# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 129 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.197 0.116 0.111 0.132 0.143 0.110 0.078 0.050 0.031 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 2 P 0.319 0.143 0.123 0.119 0.103 0.070 0.054 0.029 0.019 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 3 M 0.321 0.154 0.142 0.127 0.101 0.065 0.038 0.024 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 4 T 0.239 0.137 0.112 0.128 0.133 0.090 0.072 0.038 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 5 L 0.202 0.127 0.123 0.143 0.144 0.103 0.068 0.043 0.023 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 6 D 0.466 0.197 0.100 0.073 0.055 0.050 0.030 0.010 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 7 L 0.198 0.119 0.111 0.143 0.150 0.126 0.066 0.041 0.023 0.013 0.005 0.004 0.002 0.001 8 Q 0.347 0.179 0.148 0.113 0.091 0.052 0.036 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 9 P 0.194 0.107 0.111 0.143 0.146 0.126 0.077 0.042 0.030 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 10 G 0.146 0.109 0.116 0.158 0.169 0.128 0.086 0.041 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 11 Q 0.390 0.186 0.143 0.097 0.071 0.056 0.027 0.012 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 12 R 0.202 0.207 0.172 0.150 0.113 0.082 0.036 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.041 0.026 0.033 0.069 0.122 0.169 0.194 0.165 0.095 0.039 0.028 0.009 0.006 0.002 14 A 0.052 0.082 0.114 0.195 0.200 0.162 0.094 0.056 0.030 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 15 R 0.428 0.211 0.138 0.094 0.054 0.039 0.017 0.008 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 16 G 0.088 0.106 0.121 0.178 0.198 0.144 0.084 0.045 0.021 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 17 V 0.023 0.020 0.033 0.063 0.115 0.175 0.203 0.191 0.088 0.040 0.033 0.008 0.006 0.002 18 A 0.080 0.105 0.095 0.163 0.179 0.147 0.111 0.067 0.032 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 19 R 0.344 0.212 0.162 0.123 0.069 0.047 0.020 0.011 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 20 H 0.064 0.067 0.096 0.178 0.221 0.169 0.095 0.063 0.025 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 21 L 0.041 0.048 0.070 0.124 0.196 0.177 0.159 0.102 0.052 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 22 R 0.198 0.208 0.169 0.181 0.123 0.067 0.029 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.461 0.221 0.139 0.075 0.041 0.035 0.016 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 H 0.043 0.075 0.121 0.207 0.205 0.175 0.096 0.045 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 25 G 0.060 0.081 0.102 0.152 0.192 0.167 0.114 0.066 0.041 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 26 F 0.023 0.019 0.022 0.045 0.094 0.125 0.185 0.159 0.136 0.092 0.048 0.029 0.017 0.006 27 V 0.011 0.007 0.012 0.015 0.033 0.058 0.104 0.134 0.152 0.144 0.174 0.099 0.040 0.018 28 S 0.008 0.005 0.008 0.012 0.025 0.037 0.062 0.091 0.127 0.153 0.165 0.154 0.089 0.064 29 V 0.004 0.003 0.003 0.006 0.009 0.022 0.031 0.057 0.144 0.184 0.172 0.202 0.122 0.040 30 E 0.014 0.017 0.019 0.040 0.067 0.082 0.149 0.167 0.118 0.121 0.103 0.049 0.025 0.028 31 E 0.010 0.015 0.022 0.038 0.068 0.091 0.121 0.142 0.157 0.130 0.111 0.054 0.024 0.019 32 F 0.017 0.021 0.026 0.051 0.096 0.124 0.147 0.164 0.123 0.105 0.066 0.029 0.024 0.009 33 V 0.051 0.073 0.083 0.130 0.156 0.147 0.119 0.099 0.066 0.039 0.020 0.012 0.004 0.003 34 P 0.065 0.086 0.102 0.134 0.168 0.149 0.103 0.086 0.055 0.029 0.013 0.006 0.002 0.001 35 A 0.147 0.152 0.159 0.170 0.137 0.094 0.066 0.034 0.023 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 36 R 0.204 0.173 0.178 0.159 0.104 0.083 0.047 0.025 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 37 G 0.160 0.165 0.152 0.162 0.130 0.090 0.068 0.031 0.023 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 38 L 0.019 0.042 0.050 0.116 0.152 0.169 0.152 0.147 0.068 0.039 0.026 0.010 0.006 0.004 39 R 0.007 0.017 0.024 0.058 0.107 0.123 0.146 0.177 0.130 0.101 0.046 0.037 0.014 0.012 40 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.022 0.048 0.073 0.190 0.194 0.196 0.140 0.079 0.041 41 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.027 0.054 0.126 0.184 0.253 0.181 0.091 0.064 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.023 0.074 0.130 0.252 0.202 0.166 0.137 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.025 0.092 0.181 0.171 0.266 0.188 0.060 44 G 0.001 0.002 0.003 0.007 0.015 0.030 0.078 0.132 0.147 0.164 0.152 0.126 0.070 0.074 45 L 0.001 0.002 0.003 0.007 0.015 0.038 0.067 0.103 0.188 0.187 0.186 0.120 0.057 0.027 46 G 0.013 0.050 0.078 0.122 0.128 0.150 0.146 0.130 0.083 0.045 0.036 0.008 0.005 0.005 47 P 0.032 0.072 0.099 0.169 0.162 0.150 0.103 0.078 0.067 0.032 0.022 0.010 0.003 0.002 48 K 0.055 0.135 0.204 0.183 0.148 0.109 0.068 0.044 0.035 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 49 G 0.037 0.076 0.072 0.160 0.178 0.164 0.131 0.093 0.045 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 50 E 0.022 0.062 0.067 0.136 0.175 0.166 0.136 0.126 0.058 0.031 0.011 0.006 0.002 0.002 51 I 0.006 0.008 0.013 0.025 0.058 0.084 0.145 0.170 0.159 0.114 0.111 0.054 0.033 0.020 52 W 0.003 0.004 0.007 0.012 0.026 0.049 0.074 0.116 0.194 0.194 0.125 0.117 0.054 0.025 53 V 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.019 0.046 0.071 0.123 0.157 0.239 0.140 0.094 0.090 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.023 0.104 0.172 0.192 0.275 0.159 0.054 55 E 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.025 0.066 0.114 0.137 0.182 0.153 0.123 0.081 0.097 56 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.021 0.036 0.121 0.190 0.262 0.213 0.100 0.042 57 K 0.004 0.008 0.011 0.026 0.048 0.080 0.134 0.181 0.134 0.135 0.103 0.058 0.040 0.038 58 S 0.004 0.006 0.010 0.016 0.029 0.049 0.087 0.107 0.161 0.163 0.175 0.123 0.049 0.022 59 S 0.013 0.023 0.028 0.067 0.112 0.154 0.153 0.164 0.116 0.089 0.039 0.022 0.012 0.007 60 R 0.053 0.073 0.103 0.128 0.146 0.136 0.115 0.085 0.073 0.043 0.027 0.013 0.004 0.003 61 A 0.149 0.109 0.108 0.130 0.162 0.121 0.090 0.060 0.035 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 62 D 0.118 0.111 0.131 0.154 0.173 0.126 0.079 0.049 0.032 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 63 F 0.124 0.067 0.068 0.102 0.160 0.140 0.127 0.102 0.053 0.030 0.016 0.007 0.003 0.001 64 Q 0.328 0.177 0.159 0.107 0.081 0.061 0.040 0.020 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 65 A 0.345 0.137 0.121 0.111 0.095 0.079 0.053 0.027 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 66 D 0.271 0.147 0.140 0.134 0.121 0.083 0.053 0.024 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 67 A 0.298 0.133 0.125 0.134 0.118 0.087 0.048 0.030 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 68 K 0.269 0.153 0.121 0.149 0.131 0.080 0.048 0.024 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 69 W 0.212 0.131 0.141 0.141 0.145 0.095 0.064 0.033 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.449 0.185 0.160 0.089 0.053 0.030 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 G 0.537 0.201 0.113 0.066 0.036 0.024 0.013 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.109 0.090 0.094 0.153 0.177 0.174 0.106 0.050 0.031 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 73 L 0.161 0.144 0.186 0.182 0.156 0.083 0.047 0.019 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 74 E 0.525 0.233 0.140 0.048 0.022 0.018 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 W 0.033 0.068 0.076 0.192 0.217 0.185 0.111 0.063 0.032 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 76 C 0.012 0.026 0.036 0.103 0.166 0.184 0.188 0.160 0.062 0.025 0.023 0.008 0.004 0.002 77 D 0.104 0.177 0.165 0.162 0.124 0.116 0.060 0.037 0.033 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 78 R 0.021 0.029 0.043 0.088 0.135 0.152 0.145 0.120 0.110 0.071 0.038 0.030 0.013 0.006 79 Y 0.003 0.004 0.008 0.016 0.046 0.088 0.157 0.163 0.161 0.126 0.119 0.054 0.036 0.019 80 F 0.006 0.006 0.012 0.019 0.037 0.057 0.089 0.118 0.157 0.181 0.114 0.104 0.069 0.031 81 W 0.014 0.012 0.011 0.020 0.031 0.051 0.077 0.114 0.150 0.163 0.124 0.131 0.071 0.033 82 A 0.006 0.007 0.008 0.016 0.030 0.056 0.100 0.126 0.154 0.147 0.149 0.107 0.059 0.035 83 V 0.008 0.013 0.022 0.042 0.082 0.114 0.154 0.170 0.138 0.108 0.086 0.034 0.016 0.013 84 D 0.047 0.082 0.098 0.133 0.141 0.133 0.118 0.091 0.077 0.037 0.029 0.006 0.004 0.003 85 M 0.064 0.079 0.093 0.161 0.180 0.156 0.098 0.080 0.048 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 86 E 0.166 0.181 0.203 0.136 0.105 0.091 0.050 0.024 0.030 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 87 F 0.111 0.089 0.086 0.151 0.201 0.150 0.090 0.071 0.029 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 88 P 0.279 0.241 0.173 0.116 0.074 0.057 0.031 0.012 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 89 A 0.195 0.139 0.151 0.169 0.137 0.102 0.055 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 90 E 0.577 0.165 0.135 0.050 0.029 0.018 0.014 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.234 0.187 0.168 0.158 0.114 0.081 0.029 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 92 L 0.082 0.108 0.083 0.195 0.221 0.140 0.088 0.048 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 93 P 0.095 0.142 0.150 0.218 0.173 0.102 0.058 0.030 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 94 A 0.200 0.191 0.171 0.135 0.089 0.081 0.063 0.025 0.023 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 95 E 0.024 0.057 0.081 0.132 0.179 0.176 0.126 0.095 0.064 0.032 0.016 0.010 0.004 0.003 96 S 0.002 0.003 0.006 0.014 0.036 0.079 0.121 0.141 0.205 0.170 0.081 0.076 0.049 0.017 97 G 0.001 0.001 0.003 0.007 0.018 0.035 0.082 0.121 0.177 0.198 0.161 0.119 0.049 0.028 98 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.027 0.047 0.102 0.137 0.256 0.206 0.115 0.088 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 0.025 0.094 0.155 0.189 0.272 0.179 0.066 100 I 0.001 0.002 0.003 0.008 0.018 0.033 0.086 0.129 0.139 0.183 0.154 0.112 0.065 0.066 101 A 0.001 0.003 0.004 0.008 0.017 0.035 0.069 0.110 0.186 0.172 0.208 0.094 0.057 0.036 102 D 0.012 0.029 0.043 0.086 0.123 0.136 0.134 0.163 0.105 0.081 0.046 0.021 0.012 0.009 103 A 0.038 0.071 0.090 0.130 0.129 0.132 0.126 0.089 0.099 0.050 0.028 0.012 0.004 0.003 104 Y 0.037 0.073 0.083 0.148 0.194 0.172 0.105 0.081 0.058 0.028 0.011 0.007 0.003 0.001 105 D 0.213 0.217 0.158 0.114 0.084 0.100 0.047 0.025 0.027 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 106 A 0.059 0.058 0.068 0.110 0.154 0.167 0.141 0.106 0.063 0.036 0.019 0.014 0.005 0.002 107 E 0.153 0.130 0.121 0.123 0.131 0.113 0.098 0.058 0.038 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 108 I 0.066 0.043 0.064 0.094 0.137 0.138 0.135 0.123 0.078 0.055 0.034 0.019 0.010 0.004 109 V 0.063 0.050 0.050 0.087 0.130 0.141 0.125 0.119 0.098 0.062 0.039 0.022 0.010 0.005 110 R 0.163 0.106 0.116 0.128 0.136 0.106 0.085 0.062 0.042 0.027 0.017 0.007 0.003 0.002 111 M 0.160 0.124 0.116 0.145 0.153 0.103 0.076 0.053 0.034 0.019 0.012 0.004 0.001 0.001 112 A 0.135 0.101 0.098 0.138 0.163 0.129 0.097 0.065 0.040 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 113 P 0.225 0.152 0.143 0.147 0.129 0.088 0.056 0.027 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 114 E 0.458 0.208 0.129 0.072 0.048 0.042 0.023 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Q 0.400 0.181 0.120 0.109 0.081 0.055 0.033 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 116 K 0.323 0.184 0.147 0.118 0.098 0.067 0.035 0.012 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.164 0.101 0.096 0.147 0.169 0.137 0.086 0.055 0.025 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 118 A 0.483 0.155 0.125 0.080 0.065 0.039 0.028 0.009 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 119 P 0.351 0.179 0.144 0.107 0.085 0.067 0.031 0.016 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 120 A 0.181 0.099 0.090 0.132 0.163 0.128 0.090 0.057 0.030 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 121 R 0.219 0.150 0.141 0.145 0.128 0.094 0.059 0.030 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 122 R 0.209 0.108 0.098 0.137 0.149 0.129 0.076 0.042 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 123 K 0.247 0.166 0.140 0.135 0.118 0.095 0.047 0.023 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 124 V 0.261 0.142 0.131 0.117 0.121 0.093 0.061 0.037 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 125 L 0.105 0.078 0.079 0.121 0.160 0.156 0.123 0.089 0.052 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 126 I 0.052 0.040 0.053 0.107 0.148 0.175 0.158 0.133 0.070 0.034 0.018 0.008 0.004 0.002 127 Q 0.252 0.187 0.155 0.150 0.102 0.072 0.040 0.020 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 128 K 0.217 0.196 0.198 0.146 0.108 0.068 0.034 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 129 F 0.044 0.037 0.043 0.081 0.130 0.186 0.193 0.159 0.069 0.027 0.021 0.005 0.004 0.001 130 A 0.047 0.067 0.084 0.156 0.191 0.186 0.136 0.082 0.032 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 131 T 0.348 0.225 0.166 0.121 0.071 0.040 0.017 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 H 0.153 0.133 0.157 0.188 0.171 0.103 0.052 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 133 A 0.055 0.041 0.063 0.105 0.170 0.195 0.169 0.113 0.052 0.020 0.011 0.003 0.002 0.001 134 A 0.152 0.147 0.127 0.162 0.174 0.112 0.072 0.032 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 135 R 0.455 0.207 0.117 0.093 0.061 0.037 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.111 0.110 0.120 0.178 0.194 0.157 0.073 0.030 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 137 L 0.063 0.050 0.075 0.117 0.192 0.183 0.147 0.092 0.050 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 138 Q 0.353 0.230 0.127 0.100 0.079 0.061 0.028 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 139 A 0.307 0.176 0.143 0.130 0.099 0.079 0.033 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 140 L 0.123 0.093 0.092 0.176 0.212 0.139 0.086 0.044 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 141 R 0.275 0.165 0.183 0.143 0.109 0.066 0.031 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 142 D 0.542 0.182 0.101 0.065 0.048 0.029 0.020 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 143 P 0.426 0.178 0.130 0.098 0.072 0.048 0.029 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 144 E 0.542 0.193 0.111 0.059 0.038 0.030 0.017 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 145 G 0.263 0.147 0.113 0.136 0.136 0.101 0.058 0.024 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 146 H 0.324 0.144 0.130 0.124 0.115 0.066 0.052 0.021 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 147 G 0.418 0.142 0.113 0.102 0.085 0.058 0.040 0.018 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 148 I 0.212 0.120 0.113 0.139 0.153 0.105 0.074 0.037 0.025 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 149 F 0.154 0.097 0.105 0.141 0.165 0.121 0.081 0.058 0.037 0.023 0.009 0.007 0.002 0.001 150 E 0.434 0.186 0.115 0.089 0.061 0.048 0.032 0.014 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001