# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 129 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.020 0.025 0.015 0.030 0.078 0.007 0.770 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 3 M 0.029 0.009 0.015 0.010 0.022 0.133 0.004 0.777 4 T 0.333 0.031 0.022 0.011 0.014 0.091 0.012 0.487 5 L 0.313 0.081 0.023 0.010 0.015 0.069 0.013 0.476 6 D 0.201 0.107 0.031 0.013 0.019 0.156 0.013 0.460 7 L 0.219 0.144 0.029 0.009 0.024 0.073 0.021 0.481 8 Q 0.131 0.117 0.022 0.009 0.014 0.174 0.015 0.518 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 10 G 0.022 0.079 0.019 0.007 0.017 0.221 0.004 0.631 11 Q 0.170 0.295 0.020 0.008 0.007 0.099 0.004 0.396 12 R 0.026 0.760 0.006 0.001 0.002 0.025 0.001 0.178 13 L 0.010 0.950 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.028 14 A 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 15 R 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 16 G 0.011 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.023 17 V 0.009 0.968 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 18 A 0.010 0.951 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.027 19 R 0.010 0.965 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 20 H 0.011 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.018 21 L 0.011 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 22 R 0.018 0.948 0.012 0.001 0.002 0.001 0.005 0.012 23 A 0.063 0.844 0.005 0.003 0.002 0.008 0.028 0.047 24 H 0.199 0.457 0.015 0.002 0.002 0.008 0.238 0.079 25 G 0.590 0.055 0.080 0.006 0.004 0.009 0.163 0.092 26 F 0.018 0.014 0.725 0.025 0.011 0.024 0.005 0.179 27 V 0.021 0.010 0.400 0.165 0.101 0.069 0.003 0.230 28 S 0.027 0.004 0.168 0.035 0.075 0.034 0.002 0.654 29 V 0.013 0.006 0.457 0.106 0.118 0.088 0.001 0.211 30 E 0.006 0.003 0.115 0.058 0.073 0.085 0.002 0.659 31 E 0.030 0.006 0.085 0.049 0.098 0.250 0.006 0.476 32 F 0.150 0.016 0.166 0.073 0.164 0.063 0.015 0.354 33 V 0.057 0.011 0.124 0.079 0.108 0.086 0.006 0.527 34 P 0.002 0.001 0.005 0.005 0.013 0.003 0.001 0.972 35 A 0.037 0.009 0.056 0.053 0.157 0.132 0.006 0.551 36 R 0.089 0.008 0.023 0.025 0.041 0.106 0.013 0.695 37 G 0.311 0.010 0.034 0.015 0.031 0.075 0.047 0.477 38 L 0.257 0.015 0.083 0.061 0.043 0.163 0.018 0.360 39 R 0.030 0.010 0.074 0.091 0.131 0.122 0.006 0.535 40 V 0.029 0.007 0.101 0.198 0.370 0.042 0.003 0.250 41 D 0.007 0.008 0.138 0.343 0.425 0.024 0.001 0.054 42 V 0.012 0.010 0.165 0.315 0.349 0.037 0.002 0.110 43 M 0.003 0.010 0.091 0.421 0.433 0.013 0.001 0.028 44 G 0.009 0.010 0.131 0.270 0.488 0.019 0.003 0.069 45 L 0.014 0.010 0.131 0.259 0.377 0.034 0.005 0.170 46 G 0.009 0.005 0.095 0.249 0.371 0.048 0.005 0.219 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.994 48 K 0.007 0.001 0.012 0.019 0.045 0.128 0.004 0.784 49 G 0.524 0.001 0.010 0.012 0.016 0.062 0.037 0.339 50 E 0.501 0.002 0.036 0.042 0.034 0.187 0.012 0.186 51 I 0.019 0.001 0.114 0.083 0.118 0.051 0.002 0.613 52 W 0.006 0.001 0.160 0.313 0.394 0.030 0.001 0.096 53 V 0.003 0.001 0.329 0.129 0.231 0.017 0.001 0.290 54 I 0.001 0.001 0.452 0.202 0.301 0.010 0.001 0.032 55 E 0.001 0.001 0.634 0.084 0.163 0.025 0.001 0.093 56 C 0.002 0.001 0.464 0.089 0.168 0.019 0.001 0.257 57 K 0.003 0.001 0.287 0.067 0.200 0.064 0.001 0.377 58 S 0.019 0.001 0.162 0.040 0.094 0.164 0.002 0.517 59 S 0.027 0.005 0.047 0.024 0.056 0.262 0.008 0.573 60 R 0.058 0.012 0.025 0.010 0.027 0.128 0.008 0.732 61 A 0.031 0.024 0.012 0.005 0.009 0.295 0.005 0.619 62 D 0.191 0.145 0.020 0.010 0.017 0.175 0.026 0.417 63 F 0.323 0.398 0.032 0.004 0.010 0.041 0.019 0.172 64 Q 0.064 0.519 0.013 0.010 0.017 0.177 0.014 0.186 65 A 0.149 0.484 0.010 0.003 0.009 0.113 0.031 0.201 66 D 0.236 0.417 0.020 0.005 0.007 0.036 0.056 0.224 67 A 0.151 0.248 0.053 0.006 0.005 0.064 0.032 0.442 68 K 0.047 0.223 0.036 0.009 0.008 0.257 0.015 0.405 69 W 0.152 0.339 0.021 0.007 0.012 0.130 0.014 0.326 70 Q 0.096 0.553 0.026 0.005 0.006 0.047 0.013 0.254 71 G 0.113 0.272 0.019 0.003 0.005 0.045 0.020 0.523 72 Y 0.180 0.360 0.025 0.003 0.006 0.077 0.018 0.330 73 L 0.088 0.598 0.020 0.016 0.022 0.032 0.012 0.213 74 E 0.064 0.465 0.016 0.011 0.013 0.076 0.012 0.342 75 W 0.137 0.489 0.016 0.005 0.007 0.058 0.024 0.264 76 C 0.189 0.597 0.046 0.014 0.026 0.009 0.019 0.099 77 D 0.057 0.483 0.060 0.075 0.046 0.033 0.014 0.233 78 R 0.119 0.258 0.061 0.049 0.061 0.062 0.038 0.353 79 Y 0.273 0.169 0.164 0.069 0.089 0.019 0.039 0.178 80 F 0.022 0.082 0.316 0.255 0.183 0.034 0.008 0.100 81 W 0.015 0.019 0.394 0.180 0.175 0.025 0.003 0.188 82 A 0.011 0.011 0.374 0.164 0.260 0.013 0.002 0.166 83 V 0.008 0.005 0.218 0.220 0.282 0.063 0.001 0.203 84 D 0.003 0.003 0.064 0.082 0.122 0.040 0.001 0.684 85 M 0.018 0.005 0.066 0.039 0.110 0.108 0.007 0.647 86 E 0.183 0.004 0.017 0.013 0.030 0.230 0.023 0.501 87 F 0.362 0.012 0.054 0.038 0.052 0.096 0.022 0.364 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.993 89 A 0.005 0.001 0.006 0.009 0.025 0.023 0.001 0.930 90 E 0.119 0.016 0.031 0.034 0.051 0.171 0.006 0.572 91 L 0.407 0.026 0.013 0.017 0.033 0.069 0.017 0.418 92 L 0.393 0.049 0.072 0.023 0.049 0.075 0.016 0.324 93 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 94 A 0.006 0.002 0.006 0.005 0.017 0.023 0.001 0.940 95 E 0.195 0.013 0.040 0.021 0.030 0.177 0.015 0.510 96 S 0.522 0.017 0.050 0.044 0.048 0.046 0.037 0.236 97 G 0.136 0.028 0.227 0.179 0.184 0.063 0.014 0.169 98 L 0.021 0.008 0.207 0.314 0.246 0.036 0.002 0.166 99 L 0.006 0.006 0.126 0.395 0.387 0.015 0.001 0.064 100 I 0.003 0.003 0.062 0.296 0.519 0.007 0.001 0.108 101 A 0.005 0.005 0.122 0.261 0.421 0.044 0.001 0.140 102 D 0.005 0.004 0.039 0.368 0.396 0.034 0.003 0.151 103 A 0.020 0.005 0.039 0.084 0.184 0.104 0.007 0.556 104 Y 0.018 0.004 0.012 0.025 0.038 0.661 0.009 0.234 105 D 0.209 0.009 0.014 0.021 0.039 0.307 0.053 0.349 106 A 0.083 0.042 0.050 0.091 0.124 0.066 0.013 0.531 107 E 0.017 0.031 0.068 0.233 0.297 0.178 0.004 0.171 108 I 0.025 0.021 0.033 0.229 0.382 0.038 0.002 0.270 109 V 0.006 0.045 0.041 0.279 0.571 0.009 0.001 0.048 110 R 0.017 0.036 0.034 0.350 0.407 0.016 0.003 0.136 111 M 0.027 0.061 0.033 0.133 0.329 0.023 0.007 0.388 112 A 0.053 0.047 0.052 0.112 0.319 0.057 0.011 0.348 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 114 E 0.018 0.008 0.012 0.019 0.051 0.105 0.004 0.783 115 Q 0.433 0.019 0.014 0.014 0.018 0.084 0.010 0.408 116 K 0.455 0.046 0.014 0.008 0.014 0.050 0.015 0.397 117 L 0.206 0.106 0.063 0.014 0.037 0.053 0.012 0.509 118 A 0.071 0.052 0.025 0.010 0.016 0.163 0.007 0.655 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 120 A 0.027 0.038 0.019 0.005 0.013 0.130 0.003 0.763 121 R 0.167 0.151 0.017 0.007 0.009 0.160 0.007 0.482 122 R 0.073 0.455 0.010 0.004 0.011 0.045 0.005 0.398 123 K 0.042 0.664 0.014 0.002 0.004 0.030 0.004 0.240 124 V 0.034 0.733 0.010 0.002 0.003 0.019 0.004 0.196 125 L 0.008 0.940 0.006 0.001 0.002 0.008 0.001 0.035 126 I 0.007 0.961 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.021 127 Q 0.007 0.971 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 128 K 0.007 0.962 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.022 129 F 0.012 0.960 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.019 130 A 0.013 0.966 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 131 T 0.023 0.945 0.004 0.001 0.001 0.004 0.005 0.018 132 H 0.029 0.931 0.002 0.001 0.001 0.005 0.007 0.026 133 A 0.022 0.920 0.002 0.001 0.001 0.008 0.008 0.040 134 A 0.019 0.876 0.006 0.001 0.001 0.011 0.010 0.078 135 R 0.022 0.835 0.012 0.001 0.001 0.027 0.009 0.094 136 R 0.031 0.911 0.010 0.001 0.001 0.007 0.006 0.034 137 L 0.014 0.948 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 138 Q 0.027 0.900 0.012 0.002 0.002 0.007 0.008 0.042 139 A 0.103 0.796 0.009 0.003 0.003 0.006 0.023 0.057 140 L 0.305 0.500 0.021 0.010 0.011 0.006 0.075 0.072 141 R 0.214 0.337 0.042 0.012 0.010 0.054 0.090 0.240 142 D 0.169 0.207 0.057 0.043 0.030 0.134 0.062 0.298 143 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 144 E 0.005 0.005 0.005 0.002 0.002 0.852 0.004 0.126 145 G 0.893 0.003 0.001 0.001 0.001 0.029 0.019 0.054 146 H 0.170 0.229 0.092 0.018 0.022 0.094 0.010 0.366 147 G 0.042 0.082 0.066 0.039 0.053 0.161 0.006 0.552 148 I 0.175 0.075 0.026 0.026 0.069 0.071 0.009 0.550 149 F 0.123 0.168 0.037 0.075 0.138 0.083 0.013 0.363 150 E 0.052 0.087 0.033 0.045 0.062 0.098 0.013 0.610