# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 133 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.112 0.242 0.137 0.025 0.243 0.012 0.014 0.071 0.044 0.059 0.041 2 P 0.076 0.229 0.094 0.019 0.189 0.028 0.040 0.176 0.092 0.034 0.024 3 M 0.059 0.120 0.056 0.016 0.097 0.026 0.076 0.249 0.167 0.103 0.031 4 T 0.098 0.084 0.034 0.011 0.130 0.011 0.027 0.264 0.178 0.113 0.049 5 L 0.037 0.136 0.050 0.016 0.094 0.032 0.057 0.306 0.172 0.078 0.024 6 D 0.074 0.128 0.055 0.013 0.150 0.015 0.056 0.250 0.086 0.133 0.041 7 L 0.064 0.165 0.064 0.013 0.116 0.015 0.034 0.220 0.105 0.160 0.046 8 Q 0.039 0.301 0.271 0.015 0.112 0.011 0.013 0.174 0.028 0.021 0.015 9 P 0.007 0.041 0.013 0.003 0.012 0.006 0.013 0.757 0.129 0.014 0.005 10 G 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.005 0.814 0.130 0.029 0.003 11 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.905 0.078 0.005 0.001 12 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.954 0.029 0.003 0.001 13 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.932 0.048 0.005 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.917 0.071 0.004 0.001 15 R 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.925 0.048 0.003 0.001 16 G 0.002 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.015 0.922 0.028 0.016 0.003 17 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.921 0.059 0.008 0.002 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.068 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.955 0.036 0.001 0.001 20 H 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.939 0.036 0.004 0.001 21 L 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.011 0.844 0.119 0.010 0.002 22 R 0.003 0.008 0.004 0.001 0.004 0.004 0.034 0.757 0.176 0.009 0.002 23 A 0.012 0.007 0.009 0.005 0.010 0.016 0.207 0.506 0.086 0.115 0.028 24 H 0.014 0.659 0.166 0.016 0.057 0.011 0.039 0.012 0.007 0.012 0.006 25 G 0.035 0.012 0.012 0.056 0.015 0.038 0.020 0.022 0.022 0.428 0.340 26 F 0.170 0.256 0.045 0.017 0.365 0.005 0.011 0.021 0.018 0.037 0.055 27 V 0.148 0.202 0.033 0.006 0.538 0.017 0.010 0.010 0.006 0.007 0.023 28 S 0.279 0.150 0.030 0.007 0.455 0.008 0.010 0.010 0.006 0.010 0.035 29 V 0.391 0.103 0.019 0.007 0.337 0.006 0.004 0.018 0.021 0.015 0.078 30 E 0.096 0.183 0.067 0.028 0.276 0.090 0.067 0.071 0.067 0.027 0.028 31 E 0.232 0.092 0.020 0.007 0.435 0.005 0.022 0.034 0.041 0.065 0.048 32 F 0.173 0.147 0.048 0.015 0.294 0.011 0.019 0.032 0.052 0.118 0.090 33 V 0.061 0.399 0.166 0.009 0.321 0.007 0.009 0.007 0.005 0.007 0.008 34 P 0.091 0.405 0.213 0.013 0.179 0.007 0.014 0.027 0.020 0.010 0.021 35 A 0.036 0.044 0.053 0.049 0.035 0.074 0.227 0.240 0.170 0.044 0.027 36 R 0.018 0.122 0.069 0.147 0.035 0.079 0.239 0.100 0.066 0.102 0.022 37 G 0.050 0.034 0.049 0.215 0.030 0.031 0.010 0.022 0.028 0.379 0.151 38 L 0.043 0.252 0.194 0.044 0.178 0.023 0.020 0.057 0.054 0.099 0.035 39 R 0.312 0.121 0.025 0.009 0.360 0.012 0.027 0.034 0.028 0.027 0.045 40 V 0.281 0.145 0.024 0.010 0.412 0.016 0.014 0.018 0.014 0.013 0.054 41 D 0.175 0.173 0.031 0.009 0.454 0.023 0.053 0.021 0.012 0.018 0.030 42 V 0.475 0.047 0.005 0.001 0.434 0.002 0.002 0.005 0.006 0.004 0.020 43 M 0.169 0.154 0.028 0.012 0.498 0.021 0.025 0.014 0.012 0.020 0.046 44 G 0.297 0.109 0.029 0.007 0.440 0.005 0.014 0.008 0.005 0.019 0.067 45 L 0.103 0.294 0.066 0.052 0.288 0.021 0.018 0.006 0.008 0.082 0.061 46 G 0.032 0.137 0.666 0.091 0.050 0.009 0.003 0.002 0.001 0.003 0.006 47 P 0.011 0.016 0.040 0.051 0.015 0.048 0.143 0.304 0.349 0.013 0.011 48 K 0.023 0.059 0.033 0.121 0.022 0.082 0.216 0.088 0.145 0.193 0.017 49 G 0.025 0.036 0.048 0.097 0.029 0.033 0.009 0.017 0.029 0.523 0.154 50 E 0.125 0.251 0.039 0.006 0.445 0.006 0.036 0.014 0.015 0.039 0.026 51 I 0.481 0.038 0.002 0.001 0.447 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 0.020 52 W 0.175 0.112 0.008 0.010 0.607 0.026 0.039 0.002 0.002 0.003 0.016 53 V 0.411 0.020 0.001 0.001 0.556 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 54 I 0.198 0.101 0.007 0.002 0.662 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 55 E 0.325 0.050 0.002 0.001 0.584 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 56 C 0.266 0.137 0.015 0.006 0.448 0.005 0.003 0.002 0.002 0.009 0.108 57 K 0.269 0.148 0.029 0.018 0.374 0.017 0.020 0.010 0.005 0.021 0.090 58 S 0.125 0.284 0.115 0.041 0.246 0.038 0.025 0.024 0.021 0.037 0.043 59 S 0.098 0.350 0.202 0.021 0.247 0.012 0.008 0.024 0.010 0.011 0.017 60 R 0.044 0.040 0.012 0.006 0.055 0.012 0.027 0.437 0.304 0.042 0.020 61 A 0.029 0.073 0.030 0.009 0.063 0.023 0.056 0.525 0.140 0.037 0.016 62 D 0.061 0.057 0.017 0.007 0.089 0.011 0.031 0.463 0.112 0.115 0.037 63 F 0.038 0.036 0.014 0.005 0.051 0.008 0.022 0.565 0.175 0.063 0.023 64 Q 0.020 0.030 0.017 0.008 0.032 0.016 0.033 0.656 0.131 0.046 0.012 65 A 0.026 0.112 0.035 0.013 0.058 0.015 0.054 0.431 0.128 0.110 0.017 66 D 0.065 0.081 0.044 0.010 0.119 0.009 0.020 0.386 0.128 0.094 0.043 67 A 0.010 0.027 0.011 0.002 0.022 0.008 0.032 0.655 0.196 0.033 0.005 68 K 0.021 0.056 0.020 0.003 0.029 0.006 0.051 0.625 0.103 0.074 0.012 69 W 0.039 0.026 0.011 0.008 0.043 0.007 0.016 0.568 0.146 0.101 0.035 70 Q 0.009 0.046 0.025 0.020 0.019 0.030 0.037 0.647 0.134 0.024 0.007 71 G 0.019 0.024 0.017 0.013 0.022 0.013 0.036 0.533 0.094 0.200 0.028 72 Y 0.061 0.046 0.014 0.006 0.073 0.004 0.016 0.528 0.122 0.103 0.026 73 L 0.026 0.038 0.010 0.004 0.065 0.010 0.013 0.619 0.178 0.025 0.010 74 E 0.027 0.026 0.014 0.004 0.042 0.014 0.065 0.639 0.134 0.026 0.008 75 W 0.044 0.028 0.016 0.008 0.049 0.013 0.066 0.512 0.149 0.097 0.017 76 C 0.105 0.069 0.026 0.022 0.123 0.025 0.044 0.310 0.132 0.104 0.042 77 D 0.087 0.077 0.034 0.027 0.111 0.052 0.085 0.247 0.118 0.113 0.048 78 R 0.116 0.132 0.035 0.012 0.227 0.025 0.102 0.128 0.069 0.117 0.038 79 Y 0.237 0.110 0.015 0.004 0.465 0.007 0.017 0.033 0.025 0.025 0.063 80 F 0.194 0.147 0.016 0.003 0.534 0.008 0.016 0.020 0.018 0.016 0.028 81 W 0.212 0.103 0.011 0.003 0.553 0.006 0.014 0.017 0.010 0.017 0.055 82 A 0.251 0.134 0.034 0.014 0.329 0.011 0.017 0.015 0.015 0.081 0.099 83 V 0.039 0.452 0.230 0.027 0.170 0.016 0.012 0.011 0.010 0.017 0.015 84 D 0.090 0.306 0.244 0.016 0.237 0.005 0.006 0.025 0.044 0.013 0.014 85 M 0.004 0.014 0.004 0.002 0.010 0.009 0.077 0.316 0.539 0.021 0.003 86 E 0.030 0.061 0.026 0.006 0.046 0.007 0.046 0.135 0.122 0.481 0.040 87 F 0.056 0.359 0.162 0.006 0.176 0.007 0.011 0.039 0.040 0.110 0.034 88 P 0.078 0.484 0.143 0.002 0.204 0.002 0.005 0.041 0.018 0.008 0.016 89 A 0.016 0.037 0.006 0.002 0.025 0.009 0.025 0.299 0.542 0.032 0.009 90 E 0.013 0.027 0.011 0.006 0.037 0.013 0.114 0.511 0.205 0.056 0.008 91 L 0.037 0.029 0.011 0.004 0.063 0.004 0.021 0.211 0.174 0.415 0.029 92 L 0.055 0.352 0.200 0.013 0.160 0.007 0.012 0.091 0.042 0.048 0.019 93 P 0.081 0.252 0.120 0.012 0.169 0.019 0.028 0.199 0.088 0.021 0.012 94 A 0.009 0.042 0.021 0.005 0.017 0.017 0.116 0.400 0.331 0.037 0.006 95 E 0.078 0.031 0.023 0.009 0.062 0.017 0.110 0.160 0.077 0.349 0.084 96 S 0.093 0.328 0.079 0.028 0.200 0.026 0.041 0.030 0.024 0.091 0.060 97 G 0.080 0.110 0.045 0.119 0.111 0.101 0.117 0.048 0.043 0.127 0.099 98 L 0.277 0.053 0.005 0.003 0.631 0.001 0.003 0.004 0.004 0.005 0.011 99 L 0.146 0.083 0.004 0.001 0.738 0.003 0.003 0.005 0.002 0.002 0.012 100 I 0.375 0.077 0.011 0.002 0.430 0.003 0.005 0.007 0.003 0.008 0.080 101 A 0.153 0.205 0.071 0.040 0.258 0.050 0.034 0.023 0.018 0.061 0.086 102 D 0.099 0.352 0.246 0.039 0.179 0.012 0.013 0.012 0.006 0.019 0.023 103 A 0.030 0.021 0.018 0.021 0.038 0.028 0.054 0.287 0.361 0.099 0.044 104 Y 0.019 0.317 0.209 0.050 0.058 0.051 0.070 0.105 0.060 0.052 0.009 105 D 0.080 0.051 0.023 0.016 0.073 0.013 0.020 0.083 0.056 0.415 0.170 106 A 0.159 0.188 0.027 0.006 0.300 0.007 0.019 0.145 0.079 0.031 0.038 107 E 0.118 0.126 0.017 0.004 0.413 0.024 0.045 0.172 0.051 0.015 0.014 108 I 0.314 0.074 0.007 0.003 0.444 0.004 0.013 0.083 0.028 0.011 0.020 109 V 0.168 0.086 0.019 0.013 0.295 0.023 0.033 0.162 0.070 0.057 0.074 110 R 0.105 0.165 0.065 0.014 0.298 0.017 0.037 0.147 0.062 0.056 0.034 111 M 0.063 0.163 0.070 0.016 0.122 0.014 0.055 0.100 0.121 0.233 0.043 112 A 0.062 0.381 0.213 0.010 0.214 0.007 0.013 0.037 0.026 0.022 0.015 113 P 0.051 0.283 0.059 0.007 0.127 0.012 0.039 0.206 0.160 0.035 0.022 114 E 0.057 0.061 0.018 0.006 0.076 0.010 0.043 0.298 0.276 0.107 0.048 115 Q 0.043 0.175 0.060 0.012 0.111 0.026 0.061 0.251 0.157 0.078 0.026 116 K 0.070 0.100 0.046 0.011 0.109 0.014 0.059 0.247 0.109 0.182 0.052 117 L 0.058 0.151 0.062 0.015 0.118 0.013 0.028 0.174 0.154 0.189 0.036 118 A 0.036 0.309 0.195 0.018 0.132 0.014 0.021 0.162 0.071 0.029 0.014 119 P 0.015 0.066 0.026 0.005 0.033 0.009 0.042 0.526 0.224 0.045 0.009 120 A 0.009 0.041 0.017 0.003 0.018 0.004 0.029 0.665 0.143 0.062 0.008 121 R 0.013 0.034 0.013 0.001 0.018 0.002 0.005 0.752 0.099 0.052 0.011 122 R 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.911 0.069 0.004 0.001 123 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.036 0.002 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.018 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.001 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.001 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.024 0.001 0.001 128 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.969 0.022 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.034 0.005 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.055 0.004 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.045 0.002 0.001 132 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.955 0.036 0.002 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.041 0.006 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.057 0.003 0.001 135 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.938 0.055 0.002 0.001 136 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.942 0.040 0.005 0.001 137 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.878 0.075 0.014 0.003 138 Q 0.005 0.006 0.002 0.001 0.007 0.002 0.015 0.791 0.151 0.015 0.004 139 A 0.011 0.011 0.005 0.002 0.018 0.005 0.048 0.698 0.151 0.043 0.009 140 L 0.033 0.052 0.019 0.004 0.058 0.008 0.072 0.564 0.120 0.054 0.016 141 R 0.050 0.063 0.028 0.015 0.075 0.035 0.098 0.193 0.097 0.296 0.051 142 D 0.100 0.309 0.161 0.006 0.316 0.003 0.005 0.041 0.016 0.021 0.022 143 P 0.013 0.019 0.007 0.003 0.019 0.016 0.059 0.459 0.342 0.051 0.011 144 E 0.019 0.073 0.054 0.017 0.039 0.024 0.136 0.393 0.134 0.099 0.012 145 G 0.064 0.047 0.019 0.013 0.061 0.011 0.021 0.179 0.100 0.387 0.098 146 H 0.066 0.119 0.056 0.032 0.115 0.028 0.035 0.209 0.142 0.149 0.050 147 G 0.044 0.102 0.067 0.034 0.088 0.052 0.071 0.258 0.125 0.127 0.031 148 I 0.090 0.085 0.042 0.024 0.124 0.018 0.051 0.167 0.106 0.241 0.050 149 F 0.090 0.208 0.114 0.029 0.219 0.020 0.024 0.111 0.068 0.079 0.039 150 E 0.072 0.181 0.118 0.030 0.149 0.032 0.049 0.193 0.088 0.056 0.032