# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 129 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.329 0.209 0.020 0.174 0.010 0.016 0.045 0.033 0.036 0.048 2 P 0.059 0.295 0.100 0.023 0.146 0.029 0.058 0.144 0.085 0.033 0.028 3 M 0.071 0.123 0.054 0.017 0.112 0.030 0.077 0.191 0.147 0.134 0.043 4 T 0.110 0.101 0.028 0.009 0.165 0.011 0.027 0.180 0.176 0.148 0.045 5 L 0.072 0.161 0.046 0.016 0.153 0.028 0.045 0.239 0.134 0.073 0.034 6 D 0.098 0.140 0.059 0.014 0.168 0.015 0.040 0.209 0.075 0.120 0.063 7 L 0.077 0.119 0.048 0.018 0.113 0.017 0.035 0.314 0.088 0.123 0.050 8 Q 0.028 0.237 0.158 0.021 0.086 0.017 0.021 0.343 0.051 0.021 0.017 9 P 0.011 0.030 0.012 0.003 0.011 0.004 0.009 0.777 0.103 0.034 0.007 10 G 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.899 0.077 0.009 0.002 11 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.038 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.973 0.020 0.002 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.026 0.006 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.032 0.002 0.001 15 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.972 0.016 0.001 0.001 16 G 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.043 0.012 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.035 0.005 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.029 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.007 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.965 0.028 0.002 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.899 0.085 0.010 0.001 22 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.817 0.126 0.029 0.001 23 A 0.006 0.022 0.020 0.005 0.012 0.013 0.210 0.608 0.073 0.028 0.004 24 H 0.009 0.631 0.252 0.022 0.029 0.011 0.019 0.008 0.006 0.008 0.006 25 G 0.032 0.009 0.015 0.040 0.009 0.021 0.014 0.010 0.014 0.450 0.386 26 F 0.226 0.203 0.017 0.003 0.417 0.003 0.007 0.010 0.012 0.045 0.056 27 V 0.100 0.329 0.017 0.002 0.495 0.009 0.014 0.007 0.004 0.004 0.017 28 S 0.203 0.220 0.066 0.003 0.445 0.004 0.004 0.004 0.003 0.004 0.043 29 V 0.300 0.137 0.014 0.009 0.376 0.010 0.007 0.032 0.045 0.029 0.042 30 E 0.124 0.159 0.051 0.025 0.296 0.060 0.068 0.081 0.077 0.030 0.029 31 E 0.244 0.095 0.021 0.004 0.447 0.006 0.019 0.041 0.027 0.046 0.050 32 F 0.188 0.161 0.033 0.008 0.373 0.010 0.028 0.042 0.025 0.066 0.064 33 V 0.062 0.367 0.187 0.015 0.270 0.008 0.010 0.018 0.011 0.011 0.041 34 P 0.089 0.283 0.286 0.027 0.119 0.009 0.020 0.083 0.039 0.016 0.030 35 A 0.028 0.071 0.067 0.036 0.044 0.074 0.152 0.308 0.148 0.051 0.020 36 R 0.015 0.337 0.169 0.104 0.037 0.053 0.109 0.058 0.045 0.056 0.017 37 G 0.037 0.032 0.054 0.074 0.028 0.015 0.010 0.029 0.033 0.475 0.213 38 L 0.045 0.436 0.096 0.016 0.190 0.018 0.030 0.056 0.046 0.042 0.025 39 R 0.216 0.189 0.051 0.009 0.328 0.009 0.014 0.045 0.028 0.044 0.066 40 V 0.168 0.215 0.040 0.019 0.301 0.023 0.022 0.076 0.064 0.035 0.037 41 D 0.139 0.095 0.030 0.017 0.240 0.043 0.078 0.177 0.098 0.050 0.034 42 V 0.270 0.048 0.012 0.009 0.311 0.008 0.014 0.097 0.097 0.085 0.047 43 M 0.148 0.111 0.023 0.021 0.297 0.033 0.066 0.110 0.073 0.079 0.039 44 G 0.201 0.126 0.060 0.005 0.377 0.006 0.021 0.029 0.018 0.039 0.119 45 L 0.116 0.252 0.044 0.037 0.289 0.022 0.035 0.044 0.029 0.090 0.039 46 G 0.029 0.121 0.589 0.162 0.048 0.008 0.006 0.010 0.009 0.008 0.010 47 P 0.031 0.066 0.062 0.053 0.051 0.063 0.166 0.284 0.181 0.031 0.013 48 K 0.021 0.162 0.149 0.155 0.035 0.083 0.191 0.056 0.057 0.069 0.022 49 G 0.028 0.040 0.094 0.219 0.021 0.049 0.021 0.012 0.024 0.354 0.138 50 E 0.167 0.212 0.034 0.007 0.418 0.013 0.037 0.010 0.013 0.044 0.043 51 I 0.348 0.070 0.002 0.001 0.555 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 52 W 0.112 0.162 0.009 0.001 0.699 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 53 V 0.463 0.016 0.001 0.001 0.502 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 54 I 0.201 0.087 0.002 0.001 0.699 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 55 E 0.216 0.072 0.019 0.001 0.651 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 56 C 0.400 0.112 0.007 0.001 0.410 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.059 57 K 0.183 0.228 0.065 0.005 0.398 0.012 0.016 0.005 0.004 0.007 0.076 58 S 0.133 0.300 0.152 0.013 0.216 0.023 0.019 0.015 0.013 0.029 0.087 59 S 0.089 0.432 0.143 0.030 0.182 0.014 0.013 0.027 0.020 0.024 0.028 60 R 0.038 0.058 0.022 0.011 0.054 0.017 0.023 0.238 0.442 0.081 0.018 61 A 0.023 0.095 0.040 0.014 0.049 0.028 0.051 0.396 0.243 0.049 0.013 62 D 0.058 0.056 0.020 0.012 0.080 0.017 0.061 0.400 0.140 0.124 0.031 63 F 0.065 0.066 0.029 0.013 0.099 0.021 0.038 0.326 0.163 0.148 0.032 64 Q 0.068 0.077 0.038 0.021 0.081 0.031 0.059 0.362 0.145 0.082 0.035 65 A 0.040 0.136 0.068 0.021 0.078 0.031 0.078 0.302 0.120 0.095 0.030 66 D 0.099 0.141 0.048 0.014 0.174 0.014 0.024 0.201 0.084 0.147 0.054 67 A 0.070 0.126 0.025 0.007 0.145 0.013 0.033 0.345 0.141 0.066 0.030 68 K 0.074 0.135 0.072 0.010 0.120 0.013 0.041 0.347 0.073 0.076 0.039 69 W 0.062 0.099 0.034 0.012 0.080 0.014 0.025 0.463 0.101 0.077 0.031 70 Q 0.018 0.050 0.029 0.020 0.029 0.032 0.037 0.605 0.127 0.037 0.015 71 G 0.013 0.040 0.024 0.011 0.017 0.012 0.024 0.641 0.115 0.089 0.014 72 Y 0.021 0.022 0.008 0.003 0.029 0.004 0.011 0.640 0.159 0.092 0.011 73 L 0.024 0.039 0.012 0.007 0.047 0.012 0.018 0.632 0.183 0.018 0.009 74 E 0.016 0.025 0.014 0.008 0.019 0.010 0.090 0.674 0.113 0.026 0.007 75 W 0.050 0.013 0.010 0.005 0.031 0.009 0.051 0.326 0.144 0.331 0.029 76 C 0.083 0.296 0.048 0.025 0.185 0.029 0.049 0.144 0.078 0.040 0.023 77 D 0.101 0.048 0.039 0.056 0.086 0.088 0.114 0.182 0.098 0.121 0.068 78 R 0.153 0.141 0.025 0.009 0.432 0.016 0.045 0.054 0.035 0.061 0.029 79 Y 0.334 0.069 0.004 0.002 0.542 0.004 0.007 0.007 0.003 0.009 0.020 80 F 0.212 0.112 0.014 0.002 0.605 0.004 0.005 0.005 0.003 0.003 0.036 81 W 0.230 0.128 0.023 0.003 0.510 0.005 0.005 0.007 0.004 0.008 0.075 82 A 0.259 0.197 0.038 0.006 0.370 0.007 0.013 0.010 0.006 0.021 0.072 83 V 0.064 0.442 0.182 0.013 0.207 0.011 0.012 0.007 0.008 0.013 0.040 84 D 0.153 0.307 0.106 0.016 0.327 0.007 0.007 0.018 0.019 0.010 0.030 85 M 0.018 0.048 0.016 0.008 0.046 0.022 0.075 0.223 0.493 0.042 0.010 86 E 0.051 0.052 0.026 0.009 0.056 0.015 0.134 0.134 0.100 0.379 0.044 87 F 0.040 0.504 0.166 0.012 0.168 0.007 0.010 0.019 0.009 0.037 0.027 88 P 0.134 0.398 0.121 0.014 0.258 0.004 0.003 0.023 0.012 0.008 0.027 89 A 0.009 0.018 0.003 0.002 0.017 0.007 0.013 0.344 0.567 0.016 0.005 90 E 0.009 0.031 0.011 0.005 0.026 0.014 0.085 0.496 0.263 0.054 0.007 91 L 0.047 0.014 0.007 0.003 0.042 0.006 0.039 0.152 0.060 0.603 0.027 92 L 0.036 0.453 0.205 0.025 0.144 0.010 0.016 0.021 0.018 0.041 0.031 93 P 0.036 0.388 0.376 0.038 0.115 0.004 0.004 0.017 0.011 0.003 0.007 94 A 0.011 0.020 0.018 0.006 0.017 0.027 0.189 0.405 0.281 0.019 0.006 95 E 0.065 0.038 0.032 0.015 0.046 0.023 0.127 0.119 0.095 0.387 0.053 96 S 0.149 0.267 0.039 0.025 0.215 0.027 0.045 0.044 0.029 0.094 0.066 97 G 0.144 0.170 0.050 0.037 0.382 0.044 0.026 0.024 0.019 0.043 0.060 98 L 0.261 0.079 0.004 0.001 0.627 0.001 0.002 0.005 0.003 0.004 0.012 99 L 0.217 0.083 0.006 0.001 0.661 0.002 0.005 0.003 0.001 0.002 0.019 100 I 0.324 0.077 0.016 0.001 0.492 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.080 101 A 0.139 0.179 0.052 0.058 0.264 0.080 0.036 0.023 0.022 0.060 0.086 102 D 0.111 0.174 0.307 0.070 0.205 0.017 0.015 0.019 0.018 0.021 0.044 103 A 0.067 0.035 0.018 0.015 0.056 0.025 0.037 0.173 0.380 0.158 0.037 104 Y 0.010 0.257 0.166 0.091 0.034 0.086 0.153 0.076 0.068 0.049 0.011 105 D 0.118 0.039 0.024 0.024 0.078 0.015 0.015 0.047 0.042 0.398 0.201 106 A 0.091 0.334 0.014 0.003 0.465 0.005 0.006 0.033 0.022 0.013 0.015 107 E 0.203 0.154 0.017 0.004 0.469 0.010 0.023 0.060 0.019 0.012 0.028 108 I 0.341 0.088 0.012 0.004 0.419 0.004 0.007 0.034 0.017 0.023 0.051 109 V 0.198 0.130 0.021 0.015 0.354 0.035 0.034 0.088 0.044 0.037 0.045 110 R 0.123 0.208 0.101 0.011 0.290 0.017 0.040 0.080 0.032 0.038 0.060 111 M 0.104 0.228 0.081 0.025 0.157 0.016 0.040 0.088 0.050 0.143 0.067 112 A 0.040 0.354 0.311 0.035 0.119 0.010 0.013 0.048 0.030 0.017 0.023 113 P 0.037 0.236 0.095 0.013 0.084 0.015 0.056 0.265 0.158 0.023 0.018 114 E 0.054 0.071 0.026 0.009 0.063 0.018 0.094 0.251 0.217 0.157 0.040 115 Q 0.055 0.272 0.056 0.019 0.161 0.027 0.045 0.125 0.113 0.093 0.034 116 K 0.082 0.090 0.040 0.016 0.109 0.023 0.082 0.169 0.126 0.206 0.057 117 L 0.054 0.217 0.142 0.037 0.104 0.017 0.043 0.095 0.085 0.168 0.039 118 A 0.018 0.318 0.412 0.065 0.050 0.009 0.012 0.052 0.029 0.022 0.012 119 P 0.017 0.164 0.118 0.013 0.041 0.008 0.029 0.455 0.126 0.019 0.010 120 A 0.006 0.032 0.016 0.003 0.012 0.007 0.027 0.690 0.164 0.037 0.007 121 R 0.010 0.031 0.010 0.002 0.017 0.003 0.010 0.786 0.093 0.031 0.007 122 R 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.888 0.084 0.010 0.002 123 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.026 0.002 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.981 0.014 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.014 0.001 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.017 0.001 0.001 128 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.983 0.010 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.038 0.007 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.044 0.002 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.019 0.001 0.001 132 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.975 0.018 0.002 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.045 0.004 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.055 0.002 0.001 135 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.958 0.030 0.003 0.001 136 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.922 0.040 0.011 0.001 137 L 0.005 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.011 0.813 0.133 0.022 0.002 138 Q 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.005 0.030 0.741 0.185 0.022 0.002 139 A 0.012 0.013 0.006 0.002 0.018 0.008 0.063 0.628 0.170 0.076 0.005 140 L 0.044 0.040 0.010 0.002 0.060 0.005 0.055 0.481 0.156 0.126 0.020 141 R 0.038 0.126 0.055 0.012 0.132 0.035 0.091 0.232 0.081 0.168 0.029 142 D 0.192 0.159 0.131 0.004 0.412 0.002 0.005 0.047 0.011 0.008 0.030 143 P 0.005 0.006 0.003 0.001 0.007 0.003 0.011 0.501 0.441 0.018 0.004 144 E 0.007 0.119 0.032 0.009 0.014 0.026 0.110 0.471 0.154 0.051 0.007 145 G 0.046 0.080 0.030 0.018 0.058 0.014 0.018 0.153 0.079 0.421 0.084 146 H 0.072 0.134 0.074 0.056 0.102 0.030 0.051 0.193 0.103 0.123 0.063 147 G 0.056 0.178 0.139 0.049 0.114 0.031 0.040 0.158 0.118 0.078 0.038 148 I 0.106 0.122 0.049 0.016 0.162 0.024 0.062 0.179 0.120 0.116 0.044 149 F 0.106 0.228 0.086 0.025 0.197 0.025 0.028 0.123 0.072 0.069 0.039 150 E 0.086 0.139 0.063 0.026 0.156 0.030 0.049 0.219 0.103 0.079 0.049