# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 528 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.019 0.019 0.474 0.018 0.034 0.040 0.007 0.002 0.036 0.105 0.102 0.080 0.063 2 N 0.013 0.016 0.497 0.015 0.032 0.031 0.005 0.001 0.044 0.117 0.098 0.036 0.094 3 A 0.009 0.018 0.409 0.010 0.047 0.062 0.004 0.003 0.033 0.194 0.094 0.048 0.068 4 S 0.008 0.021 0.483 0.010 0.037 0.051 0.008 0.005 0.072 0.129 0.060 0.061 0.055 5 Y 0.012 0.026 0.370 0.005 0.058 0.123 0.011 0.007 0.072 0.099 0.075 0.034 0.108 6 R 0.008 0.049 0.388 0.009 0.036 0.166 0.008 0.005 0.042 0.113 0.088 0.052 0.036 7 S 0.001 0.018 0.548 0.001 0.031 0.190 0.002 0.001 0.017 0.101 0.061 0.011 0.017 8 T 0.001 0.001 0.141 0.001 0.027 0.766 0.001 0.001 0.003 0.027 0.031 0.001 0.002 9 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 11 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 18 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.026 0.001 0.022 0.841 0.001 0.001 0.002 0.006 0.101 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.039 0.001 0.048 0.635 0.001 0.001 0.001 0.033 0.242 0.001 0.001 21 N 0.001 0.001 0.023 0.001 0.020 0.122 0.001 0.001 0.001 0.043 0.788 0.001 0.001 22 G 0.001 0.003 0.147 0.001 0.016 0.073 0.001 0.001 0.002 0.122 0.635 0.001 0.001 23 E 0.001 0.013 0.609 0.002 0.030 0.080 0.001 0.001 0.008 0.171 0.071 0.006 0.008 24 A 0.003 0.052 0.485 0.004 0.073 0.079 0.002 0.001 0.039 0.128 0.068 0.022 0.042 25 V 0.005 0.027 0.410 0.015 0.068 0.130 0.004 0.004 0.054 0.116 0.061 0.026 0.081 26 T 0.009 0.022 0.401 0.032 0.068 0.109 0.005 0.003 0.041 0.095 0.031 0.110 0.073 27 A 0.009 0.020 0.250 0.005 0.161 0.195 0.004 0.003 0.060 0.046 0.066 0.037 0.146 28 F 0.011 0.033 0.259 0.014 0.089 0.200 0.003 0.003 0.035 0.086 0.104 0.067 0.097 29 D 0.009 0.026 0.366 0.008 0.090 0.137 0.002 0.001 0.013 0.118 0.074 0.078 0.078 30 R 0.003 0.010 0.205 0.005 0.138 0.125 0.001 0.001 0.006 0.099 0.344 0.018 0.046 31 Q 0.003 0.008 0.173 0.009 0.068 0.040 0.001 0.001 0.003 0.125 0.542 0.013 0.015 32 G 0.003 0.010 0.371 0.003 0.031 0.020 0.001 0.001 0.003 0.298 0.223 0.020 0.017 33 D 0.005 0.017 0.516 0.005 0.015 0.009 0.001 0.001 0.005 0.251 0.110 0.015 0.052 34 L 0.006 0.014 0.626 0.011 0.010 0.005 0.001 0.001 0.011 0.147 0.054 0.077 0.038 35 P 0.015 0.007 0.621 0.023 0.013 0.006 0.008 0.001 0.036 0.066 0.089 0.014 0.100 36 N 0.078 0.010 0.189 0.043 0.022 0.009 0.027 0.007 0.050 0.091 0.049 0.340 0.085 37 V 0.141 0.010 0.070 0.013 0.013 0.005 0.053 0.015 0.083 0.014 0.005 0.084 0.496 38 V 0.134 0.014 0.059 0.012 0.003 0.003 0.055 0.029 0.090 0.012 0.003 0.490 0.096 39 V 0.063 0.038 0.232 0.012 0.005 0.006 0.034 0.017 0.140 0.034 0.013 0.038 0.370 40 T 0.002 0.004 0.784 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.024 0.067 0.007 0.093 0.013 41 P 0.001 0.011 0.557 0.003 0.017 0.020 0.001 0.001 0.017 0.122 0.219 0.003 0.029 42 N 0.001 0.009 0.400 0.002 0.032 0.065 0.001 0.001 0.002 0.280 0.198 0.008 0.002 43 F 0.001 0.004 0.094 0.001 0.171 0.591 0.001 0.001 0.001 0.070 0.063 0.001 0.005 44 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.068 0.887 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 0.950 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 46 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 47 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 53 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.011 0.922 0.001 0.001 0.001 0.002 0.051 0.001 0.001 56 M 0.001 0.001 0.024 0.001 0.025 0.823 0.001 0.001 0.001 0.011 0.111 0.001 0.002 57 N 0.001 0.004 0.154 0.001 0.030 0.537 0.001 0.001 0.003 0.072 0.191 0.005 0.003 58 D 0.001 0.005 0.215 0.001 0.058 0.409 0.001 0.001 0.003 0.083 0.217 0.002 0.006 59 S 0.001 0.005 0.197 0.001 0.067 0.296 0.001 0.001 0.002 0.101 0.326 0.002 0.003 60 E 0.001 0.008 0.221 0.002 0.076 0.172 0.001 0.001 0.003 0.140 0.367 0.004 0.006 61 R 0.001 0.007 0.271 0.005 0.054 0.156 0.001 0.001 0.008 0.190 0.289 0.007 0.011 62 D 0.003 0.011 0.286 0.014 0.031 0.151 0.001 0.001 0.015 0.240 0.214 0.012 0.022 63 T 0.023 0.017 0.275 0.016 0.048 0.174 0.005 0.005 0.036 0.179 0.076 0.070 0.076 64 T 0.093 0.010 0.113 0.018 0.037 0.210 0.024 0.031 0.111 0.038 0.027 0.075 0.214 65 A 0.260 0.007 0.031 0.054 0.016 0.181 0.052 0.075 0.084 0.012 0.012 0.105 0.111 66 I 0.361 0.004 0.017 0.030 0.012 0.178 0.079 0.067 0.046 0.005 0.008 0.110 0.085 67 I 0.309 0.003 0.029 0.012 0.015 0.228 0.065 0.046 0.062 0.005 0.020 0.052 0.155 68 G 0.203 0.005 0.078 0.026 0.017 0.332 0.020 0.015 0.065 0.019 0.062 0.064 0.095 69 K 0.050 0.008 0.135 0.011 0.028 0.479 0.006 0.004 0.021 0.065 0.087 0.054 0.053 70 S 0.009 0.009 0.218 0.002 0.034 0.496 0.002 0.001 0.009 0.083 0.085 0.012 0.041 71 L 0.001 0.003 0.091 0.002 0.034 0.771 0.001 0.001 0.002 0.037 0.046 0.006 0.007 72 A 0.001 0.001 0.018 0.001 0.039 0.891 0.001 0.001 0.001 0.010 0.036 0.001 0.002 73 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.035 0.906 0.001 0.001 0.001 0.009 0.032 0.001 0.001 74 C 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 75 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 82 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.015 0.916 0.001 0.001 0.001 0.005 0.056 0.001 0.001 84 R 0.001 0.001 0.026 0.001 0.018 0.649 0.001 0.001 0.001 0.026 0.278 0.001 0.001 85 G 0.001 0.003 0.181 0.002 0.015 0.357 0.001 0.001 0.003 0.104 0.330 0.002 0.003 86 E 0.001 0.005 0.315 0.003 0.035 0.399 0.001 0.001 0.007 0.106 0.110 0.006 0.011 87 Q 0.008 0.013 0.240 0.008 0.082 0.369 0.004 0.003 0.038 0.075 0.092 0.024 0.044 88 V 0.017 0.010 0.139 0.016 0.076 0.444 0.010 0.011 0.072 0.042 0.056 0.031 0.075 89 T 0.043 0.012 0.121 0.031 0.059 0.329 0.018 0.019 0.089 0.037 0.041 0.116 0.084 90 L 0.039 0.014 0.136 0.007 0.059 0.316 0.019 0.017 0.100 0.030 0.049 0.052 0.163 91 I 0.026 0.020 0.250 0.013 0.029 0.269 0.008 0.007 0.057 0.068 0.071 0.087 0.095 92 Q 0.010 0.015 0.377 0.007 0.037 0.218 0.002 0.001 0.018 0.111 0.087 0.044 0.073 93 T 0.002 0.008 0.320 0.005 0.099 0.232 0.001 0.001 0.007 0.109 0.169 0.016 0.032 94 E 0.002 0.008 0.161 0.005 0.166 0.239 0.001 0.001 0.003 0.078 0.306 0.014 0.017 95 N 0.004 0.013 0.186 0.005 0.217 0.189 0.001 0.001 0.003 0.106 0.216 0.020 0.040 96 Q 0.007 0.021 0.295 0.006 0.159 0.168 0.001 0.001 0.003 0.127 0.128 0.045 0.041 97 R 0.009 0.032 0.299 0.003 0.134 0.124 0.001 0.001 0.005 0.098 0.196 0.034 0.066 98 L 0.008 0.025 0.344 0.006 0.146 0.063 0.001 0.001 0.005 0.106 0.219 0.021 0.054 99 A 0.004 0.007 0.549 0.011 0.063 0.027 0.001 0.001 0.007 0.137 0.152 0.024 0.019 100 P 0.001 0.002 0.103 0.030 0.032 0.010 0.001 0.001 0.008 0.198 0.599 0.006 0.008 101 G 0.002 0.003 0.153 0.010 0.008 0.005 0.002 0.004 0.026 0.218 0.556 0.009 0.005 102 V 0.019 0.011 0.537 0.007 0.004 0.004 0.030 0.074 0.173 0.052 0.006 0.024 0.060 103 I 0.050 0.021 0.051 0.009 0.002 0.003 0.148 0.238 0.349 0.015 0.002 0.072 0.039 104 V 0.057 0.009 0.026 0.010 0.002 0.004 0.208 0.372 0.233 0.004 0.002 0.012 0.061 105 V 0.034 0.007 0.125 0.069 0.002 0.014 0.059 0.276 0.279 0.015 0.003 0.093 0.024 106 P 0.008 0.002 0.301 0.011 0.027 0.083 0.007 0.039 0.358 0.031 0.010 0.006 0.118 107 S 0.016 0.005 0.081 0.031 0.213 0.482 0.005 0.006 0.023 0.040 0.042 0.035 0.021 108 F 0.009 0.004 0.028 0.005 0.233 0.534 0.002 0.003 0.015 0.020 0.117 0.011 0.020 109 L 0.016 0.010 0.054 0.004 0.131 0.493 0.004 0.007 0.012 0.027 0.206 0.012 0.024 110 A 0.024 0.012 0.133 0.009 0.089 0.459 0.003 0.008 0.009 0.069 0.136 0.022 0.027 111 K 0.006 0.003 0.082 0.012 0.043 0.256 0.001 0.002 0.003 0.107 0.471 0.006 0.009 112 G 0.003 0.002 0.112 0.005 0.026 0.078 0.001 0.001 0.002 0.105 0.659 0.003 0.004 113 L 0.008 0.007 0.391 0.007 0.050 0.073 0.003 0.005 0.015 0.203 0.194 0.027 0.017 114 E 0.026 0.024 0.367 0.012 0.049 0.025 0.016 0.029 0.133 0.121 0.066 0.022 0.110 115 F 0.021 0.010 0.287 0.059 0.012 0.006 0.017 0.062 0.368 0.078 0.019 0.035 0.026 116 D 0.011 0.002 0.202 0.055 0.003 0.001 0.020 0.075 0.474 0.097 0.023 0.012 0.026 117 A 0.009 0.001 0.052 0.007 0.001 0.001 0.040 0.347 0.504 0.018 0.003 0.007 0.011 118 V 0.009 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.079 0.721 0.178 0.001 0.001 0.003 0.003 119 I 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.127 0.753 0.091 0.001 0.001 0.004 0.002 120 V 0.015 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.095 0.677 0.192 0.001 0.001 0.004 0.006 121 W 0.006 0.004 0.150 0.008 0.001 0.001 0.032 0.255 0.499 0.018 0.005 0.006 0.014 122 N 0.002 0.005 0.610 0.006 0.010 0.004 0.003 0.009 0.185 0.128 0.017 0.009 0.012 123 A 0.001 0.017 0.273 0.006 0.218 0.052 0.001 0.002 0.021 0.227 0.154 0.005 0.022 124 N 0.001 0.021 0.194 0.008 0.239 0.078 0.001 0.001 0.008 0.172 0.265 0.009 0.005 125 Q 0.001 0.017 0.149 0.003 0.323 0.098 0.001 0.001 0.006 0.135 0.249 0.003 0.014 126 E 0.001 0.014 0.220 0.003 0.133 0.091 0.001 0.001 0.006 0.180 0.337 0.008 0.006 127 N 0.002 0.037 0.323 0.002 0.062 0.045 0.001 0.001 0.005 0.312 0.190 0.005 0.017 128 Y 0.001 0.015 0.620 0.001 0.009 0.013 0.001 0.001 0.002 0.280 0.035 0.018 0.006 129 Q 0.001 0.013 0.763 0.001 0.015 0.025 0.001 0.001 0.002 0.115 0.045 0.004 0.016 130 R 0.001 0.010 0.526 0.002 0.077 0.179 0.001 0.001 0.002 0.114 0.072 0.008 0.009 131 E 0.001 0.004 0.096 0.002 0.218 0.542 0.001 0.001 0.002 0.043 0.080 0.004 0.009 132 D 0.001 0.003 0.037 0.002 0.188 0.651 0.001 0.001 0.002 0.023 0.077 0.006 0.009 133 E 0.001 0.004 0.049 0.002 0.101 0.745 0.001 0.001 0.007 0.019 0.048 0.009 0.014 134 R 0.005 0.004 0.081 0.008 0.034 0.717 0.001 0.002 0.014 0.030 0.068 0.015 0.022 135 Q 0.033 0.006 0.079 0.018 0.023 0.547 0.004 0.003 0.017 0.060 0.100 0.058 0.053 136 L 0.084 0.004 0.110 0.011 0.019 0.500 0.012 0.010 0.035 0.041 0.048 0.029 0.096 137 L 0.139 0.003 0.054 0.028 0.009 0.487 0.022 0.037 0.043 0.027 0.029 0.092 0.031 138 Y 0.318 0.002 0.024 0.015 0.007 0.319 0.060 0.044 0.026 0.007 0.014 0.050 0.113 139 T 0.357 0.002 0.016 0.012 0.008 0.349 0.061 0.028 0.021 0.005 0.013 0.041 0.087 140 I 0.264 0.005 0.035 0.019 0.021 0.372 0.022 0.020 0.036 0.007 0.030 0.096 0.074 141 C 0.040 0.002 0.092 0.003 0.018 0.621 0.003 0.003 0.039 0.011 0.069 0.017 0.082 142 S 0.013 0.005 0.084 0.008 0.025 0.680 0.001 0.001 0.007 0.059 0.074 0.017 0.025 143 R 0.005 0.004 0.041 0.003 0.032 0.766 0.001 0.001 0.001 0.041 0.084 0.010 0.011 144 A 0.001 0.001 0.025 0.001 0.053 0.742 0.001 0.001 0.001 0.017 0.145 0.003 0.009 145 M 0.005 0.003 0.064 0.006 0.080 0.559 0.001 0.001 0.002 0.040 0.221 0.006 0.012 146 H 0.013 0.002 0.051 0.029 0.068 0.343 0.002 0.002 0.006 0.160 0.261 0.040 0.023 147 E 0.082 0.005 0.128 0.027 0.041 0.175 0.017 0.011 0.053 0.084 0.201 0.032 0.143 148 L 0.339 0.006 0.120 0.044 0.010 0.046 0.040 0.039 0.075 0.049 0.025 0.141 0.067 149 T 0.424 0.002 0.025 0.021 0.002 0.012 0.122 0.080 0.065 0.011 0.007 0.137 0.092 150 L 0.465 0.001 0.006 0.004 0.001 0.005 0.211 0.134 0.039 0.001 0.002 0.017 0.114 151 V 0.372 0.005 0.014 0.078 0.001 0.006 0.140 0.161 0.087 0.003 0.003 0.100 0.030 152 A 0.135 0.005 0.139 0.016 0.010 0.019 0.059 0.048 0.189 0.016 0.021 0.079 0.263 153 V 0.027 0.008 0.303 0.025 0.033 0.029 0.011 0.011 0.099 0.113 0.204 0.031 0.107 154 G 0.005 0.010 0.245 0.027 0.027 0.013 0.002 0.001 0.024 0.406 0.190 0.033 0.017 155 S 0.004 0.022 0.372 0.001 0.039 0.019 0.001 0.001 0.011 0.335 0.130 0.029 0.036 156 L 0.002 0.064 0.503 0.001 0.015 0.015 0.001 0.001 0.005 0.275 0.075 0.011 0.032 157 S 0.001 0.011 0.774 0.002 0.010 0.016 0.001 0.001 0.003 0.142 0.019 0.015 0.007 158 P 0.001 0.006 0.093 0.004 0.268 0.297 0.001 0.001 0.002 0.049 0.261 0.002 0.016 159 L 0.001 0.005 0.042 0.003 0.333 0.305 0.001 0.001 0.003 0.025 0.273 0.005 0.004 160 L 0.002 0.009 0.077 0.002 0.410 0.373 0.001 0.001 0.005 0.047 0.046 0.009 0.021 161 A 0.003 0.016 0.129 0.005 0.154 0.407 0.001 0.001 0.011 0.089 0.145 0.021 0.018 162 R 0.004 0.028 0.222 0.001 0.058 0.286 0.001 0.001 0.009 0.091 0.262 0.018 0.019 163 V 0.001 0.014 0.405 0.002 0.023 0.213 0.001 0.001 0.005 0.210 0.100 0.011 0.014 164 N 0.001 0.007 0.593 0.002 0.017 0.189 0.001 0.001 0.003 0.117 0.058 0.007 0.006 165 H 0.001 0.002 0.035 0.002 0.101 0.697 0.001 0.001 0.001 0.029 0.128 0.001 0.004 166 A 0.001 0.002 0.027 0.002 0.119 0.694 0.001 0.001 0.002 0.017 0.129 0.004 0.002 167 L 0.002 0.003 0.032 0.001 0.129 0.770 0.001 0.001 0.007 0.012 0.023 0.003 0.018 168 Y 0.007 0.006 0.038 0.008 0.044 0.772 0.002 0.004 0.020 0.016 0.040 0.032 0.011 169 T 0.031 0.013 0.075 0.004 0.056 0.582 0.008 0.004 0.023 0.020 0.067 0.022 0.096 170 L 0.013 0.009 0.198 0.007 0.030 0.511 0.004 0.003 0.017 0.064 0.054 0.057 0.032 171 N 0.007 0.008 0.331 0.006 0.054 0.369 0.002 0.001 0.015 0.059 0.087 0.023 0.040 172 E 0.002 0.008 0.167 0.001 0.131 0.450 0.001 0.001 0.005 0.043 0.162 0.008 0.020 173 A 0.001 0.011 0.281 0.003 0.116 0.312 0.001 0.001 0.007 0.105 0.142 0.007 0.013 174 K 0.001 0.009 0.412 0.001 0.122 0.230 0.001 0.001 0.005 0.126 0.079 0.007 0.007