# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 133 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.286 0.388 0.011 0.068 0.018 0.006 0.001 0.154 0.006 0.001 2 P 0.372 0.006 0.560 0.016 0.002 0.013 0.002 0.001 0.002 0.001 0.026 3 M 0.461 0.078 0.142 0.186 0.035 0.032 0.029 0.023 0.011 0.004 0.001 4 T 0.309 0.200 0.217 0.151 0.044 0.033 0.017 0.004 0.021 0.003 0.001 5 L 0.419 0.208 0.206 0.088 0.029 0.021 0.011 0.002 0.012 0.002 0.002 6 D 0.310 0.100 0.232 0.133 0.036 0.102 0.046 0.005 0.030 0.003 0.003 7 L 0.435 0.075 0.216 0.192 0.014 0.033 0.012 0.002 0.016 0.002 0.001 8 Q 0.235 0.130 0.423 0.012 0.038 0.027 0.005 0.001 0.127 0.002 0.001 9 P 0.647 0.002 0.298 0.027 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 10 G 0.976 0.002 0.007 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.993 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.973 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.973 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 17 V 0.991 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.982 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 H 0.946 0.002 0.002 0.044 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.918 0.005 0.009 0.060 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 22 R 0.954 0.003 0.014 0.022 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.802 0.008 0.012 0.159 0.002 0.004 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 24 H 0.119 0.012 0.068 0.758 0.003 0.003 0.032 0.001 0.004 0.001 0.001 25 G 0.010 0.001 0.008 0.007 0.016 0.001 0.206 0.665 0.001 0.084 0.001 26 F 0.059 0.347 0.429 0.076 0.041 0.021 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 27 V 0.021 0.751 0.155 0.010 0.034 0.017 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 28 S 0.036 0.469 0.317 0.018 0.055 0.072 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 29 V 0.047 0.630 0.197 0.015 0.059 0.026 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 30 E 0.187 0.301 0.325 0.048 0.064 0.041 0.006 0.002 0.021 0.002 0.004 31 E 0.097 0.506 0.180 0.053 0.094 0.029 0.014 0.003 0.021 0.002 0.001 32 F 0.083 0.431 0.264 0.052 0.055 0.053 0.010 0.001 0.049 0.001 0.002 33 V 0.020 0.431 0.363 0.005 0.049 0.027 0.002 0.001 0.101 0.001 0.001 34 P 0.106 0.011 0.823 0.009 0.003 0.027 0.002 0.001 0.006 0.001 0.012 35 A 0.553 0.078 0.205 0.095 0.023 0.016 0.008 0.005 0.012 0.004 0.002 36 R 0.154 0.050 0.159 0.445 0.044 0.016 0.099 0.012 0.013 0.007 0.001 37 G 0.015 0.006 0.028 0.012 0.047 0.004 0.072 0.538 0.003 0.275 0.001 38 L 0.125 0.284 0.419 0.093 0.035 0.021 0.011 0.001 0.008 0.002 0.002 39 R 0.050 0.302 0.317 0.106 0.080 0.066 0.038 0.008 0.027 0.004 0.003 40 V 0.020 0.560 0.354 0.012 0.031 0.009 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 41 D 0.056 0.232 0.454 0.029 0.025 0.122 0.009 0.001 0.063 0.001 0.008 42 V 0.019 0.828 0.054 0.009 0.079 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 43 M 0.025 0.727 0.142 0.014 0.050 0.020 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 44 G 0.022 0.484 0.207 0.015 0.171 0.039 0.011 0.005 0.038 0.008 0.001 45 L 0.014 0.722 0.142 0.031 0.053 0.022 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 46 G 0.006 0.125 0.448 0.002 0.189 0.014 0.005 0.004 0.075 0.132 0.001 47 P 0.427 0.014 0.477 0.019 0.007 0.015 0.003 0.001 0.002 0.003 0.033 48 K 0.085 0.051 0.127 0.483 0.030 0.014 0.160 0.024 0.017 0.008 0.002 49 G 0.009 0.007 0.022 0.010 0.075 0.002 0.071 0.699 0.002 0.103 0.001 50 E 0.034 0.402 0.400 0.063 0.044 0.021 0.018 0.002 0.013 0.001 0.002 51 I 0.006 0.634 0.314 0.011 0.018 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 52 W 0.006 0.772 0.130 0.007 0.058 0.015 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 53 V 0.002 0.911 0.046 0.001 0.028 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 54 I 0.002 0.894 0.048 0.001 0.035 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 55 E 0.004 0.618 0.236 0.004 0.045 0.049 0.003 0.001 0.040 0.001 0.001 56 C 0.007 0.492 0.323 0.010 0.037 0.068 0.004 0.001 0.057 0.001 0.001 57 K 0.021 0.583 0.230 0.019 0.078 0.041 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 58 S 0.030 0.509 0.219 0.055 0.136 0.031 0.002 0.001 0.014 0.002 0.001 59 S 0.034 0.278 0.321 0.029 0.239 0.039 0.006 0.001 0.037 0.015 0.001 60 R 0.788 0.021 0.119 0.031 0.014 0.013 0.003 0.001 0.002 0.003 0.007 61 A 0.788 0.036 0.046 0.087 0.012 0.010 0.010 0.004 0.005 0.002 0.001 62 D 0.714 0.045 0.049 0.134 0.009 0.018 0.015 0.003 0.012 0.001 0.001 63 F 0.704 0.043 0.068 0.095 0.013 0.024 0.036 0.006 0.009 0.002 0.001 64 Q 0.794 0.043 0.071 0.057 0.009 0.015 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 65 A 0.831 0.019 0.037 0.082 0.007 0.012 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 66 D 0.677 0.028 0.064 0.158 0.012 0.022 0.020 0.002 0.016 0.002 0.001 67 A 0.882 0.008 0.037 0.052 0.003 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 68 K 0.794 0.027 0.052 0.090 0.008 0.009 0.011 0.003 0.004 0.001 0.001 69 W 0.479 0.095 0.226 0.112 0.012 0.034 0.009 0.001 0.031 0.001 0.001 70 Q 0.715 0.020 0.151 0.074 0.004 0.018 0.010 0.001 0.007 0.001 0.002 71 G 0.693 0.012 0.044 0.081 0.038 0.012 0.028 0.070 0.003 0.020 0.001 72 Y 0.600 0.079 0.094 0.149 0.031 0.024 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 73 L 0.696 0.090 0.125 0.035 0.011 0.021 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 74 E 0.778 0.042 0.085 0.049 0.009 0.022 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 75 W 0.511 0.070 0.075 0.251 0.028 0.027 0.020 0.004 0.013 0.002 0.001 76 C 0.339 0.113 0.147 0.181 0.065 0.026 0.079 0.015 0.024 0.012 0.001 77 D 0.264 0.085 0.158 0.230 0.053 0.037 0.131 0.022 0.014 0.005 0.001 78 R 0.114 0.366 0.157 0.188 0.094 0.018 0.038 0.009 0.011 0.003 0.001 79 Y 0.032 0.618 0.194 0.056 0.051 0.021 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 80 F 0.006 0.865 0.055 0.004 0.058 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 81 W 0.010 0.798 0.118 0.005 0.033 0.026 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 82 A 0.016 0.571 0.270 0.014 0.037 0.056 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 83 V 0.020 0.656 0.196 0.009 0.054 0.020 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 84 D 0.076 0.083 0.655 0.032 0.025 0.054 0.014 0.002 0.046 0.003 0.010 85 M 0.481 0.061 0.187 0.101 0.047 0.024 0.032 0.046 0.005 0.013 0.004 86 E 0.199 0.208 0.180 0.270 0.027 0.052 0.028 0.003 0.027 0.001 0.004 87 F 0.010 0.238 0.454 0.005 0.023 0.014 0.003 0.001 0.251 0.001 0.001 88 P 0.074 0.002 0.880 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 89 A 0.740 0.022 0.172 0.043 0.005 0.008 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 90 E 0.709 0.057 0.084 0.087 0.021 0.016 0.009 0.006 0.007 0.002 0.002 91 L 0.355 0.116 0.167 0.235 0.017 0.057 0.026 0.003 0.019 0.001 0.004 92 L 0.018 0.147 0.337 0.004 0.012 0.020 0.002 0.001 0.458 0.001 0.001 93 P 0.069 0.002 0.900 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 94 A 0.722 0.005 0.229 0.027 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 95 E 0.535 0.057 0.095 0.227 0.020 0.018 0.016 0.016 0.011 0.003 0.001 96 S 0.119 0.124 0.188 0.486 0.025 0.008 0.036 0.001 0.011 0.001 0.001 97 G 0.039 0.145 0.122 0.030 0.349 0.009 0.102 0.136 0.009 0.059 0.001 98 L 0.010 0.756 0.171 0.005 0.042 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 99 L 0.006 0.729 0.198 0.004 0.014 0.035 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 100 I 0.009 0.662 0.223 0.008 0.026 0.042 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 101 A 0.016 0.658 0.191 0.016 0.049 0.032 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 102 D 0.023 0.197 0.454 0.020 0.074 0.115 0.015 0.002 0.094 0.005 0.002 103 A 0.687 0.030 0.148 0.060 0.018 0.022 0.007 0.008 0.004 0.009 0.006 104 Y 0.278 0.055 0.040 0.513 0.027 0.014 0.049 0.009 0.008 0.005 0.001 105 D 0.114 0.056 0.045 0.444 0.036 0.030 0.226 0.024 0.020 0.004 0.001 106 A 0.365 0.267 0.200 0.078 0.035 0.013 0.028 0.003 0.009 0.002 0.001 107 E 0.365 0.312 0.203 0.039 0.027 0.036 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 108 I 0.201 0.385 0.268 0.043 0.019 0.051 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 109 V 0.215 0.445 0.199 0.048 0.024 0.036 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 110 R 0.189 0.403 0.209 0.045 0.059 0.049 0.007 0.001 0.035 0.001 0.001 111 M 0.236 0.172 0.344 0.079 0.044 0.066 0.013 0.002 0.039 0.003 0.002 112 A 0.082 0.112 0.588 0.006 0.030 0.022 0.004 0.001 0.151 0.003 0.001 113 P 0.480 0.004 0.443 0.016 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.035 114 E 0.486 0.071 0.120 0.227 0.022 0.023 0.024 0.015 0.010 0.002 0.001 115 Q 0.253 0.234 0.278 0.122 0.034 0.021 0.014 0.003 0.038 0.002 0.001 116 K 0.281 0.062 0.333 0.156 0.015 0.076 0.044 0.006 0.015 0.003 0.010 117 L 0.159 0.197 0.351 0.156 0.025 0.049 0.010 0.001 0.046 0.002 0.003 118 A 0.039 0.066 0.700 0.004 0.021 0.015 0.003 0.001 0.148 0.003 0.002 119 P 0.247 0.002 0.682 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 120 A 0.621 0.033 0.226 0.080 0.008 0.018 0.003 0.002 0.006 0.001 0.002 121 R 0.643 0.054 0.184 0.080 0.012 0.016 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 122 R 0.854 0.020 0.078 0.020 0.009 0.010 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 123 K 0.970 0.003 0.014 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.980 0.006 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 L 0.986 0.002 0.003 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 I 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 F 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 T 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 H 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 A 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 R 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.985 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.952 0.002 0.004 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Q 0.910 0.004 0.009 0.065 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 139 A 0.778 0.013 0.022 0.154 0.005 0.007 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 140 L 0.572 0.046 0.083 0.263 0.008 0.011 0.011 0.001 0.006 0.001 0.001 141 R 0.325 0.111 0.204 0.275 0.015 0.030 0.018 0.003 0.017 0.002 0.001 142 D 0.034 0.085 0.435 0.015 0.028 0.057 0.017 0.001 0.324 0.003 0.001 143 P 0.902 0.001 0.075 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 144 E 0.603 0.016 0.036 0.310 0.005 0.006 0.014 0.004 0.004 0.001 0.001 145 G 0.423 0.023 0.053 0.178 0.044 0.017 0.096 0.127 0.011 0.029 0.001 146 H 0.354 0.083 0.288 0.204 0.014 0.013 0.027 0.001 0.013 0.002 0.001 147 G 0.341 0.070 0.236 0.089 0.090 0.027 0.031 0.053 0.009 0.054 0.001 148 I 0.223 0.338 0.210 0.111 0.058 0.030 0.009 0.001 0.017 0.002 0.001 149 F 0.197 0.260 0.226 0.106 0.098 0.045 0.028 0.006 0.024 0.008 0.001 150 E 0.312 0.151 0.231 0.108 0.065 0.044 0.041 0.016 0.021 0.009 0.001