0.001 0.036 0.656 95 E 0.018 0.008 0.001 0.037 0.027 0.094 0.158 0.004 0.001 0.054 0.599 96 S 0.005 0.006 0.001 0.082 0.082 0.143 0.130 0.002 0.001 0.070 0.478 97 G 0.002 0.003 0.001 0.143 0.158 0.486 0.031 0.001 0.001 0.063 0.112 98 L 0.005 0.003 0.001 0.134 0.299 0.260 0.025 0.001 0.001 0.069 0.204 99 L 0.001 0.001 0.001 0.284 0.285 0.351 0.010 0.001 0.001 0.018 0.048 100 I 0.006 0.005 0.001 0.196 0.191 0.318 0.034 0.001 0.001 0.059 0.189 101 A 0.019 0.007 0.003 0.163 0.202 0.223 0.061 0.003 0.003 0.048 0.269 102 D 0.372 0.040 0.002 0.030 0.035 0.047 0.060 0.011 0.002 0.058 0.344 103 A 0.104 0.043 0.001 0.017 0.010 0.025 0.113 0.005 0.001 0.025 0.656 104 Y 0.022 0.050 0.002 0.014 0.019 0.030 0.099 0.002 0.001 0.032 0.729 105 D 0.038 0.168 0.001 0.029 0.067 0.136 0.094 0.006 0.001 0.066 0.391 106 A 0.043 0.220 0.003 0.028 0.111 0.156 0.073 0.011 0.001 0.059 0.297 107 E 0.043 0.150 0.007 0.039 0.152 0.243 0.034 0.006 0.002 0.047 0.277 108 I 0.078 0.079 0.005 0.040 0.131 0.236 0.048 0.007 0.001 0.058 0.315 109 V 0.082 0.022 0.005 0.048 0.126 0.141 0.073 0.004 0.001 0.083 0.415 110 R 0.018 0.020 0.003 0.052 0.100 0.160 0.082 0.002 0.001 0.029 0.534 111 M 0.031 0.075 0.002 0.021 0.031 0.049 0.072 0.005 0.001 0.017 0.695 112 A 0.444 0.061 0.014 0.008 0.029 0.015 0.057 0.020 0.006 0.041 0.306 113 P 0.312 0.049 0.005 0.009 0.010 0.014 0.061 0.016 0.003 0.024 0.498 114 E 0.157 0.023 0.001 0.009 0.004 0.012 0.055 0.007 0.001 0.019 0.712 115 Q 0.108 0.010 0.002 0.026 0.019 0.016 0.085 0.002 0.001 0.035 0.696 116 K 0.011 0.012 0.001 0.027 0.008 0.017 0.111 0.001 0.001 0.029 0.783 117 L 0.016 0.039 0.001 0.017 0.012 0.009 0.086 0.002 0.001 0.027 0.790 118 A 0.239 0.416 0.003 0.011 0.009 0.006 0.048 0.019 0.001 0.060 0.188 119 P 0.094 0.606 0.001 0.006 0.002 0.003 0.036 0.007 0.001 0.043 0.200 120 A 0.021 0.801 0.002 0.005 0.002 0.003 0.020 0.002 0.001 0.025 0.118 121 R 0.009 0.934 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.013 0.031 122 R 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.012 123 K 0.003 0.946 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.027 0.015 124 V 0.003 0.945 0.001 0.006 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.017 0.019 125 L 0.004 0.949 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.025 0.010 126 I 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.019 0.007 127 Q 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.945 0.006 128 K 0.003 0.689 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.263 0.025 129 F 0.009 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.010 0.013 130 A 0.005 0.944 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.016 0.023 131 T 0.007 0.890 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.053 0.036 132 H 0.009 0.848 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.075 0.043 133 A 0.010 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.010 0.011 134 A 0.016 0.923 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.021 0.021 135 R 0.018 0.861 0.015 0.002 0.002 0.001 0.010 0.004 0.003 0.025 0.059 136 R 0.142 0.728 0.012 0.003 0.001 0.003 0.013 0.021 0.002 0.017 0.058 137 L 0.262 0.377 0.034 0.007 0.003 0.004 0.038 0.028 0.013 0.051 0.183 138 Q 0.196 0.097 0.049 0.015 0.009 0.017 0.072 0.021 0.012 0.057 0.454 139 A 0.131 0.010 0.001 0.011 0.004 0.010 0.071 0.003 0.001 0.029 0.731 140 L 0.013 0.006 0.002 0.023 0.014 0.022 0.144 0.001 0.001 0.033 0.739 141 R 0.004 0.010 0.001 0.028 0.008 0.011 0.104 0.001 0.001 0.012 0.820 142 D 0.646 0.064 0.002 0.005 0.003 0.003 0.037 0.023 0.001 0.063 0.152 143 P 0.228 0.097 0.001 0.011 0.008 0.008 0.082 0.017 0.001 0.045 0.502 144 E 0.078 0.089 0.003 0.014 0.004 0.010 0.072 0.004 0.001 0.031 0.693 145 G 0.116 0.066 0.004 0.041 0.024 0.036 0.103 0.014 0.002 0.058 0.536 146 H 0.104 0.028 0.006 0.033 0.026 0.035 0.112 0.009 0.002 0.074 0.572 147 G 0.063 0.011 0.002 0.032 0.049 0.063 0.086 0.002 0.001 0.043 0.648 148 I 0.022 0.008 0.001 0.049 0.020 0.042 0.109 0.001 0.001 0.033 0.715 149 F 0.069 0.015 0.002 0.043 0.030 0.041 0.133 0.005 0.001 0.057 0.604 150 E 0.064 0.019 0.002 0.029 0.024 0.031 0.134 0.005 0.001 0.055 0.637