# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 133 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.172 0.098 0.112 0.129 0.136 0.123 0.089 0.055 0.039 0.026 0.015 0.006 0.002 0.001 2 P 0.229 0.138 0.131 0.132 0.124 0.090 0.062 0.041 0.027 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 3 M 0.202 0.137 0.120 0.151 0.131 0.092 0.065 0.046 0.026 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 4 T 0.163 0.113 0.120 0.127 0.137 0.112 0.089 0.063 0.040 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 5 L 0.194 0.114 0.124 0.150 0.136 0.112 0.070 0.044 0.024 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 6 D 0.293 0.172 0.156 0.126 0.108 0.059 0.038 0.020 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 7 L 0.128 0.062 0.075 0.124 0.153 0.161 0.111 0.081 0.049 0.035 0.013 0.005 0.002 0.001 8 Q 0.245 0.202 0.157 0.152 0.106 0.058 0.038 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 9 P 0.175 0.109 0.125 0.140 0.139 0.125 0.078 0.048 0.033 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 10 G 0.087 0.087 0.115 0.180 0.216 0.128 0.083 0.048 0.033 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 11 Q 0.272 0.178 0.142 0.132 0.094 0.077 0.047 0.029 0.015 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 12 R 0.150 0.148 0.156 0.167 0.166 0.093 0.058 0.037 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 13 L 0.019 0.013 0.027 0.058 0.098 0.171 0.210 0.243 0.090 0.047 0.015 0.006 0.003 0.001 14 A 0.044 0.063 0.109 0.170 0.233 0.180 0.098 0.051 0.030 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 15 R 0.227 0.172 0.151 0.148 0.130 0.066 0.043 0.027 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 16 G 0.061 0.065 0.093 0.166 0.166 0.177 0.140 0.078 0.030 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 17 V 0.012 0.012 0.025 0.053 0.106 0.166 0.219 0.192 0.136 0.049 0.019 0.007 0.003 0.001 18 A 0.042 0.055 0.076 0.132 0.166 0.194 0.141 0.094 0.053 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 19 R 0.251 0.224 0.185 0.124 0.097 0.053 0.029 0.016 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 20 H 0.058 0.052 0.089 0.158 0.179 0.173 0.147 0.080 0.035 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 21 L 0.040 0.041 0.071 0.131 0.189 0.177 0.153 0.101 0.066 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 22 R 0.199 0.189 0.174 0.182 0.105 0.065 0.042 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 23 A 0.357 0.233 0.160 0.097 0.066 0.041 0.021 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 24 H 0.074 0.092 0.124 0.171 0.183 0.143 0.093 0.057 0.032 0.018 0.010 0.002 0.001 0.001 25 G 0.091 0.112 0.125 0.134 0.162 0.135 0.109 0.059 0.037 0.016 0.012 0.004 0.002 0.002 26 F 0.016 0.019 0.032 0.065 0.129 0.150 0.154 0.120 0.117 0.087 0.055 0.027 0.018 0.010 27 V 0.017 0.011 0.020 0.038 0.054 0.090 0.130 0.122 0.143 0.117 0.116 0.074 0.044 0.026 28 S 0.008 0.005 0.007 0.015 0.028 0.044 0.060 0.094 0.142 0.171 0.166 0.143 0.076 0.041 29 V 0.008 0.004 0.005 0.009 0.014 0.028 0.046 0.099 0.127 0.147 0.190 0.189 0.104 0.030 30 E 0.020 0.021 0.026 0.050 0.059 0.076 0.106 0.141 0.132 0.125 0.114 0.073 0.036 0.022 31 E 0.017 0.021 0.029 0.050 0.080 0.099 0.132 0.139 0.146 0.118 0.090 0.051 0.015 0.013 32 F 0.016 0.021 0.032 0.052 0.085 0.128 0.132 0.189 0.144 0.104 0.055 0.024 0.013 0.006 33 V 0.062 0.078 0.098 0.128 0.154 0.133 0.116 0.094 0.069 0.036 0.017 0.010 0.004 0.003 34 P 0.066 0.060 0.080 0.121 0.147 0.154 0.124 0.097 0.071 0.048 0.019 0.008 0.004 0.002 35 A 0.094 0.105 0.123 0.159 0.168 0.130 0.090 0.054 0.043 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 36 R 0.110 0.131 0.165 0.185 0.148 0.097 0.071 0.043 0.023 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 37 G 0.118 0.132 0.143 0.140 0.145 0.125 0.080 0.048 0.034 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 38 L 0.024 0.041 0.065 0.131 0.176 0.155 0.133 0.094 0.067 0.060 0.035 0.012 0.006 0.003 39 R 0.011 0.026 0.037 0.082 0.093 0.125 0.154 0.158 0.126 0.083 0.063 0.025 0.010 0.008 40 V 0.001 0.002 0.004 0.010 0.018 0.039 0.084 0.156 0.215 0.150 0.145 0.103 0.048 0.025 41 D 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.016 0.041 0.176 0.165 0.183 0.194 0.094 0.078 0.038 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.027 0.056 0.118 0.183 0.249 0.198 0.154 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.036 0.075 0.164 0.175 0.213 0.169 0.149 44 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.015 0.032 0.074 0.116 0.157 0.184 0.177 0.123 0.109 45 L 0.002 0.002 0.003 0.010 0.016 0.046 0.079 0.120 0.130 0.159 0.192 0.117 0.077 0.047 46 G 0.009 0.027 0.039 0.101 0.149 0.144 0.158 0.125 0.121 0.059 0.034 0.018 0.007 0.007 47 P 0.020 0.056 0.077 0.144 0.153 0.148 0.133 0.113 0.073 0.043 0.027 0.007 0.003 0.002 48 K 0.067 0.159 0.157 0.140 0.133 0.130 0.083 0.062 0.042 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 49 G 0.023 0.058 0.089 0.123 0.170 0.160 0.139 0.110 0.060 0.040 0.019 0.005 0.003 0.002 50 E 0.017 0.039 0.070 0.103 0.160 0.161 0.153 0.113 0.079 0.052 0.031 0.010 0.006 0.004 51 I 0.004 0.006 0.011 0.024 0.046 0.078 0.125 0.126 0.170 0.150 0.124 0.070 0.040 0.028 52 W 0.001 0.002 0.004 0.007 0.013 0.025 0.053 0.120 0.152 0.183 0.212 0.116 0.071 0.040 53 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.050 0.084 0.145 0.207 0.227 0.179 0.083 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.037 0.084 0.179 0.205 0.281 0.128 0.071 55 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.031 0.121 0.147 0.200 0.236 0.121 0.067 0.054 56 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.020 0.053 0.102 0.151 0.242 0.208 0.117 0.093 57 K 0.002 0.005 0.010 0.021 0.044 0.053 0.106 0.207 0.205 0.164 0.078 0.056 0.023 0.027 58 S 0.002 0.005 0.006 0.011 0.025 0.050 0.073 0.225 0.176 0.173 0.131 0.065 0.042 0.014 59 S 0.013 0.027 0.046 0.080 0.122 0.162 0.162 0.128 0.101 0.073 0.042 0.022 0.010 0.010 60 R 0.035 0.063 0.083 0.119 0.175 0.121 0.121 0.089 0.082 0.063 0.030 0.013 0.004 0.004 61 A 0.102 0.070 0.090 0.106 0.120 0.147 0.120 0.089 0.067 0.040 0.029 0.010 0.005 0.003 62 D 0.089 0.098 0.103 0.151 0.167 0.125 0.103 0.072 0.049 0.023 0.012 0.005 0.002 0.002 63 F 0.084 0.042 0.053 0.086 0.123 0.140 0.134 0.128 0.084 0.069 0.033 0.016 0.007 0.002 64 Q 0.260 0.182 0.163 0.138 0.097 0.059 0.045 0.028 0.016 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 65 A 0.165 0.087 0.098 0.128 0.148 0.131 0.090 0.058 0.043 0.029 0.015 0.005 0.002 0.001 66 D 0.163 0.124 0.141 0.166 0.168 0.101 0.061 0.036 0.022 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 67 A 0.400 0.165 0.134 0.111 0.081 0.050 0.026 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 68 K 0.233 0.149 0.140 0.172 0.148 0.077 0.039 0.021 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 69 W 0.134 0.093 0.119 0.171 0.172 0.139 0.079 0.046 0.028 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.576 0.208 0.115 0.054 0.027 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 G 0.468 0.225 0.145 0.079 0.045 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.085 0.059 0.070 0.154 0.228 0.187 0.103 0.059 0.040 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 73 L 0.188 0.205 0.183 0.198 0.115 0.054 0.033 0.015 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 74 E 0.546 0.256 0.122 0.040 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 W 0.068 0.076 0.118 0.163 0.213 0.168 0.100 0.056 0.022 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 76 C 0.023 0.036 0.067 0.121 0.188 0.183 0.178 0.124 0.043 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 77 D 0.085 0.112 0.111 0.139 0.146 0.130 0.114 0.077 0.043 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 78 R 0.021 0.029 0.054 0.085 0.130 0.157 0.162 0.108 0.098 0.064 0.050 0.026 0.011 0.007 79 Y 0.008 0.006 0.014 0.028 0.056 0.096 0.122 0.108 0.148 0.134 0.131 0.083 0.039 0.027 80 F 0.009 0.007 0.012 0.025 0.041 0.063 0.107 0.114 0.153 0.132 0.123 0.111 0.057 0.047 81 W 0.007 0.004 0.007 0.013 0.021 0.040 0.059 0.137 0.155 0.164 0.164 0.110 0.085 0.033 82 A 0.010 0.007 0.010 0.022 0.040 0.055 0.085 0.137 0.152 0.148 0.135 0.104 0.064 0.031 83 V 0.012 0.013 0.018 0.049 0.071 0.120 0.141 0.121 0.123 0.131 0.114 0.054 0.021 0.011 84 D 0.066 0.088 0.111 0.140 0.175 0.133 0.105 0.061 0.063 0.024 0.019 0.009 0.003 0.002 85 M 0.096 0.109 0.113 0.172 0.166 0.133 0.090 0.054 0.032 0.020 0.011 0.003 0.001 0.001 86 E 0.241 0.224 0.158 0.133 0.111 0.057 0.034 0.020 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 87 F 0.129 0.089 0.141 0.158 0.169 0.140 0.087 0.047 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 88 P 0.362 0.166 0.180 0.113 0.096 0.042 0.021 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 A 0.385 0.145 0.120 0.135 0.103 0.054 0.026 0.016 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 90 E 0.562 0.239 0.093 0.056 0.030 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.221 0.161 0.173 0.176 0.137 0.064 0.031 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 92 L 0.124 0.101 0.129 0.194 0.179 0.134 0.072 0.038 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 93 P 0.142 0.129 0.148 0.176 0.156 0.111 0.060 0.036 0.023 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 94 A 0.126 0.143 0.139 0.172 0.144 0.097 0.077 0.050 0.024 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 95 E 0.046 0.084 0.107 0.127 0.153 0.157 0.112 0.067 0.058 0.033 0.036 0.010 0.006 0.004 96 S 0.004 0.005 0.011 0.028 0.058 0.096 0.139 0.139 0.161 0.121 0.113 0.069 0.035 0.022 97 G 0.002 0.002 0.004 0.009 0.017 0.038 0.076 0.143 0.164 0.163 0.177 0.105 0.065 0.035 98 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.022 0.063 0.103 0.150 0.229 0.212 0.134 0.067 99 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.021 0.063 0.103 0.168 0.210 0.206 0.138 0.074 100 I 0.002 0.002 0.004 0.010 0.019 0.032 0.060 0.098 0.158 0.186 0.168 0.139 0.059 0.064 101 A 0.003 0.004 0.006 0.012 0.021 0.049 0.076 0.156 0.165 0.160 0.172 0.097 0.057 0.023 102 D 0.018 0.042 0.056 0.105 0.141 0.145 0.154 0.123 0.093 0.055 0.036 0.018 0.008 0.008 103 A 0.031 0.059 0.078 0.118 0.171 0.143 0.128 0.091 0.091 0.053 0.024 0.008 0.003 0.002 104 Y 0.075 0.091 0.130 0.142 0.153 0.154 0.104 0.068 0.041 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 105 D 0.204 0.180 0.169 0.130 0.130 0.073 0.046 0.029 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 106 A 0.051 0.039 0.059 0.108 0.172 0.173 0.131 0.103 0.068 0.061 0.022 0.009 0.004 0.001 107 E 0.212 0.176 0.126 0.157 0.118 0.073 0.057 0.037 0.023 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 108 I 0.070 0.061 0.080 0.111 0.131 0.135 0.127 0.130 0.071 0.042 0.027 0.010 0.004 0.002 109 V 0.035 0.027 0.044 0.075 0.121 0.156 0.162 0.168 0.100 0.060 0.028 0.015 0.006 0.002 110 R 0.112 0.109 0.137 0.160 0.155 0.114 0.080 0.060 0.033 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 111 M 0.222 0.129 0.126 0.138 0.143 0.087 0.059 0.038 0.031 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 112 A 0.095 0.071 0.093 0.153 0.163 0.146 0.114 0.077 0.047 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 113 P 0.254 0.174 0.163 0.147 0.109 0.071 0.041 0.020 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 114 E 0.373 0.174 0.166 0.115 0.086 0.040 0.022 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 115 Q 0.437 0.171 0.116 0.104 0.077 0.048 0.024 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 116 K 0.401 0.209 0.139 0.102 0.077 0.035 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.126 0.070 0.088 0.146 0.184 0.148 0.105 0.071 0.034 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 118 A 0.333 0.156 0.135 0.132 0.105 0.068 0.037 0.017 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 119 P 0.452 0.179 0.146 0.092 0.063 0.030 0.018 0.009 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 120 A 0.237 0.097 0.101 0.135 0.144 0.124 0.079 0.044 0.020 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 121 R 0.206 0.148 0.152 0.156 0.141 0.084 0.054 0.031 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 122 R 0.197 0.108 0.115 0.144 0.145 0.124 0.073 0.046 0.024 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 123 K 0.250 0.165 0.154 0.147 0.133 0.070 0.038 0.020 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 124 V 0.168 0.102 0.114 0.149 0.143 0.122 0.080 0.062 0.030 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 125 L 0.066 0.059 0.074 0.136 0.176 0.171 0.130 0.102 0.049 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 126 I 0.049 0.037 0.056 0.100 0.129 0.162 0.163 0.142 0.085 0.046 0.020 0.008 0.003 0.001 127 Q 0.216 0.188 0.158 0.135 0.110 0.081 0.049 0.031 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 128 K 0.183 0.157 0.154 0.150 0.136 0.095 0.056 0.033 0.019 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 129 F 0.031 0.028 0.046 0.109 0.156 0.183 0.188 0.142 0.073 0.030 0.009 0.003 0.001 0.001 130 A 0.048 0.053 0.088 0.131 0.166 0.192 0.159 0.084 0.046 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 131 T 0.271 0.227 0.176 0.125 0.092 0.048 0.029 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 132 H 0.141 0.113 0.136 0.164 0.156 0.128 0.084 0.043 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 133 A 0.080 0.074 0.114 0.157 0.205 0.149 0.111 0.057 0.034 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 134 A 0.113 0.085 0.115 0.153 0.163 0.143 0.106 0.061 0.034 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 135 R 0.351 0.190 0.144 0.117 0.084 0.056 0.028 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 136 R 0.160 0.124 0.128 0.176 0.180 0.094 0.057 0.036 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 137 L 0.046 0.040 0.062 0.123 0.157 0.171 0.159 0.134 0.063 0.030 0.009 0.003 0.001 0.001 138 Q 0.192 0.131 0.146 0.150 0.135 0.102 0.061 0.042 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 139 A 0.294 0.160 0.147 0.141 0.109 0.061 0.039 0.022 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 140 L 0.111 0.069 0.084 0.149 0.177 0.158 0.109 0.068 0.039 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 141 R 0.248 0.164 0.175 0.143 0.112 0.073 0.044 0.022 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 142 D 0.424 0.159 0.133 0.102 0.084 0.047 0.023 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 143 P 0.381 0.162 0.118 0.125 0.098 0.056 0.028 0.014 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 144 E 0.429 0.204 0.134 0.093 0.062 0.035 0.020 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 145 G 0.247 0.131 0.123 0.133 0.129 0.102 0.063 0.035 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 146 H 0.277 0.163 0.152 0.127 0.108 0.075 0.048 0.025 0.013 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 147 G 0.265 0.136 0.120 0.129 0.118 0.091 0.059 0.039 0.020 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 148 I 0.157 0.106 0.108 0.137 0.149 0.118 0.093 0.064 0.038 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 149 F 0.135 0.085 0.105 0.133 0.140 0.147 0.100 0.065 0.038 0.029 0.014 0.006 0.002 0.001 150 E 0.411 0.194 0.148 0.093 0.065 0.037 0.024 0.012 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001