# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 129 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.628 0.169 0.121 0.050 0.025 0.008 0.001 2 P 0.611 0.187 0.119 0.062 0.016 0.004 0.001 3 M 0.780 0.148 0.055 0.012 0.003 0.001 0.001 4 T 0.499 0.236 0.145 0.074 0.034 0.011 0.001 5 L 0.351 0.218 0.159 0.169 0.075 0.026 0.002 6 D 0.529 0.252 0.136 0.053 0.020 0.008 0.001 7 L 0.240 0.173 0.178 0.217 0.135 0.052 0.005 8 Q 0.261 0.240 0.218 0.146 0.084 0.044 0.007 9 P 0.157 0.175 0.176 0.191 0.170 0.107 0.025 10 G 0.116 0.144 0.197 0.227 0.170 0.114 0.032 11 Q 0.101 0.178 0.191 0.213 0.170 0.120 0.027 12 R 0.061 0.148 0.253 0.251 0.179 0.088 0.021 13 L 0.012 0.017 0.028 0.077 0.233 0.440 0.193 14 A 0.023 0.087 0.177 0.257 0.230 0.166 0.061 15 R 0.041 0.155 0.208 0.254 0.186 0.120 0.037 16 G 0.014 0.059 0.142 0.266 0.292 0.175 0.052 17 V 0.003 0.005 0.009 0.027 0.113 0.475 0.367 18 A 0.009 0.033 0.077 0.166 0.269 0.315 0.130 19 R 0.034 0.147 0.204 0.256 0.175 0.129 0.055 20 H 0.015 0.046 0.118 0.232 0.277 0.252 0.060 21 L 0.014 0.021 0.039 0.100 0.278 0.411 0.137 22 R 0.048 0.160 0.222 0.271 0.193 0.088 0.019 23 A 0.159 0.297 0.246 0.159 0.081 0.044 0.015 24 H 0.041 0.113 0.164 0.249 0.217 0.172 0.044 25 G 0.041 0.120 0.171 0.242 0.213 0.166 0.048 26 F 0.011 0.031 0.065 0.143 0.297 0.347 0.106 27 V 0.006 0.011 0.022 0.047 0.124 0.453 0.337 28 S 0.003 0.006 0.011 0.030 0.069 0.315 0.566 29 V 0.003 0.005 0.009 0.025 0.078 0.301 0.579 30 E 0.014 0.045 0.086 0.186 0.203 0.216 0.250 31 E 0.013 0.030 0.062 0.120 0.228 0.351 0.195 32 F 0.014 0.026 0.049 0.111 0.235 0.421 0.144 33 V 0.053 0.115 0.168 0.230 0.229 0.167 0.036 34 P 0.096 0.141 0.179 0.228 0.221 0.114 0.022 35 A 0.201 0.248 0.208 0.180 0.094 0.057 0.012 36 R 0.305 0.256 0.210 0.112 0.064 0.040 0.013 37 G 0.113 0.244 0.248 0.191 0.115 0.067 0.023 38 L 0.012 0.056 0.123 0.235 0.323 0.208 0.043 39 R 0.002 0.013 0.053 0.151 0.338 0.330 0.113 40 V 0.001 0.001 0.004 0.012 0.076 0.495 0.413 41 D 0.001 0.001 0.002 0.008 0.044 0.380 0.566 42 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.199 0.782 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.157 0.835 44 G 0.001 0.001 0.004 0.018 0.059 0.326 0.592 45 L 0.002 0.005 0.018 0.080 0.229 0.427 0.239 46 G 0.030 0.098 0.186 0.234 0.221 0.178 0.053 47 P 0.191 0.247 0.218 0.165 0.110 0.057 0.011 48 K 0.382 0.322 0.146 0.091 0.035 0.019 0.004 49 G 0.142 0.171 0.185 0.206 0.195 0.090 0.012 50 E 0.096 0.175 0.200 0.237 0.171 0.103 0.019 51 I 0.035 0.062 0.116 0.183 0.269 0.261 0.075 52 W 0.020 0.033 0.055 0.093 0.166 0.374 0.259 53 V 0.013 0.017 0.031 0.065 0.139 0.321 0.415 54 I 0.008 0.010 0.014 0.028 0.073 0.290 0.576 55 E 0.010 0.014 0.024 0.055 0.109 0.264 0.525 56 C 0.007 0.008 0.012 0.027 0.081 0.340 0.527 57 K 0.023 0.047 0.078 0.152 0.222 0.262 0.216 58 S 0.026 0.044 0.061 0.115 0.200 0.329 0.225 59 S 0.044 0.079 0.100 0.164 0.210 0.265 0.139 60 R 0.085 0.124 0.175 0.221 0.182 0.148 0.066 61 A 0.140 0.209 0.213 0.193 0.132 0.088 0.026 62 D 0.099 0.114 0.173 0.202 0.223 0.156 0.033 63 F 0.073 0.059 0.081 0.161 0.267 0.291 0.068 64 Q 0.186 0.223 0.256 0.176 0.102 0.048 0.010 65 A 0.194 0.260 0.211 0.186 0.098 0.044 0.007 66 D 0.156 0.166 0.190 0.224 0.167 0.088 0.010 67 A 0.268 0.240 0.206 0.159 0.081 0.040 0.006 68 K 0.212 0.258 0.229 0.169 0.096 0.033 0.004 69 W 0.150 0.168 0.193 0.246 0.169 0.068 0.005 70 Q 0.374 0.283 0.180 0.115 0.035 0.012 0.001 71 G 0.364 0.303 0.210 0.083 0.029 0.010 0.001 72 Y 0.100 0.119 0.147 0.240 0.239 0.143 0.012 73 L 0.080 0.151 0.212 0.325 0.166 0.059 0.006 74 E 0.244 0.350 0.252 0.098 0.037 0.017 0.002 75 W 0.037 0.086 0.151 0.285 0.248 0.166 0.027 76 C 0.017 0.062 0.104 0.221 0.292 0.237 0.068 77 D 0.068 0.242 0.265 0.228 0.110 0.067 0.021 78 R 0.008 0.033 0.082 0.191 0.319 0.272 0.094 79 Y 0.001 0.005 0.014 0.039 0.154 0.517 0.270 80 F 0.003 0.010 0.028 0.062 0.146 0.407 0.344 81 W 0.005 0.012 0.028 0.060 0.132 0.435 0.328 82 A 0.005 0.011 0.029 0.090 0.251 0.398 0.216 83 V 0.013 0.038 0.095 0.191 0.323 0.270 0.070 84 D 0.073 0.183 0.268 0.258 0.142 0.068 0.008 85 M 0.278 0.334 0.215 0.112 0.042 0.017 0.001 86 E 0.296 0.412 0.177 0.078 0.029 0.009 0.001 87 F 0.048 0.075 0.170 0.377 0.266 0.062 0.002 88 P 0.344 0.383 0.166 0.082 0.020 0.005 0.001 89 A 0.360 0.303 0.192 0.107 0.033 0.005 0.001 90 E 0.567 0.301 0.099 0.027 0.005 0.001 0.001 91 L 0.093 0.199 0.306 0.249 0.128 0.025 0.001 92 L 0.038 0.067 0.147 0.304 0.330 0.108 0.005 93 P 0.116 0.277 0.316 0.191 0.078 0.019 0.002 94 A 0.310 0.409 0.164 0.083 0.026 0.008 0.001 95 E 0.058 0.167 0.284 0.234 0.172 0.075 0.009 96 S 0.005 0.017 0.046 0.137 0.318 0.392 0.085 97 G 0.003 0.011 0.023 0.064 0.182 0.459 0.256 98 L 0.003 0.006 0.014 0.028 0.068 0.317 0.565 99 L 0.002 0.004 0.008 0.019 0.053 0.310 0.604 100 I 0.005 0.011 0.026 0.087 0.230 0.369 0.273 101 A 0.007 0.011 0.032 0.080 0.261 0.405 0.204 102 D 0.038 0.129 0.222 0.254 0.194 0.136 0.028 103 A 0.126 0.270 0.215 0.195 0.116 0.068 0.009 104 Y 0.083 0.140 0.201 0.285 0.205 0.077 0.009 105 D 0.416 0.333 0.151 0.064 0.019 0.013 0.003 106 A 0.056 0.116 0.170 0.284 0.259 0.105 0.011 107 E 0.120 0.227 0.272 0.217 0.108 0.048 0.007 108 I 0.028 0.054 0.113 0.212 0.314 0.245 0.034 109 V 0.044 0.058 0.123 0.167 0.254 0.301 0.054 110 R 0.049 0.117 0.173 0.266 0.238 0.138 0.019 111 M 0.106 0.255 0.287 0.209 0.103 0.035 0.005 112 A 0.081 0.103 0.162 0.291 0.239 0.115 0.009 113 P 0.334 0.293 0.210 0.108 0.040 0.013 0.001 114 E 0.442 0.313 0.143 0.075 0.022 0.006 0.001 115 Q 0.517 0.243 0.142 0.070 0.024 0.005 0.001 116 K 0.490 0.323 0.126 0.047 0.011 0.003 0.001 117 L 0.208 0.157 0.191 0.242 0.163 0.038 0.002 118 A 0.413 0.277 0.172 0.102 0.027 0.007 0.001 119 P 0.550 0.262 0.129 0.041 0.013 0.004 0.001 120 A 0.191 0.191 0.220 0.218 0.133 0.044 0.003 121 R 0.165 0.214 0.217 0.191 0.130 0.072 0.011 122 R 0.131 0.162 0.184 0.233 0.179 0.094 0.017 123 K 0.207 0.251 0.232 0.173 0.086 0.042 0.009 124 V 0.074 0.140 0.188 0.219 0.211 0.137 0.030 125 L 0.041 0.061 0.089 0.152 0.237 0.298 0.122 126 I 0.035 0.057 0.095 0.171 0.228 0.277 0.136 127 Q 0.066 0.131 0.160 0.198 0.190 0.175 0.080 128 K 0.047 0.102 0.168 0.226 0.210 0.166 0.080 129 F 0.017 0.020 0.028 0.064 0.173 0.402 0.297 130 A 0.035 0.068 0.103 0.170 0.223 0.253 0.147 131 T 0.062 0.124 0.152 0.205 0.189 0.175 0.093 132 H 0.053 0.094 0.148 0.204 0.207 0.197 0.096 133 A 0.032 0.047 0.063 0.115 0.210 0.335 0.199 134 A 0.053 0.089 0.120 0.169 0.217 0.232 0.120 135 R 0.087 0.128 0.160 0.197 0.183 0.169 0.075 136 R 0.067 0.106 0.153 0.203 0.216 0.185 0.070 137 L 0.057 0.062 0.101 0.165 0.241 0.274 0.100 138 Q 0.112 0.156 0.178 0.195 0.185 0.139 0.036 139 A 0.125 0.205 0.222 0.212 0.141 0.082 0.014 140 L 0.109 0.123 0.161 0.234 0.216 0.138 0.019 141 R 0.247 0.234 0.225 0.167 0.084 0.037 0.005 142 D 0.366 0.233 0.172 0.138 0.067 0.022 0.002 143 P 0.589 0.212 0.121 0.056 0.017 0.004 0.001 144 E 0.725 0.196 0.059 0.015 0.003 0.001 0.001 145 G 0.395 0.242 0.180 0.105 0.063 0.015 0.001 146 H 0.379 0.315 0.139 0.122 0.035 0.009 0.001 147 G 0.530 0.263 0.121 0.059 0.023 0.005 0.001 148 I 0.417 0.261 0.162 0.112 0.040 0.008 0.001 149 F 0.350 0.255 0.196 0.135 0.054 0.009 0.001 150 E 0.733 0.205 0.043 0.015 0.003 0.001 0.001