# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 129 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.160 0.499 0.013 0.057 0.026 0.012 0.001 0.147 0.012 0.001 2 P 0.653 0.005 0.287 0.020 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 3 M 0.517 0.037 0.068 0.298 0.018 0.018 0.021 0.014 0.007 0.002 0.001 4 T 0.461 0.094 0.123 0.224 0.027 0.018 0.027 0.005 0.017 0.002 0.001 5 L 0.499 0.150 0.168 0.123 0.015 0.013 0.013 0.002 0.014 0.001 0.001 6 D 0.318 0.132 0.245 0.120 0.032 0.075 0.046 0.005 0.019 0.004 0.003 7 L 0.473 0.084 0.239 0.142 0.017 0.024 0.008 0.002 0.009 0.001 0.001 8 Q 0.267 0.110 0.444 0.008 0.019 0.027 0.008 0.001 0.110 0.006 0.001 9 P 0.817 0.001 0.151 0.018 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 10 G 0.949 0.002 0.010 0.023 0.003 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 11 Q 0.987 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.994 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.990 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 17 V 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.995 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 H 0.959 0.003 0.008 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 21 L 0.953 0.002 0.008 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 R 0.972 0.004 0.006 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.915 0.007 0.007 0.065 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 H 0.097 0.008 0.023 0.841 0.003 0.002 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 25 G 0.017 0.003 0.010 0.011 0.033 0.002 0.278 0.574 0.002 0.070 0.001 26 F 0.062 0.293 0.448 0.080 0.031 0.039 0.036 0.003 0.006 0.001 0.001 27 V 0.033 0.587 0.259 0.030 0.054 0.024 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 28 S 0.019 0.451 0.321 0.014 0.067 0.090 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 29 V 0.122 0.553 0.197 0.019 0.025 0.064 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 30 E 0.330 0.384 0.172 0.041 0.031 0.022 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 31 E 0.260 0.427 0.112 0.075 0.067 0.013 0.016 0.001 0.027 0.001 0.001 32 F 0.079 0.500 0.206 0.056 0.078 0.029 0.017 0.001 0.031 0.001 0.001 33 V 0.022 0.435 0.337 0.004 0.033 0.028 0.004 0.001 0.136 0.001 0.001 34 P 0.092 0.009 0.812 0.007 0.005 0.035 0.002 0.001 0.006 0.009 0.024 35 A 0.567 0.055 0.181 0.120 0.009 0.019 0.014 0.006 0.016 0.006 0.006 36 R 0.099 0.031 0.090 0.464 0.033 0.009 0.206 0.042 0.011 0.013 0.002 37 G 0.008 0.005 0.020 0.009 0.049 0.003 0.081 0.685 0.002 0.137 0.001 38 L 0.076 0.278 0.476 0.084 0.029 0.030 0.013 0.002 0.010 0.001 0.002 39 R 0.055 0.412 0.348 0.052 0.024 0.075 0.016 0.001 0.015 0.001 0.001 40 V 0.065 0.457 0.312 0.029 0.081 0.039 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 41 D 0.113 0.285 0.342 0.042 0.057 0.123 0.010 0.002 0.023 0.002 0.002 42 V 0.146 0.503 0.189 0.043 0.047 0.049 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 43 M 0.133 0.627 0.100 0.047 0.054 0.013 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 44 G 0.048 0.414 0.195 0.027 0.199 0.035 0.022 0.002 0.051 0.003 0.002 45 L 0.069 0.439 0.239 0.130 0.024 0.037 0.018 0.001 0.040 0.001 0.004 46 G 0.010 0.059 0.360 0.004 0.164 0.020 0.021 0.013 0.127 0.218 0.001 47 P 0.362 0.008 0.527 0.026 0.003 0.009 0.002 0.001 0.004 0.009 0.049 48 K 0.141 0.076 0.183 0.353 0.020 0.012 0.178 0.017 0.013 0.003 0.003 49 G 0.016 0.015 0.049 0.018 0.147 0.004 0.089 0.539 0.003 0.120 0.001 50 E 0.037 0.360 0.416 0.083 0.033 0.039 0.018 0.002 0.010 0.001 0.001 51 I 0.009 0.664 0.241 0.013 0.036 0.024 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 52 W 0.011 0.703 0.166 0.011 0.068 0.025 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 53 V 0.006 0.816 0.108 0.003 0.024 0.030 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 54 I 0.007 0.827 0.089 0.001 0.041 0.026 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 55 E 0.012 0.651 0.204 0.004 0.039 0.062 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 56 C 0.018 0.588 0.226 0.009 0.051 0.081 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 57 K 0.095 0.406 0.222 0.036 0.141 0.059 0.012 0.003 0.017 0.007 0.003 58 S 0.042 0.482 0.223 0.048 0.107 0.035 0.006 0.001 0.054 0.001 0.001 59 S 0.186 0.218 0.327 0.051 0.045 0.098 0.012 0.002 0.054 0.005 0.003 60 R 0.703 0.049 0.120 0.083 0.009 0.013 0.012 0.001 0.005 0.002 0.002 61 A 0.778 0.064 0.052 0.055 0.023 0.006 0.010 0.004 0.005 0.002 0.001 62 D 0.495 0.058 0.116 0.232 0.023 0.040 0.015 0.002 0.017 0.001 0.001 63 F 0.779 0.030 0.058 0.096 0.009 0.011 0.006 0.002 0.007 0.001 0.001 64 Q 0.784 0.053 0.055 0.072 0.005 0.009 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 65 A 0.710 0.053 0.056 0.124 0.030 0.007 0.008 0.003 0.008 0.002 0.001 66 D 0.459 0.053 0.131 0.254 0.016 0.026 0.031 0.004 0.023 0.002 0.001 67 A 0.687 0.026 0.096 0.128 0.012 0.012 0.022 0.006 0.006 0.003 0.001 68 K 0.644 0.064 0.124 0.096 0.013 0.020 0.023 0.003 0.009 0.003 0.001 69 W 0.588 0.065 0.169 0.116 0.011 0.024 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 70 Q 0.725 0.030 0.122 0.080 0.005 0.006 0.020 0.002 0.006 0.002 0.002 71 G 0.664 0.013 0.040 0.061 0.042 0.008 0.030 0.100 0.004 0.037 0.001 72 Y 0.659 0.045 0.095 0.161 0.009 0.017 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 73 L 0.847 0.043 0.058 0.035 0.002 0.005 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 74 E 0.826 0.052 0.050 0.032 0.010 0.007 0.015 0.002 0.004 0.001 0.001 75 W 0.612 0.063 0.075 0.186 0.028 0.016 0.007 0.003 0.009 0.001 0.001 76 C 0.565 0.099 0.130 0.146 0.019 0.013 0.010 0.002 0.014 0.001 0.001 77 D 0.505 0.065 0.099 0.178 0.038 0.021 0.064 0.016 0.007 0.006 0.001 78 R 0.244 0.302 0.108 0.159 0.111 0.016 0.037 0.005 0.017 0.001 0.001 79 Y 0.097 0.563 0.212 0.040 0.049 0.016 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 80 F 0.048 0.656 0.188 0.016 0.036 0.026 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 81 W 0.038 0.721 0.125 0.014 0.058 0.020 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 82 A 0.038 0.495 0.236 0.019 0.091 0.081 0.015 0.001 0.021 0.001 0.001 83 V 0.034 0.633 0.186 0.019 0.065 0.027 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 84 D 0.039 0.128 0.558 0.017 0.026 0.128 0.021 0.002 0.065 0.008 0.007 85 M 0.577 0.068 0.165 0.113 0.025 0.016 0.014 0.004 0.008 0.005 0.006 86 E 0.196 0.128 0.148 0.356 0.019 0.033 0.099 0.009 0.009 0.001 0.002 87 F 0.029 0.383 0.308 0.012 0.139 0.010 0.005 0.001 0.111 0.003 0.001 88 P 0.030 0.004 0.868 0.002 0.002 0.057 0.001 0.001 0.006 0.003 0.026 89 A 0.833 0.012 0.106 0.031 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 90 E 0.792 0.058 0.078 0.051 0.003 0.007 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 91 L 0.297 0.049 0.064 0.559 0.008 0.013 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 92 L 0.040 0.188 0.372 0.006 0.033 0.015 0.006 0.001 0.337 0.003 0.001 93 P 0.129 0.002 0.807 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 0.004 0.003 0.028 94 A 0.645 0.016 0.233 0.078 0.004 0.006 0.004 0.004 0.003 0.002 0.003 95 E 0.252 0.103 0.147 0.406 0.023 0.020 0.018 0.010 0.017 0.002 0.001 96 S 0.053 0.320 0.209 0.251 0.078 0.006 0.052 0.002 0.028 0.001 0.001 97 G 0.013 0.073 0.112 0.015 0.422 0.013 0.060 0.207 0.005 0.079 0.002 98 L 0.003 0.741 0.138 0.005 0.099 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 99 L 0.002 0.796 0.146 0.001 0.025 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 100 I 0.005 0.791 0.120 0.003 0.013 0.049 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 101 A 0.030 0.582 0.212 0.019 0.097 0.033 0.003 0.001 0.019 0.003 0.001 102 D 0.040 0.213 0.394 0.029 0.084 0.112 0.036 0.005 0.064 0.018 0.005 103 A 0.401 0.157 0.210 0.100 0.055 0.021 0.017 0.005 0.019 0.009 0.006 104 Y 0.246 0.127 0.107 0.417 0.045 0.011 0.028 0.005 0.011 0.004 0.001 105 D 0.051 0.055 0.064 0.142 0.058 0.018 0.539 0.052 0.014 0.005 0.001 106 A 0.054 0.272 0.482 0.035 0.088 0.024 0.028 0.007 0.009 0.003 0.001 107 E 0.141 0.398 0.333 0.044 0.013 0.054 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 108 I 0.053 0.616 0.228 0.022 0.017 0.048 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 109 V 0.132 0.608 0.138 0.036 0.022 0.046 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 110 R 0.148 0.473 0.196 0.035 0.069 0.035 0.013 0.001 0.029 0.001 0.001 111 M 0.144 0.343 0.300 0.058 0.028 0.060 0.022 0.001 0.039 0.001 0.003 112 A 0.021 0.132 0.468 0.005 0.143 0.020 0.005 0.001 0.183 0.021 0.001 113 P 0.455 0.003 0.469 0.015 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 114 E 0.501 0.089 0.130 0.206 0.014 0.024 0.019 0.007 0.009 0.001 0.001 115 Q 0.249 0.222 0.188 0.214 0.063 0.017 0.014 0.005 0.023 0.003 0.001 116 K 0.251 0.125 0.334 0.097 0.016 0.073 0.055 0.005 0.029 0.004 0.010 117 L 0.226 0.191 0.391 0.086 0.021 0.037 0.016 0.002 0.026 0.002 0.003 118 A 0.092 0.071 0.668 0.009 0.023 0.030 0.006 0.001 0.084 0.014 0.002 119 P 0.607 0.002 0.341 0.024 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 120 A 0.742 0.027 0.107 0.072 0.012 0.015 0.007 0.008 0.005 0.003 0.001 121 R 0.810 0.019 0.083 0.055 0.010 0.011 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 122 R 0.981 0.002 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 K 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 F 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 T 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 H 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 A 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 R 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.985 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.967 0.002 0.006 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Q 0.965 0.004 0.009 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 139 A 0.905 0.009 0.015 0.059 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 140 L 0.616 0.017 0.046 0.298 0.004 0.008 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 141 R 0.432 0.096 0.116 0.287 0.019 0.014 0.013 0.003 0.019 0.001 0.001 142 D 0.027 0.068 0.518 0.007 0.016 0.043 0.020 0.001 0.292 0.007 0.001 143 P 0.884 0.001 0.086 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 144 E 0.437 0.032 0.079 0.386 0.005 0.005 0.041 0.006 0.007 0.001 0.001 145 G 0.195 0.015 0.071 0.092 0.082 0.011 0.072 0.342 0.009 0.108 0.001 146 H 0.282 0.142 0.306 0.167 0.022 0.014 0.033 0.005 0.020 0.004 0.004 147 G 0.371 0.079 0.232 0.046 0.086 0.032 0.028 0.055 0.011 0.055 0.005 148 I 0.356 0.198 0.206 0.175 0.019 0.023 0.006 0.001 0.014 0.001 0.002 149 F 0.195 0.255 0.237 0.166 0.067 0.026 0.018 0.004 0.027 0.003 0.002 150 E 0.227 0.223 0.291 0.069 0.063 0.031 0.044 0.010 0.029 0.009 0.003