# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 129 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.011 0.850 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.005 0.088 0.009 0.008 0.017 2 P 0.001 0.014 0.651 0.004 0.079 0.024 0.001 0.001 0.006 0.110 0.090 0.007 0.014 3 M 0.001 0.017 0.309 0.004 0.226 0.042 0.001 0.001 0.008 0.159 0.212 0.010 0.012 4 T 0.001 0.018 0.312 0.003 0.341 0.062 0.001 0.001 0.007 0.102 0.124 0.005 0.024 5 L 0.001 0.030 0.379 0.003 0.180 0.074 0.001 0.001 0.019 0.142 0.120 0.030 0.021 6 D 0.001 0.041 0.452 0.002 0.089 0.102 0.001 0.001 0.017 0.130 0.110 0.011 0.045 7 L 0.001 0.039 0.415 0.003 0.040 0.231 0.001 0.001 0.010 0.158 0.078 0.012 0.012 8 Q 0.001 0.010 0.534 0.002 0.017 0.224 0.001 0.001 0.004 0.164 0.030 0.009 0.006 9 P 0.001 0.003 0.130 0.001 0.026 0.742 0.001 0.001 0.002 0.036 0.055 0.001 0.005 10 G 0.001 0.001 0.014 0.001 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 11 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 16 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 22 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.067 0.872 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.014 0.001 0.093 0.708 0.001 0.001 0.002 0.015 0.163 0.001 0.002 24 H 0.001 0.002 0.046 0.002 0.021 0.121 0.001 0.001 0.003 0.067 0.736 0.001 0.002 25 G 0.001 0.002 0.085 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.003 0.163 0.725 0.002 0.001 26 F 0.002 0.013 0.743 0.002 0.007 0.009 0.002 0.004 0.028 0.117 0.045 0.005 0.023 27 V 0.014 0.040 0.329 0.005 0.004 0.007 0.012 0.059 0.309 0.117 0.009 0.062 0.031 28 S 0.013 0.019 0.243 0.010 0.011 0.008 0.025 0.103 0.399 0.026 0.009 0.034 0.101 29 V 0.009 0.014 0.299 0.045 0.056 0.021 0.032 0.075 0.300 0.043 0.023 0.026 0.059 30 E 0.017 0.009 0.248 0.040 0.077 0.030 0.029 0.037 0.270 0.083 0.046 0.069 0.046 31 E 0.020 0.020 0.255 0.013 0.085 0.028 0.019 0.026 0.222 0.103 0.046 0.042 0.120 32 F 0.023 0.056 0.476 0.015 0.023 0.013 0.008 0.007 0.066 0.141 0.033 0.060 0.077 33 V 0.007 0.019 0.685 0.005 0.008 0.004 0.001 0.001 0.028 0.095 0.012 0.088 0.047 34 P 0.002 0.023 0.666 0.003 0.032 0.010 0.001 0.001 0.008 0.095 0.073 0.006 0.081 35 A 0.001 0.011 0.275 0.009 0.084 0.021 0.001 0.001 0.003 0.146 0.423 0.017 0.010 36 R 0.001 0.003 0.031 0.003 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 0.127 0.792 0.002 0.003 37 G 0.001 0.011 0.143 0.002 0.017 0.005 0.001 0.001 0.002 0.290 0.517 0.004 0.008 38 L 0.003 0.038 0.663 0.008 0.007 0.004 0.001 0.001 0.017 0.149 0.010 0.051 0.050 39 R 0.019 0.040 0.284 0.032 0.008 0.006 0.015 0.004 0.158 0.061 0.010 0.137 0.225 40 V 0.046 0.007 0.144 0.206 0.008 0.002 0.037 0.032 0.199 0.016 0.010 0.046 0.246 41 D 0.063 0.002 0.066 0.252 0.004 0.001 0.132 0.073 0.156 0.018 0.003 0.201 0.029 42 V 0.170 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 0.157 0.315 0.273 0.003 0.001 0.011 0.052 43 M 0.144 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.196 0.448 0.158 0.001 0.001 0.020 0.017 44 G 0.187 0.003 0.012 0.006 0.001 0.001 0.138 0.382 0.211 0.002 0.001 0.041 0.017 45 L 0.114 0.010 0.108 0.007 0.001 0.001 0.068 0.223 0.291 0.019 0.003 0.022 0.135 46 G 0.005 0.005 0.760 0.017 0.001 0.001 0.004 0.007 0.061 0.062 0.006 0.045 0.027 47 P 0.001 0.003 0.230 0.011 0.021 0.002 0.001 0.001 0.015 0.282 0.410 0.005 0.020 48 K 0.001 0.001 0.024 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.840 0.002 0.002 49 G 0.003 0.011 0.109 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.647 0.194 0.010 0.009 50 E 0.051 0.018 0.415 0.013 0.005 0.001 0.006 0.001 0.019 0.101 0.025 0.129 0.216 51 I 0.278 0.009 0.060 0.019 0.001 0.001 0.025 0.006 0.039 0.005 0.002 0.046 0.509 52 W 0.400 0.001 0.013 0.055 0.001 0.001 0.034 0.007 0.027 0.002 0.001 0.422 0.038 53 V 0.470 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.100 0.008 0.011 0.001 0.001 0.020 0.374 54 I 0.565 0.001 0.005 0.054 0.001 0.001 0.129 0.016 0.035 0.001 0.001 0.162 0.032 55 E 0.624 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.082 0.018 0.062 0.002 0.001 0.072 0.127 56 C 0.506 0.001 0.022 0.008 0.001 0.001 0.058 0.014 0.061 0.003 0.002 0.046 0.278 57 K 0.147 0.005 0.112 0.033 0.002 0.007 0.057 0.010 0.081 0.023 0.010 0.413 0.101 58 S 0.091 0.019 0.186 0.013 0.008 0.018 0.025 0.007 0.075 0.084 0.023 0.067 0.387 59 S 0.008 0.004 0.723 0.006 0.008 0.029 0.001 0.001 0.015 0.077 0.010 0.064 0.054 60 R 0.002 0.002 0.067 0.005 0.152 0.586 0.001 0.001 0.003 0.037 0.116 0.005 0.024 61 A 0.002 0.003 0.024 0.004 0.164 0.662 0.001 0.001 0.002 0.024 0.103 0.004 0.007 62 D 0.005 0.002 0.056 0.002 0.227 0.619 0.001 0.001 0.001 0.025 0.043 0.005 0.014 63 F 0.003 0.003 0.049 0.002 0.091 0.713 0.001 0.001 0.002 0.013 0.100 0.002 0.022 64 Q 0.001 0.002 0.027 0.001 0.052 0.773 0.001 0.001 0.001 0.016 0.113 0.007 0.004 65 A 0.005 0.008 0.032 0.001 0.046 0.736 0.001 0.001 0.002 0.028 0.120 0.003 0.018 66 D 0.003 0.005 0.261 0.003 0.021 0.455 0.001 0.001 0.003 0.096 0.113 0.015 0.025 67 A 0.001 0.001 0.052 0.001 0.024 0.602 0.001 0.001 0.001 0.026 0.288 0.001 0.004 68 K 0.001 0.005 0.097 0.001 0.061 0.660 0.001 0.001 0.003 0.057 0.107 0.004 0.006 69 W 0.001 0.003 0.086 0.001 0.041 0.779 0.001 0.001 0.002 0.035 0.039 0.002 0.012 70 Q 0.001 0.001 0.041 0.001 0.051 0.818 0.001 0.001 0.001 0.020 0.061 0.002 0.003 71 G 0.001 0.002 0.031 0.001 0.062 0.774 0.001 0.001 0.002 0.022 0.101 0.002 0.003 72 Y 0.001 0.005 0.042 0.001 0.045 0.818 0.001 0.001 0.002 0.016 0.057 0.001 0.010 73 L 0.001 0.003 0.038 0.002 0.040 0.856 0.001 0.001 0.001 0.014 0.034 0.005 0.005 74 E 0.001 0.002 0.021 0.001 0.063 0.756 0.001 0.001 0.002 0.016 0.126 0.002 0.009 75 W 0.004 0.005 0.041 0.005 0.075 0.686 0.001 0.001 0.002 0.025 0.139 0.006 0.012 76 C 0.017 0.010 0.168 0.023 0.068 0.371 0.001 0.001 0.008 0.070 0.194 0.019 0.051 77 D 0.017 0.004 0.148 0.040 0.061 0.220 0.001 0.001 0.016 0.125 0.304 0.031 0.031 78 R 0.042 0.006 0.134 0.033 0.047 0.166 0.008 0.013 0.060 0.077 0.296 0.038 0.079 79 Y 0.173 0.011 0.148 0.023 0.012 0.076 0.069 0.052 0.080 0.057 0.064 0.068 0.168 80 F 0.290 0.010 0.080 0.018 0.010 0.032 0.103 0.083 0.100 0.019 0.018 0.149 0.086 81 W 0.230 0.008 0.070 0.014 0.006 0.024 0.128 0.079 0.125 0.020 0.017 0.119 0.159 82 A 0.213 0.016 0.122 0.036 0.006 0.021 0.056 0.063 0.170 0.045 0.017 0.086 0.149 83 V 0.043 0.015 0.365 0.021 0.013 0.021 0.017 0.014 0.145 0.124 0.023 0.101 0.099 84 D 0.007 0.006 0.563 0.010 0.093 0.014 0.003 0.001 0.030 0.094 0.059 0.022 0.097 85 M 0.002 0.007 0.161 0.007 0.222 0.036 0.001 0.001 0.015 0.102 0.409 0.019 0.020 86 E 0.003 0.029 0.300 0.004 0.088 0.021 0.001 0.001 0.018 0.206 0.279 0.012 0.040 87 F 0.001 0.042 0.600 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.007 0.295 0.006 0.027 0.010 88 P 0.001 0.003 0.939 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.026 0.001 0.002 0.019 89 A 0.001 0.003 0.047 0.003 0.659 0.158 0.001 0.001 0.002 0.012 0.112 0.001 0.003 90 E 0.001 0.002 0.058 0.002 0.773 0.084 0.001 0.001 0.001 0.015 0.060 0.002 0.003 91 L 0.001 0.011 0.121 0.002 0.634 0.115 0.001 0.001 0.006 0.042 0.043 0.004 0.021 92 L 0.001 0.036 0.644 0.001 0.020 0.022 0.001 0.001 0.016 0.173 0.039 0.026 0.020 93 P 0.001 0.005 0.827 0.001 0.023 0.009 0.001 0.001 0.004 0.067 0.035 0.009 0.019 94 A 0.001 0.007 0.176 0.011 0.136 0.034 0.001 0.001 0.004 0.099 0.512 0.009 0.011 95 E 0.009 0.006 0.206 0.023 0.104 0.019 0.001 0.001 0.008 0.213 0.349 0.021 0.041 96 S 0.040 0.010 0.346 0.045 0.052 0.013 0.007 0.004 0.025 0.154 0.126 0.045 0.133 97 G 0.206 0.010 0.119 0.027 0.007 0.008 0.067 0.017 0.089 0.034 0.027 0.270 0.118 98 L 0.689 0.002 0.013 0.004 0.001 0.002 0.054 0.027 0.041 0.002 0.002 0.037 0.127 99 L 0.604 0.002 0.006 0.009 0.001 0.001 0.124 0.023 0.016 0.001 0.001 0.155 0.058 100 I 0.497 0.004 0.010 0.008 0.001 0.002 0.108 0.017 0.022 0.002 0.001 0.087 0.242 101 A 0.310 0.009 0.063 0.028 0.003 0.007 0.039 0.011 0.037 0.022 0.008 0.238 0.226 102 D 0.035 0.008 0.407 0.030 0.007 0.009 0.004 0.001 0.018 0.114 0.049 0.101 0.217 103 A 0.006 0.003 0.108 0.012 0.050 0.031 0.001 0.001 0.002 0.162 0.576 0.014 0.036 104 Y 0.004 0.004 0.038 0.010 0.026 0.015 0.001 0.001 0.001 0.175 0.707 0.013 0.007 105 D 0.016 0.016 0.186 0.011 0.049 0.039 0.001 0.001 0.003 0.366 0.240 0.024 0.049 106 A 0.063 0.019 0.304 0.023 0.021 0.101 0.005 0.001 0.011 0.058 0.063 0.044 0.286 107 E 0.204 0.032 0.053 0.033 0.019 0.156 0.033 0.008 0.039 0.024 0.016 0.215 0.167 108 I 0.374 0.009 0.015 0.009 0.011 0.096 0.079 0.011 0.014 0.005 0.008 0.138 0.230 109 V 0.598 0.006 0.018 0.023 0.009 0.036 0.040 0.011 0.017 0.004 0.006 0.100 0.134 110 R 0.204 0.010 0.069 0.036 0.018 0.078 0.028 0.004 0.022 0.023 0.035 0.315 0.157 111 M 0.075 0.020 0.196 0.024 0.026 0.094 0.008 0.003 0.054 0.071 0.095 0.051 0.282 112 A 0.008 0.012 0.577 0.011 0.016 0.025 0.001 0.001 0.010 0.151 0.030 0.122 0.035 113 P 0.001 0.006 0.595 0.004 0.058 0.043 0.001 0.001 0.005 0.105 0.118 0.010 0.054 114 E 0.001 0.013 0.199 0.004 0.314 0.105 0.001 0.001 0.003 0.100 0.240 0.009 0.011 115 Q 0.001 0.013 0.317 0.002 0.294 0.055 0.001 0.001 0.007 0.165 0.110 0.016 0.018 116 K 0.001 0.019 0.470 0.001 0.155 0.063 0.001 0.001 0.009 0.100 0.136 0.007 0.039 117 L 0.001 0.039 0.535 0.002 0.077 0.073 0.001 0.001 0.010 0.166 0.079 0.008 0.010 118 A 0.001 0.009 0.632 0.001 0.046 0.078 0.001 0.001 0.005 0.179 0.038 0.006 0.005 119 P 0.001 0.010 0.231 0.001 0.179 0.312 0.001 0.001 0.003 0.113 0.144 0.001 0.005 120 A 0.001 0.012 0.118 0.001 0.118 0.618 0.001 0.001 0.002 0.047 0.078 0.002 0.003 121 R 0.001 0.005 0.117 0.001 0.041 0.760 0.001 0.001 0.002 0.028 0.037 0.001 0.006 122 R 0.001 0.001 0.017 0.001 0.013 0.945 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.001 0.001 123 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 128 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 130 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 131 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.001 0.001 132 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 133 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 135 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 136 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.936 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.001 0.002 137 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.022 0.925 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.001 0.002 138 Q 0.001 0.001 0.014 0.001 0.048 0.871 0.001 0.001 0.001 0.007 0.054 0.001 0.002 139 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.113 0.749 0.001 0.001 0.004 0.012 0.090 0.001 0.007 140 L 0.001 0.004 0.058 0.002 0.067 0.610 0.001 0.001 0.007 0.037 0.197 0.007 0.010 141 R 0.004 0.037 0.247 0.002 0.044 0.296 0.001 0.002 0.016 0.149 0.167 0.015 0.020 142 D 0.001 0.006 0.826 0.001 0.013 0.031 0.001 0.001 0.003 0.081 0.019 0.008 0.011 143 P 0.001 0.003 0.080 0.002 0.160 0.178 0.001 0.001 0.002 0.045 0.526 0.001 0.003 144 E 0.001 0.002 0.034 0.002 0.089 0.056 0.001 0.001 0.002 0.072 0.740 0.001 0.001 145 G 0.002 0.016 0.291 0.002 0.200 0.102 0.001 0.001 0.006 0.205 0.155 0.004 0.016 146 H 0.004 0.037 0.444 0.004 0.069 0.100 0.002 0.001 0.017 0.180 0.088 0.023 0.031 147 G 0.009 0.048 0.277 0.007 0.100 0.124 0.005 0.004 0.041 0.118 0.155 0.045 0.067 148 I 0.016 0.048 0.340 0.011 0.065 0.112 0.006 0.007 0.030 0.111 0.123 0.042 0.089 149 F 0.019 0.044 0.477 0.011 0.025 0.053 0.004 0.003 0.026 0.174 0.047 0.051 0.066 150 E 0.003 0.007 0.717 0.005 0.019 0.031 0.001 0.001 0.010 0.118 0.032 0.024 0.034