# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 133 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.355 0.181 0.142 0.146 0.114 0.053 0.008 2 P 0.484 0.243 0.145 0.079 0.033 0.013 0.002 3 M 0.384 0.247 0.182 0.120 0.045 0.019 0.003 4 T 0.339 0.205 0.183 0.150 0.084 0.034 0.005 5 L 0.326 0.211 0.183 0.157 0.084 0.034 0.004 6 D 0.380 0.316 0.161 0.084 0.039 0.018 0.002 7 L 0.170 0.130 0.174 0.255 0.185 0.076 0.009 8 Q 0.354 0.323 0.172 0.086 0.048 0.015 0.002 9 P 0.233 0.267 0.203 0.174 0.083 0.035 0.005 10 G 0.125 0.199 0.239 0.223 0.142 0.064 0.007 11 Q 0.115 0.214 0.255 0.251 0.116 0.045 0.004 12 R 0.041 0.127 0.264 0.281 0.201 0.075 0.011 13 L 0.018 0.027 0.037 0.114 0.286 0.408 0.110 14 A 0.017 0.083 0.186 0.323 0.236 0.141 0.014 15 R 0.067 0.198 0.262 0.262 0.127 0.073 0.010 16 G 0.023 0.069 0.173 0.272 0.278 0.151 0.033 17 V 0.005 0.011 0.017 0.052 0.193 0.495 0.227 18 A 0.013 0.048 0.115 0.216 0.280 0.254 0.076 19 R 0.043 0.155 0.251 0.256 0.160 0.109 0.025 20 H 0.018 0.045 0.096 0.197 0.311 0.272 0.061 21 L 0.021 0.033 0.057 0.132 0.270 0.374 0.113 22 R 0.071 0.165 0.230 0.256 0.172 0.089 0.018 23 A 0.188 0.282 0.223 0.165 0.087 0.045 0.009 24 H 0.072 0.137 0.218 0.275 0.186 0.096 0.017 25 G 0.074 0.166 0.177 0.206 0.209 0.141 0.027 26 F 0.015 0.030 0.061 0.147 0.309 0.345 0.093 27 V 0.014 0.032 0.066 0.126 0.258 0.341 0.162 28 S 0.004 0.009 0.019 0.042 0.100 0.359 0.468 29 V 0.002 0.005 0.011 0.027 0.084 0.310 0.562 30 E 0.011 0.035 0.071 0.121 0.202 0.298 0.261 31 E 0.011 0.030 0.051 0.114 0.214 0.352 0.228 32 F 0.009 0.018 0.031 0.086 0.213 0.450 0.194 33 V 0.042 0.103 0.156 0.223 0.233 0.194 0.047 34 P 0.090 0.149 0.181 0.232 0.192 0.128 0.028 35 A 0.214 0.228 0.199 0.176 0.114 0.058 0.011 36 R 0.246 0.249 0.212 0.159 0.079 0.044 0.011 37 G 0.213 0.207 0.171 0.160 0.148 0.080 0.021 38 L 0.056 0.091 0.130 0.197 0.272 0.198 0.056 39 R 0.016 0.043 0.089 0.156 0.232 0.313 0.151 40 V 0.003 0.004 0.009 0.027 0.098 0.377 0.482 41 D 0.002 0.005 0.015 0.032 0.116 0.336 0.494 42 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.034 0.231 0.723 43 M 0.001 0.002 0.003 0.009 0.036 0.242 0.707 44 G 0.002 0.006 0.011 0.028 0.082 0.361 0.511 45 L 0.007 0.020 0.052 0.142 0.254 0.345 0.179 46 G 0.041 0.118 0.183 0.278 0.204 0.148 0.028 47 P 0.207 0.256 0.213 0.154 0.112 0.052 0.006 48 K 0.367 0.332 0.155 0.083 0.040 0.019 0.004 49 G 0.133 0.175 0.183 0.220 0.188 0.086 0.016 50 E 0.050 0.142 0.185 0.228 0.210 0.154 0.030 51 I 0.019 0.033 0.061 0.135 0.288 0.346 0.118 52 W 0.009 0.026 0.057 0.112 0.209 0.393 0.194 53 V 0.004 0.007 0.018 0.039 0.105 0.351 0.476 54 I 0.001 0.003 0.006 0.012 0.049 0.265 0.665 55 E 0.003 0.008 0.016 0.033 0.089 0.273 0.579 56 C 0.002 0.005 0.011 0.034 0.099 0.346 0.502 57 K 0.009 0.026 0.053 0.122 0.234 0.361 0.196 58 S 0.013 0.028 0.054 0.118 0.242 0.374 0.170 59 S 0.038 0.095 0.130 0.167 0.226 0.252 0.092 60 R 0.075 0.150 0.208 0.249 0.184 0.110 0.024 61 A 0.326 0.309 0.143 0.100 0.079 0.037 0.005 62 D 0.135 0.205 0.211 0.225 0.139 0.073 0.012 63 F 0.095 0.062 0.111 0.224 0.282 0.193 0.033 64 Q 0.234 0.283 0.230 0.149 0.073 0.029 0.004 65 A 0.269 0.262 0.200 0.147 0.083 0.035 0.005 66 D 0.222 0.267 0.204 0.173 0.094 0.036 0.004 67 A 0.196 0.256 0.204 0.176 0.119 0.044 0.004 68 K 0.111 0.164 0.199 0.231 0.192 0.089 0.014 69 W 0.070 0.102 0.169 0.233 0.253 0.153 0.020 70 Q 0.193 0.265 0.271 0.180 0.067 0.021 0.002 71 G 0.266 0.341 0.192 0.118 0.060 0.020 0.003 72 Y 0.038 0.067 0.088 0.197 0.288 0.265 0.055 73 L 0.041 0.085 0.181 0.300 0.253 0.125 0.014 74 E 0.141 0.320 0.287 0.161 0.061 0.026 0.004 75 W 0.031 0.063 0.129 0.253 0.306 0.180 0.038 76 C 0.018 0.036 0.066 0.150 0.290 0.346 0.094 77 D 0.023 0.101 0.224 0.272 0.201 0.141 0.039 78 R 0.016 0.055 0.170 0.277 0.240 0.168 0.074 79 Y 0.001 0.003 0.005 0.018 0.116 0.521 0.337 80 F 0.002 0.010 0.026 0.086 0.209 0.443 0.224 81 W 0.003 0.011 0.029 0.101 0.164 0.415 0.277 82 A 0.003 0.012 0.036 0.093 0.202 0.417 0.237 83 V 0.007 0.022 0.061 0.154 0.307 0.358 0.091 84 D 0.110 0.272 0.267 0.206 0.105 0.037 0.004 85 M 0.279 0.373 0.181 0.114 0.041 0.011 0.001 86 E 0.363 0.382 0.152 0.068 0.028 0.007 0.001 87 F 0.064 0.077 0.197 0.346 0.260 0.054 0.002 88 P 0.419 0.382 0.131 0.046 0.018 0.004 0.001 89 A 0.446 0.310 0.140 0.076 0.023 0.005 0.001 90 E 0.468 0.339 0.129 0.048 0.014 0.002 0.001 91 L 0.132 0.291 0.287 0.209 0.068 0.012 0.001 92 L 0.051 0.074 0.165 0.273 0.344 0.088 0.005 93 P 0.096 0.203 0.241 0.252 0.157 0.048 0.003 94 A 0.255 0.352 0.218 0.105 0.050 0.018 0.002 95 E 0.078 0.171 0.328 0.299 0.084 0.035 0.006 96 S 0.009 0.023 0.062 0.140 0.340 0.353 0.072 97 G 0.003 0.009 0.023 0.064 0.199 0.471 0.231 98 L 0.002 0.004 0.008 0.020 0.075 0.375 0.516 99 L 0.001 0.003 0.008 0.020 0.068 0.333 0.568 100 I 0.003 0.011 0.034 0.103 0.217 0.301 0.330 101 A 0.003 0.013 0.033 0.060 0.200 0.477 0.214 102 D 0.031 0.135 0.222 0.282 0.208 0.108 0.014 103 A 0.179 0.317 0.208 0.159 0.087 0.046 0.006 104 Y 0.064 0.125 0.283 0.305 0.163 0.054 0.004 105 D 0.207 0.351 0.252 0.124 0.044 0.019 0.002 106 A 0.031 0.055 0.116 0.273 0.351 0.160 0.013 107 E 0.103 0.319 0.249 0.200 0.096 0.033 0.002 108 I 0.028 0.091 0.157 0.264 0.272 0.176 0.014 109 V 0.028 0.066 0.114 0.225 0.319 0.226 0.023 110 R 0.059 0.165 0.275 0.267 0.181 0.050 0.003 111 M 0.169 0.332 0.250 0.157 0.072 0.018 0.001 112 A 0.126 0.181 0.253 0.258 0.145 0.036 0.002 113 P 0.334 0.288 0.192 0.122 0.053 0.012 0.001 114 E 0.582 0.281 0.090 0.034 0.010 0.002 0.001 115 Q 0.533 0.282 0.119 0.051 0.013 0.002 0.001 116 K 0.446 0.355 0.133 0.050 0.014 0.002 0.001 117 L 0.144 0.131 0.232 0.291 0.163 0.037 0.002 118 A 0.449 0.307 0.151 0.065 0.023 0.005 0.001 119 P 0.575 0.288 0.094 0.032 0.009 0.002 0.001 120 A 0.332 0.250 0.199 0.145 0.060 0.014 0.001 121 R 0.200 0.261 0.226 0.178 0.098 0.033 0.003 122 R 0.096 0.134 0.198 0.244 0.209 0.106 0.014 123 K 0.174 0.262 0.241 0.183 0.095 0.041 0.004 124 V 0.140 0.169 0.202 0.225 0.169 0.082 0.013 125 L 0.062 0.099 0.133 0.196 0.231 0.217 0.063 126 I 0.052 0.074 0.118 0.198 0.248 0.233 0.076 127 Q 0.113 0.193 0.234 0.216 0.138 0.085 0.021 128 K 0.084 0.155 0.212 0.238 0.178 0.107 0.027 129 F 0.045 0.042 0.058 0.142 0.230 0.337 0.146 130 A 0.046 0.075 0.105 0.184 0.247 0.259 0.084 131 T 0.088 0.153 0.211 0.223 0.169 0.121 0.035 132 H 0.099 0.157 0.190 0.226 0.189 0.113 0.026 133 A 0.098 0.160 0.175 0.210 0.186 0.138 0.033 134 A 0.084 0.100 0.147 0.234 0.240 0.160 0.035 135 R 0.198 0.223 0.218 0.181 0.115 0.056 0.010 136 R 0.139 0.206 0.214 0.214 0.140 0.074 0.013 137 L 0.075 0.087 0.116 0.214 0.276 0.198 0.034 138 Q 0.148 0.204 0.214 0.208 0.149 0.069 0.008 139 A 0.180 0.247 0.237 0.191 0.098 0.043 0.005 140 L 0.126 0.117 0.180 0.239 0.218 0.107 0.013 141 R 0.235 0.238 0.217 0.181 0.090 0.035 0.003 142 D 0.420 0.250 0.159 0.101 0.048 0.020 0.002 143 P 0.493 0.216 0.132 0.101 0.042 0.015 0.002 144 E 0.659 0.216 0.072 0.033 0.013 0.005 0.001 145 G 0.461 0.206 0.135 0.114 0.057 0.023 0.003 146 H 0.435 0.258 0.146 0.088 0.050 0.020 0.002 147 G 0.331 0.234 0.171 0.139 0.080 0.040 0.005 148 I 0.326 0.211 0.176 0.146 0.088 0.046 0.007 149 F 0.399 0.179 0.167 0.142 0.072 0.036 0.006 150 E 0.706 0.187 0.063 0.027 0.011 0.005 0.001