# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 133 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.009 0.052 0.023 0.034 0.066 0.007 0.729 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 M 0.013 0.005 0.017 0.017 0.055 0.095 0.003 0.796 4 T 0.239 0.015 0.020 0.009 0.018 0.086 0.007 0.606 5 L 0.152 0.029 0.017 0.011 0.021 0.081 0.006 0.683 6 D 0.221 0.043 0.020 0.010 0.014 0.167 0.013 0.512 7 L 0.324 0.102 0.038 0.010 0.012 0.089 0.026 0.398 8 Q 0.142 0.125 0.026 0.015 0.025 0.147 0.008 0.512 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 10 G 0.019 0.187 0.012 0.012 0.043 0.153 0.004 0.571 11 Q 0.068 0.550 0.008 0.004 0.007 0.054 0.007 0.302 12 R 0.020 0.871 0.002 0.002 0.003 0.013 0.002 0.086 13 L 0.014 0.942 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.033 14 A 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 15 R 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 16 G 0.037 0.921 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.027 17 V 0.015 0.946 0.007 0.001 0.002 0.004 0.005 0.021 18 A 0.004 0.959 0.005 0.002 0.003 0.005 0.002 0.021 19 R 0.003 0.969 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.017 20 H 0.006 0.971 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 21 L 0.010 0.968 0.004 0.002 0.003 0.001 0.003 0.010 22 R 0.025 0.923 0.005 0.005 0.006 0.005 0.012 0.021 23 A 0.079 0.805 0.013 0.005 0.006 0.007 0.039 0.046 24 H 0.200 0.490 0.025 0.012 0.007 0.009 0.118 0.140 25 G 0.630 0.027 0.050 0.015 0.006 0.012 0.157 0.104 26 F 0.048 0.008 0.551 0.016 0.018 0.026 0.011 0.322 27 V 0.009 0.004 0.618 0.129 0.104 0.020 0.005 0.111 28 S 0.004 0.002 0.132 0.029 0.042 0.032 0.001 0.759 29 V 0.004 0.002 0.630 0.065 0.143 0.025 0.001 0.130 30 E 0.004 0.002 0.193 0.051 0.074 0.150 0.002 0.524 31 E 0.042 0.004 0.077 0.036 0.101 0.210 0.010 0.518 32 F 0.173 0.015 0.124 0.057 0.097 0.123 0.012 0.399 33 V 0.038 0.016 0.069 0.111 0.105 0.083 0.008 0.570 34 P 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.006 0.001 0.974 35 A 0.023 0.014 0.027 0.055 0.147 0.130 0.009 0.597 36 R 0.077 0.016 0.017 0.027 0.027 0.129 0.026 0.683 37 G 0.195 0.031 0.043 0.044 0.036 0.089 0.056 0.506 38 L 0.273 0.011 0.080 0.053 0.053 0.225 0.014 0.291 39 R 0.037 0.005 0.112 0.134 0.127 0.129 0.007 0.448 40 V 0.021 0.003 0.105 0.142 0.262 0.077 0.002 0.388 41 D 0.003 0.001 0.315 0.368 0.274 0.014 0.002 0.023 42 V 0.007 0.002 0.161 0.181 0.507 0.037 0.001 0.104 43 M 0.001 0.002 0.356 0.277 0.351 0.005 0.001 0.007 44 G 0.007 0.003 0.272 0.277 0.315 0.047 0.006 0.073 45 L 0.019 0.002 0.361 0.192 0.279 0.017 0.009 0.122 46 G 0.008 0.001 0.162 0.162 0.337 0.090 0.004 0.235 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 48 K 0.005 0.001 0.008 0.019 0.050 0.190 0.010 0.719 49 G 0.448 0.001 0.010 0.023 0.011 0.061 0.092 0.354 50 E 0.535 0.001 0.054 0.042 0.050 0.185 0.010 0.124 51 I 0.020 0.001 0.039 0.185 0.189 0.071 0.002 0.494 52 W 0.007 0.001 0.059 0.357 0.542 0.016 0.001 0.019 53 V 0.002 0.001 0.044 0.376 0.365 0.013 0.001 0.201 54 I 0.001 0.001 0.078 0.382 0.525 0.004 0.001 0.011 55 E 0.001 0.001 0.043 0.296 0.596 0.011 0.001 0.052 56 C 0.001 0.001 0.053 0.319 0.568 0.009 0.001 0.051 57 K 0.001 0.001 0.101 0.280 0.436 0.020 0.001 0.161 58 S 0.002 0.002 0.060 0.153 0.301 0.059 0.001 0.423 59 S 0.008 0.015 0.044 0.124 0.353 0.102 0.002 0.352 60 R 0.022 0.023 0.022 0.029 0.118 0.076 0.005 0.705 61 A 0.036 0.029 0.008 0.008 0.015 0.416 0.008 0.481 62 D 0.126 0.229 0.004 0.005 0.007 0.395 0.012 0.221 63 F 0.046 0.892 0.003 0.002 0.004 0.008 0.003 0.042 64 Q 0.020 0.826 0.006 0.004 0.011 0.064 0.006 0.063 65 A 0.070 0.752 0.004 0.003 0.005 0.055 0.013 0.098 66 D 0.112 0.838 0.002 0.001 0.002 0.005 0.008 0.033 67 A 0.089 0.746 0.009 0.004 0.005 0.026 0.018 0.104 68 K 0.104 0.486 0.011 0.004 0.006 0.180 0.028 0.180 69 W 0.095 0.738 0.013 0.003 0.008 0.043 0.009 0.092 70 Q 0.021 0.848 0.006 0.003 0.005 0.019 0.004 0.093 71 G 0.032 0.653 0.008 0.003 0.005 0.035 0.010 0.254 72 Y 0.083 0.724 0.010 0.003 0.009 0.023 0.012 0.137 73 L 0.044 0.808 0.006 0.004 0.007 0.017 0.009 0.105 74 E 0.061 0.709 0.006 0.006 0.007 0.038 0.019 0.154 75 W 0.144 0.652 0.010 0.005 0.006 0.026 0.024 0.133 76 C 0.070 0.754 0.020 0.010 0.012 0.018 0.018 0.098 77 D 0.044 0.566 0.048 0.028 0.026 0.041 0.042 0.204 78 R 0.142 0.335 0.098 0.033 0.043 0.074 0.051 0.225 79 Y 0.127 0.261 0.175 0.088 0.092 0.071 0.033 0.153 80 F 0.046 0.088 0.253 0.244 0.165 0.039 0.021 0.145 81 W 0.016 0.024 0.403 0.183 0.157 0.024 0.007 0.186 82 A 0.013 0.012 0.269 0.235 0.245 0.026 0.004 0.197 83 V 0.014 0.012 0.216 0.217 0.303 0.046 0.004 0.189 84 D 0.007 0.014 0.071 0.091 0.205 0.055 0.003 0.555 85 M 0.021 0.009 0.044 0.029 0.083 0.084 0.011 0.719 86 E 0.173 0.008 0.012 0.009 0.017 0.307 0.044 0.430 87 F 0.641 0.009 0.027 0.030 0.022 0.081 0.021 0.169 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 89 A 0.001 0.001 0.004 0.007 0.038 0.022 0.001 0.928 90 E 0.103 0.015 0.015 0.020 0.040 0.214 0.011 0.582 91 L 0.522 0.038 0.008 0.011 0.021 0.091 0.025 0.285 92 L 0.638 0.043 0.028 0.031 0.026 0.037 0.006 0.190 93 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 94 A 0.009 0.007 0.014 0.047 0.152 0.118 0.006 0.647 95 E 0.315 0.014 0.020 0.021 0.033 0.101 0.034 0.462 96 S 0.337 0.024 0.071 0.090 0.075 0.118 0.024 0.261 97 G 0.155 0.007 0.340 0.196 0.134 0.060 0.020 0.089 98 L 0.021 0.002 0.524 0.118 0.183 0.033 0.002 0.117 99 L 0.001 0.001 0.419 0.292 0.264 0.006 0.001 0.016 100 I 0.003 0.002 0.315 0.185 0.320 0.016 0.001 0.157 101 A 0.001 0.001 0.581 0.154 0.206 0.011 0.001 0.045 102 D 0.003 0.003 0.109 0.152 0.244 0.103 0.002 0.386 103 A 0.008 0.002 0.048 0.029 0.147 0.074 0.005 0.687 104 Y 0.025 0.002 0.014 0.015 0.029 0.414 0.008 0.493 105 D 0.189 0.005 0.009 0.019 0.015 0.282 0.037 0.443 106 A 0.128 0.027 0.039 0.033 0.044 0.131 0.007 0.590 107 E 0.045 0.059 0.087 0.222 0.305 0.137 0.005 0.141 108 I 0.030 0.078 0.042 0.135 0.212 0.054 0.005 0.444 109 V 0.025 0.152 0.123 0.201 0.345 0.027 0.007 0.120 110 R 0.020 0.237 0.075 0.206 0.224 0.029 0.008 0.201 111 M 0.020 0.175 0.054 0.055 0.167 0.025 0.033 0.471 112 A 0.133 0.065 0.049 0.068 0.099 0.082 0.022 0.482 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 114 E 0.017 0.008 0.014 0.020 0.051 0.124 0.005 0.761 115 Q 0.421 0.035 0.037 0.022 0.021 0.083 0.016 0.365 116 K 0.124 0.047 0.017 0.016 0.018 0.040 0.011 0.727 117 L 0.240 0.058 0.090 0.021 0.042 0.063 0.016 0.470 118 A 0.071 0.031 0.031 0.018 0.027 0.133 0.005 0.684 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 120 A 0.021 0.028 0.007 0.009 0.022 0.143 0.004 0.767 121 R 0.315 0.083 0.008 0.005 0.006 0.125 0.015 0.444 122 R 0.129 0.427 0.015 0.008 0.014 0.053 0.007 0.347 123 K 0.039 0.619 0.012 0.006 0.008 0.042 0.004 0.270 124 V 0.046 0.723 0.010 0.005 0.005 0.042 0.005 0.165 125 L 0.022 0.902 0.004 0.003 0.004 0.014 0.003 0.047 126 I 0.007 0.951 0.004 0.002 0.004 0.005 0.001 0.026 127 Q 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 128 K 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 129 F 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 130 A 0.009 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 131 T 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 132 H 0.013 0.958 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.021 133 A 0.013 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.023 134 A 0.022 0.939 0.002 0.001 0.001 0.006 0.006 0.023 135 R 0.018 0.950 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.021 136 R 0.021 0.943 0.004 0.001 0.001 0.004 0.005 0.022 137 L 0.011 0.958 0.007 0.001 0.002 0.002 0.003 0.015 138 Q 0.016 0.940 0.004 0.002 0.003 0.005 0.006 0.024 139 A 0.040 0.884 0.010 0.003 0.003 0.007 0.014 0.039 140 L 0.159 0.728 0.022 0.006 0.007 0.007 0.026 0.044 141 R 0.228 0.453 0.045 0.012 0.012 0.027 0.094 0.129 142 D 0.224 0.259 0.107 0.037 0.038 0.046 0.040 0.248 143 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 144 E 0.016 0.008 0.012 0.009 0.024 0.610 0.008 0.312 145 G 0.605 0.014 0.011 0.004 0.005 0.104 0.022 0.234 146 H 0.247 0.115 0.054 0.018 0.028 0.103 0.007 0.429 147 G 0.055 0.072 0.041 0.034 0.048 0.109 0.007 0.633 148 I 0.170 0.070 0.046 0.036 0.089 0.116 0.012 0.462 149 F 0.133 0.105 0.034 0.077 0.140 0.086 0.015 0.411 150 E 0.079 0.078 0.035 0.061 0.105 0.094 0.016 0.531