# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 129 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.172 0.093 0.043 0.091 0.086 0.073 0.117 0.103 0.097 0.071 0.055 2 P 0.271 0.134 0.056 0.125 0.100 0.074 0.088 0.058 0.046 0.030 0.019 3 M 0.167 0.144 0.083 0.169 0.123 0.088 0.089 0.056 0.042 0.025 0.015 4 T 0.146 0.113 0.059 0.150 0.131 0.103 0.113 0.078 0.053 0.034 0.021 5 L 0.083 0.066 0.043 0.112 0.111 0.113 0.157 0.121 0.094 0.064 0.035 6 D 0.106 0.134 0.100 0.193 0.135 0.097 0.097 0.057 0.041 0.026 0.013 7 L 0.050 0.038 0.050 0.085 0.095 0.111 0.171 0.127 0.120 0.093 0.061 8 Q 0.127 0.144 0.103 0.178 0.138 0.095 0.089 0.053 0.036 0.024 0.013 9 P 0.064 0.088 0.061 0.127 0.131 0.107 0.154 0.114 0.076 0.052 0.026 10 G 0.060 0.043 0.043 0.102 0.122 0.140 0.181 0.121 0.093 0.064 0.031 11 Q 0.127 0.076 0.130 0.182 0.128 0.106 0.123 0.061 0.038 0.020 0.009 12 R 0.018 0.042 0.084 0.166 0.158 0.162 0.174 0.086 0.057 0.033 0.021 13 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.015 0.051 0.092 0.214 0.258 0.349 14 A 0.005 0.012 0.042 0.074 0.130 0.158 0.219 0.129 0.108 0.085 0.039 15 R 0.010 0.029 0.247 0.199 0.153 0.133 0.107 0.051 0.038 0.023 0.010 16 G 0.015 0.023 0.041 0.091 0.117 0.155 0.251 0.139 0.084 0.052 0.031 17 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.012 0.041 0.082 0.223 0.284 0.344 18 A 0.003 0.006 0.018 0.038 0.077 0.126 0.201 0.156 0.158 0.140 0.076 19 R 0.008 0.023 0.175 0.157 0.143 0.151 0.150 0.073 0.059 0.040 0.019 20 H 0.003 0.004 0.016 0.021 0.036 0.089 0.199 0.157 0.191 0.155 0.128 21 L 0.001 0.002 0.005 0.008 0.011 0.023 0.064 0.087 0.226 0.283 0.290 22 R 0.011 0.018 0.044 0.086 0.124 0.172 0.234 0.116 0.097 0.063 0.035 23 A 0.043 0.134 0.225 0.231 0.135 0.092 0.067 0.030 0.021 0.014 0.008 24 H 0.027 0.034 0.029 0.068 0.094 0.133 0.205 0.154 0.118 0.083 0.056 25 G 0.231 0.150 0.043 0.121 0.088 0.075 0.097 0.076 0.055 0.039 0.023 26 F 0.014 0.017 0.020 0.052 0.065 0.122 0.160 0.135 0.156 0.141 0.117 27 V 0.016 0.021 0.030 0.049 0.075 0.098 0.165 0.163 0.159 0.121 0.103 28 S 0.005 0.014 0.023 0.038 0.050 0.046 0.104 0.137 0.199 0.182 0.201 29 V 0.002 0.003 0.006 0.013 0.024 0.036 0.077 0.120 0.220 0.217 0.282 30 E 0.111 0.103 0.074 0.181 0.142 0.106 0.114 0.061 0.058 0.032 0.019 31 E 0.015 0.018 0.028 0.090 0.124 0.102 0.177 0.189 0.112 0.081 0.064 32 F 0.016 0.014 0.015 0.027 0.031 0.049 0.091 0.125 0.198 0.247 0.188 33 V 0.046 0.068 0.042 0.134 0.133 0.119 0.171 0.107 0.089 0.055 0.036 34 P 0.080 0.052 0.058 0.091 0.097 0.097 0.135 0.118 0.117 0.086 0.070 35 A 0.164 0.210 0.080 0.157 0.104 0.079 0.082 0.043 0.036 0.027 0.018 36 R 0.170 0.168 0.047 0.151 0.122 0.091 0.105 0.061 0.042 0.026 0.017 37 G 0.491 0.147 0.036 0.095 0.065 0.048 0.044 0.028 0.021 0.015 0.010 38 L 0.054 0.063 0.045 0.129 0.119 0.125 0.176 0.109 0.090 0.059 0.033 39 R 0.014 0.044 0.037 0.131 0.151 0.159 0.183 0.106 0.085 0.054 0.035 40 V 0.001 0.002 0.004 0.006 0.011 0.020 0.055 0.101 0.226 0.267 0.306 41 D 0.002 0.009 0.015 0.052 0.084 0.109 0.192 0.168 0.168 0.127 0.074 42 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.010 0.032 0.081 0.191 0.289 0.379 43 M 0.002 0.002 0.006 0.014 0.027 0.047 0.097 0.147 0.213 0.243 0.201 44 G 0.003 0.004 0.009 0.018 0.026 0.036 0.091 0.139 0.235 0.238 0.201 45 L 0.003 0.004 0.008 0.017 0.031 0.048 0.108 0.161 0.223 0.199 0.199 46 G 0.041 0.098 0.072 0.159 0.136 0.122 0.148 0.078 0.071 0.046 0.030 47 P 0.137 0.165 0.064 0.161 0.126 0.106 0.116 0.056 0.035 0.020 0.015 48 K 0.493 0.236 0.036 0.099 0.052 0.031 0.024 0.013 0.008 0.005 0.004 49 G 0.349 0.128 0.033 0.091 0.071 0.062 0.087 0.061 0.052 0.038 0.029 50 E 0.105 0.151 0.053 0.199 0.157 0.121 0.101 0.049 0.030 0.018 0.015 51 I 0.011 0.015 0.022 0.030 0.043 0.074 0.127 0.119 0.204 0.186 0.169 52 W 0.012 0.030 0.045 0.106 0.124 0.139 0.196 0.128 0.107 0.067 0.046 53 V 0.006 0.012 0.029 0.060 0.071 0.079 0.146 0.155 0.189 0.141 0.112 54 I 0.005 0.008 0.016 0.026 0.037 0.049 0.120 0.136 0.221 0.198 0.184 55 E 0.003 0.008 0.021 0.051 0.079 0.058 0.132 0.210 0.169 0.140 0.128 56 C 0.003 0.004 0.012 0.012 0.016 0.024 0.055 0.114 0.211 0.301 0.251 57 K 0.008 0.014 0.031 0.067 0.107 0.099 0.194 0.187 0.137 0.088 0.069 58 S 0.017 0.016 0.042 0.050 0.067 0.057 0.131 0.200 0.176 0.147 0.096 59 S 0.022 0.066 0.107 0.135 0.113 0.108 0.156 0.098 0.096 0.066 0.035 60 R 0.100 0.071 0.092 0.163 0.144 0.118 0.142 0.074 0.053 0.028 0.016 61 A 0.241 0.138 0.149 0.149 0.092 0.071 0.077 0.040 0.024 0.013 0.007 62 D 0.031 0.084 0.118 0.184 0.163 0.124 0.144 0.070 0.044 0.024 0.014 63 F 0.031 0.020 0.039 0.041 0.057 0.078 0.173 0.160 0.156 0.138 0.108 64 Q 0.100 0.148 0.253 0.245 0.133 0.056 0.036 0.015 0.008 0.004 0.002 65 A 0.057 0.062 0.121 0.117 0.116 0.111 0.181 0.107 0.065 0.042 0.020 66 D 0.072 0.061 0.081 0.146 0.137 0.129 0.155 0.090 0.066 0.043 0.021 67 A 0.271 0.178 0.169 0.149 0.081 0.053 0.049 0.024 0.014 0.008 0.003 68 K 0.051 0.081 0.122 0.148 0.138 0.120 0.135 0.089 0.058 0.039 0.018 69 W 0.062 0.103 0.074 0.110 0.100 0.125 0.186 0.103 0.071 0.048 0.018 70 Q 0.252 0.168 0.193 0.196 0.088 0.048 0.030 0.013 0.007 0.004 0.002 71 G 0.309 0.148 0.131 0.158 0.102 0.057 0.049 0.027 0.011 0.006 0.003 72 Y 0.019 0.032 0.033 0.065 0.076 0.088 0.168 0.164 0.157 0.132 0.066 73 L 0.016 0.021 0.031 0.067 0.102 0.178 0.240 0.137 0.105 0.070 0.034 74 E 0.096 0.121 0.371 0.224 0.097 0.043 0.026 0.012 0.006 0.003 0.002 75 W 0.010 0.013 0.030 0.046 0.066 0.118 0.243 0.160 0.147 0.109 0.059 76 C 0.003 0.004 0.005 0.013 0.020 0.038 0.097 0.123 0.233 0.239 0.225 77 D 0.046 0.065 0.121 0.182 0.164 0.127 0.133 0.072 0.049 0.028 0.013 78 R 0.010 0.018 0.067 0.095 0.118 0.138 0.205 0.139 0.104 0.070 0.036 79 Y 0.003 0.005 0.008 0.017 0.025 0.043 0.109 0.147 0.228 0.235 0.180 80 F 0.007 0.011 0.013 0.033 0.047 0.075 0.147 0.158 0.198 0.183 0.129 81 W 0.010 0.010 0.023 0.037 0.054 0.088 0.152 0.157 0.183 0.163 0.122 82 A 0.005 0.006 0.012 0.020 0.033 0.041 0.094 0.148 0.202 0.235 0.205 83 V 0.010 0.016 0.016 0.044 0.061 0.085 0.184 0.176 0.178 0.150 0.080 84 D 0.088 0.152 0.070 0.180 0.136 0.124 0.104 0.051 0.048 0.030 0.017 85 M 0.245 0.105 0.052 0.146 0.127 0.093 0.108 0.063 0.034 0.016 0.011 86 E 0.356 0.223 0.052 0.143 0.079 0.049 0.048 0.023 0.013 0.008 0.005 87 F 0.011 0.012 0.006 0.012 0.019 0.036 0.074 0.091 0.189 0.221 0.330 88 P 0.187 0.406 0.061 0.168 0.096 0.034 0.022 0.013 0.007 0.004 0.002 89 A 0.180 0.085 0.039 0.119 0.111 0.127 0.130 0.075 0.066 0.044 0.023 90 E 0.562 0.155 0.051 0.115 0.054 0.025 0.017 0.010 0.005 0.003 0.002 91 L 0.048 0.062 0.024 0.124 0.118 0.171 0.186 0.109 0.082 0.051 0.025 92 L 0.006 0.014 0.008 0.015 0.023 0.041 0.085 0.117 0.197 0.224 0.269 93 P 0.091 0.171 0.072 0.209 0.180 0.105 0.084 0.042 0.023 0.015 0.008 94 A 0.361 0.153 0.126 0.184 0.083 0.038 0.028 0.014 0.008 0.004 0.002 95 E 0.128 0.101 0.037 0.186 0.153 0.128 0.138 0.064 0.036 0.019 0.010 96 S 0.002 0.004 0.004 0.012 0.018 0.030 0.070 0.123 0.248 0.242 0.247 97 G 0.006 0.022 0.021 0.073 0.120 0.137 0.204 0.146 0.126 0.082 0.063 98 L 0.001 0.001 0.006 0.007 0.012 0.015 0.042 0.091 0.190 0.265 0.372 99 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.027 0.066 0.117 0.222 0.288 0.259 100 I 0.002 0.003 0.007 0.025 0.039 0.042 0.108 0.171 0.226 0.211 0.165 101 A 0.001 0.001 0.005 0.008 0.016 0.032 0.078 0.128 0.231 0.264 0.237 102 D 0.016 0.041 0.048 0.148 0.162 0.160 0.192 0.094 0.078 0.040 0.022 103 A 0.111 0.144 0.090 0.162 0.114 0.114 0.125 0.059 0.040 0.026 0.015 104 Y 0.089 0.084 0.035 0.102 0.111 0.146 0.182 0.099 0.073 0.047 0.032 105 D 0.370 0.324 0.050 0.121 0.055 0.028 0.025 0.013 0.007 0.004 0.003 106 A 0.047 0.028 0.024 0.052 0.074 0.108 0.170 0.128 0.145 0.117 0.108 107 E 0.160 0.169 0.127 0.219 0.146 0.078 0.051 0.026 0.013 0.007 0.004 108 I 0.010 0.017 0.030 0.064 0.082 0.145 0.218 0.151 0.137 0.094 0.051 109 V 0.010 0.018 0.029 0.052 0.070 0.087 0.142 0.146 0.170 0.155 0.120 110 R 0.020 0.021 0.056 0.093 0.115 0.145 0.211 0.136 0.106 0.069 0.028 111 M 0.056 0.150 0.272 0.266 0.126 0.063 0.037 0.015 0.008 0.004 0.002 112 A 0.022 0.027 0.027 0.040 0.061 0.082 0.177 0.167 0.152 0.130 0.116 113 P 0.349 0.252 0.074 0.137 0.081 0.038 0.033 0.019 0.010 0.006 0.003 114 E 0.485 0.184 0.088 0.130 0.053 0.025 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 115 Q 0.211 0.105 0.080 0.131 0.112 0.111 0.113 0.062 0.037 0.025 0.013 116 K 0.156 0.278 0.095 0.204 0.117 0.062 0.046 0.024 0.011 0.005 0.002 117 L 0.040 0.050 0.043 0.060 0.077 0.122 0.177 0.148 0.120 0.100 0.061 118 A 0.144 0.189 0.134 0.194 0.126 0.078 0.069 0.034 0.018 0.009 0.005 119 P 0.490 0.167 0.087 0.139 0.059 0.025 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 120 A 0.166 0.049 0.047 0.073 0.086 0.089 0.147 0.118 0.099 0.072 0.056 121 R 0.055 0.157 0.080 0.216 0.167 0.103 0.099 0.061 0.034 0.020 0.008 122 R 0.012 0.024 0.051 0.083 0.112 0.164 0.216 0.140 0.100 0.069 0.030 123 K 0.111 0.122 0.280 0.230 0.122 0.065 0.040 0.017 0.008 0.004 0.002 124 V 0.036 0.034 0.091 0.154 0.145 0.139 0.186 0.108 0.056 0.034 0.017 125 L 0.004 0.009 0.024 0.031 0.047 0.076 0.150 0.148 0.202 0.194 0.115 126 I 0.002 0.005 0.022 0.033 0.061 0.102 0.208 0.163 0.182 0.146 0.076 127 Q 0.014 0.029 0.303 0.172 0.137 0.121 0.105 0.051 0.036 0.023 0.010 128 K 0.010 0.018 0.083 0.106 0.131 0.167 0.250 0.116 0.064 0.036 0.019 129 F 0.001 0.002 0.007 0.008 0.015 0.027 0.085 0.136 0.236 0.260 0.224 130 A 0.002 0.004 0.017 0.028 0.057 0.100 0.207 0.168 0.180 0.150 0.086 131 T 0.015 0.030 0.268 0.180 0.150 0.122 0.114 0.052 0.036 0.022 0.011 132 H 0.008 0.017 0.069 0.081 0.114 0.160 0.265 0.132 0.080 0.047 0.028 133 A 0.001 0.003 0.009 0.009 0.016 0.030 0.089 0.118 0.241 0.252 0.233 134 A 0.007 0.009 0.032 0.054 0.093 0.134 0.242 0.152 0.132 0.094 0.051 135 R 0.013 0.036 0.283 0.185 0.143 0.124 0.110 0.045 0.032 0.020 0.009 136 R 0.003 0.008 0.039 0.044 0.069 0.131 0.245 0.162 0.139 0.103 0.057 137 L 0.003 0.005 0.015 0.020 0.030 0.071 0.163 0.152 0.216 0.211 0.115 138 Q 0.017 0.036 0.155 0.150 0.138 0.148 0.162 0.079 0.060 0.038 0.017 139 A 0.018 0.030 0.131 0.124 0.125 0.155 0.186 0.097 0.065 0.047 0.021 140 L 0.019 0.018 0.040 0.046 0.057 0.109 0.202 0.148 0.158 0.136 0.068 141 R 0.061 0.082 0.086 0.132 0.121 0.136 0.166 0.095 0.063 0.040 0.019 142 D 0.049 0.119 0.129 0.140 0.114 0.114 0.126 0.077 0.059 0.045 0.027 143 P 0.205 0.139 0.075 0.126 0.114 0.096 0.109 0.062 0.037 0.022 0.014 144 E 0.630 0.179 0.046 0.072 0.031 0.015 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 145 G 0.173 0.109 0.044 0.106 0.096 0.097 0.129 0.090 0.071 0.051 0.034 146 H 0.134 0.124 0.050 0.138 0.132 0.111 0.119 0.081 0.054 0.036 0.021 147 G 0.229 0.150 0.097 0.158 0.112 0.085 0.076 0.045 0.026 0.014 0.007 148 I 0.090 0.103 0.080 0.147 0.123 0.115 0.135 0.088 0.058 0.038 0.023 149 F 0.077 0.082 0.046 0.112 0.110 0.110 0.156 0.114 0.092 0.063 0.037 150 E 0.326 0.202 0.092 0.161 0.094 0.047 0.037 0.021 0.012 0.006 0.004