# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 133 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.148 0.014 0.005 0.034 0.025 0.064 0.089 0.002 0.001 0.004 0.614 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.991 3 M 0.008 0.001 0.001 0.005 0.005 0.014 0.143 0.001 0.001 0.001 0.820 4 T 0.350 0.024 0.001 0.018 0.011 0.025 0.090 0.001 0.001 0.006 0.472 5 L 0.118 0.090 0.002 0.023 0.025 0.036 0.082 0.001 0.001 0.008 0.615 6 D 0.123 0.091 0.004 0.020 0.016 0.025 0.111 0.002 0.001 0.008 0.598 7 L 0.253 0.095 0.006 0.019 0.009 0.028 0.064 0.004 0.001 0.006 0.516 8 Q 0.155 0.079 0.013 0.020 0.011 0.016 0.151 0.003 0.001 0.007 0.546 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.990 10 G 0.018 0.084 0.003 0.020 0.011 0.058 0.133 0.001 0.001 0.002 0.671 11 Q 0.075 0.411 0.001 0.008 0.004 0.006 0.069 0.001 0.001 0.003 0.421 12 R 0.027 0.795 0.001 0.002 0.003 0.004 0.025 0.001 0.001 0.001 0.141 13 L 0.014 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.036 14 A 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 15 R 0.015 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.038 16 G 0.033 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.046 17 V 0.015 0.948 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.021 18 A 0.005 0.963 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 19 R 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 20 H 0.019 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.020 21 L 0.021 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.011 22 R 0.023 0.925 0.007 0.003 0.005 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.019 23 A 0.093 0.773 0.009 0.004 0.004 0.003 0.009 0.047 0.001 0.001 0.057 24 H 0.308 0.449 0.019 0.006 0.003 0.005 0.016 0.103 0.001 0.002 0.088 25 G 0.451 0.097 0.070 0.034 0.014 0.015 0.022 0.093 0.001 0.028 0.175 26 F 0.031 0.005 0.808 0.019 0.003 0.003 0.031 0.003 0.001 0.001 0.096 27 V 0.039 0.005 0.011 0.509 0.151 0.119 0.059 0.001 0.001 0.005 0.100 28 S 0.005 0.006 0.003 0.147 0.029 0.066 0.100 0.001 0.001 0.001 0.641 29 V 0.008 0.005 0.001 0.749 0.047 0.132 0.010 0.001 0.001 0.004 0.044 30 E 0.009 0.014 0.001 0.184 0.053 0.071 0.209 0.001 0.001 0.007 0.452 31 E 0.036 0.019 0.001 0.117 0.035 0.070 0.123 0.002 0.001 0.007 0.590 32 F 0.078 0.039 0.007 0.097 0.036 0.128 0.123 0.004 0.001 0.007 0.481 33 V 0.096 0.019 0.009 0.063 0.057 0.065 0.087 0.003 0.001 0.007 0.595 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.991 35 A 0.033 0.005 0.001 0.017 0.038 0.121 0.080 0.001 0.001 0.001 0.703 36 R 0.097 0.015 0.001 0.015 0.015 0.018 0.112 0.002 0.001 0.014 0.711 37 G 0.344 0.012 0.005 0.026 0.022 0.029 0.066 0.003 0.001 0.036 0.456 38 L 0.311 0.006 0.016 0.051 0.036 0.026 0.191 0.001 0.001 0.005 0.357 39 R 0.043 0.001 0.001 0.075 0.061 0.071 0.114 0.001 0.001 0.002 0.631 40 V 0.017 0.002 0.003 0.228 0.187 0.283 0.044 0.001 0.001 0.002 0.234 41 D 0.007 0.001 0.001 0.543 0.186 0.203 0.019 0.001 0.001 0.002 0.039 42 V 0.005 0.001 0.001 0.586 0.129 0.166 0.020 0.001 0.001 0.002 0.090 43 M 0.001 0.001 0.001 0.827 0.072 0.091 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 44 G 0.002 0.002 0.001 0.547 0.080 0.176 0.033 0.001 0.001 0.003 0.156 45 L 0.004 0.003 0.001 0.636 0.070 0.173 0.018 0.001 0.001 0.005 0.092 46 G 0.009 0.002 0.001 0.165 0.098 0.161 0.113 0.001 0.001 0.003 0.447 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.978 48 K 0.003 0.001 0.001 0.008 0.014 0.033 0.260 0.001 0.001 0.002 0.678 49 G 0.371 0.003 0.001 0.021 0.058 0.056 0.024 0.001 0.001 0.144 0.321 50 E 0.318 0.007 0.021 0.028 0.094 0.088 0.123 0.001 0.001 0.011 0.309 51 I 0.061 0.001 0.002 0.035 0.304 0.299 0.060 0.001 0.001 0.003 0.235 52 W 0.005 0.001 0.001 0.017 0.344 0.584 0.007 0.001 0.001 0.001 0.042 53 V 0.004 0.001 0.001 0.062 0.298 0.556 0.013 0.001 0.001 0.001 0.065 54 I 0.001 0.001 0.001 0.036 0.446 0.493 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 55 E 0.001 0.001 0.001 0.033 0.343 0.592 0.007 0.001 0.001 0.001 0.024 56 C 0.001 0.001 0.001 0.023 0.394 0.523 0.008 0.001 0.001 0.001 0.051 57 K 0.003 0.001 0.001 0.037 0.312 0.600 0.009 0.001 0.001 0.001 0.038 58 S 0.004 0.002 0.001 0.028 0.294 0.340 0.047 0.001 0.001 0.002 0.281 59 S 0.010 0.003 0.001 0.035 0.155 0.376 0.125 0.001 0.001 0.004 0.292 60 R 0.058 0.005 0.001 0.046 0.061 0.167 0.105 0.001 0.001 0.011 0.546 61 A 0.010 0.015 0.001 0.013 0.020 0.036 0.465 0.001 0.001 0.008 0.431 62 D 0.120 0.042 0.001 0.015 0.017 0.033 0.416 0.001 0.001 0.039 0.317 63 F 0.255 0.358 0.007 0.018 0.018 0.030 0.079 0.004 0.001 0.008 0.223 64 Q 0.100 0.426 0.014 0.017 0.054 0.053 0.178 0.004 0.001 0.008 0.146 65 A 0.105 0.478 0.013 0.010 0.020 0.026 0.059 0.012 0.001 0.004 0.272 66 D 0.183 0.466 0.008 0.013 0.016 0.064 0.023 0.021 0.001 0.004 0.203 67 A 0.150 0.403 0.025 0.013 0.017 0.018 0.065 0.018 0.001 0.005 0.286 68 K 0.081 0.174 0.027 0.010 0.009 0.013 0.252 0.015 0.001 0.007 0.413 69 W 0.190 0.351 0.028 0.019 0.006 0.020 0.080 0.014 0.001 0.003 0.289 70 Q 0.054 0.353 0.011 0.016 0.009 0.014 0.052 0.005 0.001 0.006 0.480 71 G 0.034 0.145 0.015 0.009 0.004 0.008 0.128 0.006 0.001 0.003 0.648 72 Y 0.192 0.484 0.016 0.017 0.009 0.022 0.046 0.005 0.001 0.002 0.206 73 L 0.063 0.660 0.005 0.017 0.014 0.019 0.023 0.004 0.001 0.002 0.194 74 E 0.059 0.547 0.006 0.009 0.014 0.016 0.045 0.008 0.001 0.001 0.293 75 W 0.208 0.506 0.006 0.014 0.011 0.019 0.022 0.023 0.001 0.002 0.189 76 C 0.186 0.488 0.015 0.018 0.015 0.034 0.028 0.031 0.001 0.001 0.184 77 D 0.141 0.258 0.038 0.052 0.050 0.055 0.032 0.019 0.001 0.009 0.346 78 R 0.181 0.162 0.043 0.096 0.061 0.066 0.062 0.013 0.001 0.008 0.308 79 Y 0.198 0.111 0.049 0.159 0.075 0.093 0.124 0.009 0.001 0.008 0.173 80 F 0.048 0.037 0.008 0.372 0.203 0.228 0.028 0.003 0.001 0.003 0.070 81 W 0.011 0.021 0.008 0.348 0.144 0.273 0.024 0.002 0.001 0.001 0.168 82 A 0.008 0.012 0.002 0.381 0.205 0.312 0.014 0.001 0.001 0.002 0.063 83 V 0.004 0.021 0.001 0.123 0.193 0.277 0.072 0.002 0.001 0.002 0.305 84 D 0.006 0.012 0.001 0.070 0.111 0.267 0.054 0.001 0.001 0.002 0.475 85 M 0.015 0.004 0.001 0.028 0.025 0.056 0.128 0.001 0.001 0.009 0.732 86 E 0.168 0.004 0.005 0.017 0.005 0.014 0.285 0.001 0.001 0.017 0.483 87 F 0.444 0.017 0.009 0.024 0.024 0.033 0.117 0.001 0.001 0.012 0.318 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.989 89 A 0.005 0.002 0.001 0.007 0.015 0.052 0.029 0.001 0.001 0.001 0.890 90 E 0.064 0.029 0.001 0.008 0.020 0.029 0.138 0.001 0.001 0.005 0.706 91 L 0.585 0.033 0.001 0.005 0.006 0.017 0.092 0.002 0.001 0.006 0.253 92 L 0.571 0.139 0.006 0.022 0.014 0.026 0.037 0.004 0.001 0.003 0.178 93 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.993 94 A 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.041 0.001 0.001 0.001 0.941 95 E 0.201 0.007 0.001 0.030 0.029 0.046 0.137 0.002 0.001 0.006 0.542 96 S 0.397 0.017 0.003 0.060 0.063 0.076 0.091 0.002 0.001 0.006 0.285 97 G 0.073 0.008 0.003 0.350 0.202 0.167 0.037 0.001 0.001 0.021 0.137 98 L 0.022 0.002 0.012 0.483 0.141 0.139 0.036 0.001 0.001 0.003 0.161 99 L 0.005 0.001 0.001 0.529 0.184 0.248 0.010 0.001 0.001 0.001 0.020 100 I 0.003 0.001 0.001 0.330 0.158 0.306 0.027 0.001 0.001 0.001 0.173 101 A 0.002 0.002 0.001 0.565 0.126 0.216 0.018 0.001 0.001 0.003 0.068 102 D 0.005 0.002 0.001 0.139 0.121 0.167 0.127 0.001 0.001 0.003 0.435 103 A 0.010 0.002 0.001 0.063 0.034 0.082 0.147 0.001 0.001 0.007 0.654 104 Y 0.015 0.002 0.001 0.013 0.018 0.027 0.581 0.001 0.001 0.011 0.331 105 D 0.263 0.005 0.001 0.023 0.040 0.055 0.194 0.001 0.001 0.073 0.344 106 A 0.104 0.017 0.011 0.025 0.051 0.073 0.120 0.001 0.001 0.009 0.590 107 E 0.031 0.011 0.002 0.056 0.348 0.316 0.128 0.001 0.001 0.007 0.101 108 I 0.024 0.024 0.001 0.034 0.198 0.213 0.072 0.001 0.001 0.002 0.431 109 V 0.015 0.043 0.001 0.120 0.238 0.519 0.009 0.001 0.001 0.002 0.053 110 R 0.021 0.053 0.001 0.093 0.292 0.357 0.028 0.001 0.001 0.002 0.152 111 M 0.012 0.034 0.003 0.038 0.072 0.186 0.045 0.003 0.001 0.001 0.605 112 A 0.055 0.022 0.003 0.073 0.111 0.343 0.057 0.001 0.001 0.003 0.332 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.991 114 E 0.023 0.010 0.001 0.008 0.020 0.063 0.156 0.001 0.001 0.003 0.716 115 Q 0.418 0.096 0.001 0.009 0.011 0.015 0.072 0.002 0.001 0.009 0.367 116 K 0.258 0.111 0.005 0.007 0.007 0.013 0.023 0.007 0.001 0.006 0.564 117 L 0.218 0.149 0.041 0.023 0.012 0.029 0.063 0.005 0.001 0.005 0.454 118 A 0.116 0.073 0.007 0.020 0.015 0.021 0.061 0.003 0.001 0.004 0.680 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.993 120 A 0.026 0.019 0.003 0.009 0.005 0.012 0.181 0.001 0.001 0.002 0.741 121 R 0.158 0.091 0.002 0.013 0.004 0.009 0.188 0.001 0.001 0.007 0.527 122 R 0.092 0.345 0.004 0.013 0.007 0.016 0.065 0.002 0.001 0.004 0.453 123 K 0.029 0.410 0.002 0.011 0.004 0.005 0.055 0.001 0.001 0.002 0.479 124 V 0.028 0.619 0.002 0.005 0.004 0.005 0.040 0.001 0.001 0.001 0.294 125 L 0.017 0.906 0.002 0.002 0.003 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.054 126 I 0.007 0.954 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.028 127 Q 0.009 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 128 K 0.016 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.031 129 F 0.022 0.934 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.032 130 A 0.016 0.929 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.037 131 T 0.012 0.910 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.062 132 H 0.018 0.914 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.054 133 A 0.015 0.941 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.033 134 A 0.023 0.918 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.046 135 R 0.026 0.918 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.042 136 R 0.047 0.876 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.052 137 L 0.036 0.899 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.035 138 Q 0.033 0.879 0.010 0.003 0.004 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.053 139 A 0.101 0.655 0.010 0.005 0.005 0.005 0.007 0.059 0.001 0.001 0.152 140 L 0.249 0.534 0.016 0.010 0.009 0.013 0.012 0.064 0.001 0.001 0.092 141 R 0.221 0.376 0.047 0.021 0.011 0.016 0.059 0.065 0.001 0.002 0.181 142 D 0.121 0.224 0.053 0.043 0.031 0.040 0.082 0.050 0.001 0.007 0.348 143 P 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.974 144 E 0.007 0.003 0.010 0.008 0.002 0.003 0.798 0.001 0.001 0.008 0.159 145 G 0.498 0.015 0.003 0.012 0.003 0.006 0.250 0.002 0.001 0.067 0.144 146 H 0.246 0.201 0.027 0.057 0.011 0.018 0.100 0.005 0.001 0.013 0.321 147 G 0.044 0.063 0.017 0.086 0.028 0.030 0.131 0.004 0.001 0.014 0.583 148 I 0.123 0.074 0.016 0.071 0.047 0.079 0.115 0.005 0.001 0.007 0.463 149 F 0.135 0.104 0.004 0.054 0.051 0.117 0.094 0.005 0.001 0.007 0.429 150 E 0.052 0.056 0.004 0.037 0.028 0.048 0.109 0.005 0.001 0.005 0.656