# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 133 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.207 0.070 0.033 0.081 0.083 0.097 0.142 0.109 0.083 0.058 0.038 2 P 0.288 0.194 0.065 0.132 0.101 0.061 0.057 0.037 0.031 0.022 0.011 3 M 0.222 0.163 0.063 0.142 0.111 0.081 0.091 0.053 0.038 0.022 0.013 4 T 0.188 0.096 0.046 0.128 0.121 0.100 0.116 0.076 0.063 0.041 0.025 5 L 0.083 0.086 0.044 0.122 0.127 0.146 0.158 0.091 0.077 0.043 0.023 6 D 0.150 0.183 0.098 0.188 0.136 0.080 0.077 0.038 0.026 0.017 0.007 7 L 0.047 0.024 0.025 0.058 0.069 0.098 0.183 0.176 0.140 0.103 0.077 8 Q 0.183 0.179 0.098 0.179 0.125 0.069 0.065 0.040 0.029 0.023 0.010 9 P 0.080 0.140 0.073 0.154 0.129 0.112 0.133 0.068 0.059 0.036 0.016 10 G 0.083 0.046 0.041 0.107 0.132 0.135 0.176 0.106 0.090 0.054 0.030 11 Q 0.063 0.058 0.104 0.201 0.169 0.145 0.132 0.053 0.039 0.026 0.010 12 R 0.009 0.031 0.074 0.175 0.180 0.145 0.194 0.109 0.049 0.023 0.011 13 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.009 0.050 0.100 0.228 0.305 0.296 14 A 0.002 0.006 0.063 0.093 0.123 0.139 0.246 0.101 0.113 0.073 0.040 15 R 0.007 0.018 0.280 0.221 0.244 0.102 0.080 0.024 0.014 0.007 0.003 16 G 0.007 0.012 0.050 0.076 0.094 0.247 0.334 0.089 0.054 0.027 0.011 17 V 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.006 0.035 0.105 0.240 0.295 0.307 18 A 0.004 0.008 0.038 0.054 0.068 0.125 0.222 0.160 0.151 0.117 0.053 19 R 0.008 0.028 0.315 0.211 0.182 0.088 0.077 0.041 0.027 0.016 0.007 20 H 0.004 0.009 0.032 0.033 0.040 0.114 0.295 0.174 0.155 0.086 0.057 21 L 0.004 0.004 0.012 0.008 0.007 0.014 0.061 0.087 0.199 0.270 0.334 22 R 0.009 0.016 0.088 0.136 0.142 0.192 0.198 0.102 0.060 0.035 0.023 23 A 0.074 0.095 0.275 0.230 0.143 0.080 0.056 0.022 0.012 0.008 0.005 24 H 0.034 0.024 0.031 0.066 0.072 0.130 0.232 0.166 0.114 0.084 0.046 25 G 0.514 0.149 0.037 0.095 0.052 0.046 0.046 0.022 0.020 0.012 0.006 26 F 0.011 0.012 0.016 0.024 0.026 0.048 0.096 0.106 0.200 0.239 0.222 27 V 0.032 0.064 0.033 0.083 0.093 0.138 0.194 0.135 0.114 0.063 0.050 28 S 0.006 0.007 0.008 0.011 0.011 0.017 0.061 0.089 0.164 0.261 0.366 29 V 0.004 0.004 0.006 0.011 0.016 0.026 0.065 0.121 0.175 0.216 0.356 30 E 0.067 0.096 0.076 0.166 0.139 0.096 0.097 0.076 0.066 0.066 0.054 31 E 0.035 0.022 0.019 0.088 0.094 0.104 0.159 0.158 0.133 0.099 0.089 32 F 0.017 0.017 0.015 0.037 0.042 0.062 0.116 0.140 0.205 0.193 0.157 33 V 0.060 0.082 0.040 0.122 0.114 0.138 0.167 0.105 0.081 0.055 0.037 34 P 0.058 0.039 0.033 0.077 0.075 0.107 0.155 0.121 0.130 0.116 0.089 35 A 0.197 0.121 0.054 0.132 0.109 0.076 0.086 0.057 0.061 0.055 0.051 36 R 0.232 0.187 0.039 0.144 0.109 0.073 0.080 0.044 0.040 0.027 0.025 37 G 0.411 0.101 0.033 0.098 0.090 0.066 0.065 0.042 0.037 0.026 0.030 38 L 0.025 0.040 0.028 0.123 0.154 0.178 0.185 0.105 0.079 0.051 0.032 39 R 0.025 0.041 0.035 0.128 0.127 0.168 0.206 0.112 0.086 0.042 0.030 40 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.015 0.060 0.168 0.236 0.254 0.252 41 D 0.003 0.008 0.014 0.026 0.040 0.068 0.157 0.184 0.212 0.171 0.117 42 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.029 0.086 0.195 0.327 0.347 43 M 0.002 0.003 0.006 0.008 0.011 0.021 0.072 0.126 0.221 0.275 0.257 44 G 0.003 0.004 0.006 0.011 0.016 0.025 0.076 0.137 0.215 0.223 0.284 45 L 0.005 0.009 0.009 0.029 0.046 0.073 0.155 0.178 0.182 0.161 0.151 46 G 0.045 0.052 0.033 0.124 0.153 0.133 0.155 0.120 0.081 0.061 0.044 47 P 0.152 0.113 0.039 0.135 0.135 0.124 0.120 0.077 0.049 0.032 0.024 48 K 0.294 0.274 0.045 0.160 0.120 0.041 0.027 0.016 0.010 0.008 0.005 49 G 0.283 0.086 0.031 0.082 0.090 0.067 0.092 0.081 0.075 0.061 0.052 50 E 0.090 0.124 0.052 0.164 0.165 0.124 0.113 0.056 0.053 0.040 0.021 51 I 0.013 0.014 0.021 0.034 0.037 0.063 0.144 0.144 0.211 0.177 0.143 52 W 0.012 0.018 0.025 0.048 0.074 0.108 0.199 0.163 0.159 0.116 0.079 53 V 0.008 0.016 0.034 0.048 0.057 0.078 0.129 0.132 0.189 0.180 0.129 54 I 0.005 0.007 0.021 0.027 0.045 0.060 0.143 0.209 0.204 0.163 0.116 55 E 0.007 0.014 0.042 0.050 0.058 0.071 0.145 0.167 0.190 0.160 0.096 56 C 0.005 0.006 0.026 0.022 0.024 0.040 0.097 0.119 0.217 0.254 0.191 57 K 0.015 0.024 0.070 0.108 0.133 0.118 0.179 0.133 0.109 0.069 0.043 58 S 0.015 0.022 0.048 0.051 0.061 0.086 0.169 0.162 0.171 0.144 0.072 59 S 0.060 0.094 0.107 0.146 0.132 0.104 0.139 0.077 0.065 0.053 0.024 60 R 0.111 0.074 0.070 0.140 0.137 0.124 0.144 0.087 0.060 0.036 0.017 61 A 0.235 0.111 0.115 0.155 0.123 0.078 0.075 0.042 0.032 0.024 0.010 62 D 0.069 0.091 0.080 0.166 0.156 0.122 0.142 0.070 0.056 0.032 0.015 63 F 0.023 0.018 0.028 0.034 0.034 0.055 0.131 0.133 0.205 0.188 0.151 64 Q 0.066 0.103 0.144 0.221 0.200 0.097 0.084 0.039 0.025 0.015 0.006 65 A 0.065 0.109 0.125 0.147 0.118 0.110 0.137 0.075 0.059 0.037 0.017 66 D 0.094 0.059 0.059 0.138 0.148 0.131 0.167 0.083 0.063 0.039 0.020 67 A 0.354 0.137 0.128 0.128 0.080 0.048 0.054 0.030 0.021 0.014 0.005 68 K 0.040 0.091 0.102 0.175 0.132 0.137 0.146 0.067 0.055 0.038 0.018 69 W 0.012 0.025 0.030 0.069 0.085 0.139 0.228 0.166 0.124 0.074 0.048 70 Q 0.325 0.151 0.204 0.163 0.081 0.032 0.024 0.011 0.005 0.003 0.001 71 G 0.229 0.141 0.168 0.220 0.113 0.066 0.038 0.013 0.007 0.003 0.001 72 Y 0.010 0.009 0.015 0.024 0.024 0.049 0.130 0.122 0.227 0.203 0.188 73 L 0.009 0.016 0.034 0.091 0.126 0.217 0.250 0.106 0.082 0.044 0.024 74 E 0.047 0.103 0.467 0.205 0.098 0.039 0.023 0.009 0.006 0.003 0.001 75 W 0.011 0.017 0.047 0.065 0.080 0.137 0.227 0.175 0.120 0.069 0.051 76 C 0.007 0.005 0.012 0.014 0.016 0.033 0.109 0.139 0.223 0.229 0.213 77 D 0.017 0.043 0.125 0.203 0.185 0.173 0.133 0.052 0.037 0.023 0.010 78 R 0.005 0.014 0.071 0.077 0.092 0.159 0.199 0.141 0.127 0.072 0.044 79 Y 0.002 0.003 0.010 0.015 0.020 0.038 0.107 0.160 0.245 0.251 0.150 80 F 0.002 0.006 0.012 0.022 0.030 0.061 0.146 0.215 0.214 0.175 0.117 81 W 0.002 0.010 0.039 0.038 0.039 0.060 0.116 0.160 0.193 0.212 0.131 82 A 0.001 0.002 0.008 0.007 0.008 0.017 0.064 0.132 0.196 0.315 0.249 83 V 0.005 0.012 0.020 0.047 0.044 0.083 0.190 0.182 0.166 0.144 0.106 84 D 0.034 0.112 0.056 0.181 0.164 0.138 0.125 0.076 0.055 0.037 0.021 85 M 0.414 0.159 0.049 0.111 0.107 0.058 0.053 0.021 0.013 0.009 0.004 86 E 0.324 0.193 0.040 0.189 0.129 0.050 0.036 0.017 0.011 0.007 0.003 87 F 0.010 0.012 0.007 0.021 0.019 0.034 0.081 0.122 0.208 0.221 0.264 88 P 0.075 0.516 0.060 0.168 0.104 0.030 0.027 0.010 0.005 0.003 0.001 89 A 0.162 0.165 0.044 0.126 0.122 0.127 0.117 0.068 0.040 0.019 0.012 90 E 0.728 0.115 0.039 0.072 0.022 0.012 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 91 L 0.032 0.047 0.023 0.144 0.146 0.163 0.204 0.126 0.065 0.031 0.020 92 L 0.007 0.017 0.016 0.036 0.047 0.048 0.113 0.165 0.185 0.179 0.186 93 P 0.028 0.096 0.113 0.194 0.219 0.135 0.117 0.043 0.024 0.018 0.012 94 A 0.276 0.220 0.203 0.184 0.064 0.025 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 95 E 0.242 0.107 0.037 0.167 0.148 0.127 0.096 0.033 0.024 0.013 0.007 96 S 0.009 0.014 0.008 0.032 0.055 0.074 0.156 0.205 0.195 0.145 0.106 97 G 0.008 0.025 0.018 0.064 0.102 0.155 0.247 0.159 0.119 0.064 0.038 98 L 0.001 0.002 0.007 0.007 0.008 0.012 0.050 0.104 0.216 0.328 0.266 99 L 0.001 0.002 0.005 0.007 0.009 0.018 0.074 0.144 0.225 0.238 0.277 100 I 0.002 0.004 0.010 0.025 0.025 0.042 0.108 0.142 0.187 0.207 0.247 101 A 0.003 0.005 0.008 0.020 0.024 0.051 0.114 0.149 0.206 0.193 0.227 102 D 0.030 0.050 0.041 0.118 0.139 0.156 0.183 0.109 0.082 0.057 0.035 103 A 0.200 0.138 0.058 0.177 0.131 0.095 0.089 0.050 0.030 0.021 0.011 104 Y 0.083 0.063 0.030 0.105 0.118 0.149 0.153 0.106 0.082 0.068 0.041 105 D 0.162 0.359 0.076 0.186 0.111 0.038 0.029 0.014 0.013 0.009 0.004 106 A 0.017 0.013 0.012 0.036 0.047 0.099 0.171 0.161 0.171 0.146 0.129 107 E 0.102 0.126 0.150 0.288 0.162 0.075 0.046 0.021 0.015 0.011 0.004 108 I 0.003 0.013 0.027 0.058 0.059 0.086 0.179 0.193 0.172 0.126 0.085 109 V 0.003 0.008 0.021 0.033 0.035 0.050 0.136 0.141 0.209 0.210 0.154 110 R 0.009 0.018 0.094 0.145 0.190 0.164 0.179 0.081 0.059 0.044 0.017 111 M 0.061 0.099 0.288 0.256 0.154 0.067 0.044 0.015 0.009 0.006 0.002 112 A 0.011 0.013 0.014 0.025 0.028 0.071 0.179 0.186 0.190 0.170 0.112 113 P 0.210 0.270 0.075 0.138 0.095 0.059 0.067 0.040 0.023 0.016 0.007 114 E 0.480 0.219 0.096 0.118 0.048 0.017 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 115 Q 0.264 0.104 0.069 0.115 0.109 0.114 0.101 0.052 0.037 0.023 0.013 116 K 0.235 0.261 0.063 0.170 0.118 0.053 0.055 0.021 0.013 0.007 0.003 117 L 0.029 0.039 0.033 0.059 0.057 0.105 0.181 0.148 0.155 0.110 0.084 118 A 0.117 0.168 0.142 0.189 0.149 0.096 0.075 0.032 0.018 0.011 0.005 119 P 0.424 0.194 0.117 0.147 0.058 0.027 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 120 A 0.116 0.044 0.037 0.085 0.099 0.132 0.172 0.117 0.090 0.063 0.045 121 R 0.065 0.149 0.087 0.191 0.152 0.110 0.116 0.049 0.041 0.028 0.012 122 R 0.011 0.016 0.041 0.060 0.082 0.125 0.213 0.172 0.143 0.085 0.053 123 K 0.106 0.082 0.252 0.222 0.139 0.087 0.059 0.022 0.016 0.011 0.004 124 V 0.016 0.030 0.080 0.159 0.153 0.178 0.199 0.088 0.054 0.031 0.013 125 L 0.002 0.005 0.017 0.022 0.029 0.045 0.128 0.178 0.227 0.198 0.148 126 I 0.001 0.003 0.028 0.025 0.035 0.067 0.175 0.166 0.208 0.186 0.105 127 Q 0.004 0.014 0.274 0.180 0.183 0.109 0.109 0.052 0.038 0.028 0.009 128 K 0.004 0.011 0.083 0.100 0.139 0.166 0.274 0.116 0.065 0.031 0.012 129 F 0.003 0.004 0.020 0.013 0.011 0.024 0.104 0.122 0.241 0.271 0.188 130 A 0.004 0.006 0.037 0.036 0.040 0.087 0.243 0.178 0.182 0.116 0.070 131 T 0.012 0.027 0.292 0.184 0.161 0.105 0.109 0.053 0.033 0.018 0.007 132 H 0.013 0.017 0.092 0.077 0.093 0.170 0.290 0.109 0.073 0.046 0.019 133 A 0.031 0.031 0.098 0.086 0.068 0.091 0.195 0.115 0.134 0.099 0.051 134 A 0.011 0.012 0.057 0.053 0.064 0.113 0.216 0.162 0.147 0.101 0.064 135 R 0.019 0.033 0.280 0.177 0.169 0.106 0.103 0.049 0.032 0.022 0.009 136 R 0.012 0.025 0.130 0.104 0.111 0.141 0.218 0.110 0.079 0.049 0.022 137 L 0.007 0.011 0.046 0.039 0.043 0.073 0.175 0.169 0.182 0.151 0.103 138 Q 0.021 0.025 0.141 0.111 0.124 0.110 0.180 0.112 0.088 0.061 0.026 139 A 0.028 0.050 0.217 0.185 0.158 0.110 0.120 0.054 0.041 0.025 0.011 140 L 0.017 0.017 0.042 0.047 0.050 0.098 0.207 0.155 0.167 0.122 0.078 141 R 0.091 0.091 0.107 0.147 0.135 0.099 0.137 0.080 0.057 0.038 0.017 142 D 0.095 0.115 0.107 0.138 0.120 0.109 0.127 0.076 0.055 0.037 0.022 143 P 0.262 0.147 0.083 0.116 0.097 0.081 0.087 0.052 0.036 0.024 0.015 144 E 0.432 0.213 0.065 0.116 0.069 0.036 0.031 0.018 0.011 0.006 0.003 145 G 0.208 0.098 0.049 0.111 0.094 0.096 0.115 0.086 0.068 0.048 0.028 146 H 0.106 0.108 0.061 0.141 0.134 0.117 0.130 0.079 0.062 0.040 0.022 147 G 0.221 0.142 0.091 0.132 0.098 0.087 0.095 0.055 0.041 0.025 0.013 148 I 0.095 0.094 0.070 0.119 0.106 0.112 0.143 0.085 0.078 0.063 0.036 149 F 0.065 0.055 0.037 0.094 0.095 0.135 0.169 0.125 0.105 0.070 0.051 150 E 0.433 0.192 0.100 0.128 0.066 0.030 0.022 0.012 0.008 0.006 0.003