# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 133 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.119 0.044 0.015 0.027 0.022 0.134 0.095 0.545 2 P 0.203 0.084 0.014 0.012 0.015 0.094 0.075 0.503 3 M 0.123 0.101 0.014 0.011 0.020 0.094 0.075 0.561 4 T 0.116 0.107 0.023 0.011 0.020 0.098 0.065 0.560 5 L 0.103 0.105 0.020 0.017 0.018 0.126 0.101 0.510 6 D 0.026 0.180 0.018 0.007 0.013 0.098 0.090 0.569 7 L 0.040 0.401 0.013 0.005 0.008 0.079 0.075 0.379 8 Q 0.036 0.763 0.009 0.006 0.005 0.027 0.063 0.092 9 P 0.012 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.019 10 G 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.010 11 Q 0.004 0.951 0.002 0.002 0.002 0.003 0.026 0.011 12 R 0.011 0.809 0.010 0.003 0.003 0.009 0.133 0.022 13 L 0.013 0.934 0.003 0.001 0.001 0.004 0.035 0.009 14 A 0.013 0.904 0.004 0.001 0.001 0.004 0.053 0.020 15 R 0.005 0.898 0.003 0.001 0.002 0.006 0.041 0.045 16 G 0.008 0.893 0.004 0.002 0.003 0.008 0.054 0.028 17 V 0.008 0.940 0.003 0.001 0.001 0.004 0.030 0.012 18 A 0.009 0.945 0.004 0.001 0.001 0.004 0.018 0.018 19 R 0.020 0.804 0.026 0.009 0.005 0.011 0.056 0.068 20 H 0.065 0.498 0.089 0.019 0.014 0.030 0.187 0.099 21 L 0.219 0.058 0.208 0.013 0.011 0.046 0.290 0.155 22 R 0.627 0.013 0.015 0.005 0.003 0.032 0.033 0.272 23 A 0.065 0.003 0.003 0.001 0.001 0.027 0.010 0.890 24 H 0.003 0.001 0.008 0.002 0.008 0.124 0.008 0.845 25 G 0.014 0.006 0.073 0.041 0.132 0.156 0.077 0.502 26 F 0.015 0.005 0.043 0.078 0.051 0.077 0.040 0.692 27 V 0.003 0.004 0.376 0.177 0.157 0.058 0.031 0.195 28 S 0.011 0.007 0.180 0.073 0.143 0.049 0.107 0.429 29 V 0.219 0.019 0.157 0.169 0.100 0.038 0.124 0.175 30 E 0.084 0.016 0.067 0.070 0.079 0.071 0.046 0.566 31 E 0.009 0.006 0.037 0.046 0.121 0.099 0.016 0.665 32 F 0.013 0.005 0.053 0.082 0.143 0.108 0.045 0.552 33 V 0.039 0.006 0.068 0.170 0.106 0.105 0.096 0.410 34 P 0.371 0.006 0.018 0.021 0.026 0.061 0.038 0.460 35 A 0.448 0.004 0.008 0.010 0.009 0.043 0.045 0.432 36 R 0.029 0.003 0.011 0.007 0.027 0.103 0.011 0.809 37 G 0.005 0.001 0.016 0.009 0.041 0.083 0.020 0.824 38 L 0.007 0.004 0.084 0.257 0.149 0.132 0.034 0.333 39 R 0.012 0.006 0.110 0.069 0.097 0.102 0.044 0.561 40 V 0.015 0.006 0.144 0.134 0.122 0.090 0.100 0.389 41 D 0.012 0.004 0.404 0.129 0.186 0.042 0.110 0.113 42 V 0.015 0.004 0.247 0.100 0.238 0.053 0.074 0.268 43 M 0.010 0.002 0.307 0.237 0.251 0.034 0.021 0.138 44 G 0.004 0.001 0.131 0.222 0.402 0.043 0.047 0.151 45 L 0.004 0.001 0.115 0.122 0.217 0.100 0.079 0.363 46 G 0.635 0.001 0.020 0.028 0.033 0.058 0.095 0.130 47 P 0.585 0.001 0.002 0.003 0.004 0.039 0.017 0.349 48 K 0.014 0.001 0.008 0.002 0.023 0.130 0.007 0.816 49 G 0.003 0.001 0.043 0.022 0.242 0.133 0.024 0.532 50 E 0.001 0.001 0.059 0.318 0.458 0.036 0.024 0.103 51 I 0.001 0.001 0.120 0.354 0.316 0.012 0.023 0.174 52 W 0.001 0.001 0.153 0.415 0.402 0.004 0.008 0.018 53 V 0.001 0.001 0.224 0.289 0.409 0.004 0.016 0.057 54 I 0.001 0.001 0.220 0.500 0.259 0.003 0.005 0.013 55 E 0.001 0.001 0.209 0.226 0.493 0.008 0.019 0.044 56 C 0.004 0.005 0.152 0.317 0.361 0.025 0.031 0.106 57 K 0.018 0.016 0.168 0.286 0.301 0.041 0.031 0.139 58 S 0.031 0.041 0.112 0.094 0.114 0.093 0.067 0.449 59 S 0.132 0.456 0.040 0.037 0.042 0.046 0.051 0.197 60 R 0.178 0.389 0.040 0.013 0.016 0.048 0.067 0.248 61 A 0.068 0.412 0.022 0.017 0.016 0.057 0.067 0.342 62 D 0.088 0.385 0.036 0.014 0.017 0.053 0.148 0.259 63 F 0.168 0.470 0.014 0.008 0.010 0.061 0.054 0.214 64 Q 0.140 0.316 0.021 0.013 0.019 0.059 0.094 0.339 65 A 0.028 0.382 0.006 0.005 0.008 0.046 0.072 0.452 66 D 0.056 0.720 0.005 0.003 0.005 0.022 0.055 0.134 67 A 0.051 0.527 0.018 0.016 0.010 0.052 0.106 0.220 68 K 0.044 0.693 0.009 0.004 0.005 0.032 0.047 0.165 69 W 0.131 0.670 0.007 0.002 0.003 0.020 0.057 0.110 70 Q 0.043 0.646 0.012 0.007 0.006 0.036 0.072 0.178 71 G 0.035 0.539 0.012 0.006 0.009 0.033 0.105 0.261 72 Y 0.074 0.444 0.018 0.011 0.011 0.051 0.212 0.178 73 L 0.099 0.203 0.046 0.041 0.032 0.063 0.234 0.282 74 E 0.134 0.071 0.020 0.018 0.029 0.083 0.085 0.561 75 W 0.107 0.029 0.031 0.014 0.024 0.108 0.105 0.583 76 C 0.090 0.015 0.032 0.017 0.034 0.148 0.055 0.608 77 D 0.032 0.009 0.022 0.019 0.049 0.106 0.050 0.712 78 R 0.004 0.004 0.063 0.062 0.150 0.132 0.040 0.543 79 Y 0.004 0.002 0.159 0.181 0.416 0.048 0.040 0.150 80 F 0.003 0.002 0.152 0.300 0.340 0.024 0.028 0.151 81 W 0.002 0.002 0.283 0.259 0.284 0.025 0.017 0.128 82 A 0.002 0.001 0.305 0.268 0.238 0.028 0.030 0.129 83 V 0.121 0.009 0.108 0.157 0.124 0.066 0.054 0.361 84 D 0.483 0.007 0.037 0.029 0.030 0.048 0.088 0.278 85 M 0.029 0.011 0.022 0.014 0.027 0.124 0.023 0.749 86 E 0.012 0.008 0.008 0.004 0.010 0.062 0.009 0.888 87 F 0.033 0.014 0.043 0.051 0.020 0.133 0.036 0.669 88 P 0.393 0.107 0.011 0.014 0.018 0.056 0.045 0.356 89 A 0.669 0.022 0.008 0.004 0.005 0.033 0.031 0.229 90 E 0.026 0.018 0.023 0.024 0.025 0.104 0.029 0.751 91 L 0.008 0.005 0.009 0.005 0.012 0.053 0.012 0.896 92 L 0.080 0.006 0.043 0.030 0.025 0.176 0.103 0.536 93 P 0.280 0.012 0.033 0.009 0.011 0.103 0.147 0.403 94 A 0.188 0.009 0.010 0.003 0.006 0.096 0.028 0.660 95 E 0.009 0.003 0.036 0.006 0.023 0.203 0.022 0.698 96 S 0.003 0.003 0.169 0.036 0.163 0.126 0.080 0.420 97 G 0.005 0.003 0.346 0.140 0.241 0.045 0.086 0.135 98 L 0.003 0.002 0.408 0.182 0.199 0.023 0.041 0.142 99 L 0.004 0.002 0.422 0.251 0.210 0.017 0.018 0.075 100 I 0.005 0.003 0.371 0.163 0.239 0.041 0.048 0.130 101 A 0.019 0.005 0.226 0.064 0.069 0.096 0.049 0.471 102 D 0.563 0.040 0.025 0.025 0.026 0.049 0.046 0.227 103 A 0.089 0.061 0.011 0.008 0.015 0.091 0.029 0.695 104 Y 0.013 0.074 0.021 0.019 0.069 0.118 0.034 0.651 105 D 0.034 0.299 0.016 0.058 0.102 0.055 0.181 0.255 106 A 0.025 0.273 0.021 0.115 0.094 0.047 0.148 0.278 107 E 0.018 0.147 0.081 0.218 0.278 0.031 0.081 0.145 108 I 0.061 0.109 0.050 0.163 0.271 0.046 0.076 0.225 109 V 0.122 0.077 0.112 0.117 0.140 0.060 0.088 0.283 110 R 0.024 0.067 0.041 0.116 0.147 0.073 0.049 0.483 111 M 0.027 0.068 0.015 0.016 0.027 0.072 0.028 0.746 112 A 0.255 0.146 0.032 0.054 0.031 0.079 0.102 0.300 113 P 0.160 0.111 0.025 0.026 0.024 0.075 0.084 0.496 114 E 0.202 0.062 0.010 0.006 0.011 0.047 0.039 0.622 115 Q 0.135 0.053 0.020 0.019 0.016 0.099 0.059 0.600 116 K 0.028 0.049 0.008 0.007 0.009 0.098 0.022 0.779 117 L 0.059 0.114 0.014 0.005 0.007 0.079 0.032 0.691 118 A 0.124 0.416 0.012 0.009 0.007 0.064 0.062 0.308 119 P 0.089 0.583 0.009 0.003 0.003 0.035 0.042 0.236 120 A 0.035 0.775 0.004 0.003 0.003 0.022 0.027 0.131 121 R 0.015 0.887 0.003 0.001 0.002 0.009 0.031 0.052 122 R 0.006 0.930 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.021 123 K 0.003 0.870 0.005 0.002 0.002 0.005 0.094 0.018 124 V 0.003 0.950 0.003 0.001 0.001 0.003 0.029 0.009 125 L 0.006 0.962 0.005 0.001 0.001 0.002 0.016 0.006 126 I 0.021 0.933 0.002 0.001 0.001 0.003 0.026 0.013 127 Q 0.006 0.065 0.004 0.001 0.001 0.003 0.910 0.012 128 K 0.008 0.622 0.003 0.001 0.001 0.011 0.314 0.041 129 F 0.041 0.857 0.004 0.001 0.001 0.010 0.042 0.045 130 A 0.014 0.891 0.003 0.001 0.001 0.008 0.036 0.046 131 T 0.024 0.841 0.003 0.001 0.001 0.008 0.065 0.058 132 H 0.020 0.897 0.002 0.001 0.001 0.006 0.047 0.027 133 A 0.013 0.958 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 0.011 134 A 0.039 0.784 0.014 0.001 0.001 0.011 0.105 0.047 135 R 0.012 0.872 0.020 0.001 0.001 0.008 0.051 0.035 136 R 0.054 0.769 0.052 0.001 0.001 0.010 0.056 0.057 137 L 0.245 0.369 0.077 0.003 0.002 0.040 0.098 0.166 138 Q 0.129 0.152 0.069 0.006 0.006 0.064 0.133 0.442 139 A 0.096 0.085 0.024 0.001 0.002 0.081 0.036 0.675 140 L 0.028 0.047 0.058 0.008 0.008 0.164 0.061 0.626 141 R 0.024 0.024 0.016 0.003 0.002 0.100 0.026 0.804 142 D 0.626 0.147 0.007 0.002 0.002 0.032 0.050 0.135 143 P 0.138 0.113 0.020 0.004 0.005 0.114 0.052 0.555 144 E 0.066 0.076 0.021 0.005 0.012 0.100 0.048 0.672 145 G 0.120 0.070 0.028 0.014 0.021 0.108 0.099 0.541 146 H 0.070 0.041 0.040 0.031 0.044 0.154 0.063 0.558 147 G 0.058 0.022 0.054 0.027 0.062 0.107 0.065 0.605 148 I 0.042 0.013 0.030 0.046 0.063 0.123 0.070 0.613 149 F 0.043 0.015 0.036 0.038 0.060 0.106 0.072 0.630 150 E 0.057 0.018 0.021 0.046 0.074 0.108 0.056 0.620