# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 129 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.013 0.007 0.025 0.031 0.029 0.095 0.001 0.001 0.003 0.686 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 3 M 0.041 0.004 0.001 0.058 0.029 0.086 0.144 0.001 0.001 0.001 0.635 4 T 0.283 0.020 0.002 0.034 0.015 0.024 0.104 0.001 0.001 0.007 0.511 5 L 0.138 0.057 0.004 0.053 0.026 0.047 0.102 0.002 0.001 0.003 0.568 6 D 0.156 0.045 0.012 0.038 0.017 0.036 0.167 0.004 0.001 0.008 0.517 7 L 0.255 0.083 0.018 0.042 0.011 0.030 0.094 0.006 0.001 0.009 0.454 8 Q 0.046 0.068 0.006 0.016 0.011 0.013 0.297 0.002 0.001 0.003 0.539 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.987 10 G 0.014 0.068 0.001 0.008 0.004 0.014 0.194 0.001 0.001 0.001 0.696 11 Q 0.060 0.379 0.002 0.003 0.002 0.004 0.166 0.001 0.001 0.002 0.382 12 R 0.019 0.815 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.120 13 L 0.005 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.017 14 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 15 R 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 16 G 0.022 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.028 17 V 0.007 0.970 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.010 18 A 0.003 0.959 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.028 19 R 0.005 0.932 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.053 20 H 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.017 21 L 0.006 0.974 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.006 22 R 0.003 0.972 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.003 23 A 0.030 0.919 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.016 24 H 0.209 0.620 0.032 0.003 0.001 0.001 0.002 0.088 0.001 0.001 0.040 25 G 0.624 0.067 0.046 0.006 0.010 0.011 0.012 0.078 0.001 0.002 0.145 26 F 0.030 0.008 0.684 0.075 0.005 0.005 0.025 0.004 0.001 0.001 0.163 27 V 0.023 0.008 0.015 0.260 0.254 0.244 0.041 0.003 0.001 0.003 0.150 28 S 0.005 0.003 0.002 0.233 0.053 0.045 0.071 0.001 0.001 0.002 0.585 29 V 0.009 0.004 0.002 0.526 0.069 0.217 0.019 0.001 0.001 0.002 0.153 30 E 0.007 0.004 0.001 0.328 0.039 0.112 0.155 0.001 0.001 0.005 0.350 31 E 0.042 0.005 0.001 0.337 0.038 0.080 0.140 0.001 0.001 0.008 0.350 32 F 0.123 0.019 0.006 0.312 0.056 0.099 0.062 0.002 0.001 0.011 0.310 33 V 0.036 0.034 0.009 0.068 0.212 0.195 0.103 0.004 0.001 0.006 0.334 34 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.957 35 A 0.014 0.003 0.001 0.043 0.087 0.253 0.076 0.001 0.001 0.001 0.520 36 R 0.124 0.007 0.001 0.015 0.015 0.019 0.145 0.001 0.001 0.016 0.656 37 G 0.438 0.008 0.008 0.016 0.011 0.020 0.074 0.002 0.001 0.025 0.399 38 L 0.429 0.007 0.054 0.045 0.023 0.024 0.152 0.001 0.001 0.014 0.251 39 R 0.043 0.003 0.002 0.101 0.065 0.059 0.135 0.001 0.001 0.002 0.589 40 V 0.007 0.001 0.001 0.132 0.117 0.173 0.030 0.001 0.001 0.001 0.538 41 D 0.004 0.002 0.001 0.281 0.216 0.395 0.033 0.001 0.001 0.002 0.066 42 V 0.009 0.003 0.001 0.270 0.118 0.286 0.059 0.001 0.001 0.003 0.251 43 M 0.007 0.003 0.001 0.609 0.109 0.212 0.013 0.001 0.001 0.001 0.046 44 G 0.007 0.004 0.001 0.304 0.175 0.336 0.027 0.001 0.001 0.003 0.143 45 L 0.010 0.005 0.003 0.266 0.177 0.303 0.038 0.002 0.001 0.003 0.193 46 G 0.009 0.002 0.005 0.116 0.247 0.331 0.070 0.001 0.001 0.004 0.216 47 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.015 0.009 0.001 0.001 0.001 0.963 48 K 0.004 0.001 0.001 0.040 0.007 0.016 0.267 0.001 0.001 0.002 0.662 49 G 0.581 0.001 0.004 0.008 0.024 0.027 0.048 0.001 0.001 0.101 0.206 50 E 0.348 0.001 0.002 0.033 0.036 0.026 0.222 0.001 0.001 0.007 0.324 51 I 0.010 0.001 0.001 0.047 0.095 0.230 0.034 0.001 0.001 0.001 0.583 52 W 0.001 0.001 0.001 0.051 0.350 0.569 0.010 0.001 0.001 0.001 0.019 53 V 0.001 0.001 0.001 0.131 0.157 0.416 0.030 0.001 0.001 0.001 0.264 54 I 0.001 0.001 0.001 0.272 0.361 0.334 0.005 0.001 0.001 0.001 0.027 55 E 0.001 0.001 0.001 0.160 0.281 0.314 0.034 0.001 0.001 0.001 0.209 56 C 0.001 0.001 0.001 0.120 0.343 0.365 0.027 0.001 0.001 0.001 0.143 57 K 0.001 0.001 0.001 0.125 0.191 0.392 0.067 0.001 0.001 0.001 0.221 58 S 0.003 0.002 0.001 0.100 0.109 0.177 0.157 0.001 0.001 0.005 0.446 59 S 0.015 0.006 0.002 0.064 0.058 0.074 0.270 0.001 0.001 0.010 0.503 60 R 0.021 0.009 0.002 0.023 0.012 0.026 0.143 0.001 0.001 0.007 0.756 61 A 0.019 0.024 0.001 0.017 0.007 0.014 0.439 0.001 0.001 0.011 0.467 62 D 0.253 0.044 0.002 0.010 0.009 0.015 0.239 0.003 0.001 0.019 0.407 63 F 0.180 0.527 0.012 0.011 0.013 0.017 0.064 0.007 0.001 0.005 0.163 64 Q 0.056 0.517 0.011 0.009 0.016 0.031 0.112 0.009 0.001 0.002 0.236 65 A 0.100 0.394 0.007 0.014 0.014 0.022 0.102 0.014 0.001 0.004 0.327 66 D 0.168 0.334 0.010 0.009 0.018 0.027 0.056 0.022 0.001 0.006 0.348 67 A 0.175 0.275 0.054 0.012 0.011 0.016 0.099 0.014 0.001 0.006 0.338 68 K 0.048 0.133 0.017 0.012 0.007 0.010 0.219 0.006 0.001 0.003 0.545 69 W 0.127 0.171 0.020 0.016 0.013 0.023 0.092 0.007 0.001 0.006 0.527 70 Q 0.144 0.193 0.013 0.021 0.011 0.028 0.070 0.006 0.001 0.005 0.509 71 G 0.093 0.091 0.007 0.014 0.006 0.011 0.129 0.003 0.001 0.003 0.642 72 Y 0.202 0.185 0.015 0.017 0.011 0.024 0.063 0.006 0.001 0.004 0.472 73 L 0.164 0.212 0.007 0.018 0.015 0.045 0.046 0.006 0.001 0.004 0.484 74 E 0.091 0.129 0.007 0.014 0.006 0.015 0.072 0.006 0.001 0.002 0.657 75 W 0.366 0.208 0.019 0.017 0.009 0.015 0.048 0.012 0.001 0.003 0.304 76 C 0.233 0.261 0.021 0.032 0.024 0.035 0.027 0.012 0.001 0.002 0.353 77 D 0.064 0.139 0.012 0.052 0.053 0.064 0.042 0.008 0.001 0.003 0.564 78 R 0.082 0.114 0.012 0.068 0.049 0.069 0.076 0.006 0.001 0.005 0.518 79 Y 0.188 0.144 0.016 0.151 0.069 0.110 0.074 0.005 0.001 0.004 0.241 80 F 0.033 0.076 0.009 0.250 0.195 0.198 0.045 0.004 0.001 0.002 0.189 81 W 0.014 0.033 0.007 0.169 0.175 0.246 0.030 0.002 0.001 0.002 0.321 82 A 0.018 0.033 0.006 0.341 0.137 0.244 0.031 0.002 0.001 0.003 0.184 83 V 0.017 0.014 0.002 0.118 0.197 0.308 0.047 0.001 0.001 0.002 0.293 84 D 0.011 0.006 0.001 0.068 0.082 0.169 0.049 0.001 0.001 0.002 0.611 85 M 0.056 0.006 0.002 0.067 0.051 0.178 0.060 0.001 0.001 0.007 0.571 86 E 0.190 0.006 0.007 0.058 0.010 0.028 0.226 0.003 0.001 0.029 0.443 87 F 0.606 0.016 0.032 0.023 0.015 0.017 0.120 0.002 0.001 0.014 0.154 88 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.982 89 A 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.965 90 E 0.030 0.003 0.001 0.021 0.005 0.025 0.247 0.001 0.001 0.005 0.664 91 L 0.773 0.005 0.002 0.006 0.002 0.004 0.058 0.001 0.001 0.007 0.142 92 L 0.657 0.096 0.046 0.010 0.008 0.011 0.030 0.004 0.001 0.004 0.133 93 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.987 94 A 0.019 0.002 0.001 0.021 0.008 0.022 0.025 0.001 0.001 0.001 0.900 95 E 0.265 0.017 0.002 0.044 0.018 0.024 0.122 0.002 0.001 0.008 0.498 96 S 0.317 0.029 0.015 0.100 0.038 0.030 0.131 0.002 0.001 0.009 0.330 97 G 0.069 0.026 0.025 0.234 0.175 0.226 0.065 0.003 0.001 0.009 0.169 98 L 0.014 0.021 0.009 0.425 0.126 0.171 0.074 0.001 0.001 0.003 0.156 99 L 0.004 0.008 0.001 0.446 0.209 0.258 0.013 0.001 0.001 0.001 0.061 100 I 0.003 0.008 0.002 0.284 0.161 0.277 0.021 0.001 0.001 0.001 0.243 101 A 0.004 0.010 0.001 0.404 0.198 0.278 0.023 0.001 0.001 0.001 0.080 102 D 0.009 0.005 0.002 0.104 0.155 0.218 0.082 0.001 0.001 0.004 0.420 103 A 0.027 0.009 0.005 0.061 0.063 0.164 0.076 0.001 0.001 0.006 0.587 104 Y 0.013 0.003 0.001 0.020 0.012 0.032 0.545 0.001 0.001 0.014 0.360 105 D 0.489 0.005 0.004 0.006 0.012 0.011 0.190 0.001 0.001 0.033 0.249 106 A 0.132 0.067 0.019 0.020 0.020 0.026 0.093 0.001 0.001 0.010 0.610 107 E 0.010 0.035 0.003 0.035 0.107 0.159 0.366 0.001 0.001 0.003 0.282 108 I 0.040 0.055 0.003 0.028 0.149 0.190 0.113 0.001 0.001 0.003 0.418 109 V 0.026 0.202 0.004 0.063 0.234 0.323 0.024 0.003 0.001 0.002 0.120 110 R 0.028 0.165 0.008 0.070 0.172 0.266 0.038 0.005 0.001 0.002 0.246 111 M 0.069 0.115 0.012 0.064 0.102 0.210 0.030 0.011 0.001 0.003 0.386 112 A 0.077 0.055 0.008 0.035 0.178 0.192 0.048 0.007 0.001 0.003 0.397 113 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.983 114 E 0.022 0.007 0.004 0.019 0.025 0.100 0.127 0.001 0.001 0.002 0.693 115 Q 0.345 0.032 0.004 0.014 0.019 0.031 0.101 0.002 0.001 0.017 0.435 116 K 0.259 0.054 0.005 0.009 0.010 0.014 0.065 0.002 0.001 0.004 0.577 117 L 0.204 0.087 0.042 0.026 0.014 0.038 0.083 0.006 0.001 0.007 0.493 118 A 0.061 0.049 0.005 0.015 0.016 0.023 0.149 0.002 0.001 0.003 0.677 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.994 120 A 0.046 0.023 0.003 0.008 0.006 0.018 0.083 0.001 0.001 0.001 0.812 121 R 0.242 0.094 0.003 0.004 0.002 0.004 0.136 0.002 0.001 0.004 0.509 122 R 0.168 0.316 0.006 0.005 0.003 0.006 0.071 0.002 0.001 0.002 0.422 123 K 0.065 0.314 0.006 0.006 0.004 0.008 0.079 0.003 0.001 0.002 0.514 124 V 0.043 0.562 0.003 0.004 0.001 0.003 0.081 0.002 0.001 0.001 0.300 125 L 0.017 0.844 0.002 0.002 0.001 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.105 126 I 0.007 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.046 127 Q 0.005 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.035 128 K 0.010 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.029 129 F 0.013 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.017 130 A 0.007 0.973 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 131 T 0.015 0.918 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.053 132 H 0.037 0.889 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.057 133 A 0.028 0.904 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.050 134 A 0.017 0.892 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.065 135 R 0.018 0.909 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.053 136 R 0.021 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.053 137 L 0.021 0.937 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.027 138 Q 0.034 0.879 0.005 0.003 0.002 0.003 0.006 0.015 0.001 0.001 0.052 139 A 0.107 0.787 0.013 0.003 0.002 0.003 0.007 0.026 0.001 0.001 0.053 140 L 0.186 0.657 0.026 0.009 0.003 0.008 0.004 0.043 0.001 0.001 0.061 141 R 0.323 0.333 0.021 0.009 0.005 0.012 0.032 0.075 0.001 0.002 0.188 142 D 0.314 0.137 0.048 0.021 0.018 0.018 0.060 0.056 0.001 0.004 0.323 143 P 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.976 144 E 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.833 0.001 0.001 0.002 0.154 145 G 0.617 0.013 0.007 0.004 0.003 0.003 0.133 0.001 0.001 0.040 0.180 146 H 0.155 0.275 0.019 0.029 0.011 0.011 0.114 0.003 0.001 0.007 0.374 147 G 0.043 0.115 0.009 0.037 0.022 0.032 0.126 0.003 0.001 0.004 0.610 148 I 0.101 0.125 0.003 0.070 0.031 0.067 0.082 0.004 0.001 0.005 0.513 149 F 0.108 0.138 0.004 0.077 0.062 0.099 0.085 0.006 0.001 0.006 0.414 150 E 0.099 0.082 0.012 0.041 0.042 0.080 0.107 0.006 0.001 0.005 0.526