# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 129 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.043 0.002 0.025 0.020 0.020 0.161 0.009 0.001 0.079 0.507 2 P 0.110 0.055 0.003 0.028 0.021 0.018 0.120 0.005 0.001 0.051 0.588 3 M 0.108 0.089 0.003 0.021 0.015 0.026 0.095 0.009 0.001 0.044 0.589 4 T 0.243 0.085 0.002 0.016 0.014 0.029 0.060 0.015 0.001 0.046 0.489 5 L 0.095 0.039 0.002 0.025 0.022 0.022 0.089 0.006 0.001 0.070 0.631 6 D 0.014 0.086 0.003 0.025 0.023 0.024 0.105 0.004 0.001 0.044 0.670 7 L 0.023 0.320 0.003 0.007 0.017 0.011 0.075 0.007 0.001 0.038 0.497 8 Q 0.075 0.771 0.002 0.003 0.005 0.004 0.015 0.009 0.001 0.041 0.074 9 P 0.012 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 0.034 10 G 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.015 11 Q 0.011 0.910 0.005 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.002 0.035 0.025 12 R 0.011 0.906 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.036 0.024 13 L 0.016 0.932 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.017 0.024 14 A 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 15 R 0.003 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.023 16 G 0.004 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.034 0.011 17 V 0.002 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 18 A 0.004 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 19 R 0.006 0.960 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.011 20 H 0.033 0.423 0.071 0.004 0.002 0.002 0.018 0.006 0.023 0.351 0.067 21 L 0.165 0.037 0.365 0.007 0.002 0.005 0.024 0.018 0.136 0.167 0.075 22 R 0.745 0.009 0.009 0.002 0.001 0.002 0.039 0.006 0.010 0.012 0.165 23 A 0.049 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.034 0.002 0.001 0.007 0.898 24 H 0.006 0.001 0.001 0.013 0.003 0.004 0.156 0.001 0.001 0.015 0.802 25 G 0.018 0.001 0.001 0.043 0.010 0.059 0.178 0.002 0.001 0.046 0.643 26 F 0.002 0.001 0.001 0.040 0.018 0.008 0.224 0.001 0.001 0.015 0.692 27 V 0.003 0.002 0.001 0.481 0.057 0.100 0.105 0.001 0.001 0.028 0.224 28 S 0.015 0.005 0.001 0.276 0.053 0.119 0.061 0.002 0.001 0.027 0.443 29 V 0.141 0.012 0.001 0.272 0.056 0.071 0.032 0.005 0.001 0.035 0.375 30 E 0.033 0.004 0.001 0.268 0.043 0.080 0.074 0.001 0.001 0.033 0.462 31 E 0.003 0.003 0.001 0.173 0.025 0.061 0.112 0.001 0.001 0.024 0.597 32 F 0.011 0.004 0.001 0.099 0.061 0.077 0.122 0.002 0.001 0.043 0.579 33 V 0.148 0.011 0.005 0.048 0.058 0.063 0.139 0.008 0.002 0.063 0.454 34 P 0.337 0.008 0.002 0.015 0.012 0.015 0.039 0.005 0.001 0.020 0.547 35 A 0.233 0.003 0.001 0.012 0.009 0.010 0.066 0.004 0.001 0.017 0.644 36 R 0.018 0.003 0.001 0.008 0.006 0.016 0.139 0.001 0.001 0.014 0.795 37 G 0.009 0.004 0.001 0.024 0.032 0.056 0.153 0.001 0.001 0.026 0.694 38 L 0.015 0.015 0.002 0.061 0.154 0.192 0.128 0.003 0.001 0.018 0.411 39 R 0.021 0.013 0.001 0.062 0.124 0.212 0.100 0.003 0.001 0.040 0.424 40 V 0.008 0.013 0.002 0.197 0.217 0.140 0.109 0.001 0.001 0.047 0.266 41 D 0.010 0.013 0.002 0.300 0.101 0.306 0.068 0.002 0.001 0.054 0.144 42 V 0.019 0.005 0.002 0.276 0.173 0.257 0.037 0.004 0.001 0.044 0.183 43 M 0.010 0.001 0.001 0.420 0.154 0.252 0.028 0.001 0.001 0.017 0.116 44 G 0.002 0.001 0.001 0.339 0.106 0.232 0.049 0.001 0.001 0.019 0.251 45 L 0.009 0.002 0.004 0.199 0.115 0.092 0.162 0.002 0.001 0.023 0.390 46 G 0.413 0.003 0.003 0.070 0.046 0.080 0.060 0.009 0.001 0.049 0.265 47 P 0.233 0.001 0.001 0.019 0.012 0.010 0.142 0.001 0.001 0.027 0.554 48 K 0.007 0.001 0.001 0.031 0.015 0.034 0.091 0.001 0.001 0.016 0.805 49 G 0.003 0.001 0.001 0.046 0.037 0.078 0.195 0.001 0.001 0.031 0.608 50 E 0.001 0.001 0.001 0.064 0.140 0.614 0.033 0.001 0.001 0.025 0.122 51 I 0.001 0.001 0.001 0.055 0.276 0.311 0.046 0.001 0.001 0.054 0.256 52 W 0.001 0.001 0.001 0.158 0.432 0.335 0.010 0.001 0.001 0.020 0.045 53 V 0.001 0.001 0.001 0.098 0.238 0.451 0.026 0.001 0.001 0.066 0.120 54 I 0.001 0.001 0.001 0.126 0.322 0.434 0.014 0.001 0.001 0.053 0.050 55 E 0.002 0.001 0.001 0.083 0.265 0.525 0.022 0.001 0.001 0.033 0.071 56 C 0.006 0.003 0.001 0.111 0.229 0.370 0.041 0.001 0.001 0.069 0.170 57 K 0.011 0.010 0.001 0.214 0.146 0.208 0.119 0.001 0.001 0.035 0.255 58 S 0.020 0.059 0.002 0.061 0.058 0.095 0.191 0.002 0.001 0.054 0.456 59 S 0.361 0.271 0.003 0.015 0.020 0.025 0.047 0.020 0.001 0.034 0.205 60 R 0.392 0.330 0.002 0.008 0.008 0.008 0.036 0.011 0.001 0.028 0.176 61 A 0.053 0.338 0.004 0.014 0.011 0.015 0.072 0.006 0.001 0.051 0.434 62 D 0.110 0.343 0.012 0.015 0.021 0.042 0.079 0.022 0.004 0.086 0.266 63 F 0.172 0.287 0.013 0.010 0.035 0.030 0.050 0.029 0.005 0.065 0.305 64 Q 0.220 0.215 0.012 0.013 0.042 0.035 0.057 0.022 0.006 0.064 0.312 65 A 0.086 0.163 0.008 0.011 0.028 0.024 0.062 0.013 0.003 0.035 0.565 66 D 0.135 0.161 0.006 0.011 0.016 0.022 0.081 0.015 0.004 0.063 0.485 67 A 0.077 0.196 0.009 0.010 0.015 0.014 0.111 0.009 0.004 0.055 0.501 68 K 0.059 0.380 0.008 0.008 0.010 0.011 0.066 0.012 0.003 0.034 0.410 69 W 0.117 0.626 0.004 0.004 0.005 0.006 0.022 0.017 0.002 0.022 0.175 70 Q 0.086 0.607 0.005 0.008 0.009 0.009 0.027 0.011 0.003 0.038 0.198 71 G 0.045 0.539 0.008 0.012 0.010 0.017 0.044 0.009 0.003 0.064 0.247 72 Y 0.077 0.490 0.026 0.015 0.016 0.019 0.039 0.022 0.010 0.065 0.221 73 L 0.181 0.298 0.040 0.014 0.028 0.028 0.052 0.026 0.022 0.069 0.243 74 E 0.177 0.122 0.026 0.014 0.024 0.035 0.068 0.016 0.014 0.084 0.420 75 W 0.076 0.045 0.016 0.017 0.022 0.021 0.095 0.010 0.006 0.080 0.611 76 C 0.083 0.031 0.012 0.033 0.031 0.051 0.185 0.008 0.005 0.099 0.461 77 D 0.025 0.011 0.003 0.051 0.048 0.096 0.155 0.003 0.001 0.064 0.545 78 R 0.007 0.010 0.001 0.118 0.135 0.180 0.100 0.002 0.001 0.038 0.409 79 Y 0.005 0.002 0.001 0.172 0.189 0.434 0.045 0.002 0.001 0.040 0.112 80 F 0.004 0.001 0.001 0.252 0.236 0.281 0.040 0.001 0.001 0.030 0.155 81 W 0.003 0.001 0.001 0.341 0.212 0.261 0.032 0.001 0.001 0.019 0.130 82 A 0.004 0.002 0.001 0.163 0.216 0.229 0.078 0.001 0.001 0.035 0.271 83 V 0.083 0.011 0.003 0.076 0.138 0.183 0.081 0.009 0.001 0.039 0.375 84 D 0.552 0.004 0.001 0.030 0.030 0.047 0.039 0.009 0.001 0.032 0.256 85 M 0.054 0.003 0.001 0.052 0.025 0.037 0.116 0.001 0.001 0.009 0.701 86 E 0.003 0.003 0.001 0.038 0.012 0.030 0.175 0.001 0.001 0.007 0.730 87 F 0.028 0.025 0.006 0.019 0.040 0.038 0.226 0.011 0.001 0.017 0.590 88 P 0.865 0.025 0.001 0.002 0.005 0.007 0.014 0.022 0.001 0.005 0.053 89 A 0.732 0.007 0.001 0.005 0.006 0.006 0.016 0.007 0.001 0.009 0.210 90 E 0.013 0.005 0.001 0.031 0.013 0.021 0.094 0.001 0.001 0.009 0.810 91 L 0.011 0.009 0.003 0.031 0.024 0.050 0.117 0.004 0.001 0.018 0.732 92 L 0.130 0.009 0.006 0.016 0.064 0.047 0.158 0.025 0.002 0.097 0.443 93 P 0.236 0.015 0.005 0.016 0.037 0.025 0.117 0.009 0.001 0.087 0.450 94 A 0.055 0.012 0.001 0.034 0.024 0.019 0.115 0.002 0.001 0.044 0.693 95 E 0.012 0.008 0.001 0.085 0.031 0.086 0.146 0.001 0.001 0.057 0.571 96 S 0.004 0.004 0.001 0.129 0.093 0.194 0.112 0.001 0.001 0.074 0.390 97 G 0.001 0.001 0.001 0.152 0.192 0.511 0.036 0.001 0.001 0.045 0.061 98 L 0.001 0.001 0.001 0.281 0.327 0.277 0.021 0.001 0.001 0.022 0.070 99 L 0.001 0.001 0.001 0.318 0.329 0.259 0.014 0.001 0.001 0.018 0.059 100 I 0.005 0.004 0.001 0.232 0.219 0.257 0.083 0.001 0.001 0.047 0.152 101 A 0.040 0.007 0.004 0.110 0.171 0.227 0.075 0.003 0.001 0.079 0.283 102 D 0.452 0.026 0.002 0.023 0.054 0.063 0.065 0.007 0.001 0.033 0.274 103 A 0.158 0.031 0.001 0.019 0.028 0.045 0.065 0.004 0.001 0.023 0.625 104 Y 0.014 0.036 0.001 0.018 0.043 0.055 0.133 0.002 0.001 0.019 0.678 105 D 0.039 0.115 0.001 0.023 0.065 0.256 0.079 0.009 0.001 0.038 0.374 106 A 0.030 0.102 0.002 0.017 0.223 0.114 0.078 0.004 0.001 0.040 0.390 107 E 0.023 0.107 0.004 0.034 0.250 0.253 0.047 0.004 0.001 0.048 0.230 108 I 0.052 0.091 0.003 0.019 0.116 0.214 0.053 0.006 0.001 0.056 0.389 109 V 0.110 0.039 0.004 0.037 0.148 0.174 0.049 0.007 0.002 0.078 0.351 110 R 0.045 0.029 0.003 0.041 0.094 0.144 0.097 0.003 0.002 0.049 0.493 111 M 0.020 0.042 0.002 0.020 0.031 0.037 0.119 0.003 0.001 0.033 0.693 112 A 0.165 0.054 0.006 0.022 0.030 0.037 0.133 0.015 0.003 0.087 0.448 113 P 0.269 0.076 0.004 0.015 0.013 0.019 0.098 0.011 0.002 0.036 0.455 114 E 0.174 0.031 0.002 0.015 0.009 0.015 0.052 0.009 0.001 0.023 0.670 115 Q 0.073 0.016 0.001 0.024 0.014 0.020 0.086 0.005 0.001 0.032 0.726 116 K 0.022 0.020 0.001 0.019 0.009 0.015 0.118 0.003 0.001 0.033 0.759 117 L 0.043 0.102 0.003 0.012 0.014 0.009 0.114 0.008 0.001 0.038 0.656 118 A 0.186 0.323 0.003 0.008 0.012 0.010 0.065 0.014 0.001 0.049 0.329 119 P 0.124 0.442 0.003 0.006 0.005 0.007 0.046 0.006 0.001 0.048 0.312 120 A 0.044 0.596 0.004 0.006 0.004 0.006 0.032 0.006 0.002 0.033 0.268 121 R 0.020 0.865 0.002 0.002 0.002 0.002 0.008 0.004 0.001 0.013 0.080 122 R 0.016 0.880 0.001 0.002 0.003 0.002 0.009 0.004 0.001 0.028 0.054 123 K 0.009 0.810 0.001 0.003 0.003 0.003 0.018 0.003 0.001 0.095 0.054 124 V 0.005 0.894 0.004 0.002 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.055 0.027 125 L 0.013 0.906 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.030 0.029 126 I 0.017 0.895 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.032 0.042 127 Q 0.016 0.122 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.004 0.002 0.749 0.088 128 K 0.013 0.534 0.007 0.003 0.001 0.001 0.016 0.003 0.007 0.355 0.060 129 F 0.024 0.884 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.032 0.043 130 A 0.021 0.861 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 0.037 0.064 131 T 0.010 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.026 0.034 132 H 0.009 0.951 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.017 0.013 133 A 0.010 0.951 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.013 0.014 134 A 0.027 0.853 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.007 0.043 0.047 135 R 0.025 0.839 0.017 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.008 0.039 0.056 136 R 0.082 0.652 0.032 0.003 0.001 0.001 0.020 0.011 0.018 0.067 0.111 137 L 0.253 0.359 0.041 0.005 0.002 0.003 0.039 0.025 0.026 0.082 0.165 138 Q 0.282 0.083 0.014 0.008 0.003 0.005 0.045 0.028 0.010 0.063 0.459 139 A 0.081 0.018 0.004 0.024 0.005 0.006 0.066 0.008 0.004 0.051 0.733 140 L 0.011 0.007 0.004 0.040 0.006 0.010 0.173 0.003 0.003 0.032 0.711 141 R 0.010 0.008 0.004 0.016 0.006 0.006 0.133 0.006 0.002 0.023 0.787 142 D 0.597 0.048 0.003 0.012 0.004 0.005 0.059 0.026 0.003 0.048 0.196 143 P 0.311 0.051 0.002 0.019 0.005 0.005 0.073 0.006 0.001 0.027 0.500 144 E 0.044 0.071 0.001 0.023 0.004 0.008 0.090 0.003 0.001 0.021 0.734 145 G 0.109 0.070 0.003 0.023 0.010 0.033 0.088 0.012 0.001 0.056 0.595 146 H 0.125 0.026 0.004 0.028 0.044 0.045 0.122 0.007 0.001 0.082 0.515 147 G 0.071 0.012 0.002 0.027 0.048 0.078 0.086 0.005 0.001 0.048 0.624 148 I 0.041 0.008 0.001 0.018 0.045 0.032 0.080 0.003 0.001 0.028 0.744 149 F 0.046 0.010 0.001 0.025 0.044 0.058 0.107 0.002 0.001 0.035 0.673 150 E 0.031 0.012 0.001 0.016 0.030 0.055 0.101 0.002 0.001 0.030 0.723