# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 528 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.019 0.004 0.002 0.033 0.058 0.104 0.141 0.001 0.001 0.045 0.593 2 N 0.045 0.013 0.001 0.032 0.026 0.043 0.093 0.001 0.001 0.039 0.705 3 A 0.026 0.007 0.001 0.029 0.061 0.054 0.181 0.001 0.001 0.054 0.585 4 S 0.011 0.011 0.001 0.054 0.030 0.055 0.175 0.001 0.001 0.087 0.575 5 Y 0.015 0.018 0.001 0.081 0.036 0.055 0.139 0.001 0.001 0.095 0.560 6 R 0.008 0.060 0.001 0.104 0.029 0.042 0.117 0.002 0.001 0.094 0.542 7 S 0.038 0.603 0.001 0.010 0.007 0.010 0.034 0.008 0.001 0.086 0.202 8 T 0.019 0.606 0.001 0.003 0.004 0.004 0.015 0.002 0.001 0.287 0.060 9 Q 0.003 0.802 0.001 0.004 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.135 0.041 10 Q 0.004 0.919 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.053 0.012 11 I 0.004 0.315 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.652 0.012 12 T 0.005 0.860 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.109 0.011 13 D 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 14 F 0.014 0.910 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.011 0.015 0.009 15 T 0.085 0.853 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.006 0.008 0.020 16 K 0.064 0.640 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.002 0.019 0.251 17 E 0.078 0.249 0.032 0.003 0.003 0.004 0.099 0.006 0.009 0.221 0.297 18 I 0.077 0.088 0.088 0.006 0.006 0.009 0.120 0.012 0.036 0.148 0.409 19 L 0.317 0.042 0.007 0.006 0.003 0.004 0.073 0.010 0.005 0.035 0.498 20 V 0.079 0.021 0.002 0.006 0.003 0.004 0.063 0.003 0.001 0.014 0.804 21 N 0.019 0.025 0.001 0.009 0.003 0.008 0.066 0.002 0.001 0.011 0.856 22 G 0.031 0.009 0.002 0.015 0.008 0.011 0.114 0.001 0.001 0.082 0.725 23 E 0.014 0.018 0.001 0.102 0.049 0.039 0.140 0.001 0.001 0.047 0.588 24 A 0.033 0.107 0.002 0.078 0.013 0.025 0.067 0.007 0.001 0.050 0.619 25 V 0.048 0.072 0.002 0.057 0.019 0.029 0.106 0.006 0.001 0.106 0.553 26 T 0.069 0.228 0.002 0.084 0.020 0.045 0.060 0.004 0.001 0.062 0.425 27 A 0.048 0.092 0.005 0.057 0.029 0.067 0.081 0.007 0.002 0.082 0.530 28 F 0.108 0.030 0.025 0.060 0.049 0.075 0.123 0.013 0.011 0.095 0.411 29 D 0.425 0.017 0.008 0.015 0.025 0.033 0.051 0.007 0.004 0.042 0.372 30 R 0.187 0.010 0.002 0.015 0.011 0.015 0.069 0.005 0.001 0.025 0.659 31 Q 0.041 0.004 0.002 0.005 0.010 0.016 0.121 0.001 0.001 0.025 0.775 32 G 0.006 0.002 0.001 0.010 0.032 0.048 0.157 0.001 0.001 0.018 0.726 33 D 0.020 0.008 0.001 0.014 0.037 0.052 0.104 0.001 0.001 0.019 0.744 34 L 0.074 0.015 0.001 0.023 0.067 0.070 0.091 0.004 0.001 0.042 0.615 35 P 0.027 0.011 0.001 0.037 0.061 0.097 0.095 0.002 0.001 0.033 0.635 36 N 0.012 0.002 0.001 0.109 0.095 0.286 0.071 0.001 0.001 0.039 0.384 37 V 0.010 0.001 0.001 0.169 0.086 0.121 0.088 0.001 0.001 0.033 0.491 38 V 0.003 0.001 0.001 0.176 0.181 0.148 0.084 0.001 0.001 0.030 0.376 39 V 0.017 0.012 0.001 0.068 0.045 0.049 0.072 0.002 0.001 0.029 0.705 40 T 0.291 0.062 0.001 0.038 0.022 0.017 0.073 0.009 0.001 0.065 0.424 41 P 0.016 0.062 0.001 0.018 0.007 0.010 0.118 0.003 0.001 0.038 0.727 42 N 0.051 0.373 0.004 0.014 0.004 0.008 0.046 0.009 0.001 0.093 0.398 43 F 0.084 0.776 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.011 0.001 0.024 0.085 44 E 0.050 0.795 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.001 0.068 0.065 45 A 0.013 0.838 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.005 0.001 0.072 0.057 46 G 0.009 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.046 0.024 47 V 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.006 48 D 0.005 0.855 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.108 0.022 49 Q 0.007 0.914 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.051 0.016 50 V 0.008 0.964 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.007 51 V 0.024 0.938 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.014 0.014 52 D 0.031 0.830 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.003 0.033 0.081 53 Q 0.063 0.368 0.035 0.003 0.002 0.004 0.037 0.014 0.012 0.263 0.199 54 L 0.199 0.371 0.018 0.008 0.003 0.004 0.048 0.020 0.007 0.095 0.228 55 A 0.123 0.129 0.008 0.006 0.003 0.004 0.076 0.006 0.004 0.131 0.511 56 M 0.016 0.076 0.013 0.012 0.003 0.006 0.097 0.004 0.004 0.063 0.705 57 N 0.168 0.325 0.007 0.006 0.003 0.004 0.056 0.011 0.003 0.043 0.374 58 D 0.353 0.213 0.004 0.004 0.002 0.002 0.045 0.014 0.002 0.037 0.325 59 S 0.089 0.075 0.006 0.005 0.002 0.006 0.121 0.003 0.002 0.156 0.535 60 E 0.038 0.051 0.009 0.025 0.005 0.012 0.124 0.002 0.001 0.225 0.508 61 R 0.034 0.138 0.005 0.059 0.010 0.018 0.156 0.004 0.001 0.093 0.482 62 D 0.027 0.242 0.002 0.032 0.015 0.035 0.091 0.003 0.001 0.063 0.489 63 T 0.014 0.421 0.002 0.062 0.023 0.061 0.048 0.002 0.001 0.059 0.307 64 T 0.010 0.376 0.002 0.107 0.055 0.152 0.038 0.003 0.001 0.086 0.170 65 A 0.022 0.222 0.002 0.221 0.125 0.138 0.034 0.003 0.001 0.101 0.131 66 I 0.017 0.115 0.003 0.245 0.147 0.147 0.030 0.002 0.001 0.181 0.112 67 I 0.017 0.177 0.004 0.195 0.088 0.131 0.046 0.005 0.001 0.114 0.222 68 G 0.072 0.364 0.005 0.073 0.043 0.050 0.054 0.010 0.001 0.103 0.225 69 K 0.029 0.417 0.007 0.023 0.033 0.040 0.059 0.009 0.002 0.079 0.303 70 S 0.021 0.861 0.003 0.002 0.003 0.006 0.010 0.006 0.001 0.015 0.071 71 L 0.046 0.889 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.001 0.012 0.034 72 A 0.026 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.013 0.042 73 E 0.019 0.859 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 0.001 0.033 0.065 74 C 0.025 0.333 0.017 0.002 0.002 0.002 0.015 0.007 0.003 0.530 0.062 75 E 0.037 0.800 0.007 0.003 0.002 0.001 0.011 0.006 0.002 0.081 0.051 76 A 0.012 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.018 0.035 77 L 0.006 0.949 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.008 0.021 78 T 0.011 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 0.019 79 K 0.013 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.009 0.026 80 A 0.040 0.768 0.017 0.001 0.001 0.001 0.016 0.011 0.009 0.083 0.052 81 L 0.149 0.363 0.123 0.003 0.002 0.003 0.028 0.038 0.054 0.107 0.132 82 K 0.451 0.169 0.009 0.004 0.001 0.002 0.031 0.010 0.007 0.042 0.275 83 A 0.068 0.105 0.006 0.004 0.002 0.002 0.052 0.005 0.002 0.028 0.726 84 R 0.022 0.138 0.005 0.005 0.003 0.007 0.084 0.005 0.001 0.021 0.712 85 G 0.072 0.060 0.008 0.010 0.004 0.007 0.094 0.005 0.003 0.203 0.534 86 E 0.027 0.139 0.004 0.050 0.028 0.020 0.111 0.003 0.001 0.068 0.549 87 Q 0.039 0.417 0.002 0.045 0.008 0.020 0.042 0.008 0.001 0.054 0.365 88 V 0.078 0.290 0.003 0.057 0.011 0.022 0.070 0.015 0.002 0.078 0.374 89 T 0.033 0.116 0.004 0.194 0.020 0.044 0.055 0.003 0.001 0.269 0.263 90 L 0.018 0.098 0.004 0.129 0.034 0.050 0.070 0.004 0.001 0.124 0.467 91 I 0.078 0.144 0.009 0.083 0.049 0.039 0.102 0.010 0.002 0.208 0.276 92 Q 0.100 0.152 0.012 0.026 0.021 0.031 0.087 0.021 0.007 0.109 0.434 93 T 0.276 0.179 0.008 0.011 0.007 0.014 0.058 0.013 0.003 0.059 0.372 94 E 0.113 0.111 0.011 0.010 0.010 0.019 0.086 0.016 0.005 0.038 0.580 95 N 0.240 0.052 0.008 0.005 0.008 0.017 0.086 0.011 0.003 0.034 0.535 96 Q 0.175 0.010 0.006 0.007 0.014 0.020 0.106 0.003 0.002 0.066 0.592 97 R 0.015 0.004 0.009 0.019 0.014 0.026 0.138 0.001 0.002 0.072 0.700 98 L 0.098 0.005 0.004 0.011 0.012 0.024 0.138 0.003 0.001 0.044 0.661 99 A 0.216 0.003 0.003 0.022 0.016 0.026 0.131 0.004 0.001 0.081 0.498 100 P 0.005 0.002 0.001 0.080 0.021 0.054 0.138 0.001 0.001 0.036 0.662 101 G 0.003 0.001 0.001 0.267 0.054 0.157 0.092 0.001 0.001 0.032 0.392 102 V 0.001 0.001 0.001 0.495 0.148 0.112 0.047 0.001 0.001 0.031 0.164 103 I 0.001 0.001 0.001 0.772 0.085 0.066 0.010 0.001 0.001 0.019 0.047 104 V 0.002 0.008 0.001 0.441 0.157 0.113 0.038 0.001 0.001 0.054 0.185 105 V 0.012 0.050 0.002 0.393 0.172 0.123 0.040 0.002 0.001 0.049 0.156 106 P 0.101 0.388 0.001 0.065 0.042 0.104 0.048 0.014 0.001 0.030 0.206 107 S 0.156 0.193 0.007 0.046 0.026 0.079 0.092 0.018 0.004 0.104 0.273 108 F 0.041 0.043 0.067 0.066 0.058 0.180 0.114 0.008 0.010 0.104 0.309 109 L 0.356 0.039 0.009 0.016 0.041 0.090 0.058 0.005 0.002 0.040 0.344 110 A 0.489 0.022 0.003 0.009 0.019 0.023 0.066 0.007 0.001 0.026 0.334 111 K 0.022 0.014 0.003 0.007 0.025 0.065 0.125 0.002 0.001 0.027 0.708 112 G 0.029 0.006 0.003 0.013 0.020 0.062 0.133 0.001 0.001 0.049 0.684 113 L 0.008 0.004 0.001 0.039 0.227 0.177 0.135 0.001 0.001 0.059 0.349 114 E 0.014 0.019 0.002 0.093 0.084 0.199 0.091 0.003 0.001 0.073 0.422 115 F 0.014 0.010 0.001 0.109 0.106 0.205 0.112 0.002 0.001 0.111 0.329 116 D 0.003 0.007 0.001 0.496 0.079 0.170 0.041 0.001 0.001 0.070 0.132 117 A 0.001 0.004 0.001 0.527 0.109 0.230 0.024 0.001 0.001 0.040 0.064 118 V 0.001 0.003 0.001 0.587 0.121 0.131 0.024 0.001 0.001 0.053 0.079 119 I 0.005 0.006 0.001 0.615 0.150 0.110 0.018 0.001 0.001 0.031 0.063 120 V 0.012 0.008 0.002 0.362 0.121 0.153 0.044 0.002 0.001 0.147 0.147 121 W 0.012 0.015 0.003 0.190 0.094 0.113 0.118 0.004 0.001 0.066 0.386 122 N 0.142 0.037 0.007 0.087 0.058 0.092 0.106 0.011 0.002 0.146 0.311 123 A 0.100 0.018 0.012 0.035 0.028 0.044 0.139 0.013 0.005 0.101 0.506 124 N 0.191 0.040 0.006 0.034 0.022 0.036 0.116 0.016 0.002 0.048 0.488 125 Q 0.178 0.013 0.003 0.011 0.008 0.014 0.083 0.008 0.001 0.039 0.641 126 E 0.016 0.009 0.001 0.018 0.021 0.031 0.162 0.002 0.001 0.032 0.709 127 N 0.019 0.015 0.001 0.011 0.007 0.017 0.106 0.002 0.001 0.042 0.781 128 Y 0.010 0.011 0.001 0.010 0.019 0.020 0.227 0.001 0.001 0.053 0.648 129 Q 0.049 0.205 0.003 0.007 0.005 0.007 0.084 0.006 0.001 0.058 0.574 130 R 0.249 0.469 0.003 0.002 0.002 0.002 0.031 0.014 0.002 0.035 0.192 131 E 0.184 0.520 0.005 0.002 0.001 0.002 0.036 0.008 0.002 0.058 0.181 132 D 0.070 0.472 0.006 0.006 0.002 0.008 0.048 0.005 0.001 0.088 0.294 133 E 0.042 0.456 0.004 0.006 0.006 0.018 0.054 0.003 0.001 0.115 0.295 134 R 0.031 0.327 0.004 0.019 0.021 0.041 0.084 0.003 0.001 0.185 0.284 135 Q 0.004 0.069 0.003 0.018 0.027 0.080 0.045 0.001 0.001 0.625 0.129 136 L 0.008 0.252 0.002 0.117 0.036 0.074 0.047 0.002 0.001 0.329 0.134 137 L 0.008 0.482 0.002 0.085 0.086 0.077 0.024 0.002 0.001 0.138 0.095 138 Y 0.003 0.135 0.001 0.100 0.052 0.096 0.022 0.001 0.001 0.508 0.082 139 T 0.004 0.326 0.002 0.142 0.046 0.089 0.024 0.001 0.001 0.301 0.065 140 I 0.005 0.723 0.002 0.047 0.041 0.037 0.015 0.002 0.001 0.072 0.056 141 C 0.022 0.777 0.005 0.013 0.019 0.021 0.013 0.007 0.001 0.087 0.035 142 S 0.044 0.736 0.007 0.006 0.012 0.022 0.014 0.002 0.001 0.106 0.049 143 R 0.026 0.681 0.013 0.011 0.009 0.023 0.025 0.005 0.002 0.070 0.135 144 A 0.148 0.461 0.027 0.006 0.020 0.045 0.053 0.013 0.004 0.080 0.141 145 M 0.238 0.123 0.013 0.012 0.016 0.036 0.069 0.008 0.004 0.234 0.246 146 H 0.030 0.114 0.010 0.021 0.044 0.116 0.099 0.003 0.001 0.139 0.423 147 E 0.013 0.070 0.004 0.036 0.049 0.133 0.124 0.002 0.001 0.147 0.421 148 L 0.007 0.051 0.003 0.091 0.244 0.230 0.074 0.001 0.001 0.075 0.223 149 T 0.006 0.047 0.001 0.129 0.148 0.420 0.032 0.002 0.001 0.069 0.147 150 L 0.011 0.017 0.003 0.282 0.177 0.216 0.039 0.002 0.001 0.063 0.188 151 V 0.014 0.005 0.002 0.205 0.326 0.222 0.034 0.001 0.001 0.062 0.129 152 A 0.059 0.015 0.002 0.282 0.119 0.110 0.049 0.003 0.001 0.062 0.299 153 V 0.074 0.013 0.002 0.092 0.039 0.039 0.108 0.005 0.001 0.068 0.560 154 G 0.036 0.009 0.001 0.029 0.025 0.033 0.150 0.003 0.001 0.048 0.666 155 S 0.006 0.024 0.001 0.022 0.025 0.032 0.121 0.001 0.001 0.046 0.720 156 L 0.034 0.283 0.002 0.009 0.012 0.017 0.069 0.011 0.001 0.028 0.535 157 S 0.255 0.472 0.003 0.004 0.007 0.010 0.031 0.020 0.002 0.048 0.149 158 P 0.112 0.346 0.014 0.010 0.006 0.014 0.050 0.023 0.009 0.053 0.363 159 L 0.236 0.205 0.013 0.021 0.012 0.036 0.054 0.020 0.005 0.065 0.334 160 L 0.273 0.063 0.009 0.023 0.008 0.015 0.068 0.016 0.005 0.105 0.416 161 A 0.048 0.039 0.003 0.020 0.016 0.018 0.127 0.003 0.001 0.055 0.670 162 R 0.017 0.087 0.005 0.023 0.011 0.020 0.100 0.003 0.001 0.054 0.677 163 V 0.040 0.241 0.004 0.012 0.011 0.013 0.096 0.013 0.002 0.033 0.536 164 N 0.316 0.401 0.002 0.005 0.005 0.007 0.033 0.016 0.002 0.038 0.175 165 H 0.103 0.179 0.006 0.012 0.007 0.010 0.072 0.010 0.003 0.115 0.482 166 A 0.060 0.270 0.006 0.029 0.011 0.035 0.093 0.016 0.002 0.101 0.379 167 L 0.124 0.108 0.007 0.018 0.005 0.011 0.078 0.009 0.004 0.266 0.371 168 Y 0.016 0.127 0.005 0.039 0.044 0.033 0.113 0.002 0.001 0.055 0.565 169 T 0.037 0.378 0.005 0.011 0.008 0.034 0.047 0.011 0.002 0.046 0.422 170 L 0.267 0.153 0.011 0.012 0.010 0.011 0.080 0.039 0.012 0.076 0.328 171 N 0.301 0.078 0.018 0.010 0.025 0.029 0.065 0.008 0.006 0.098 0.362 172 E 0.051 0.030 0.002 0.015 0.012 0.026 0.085 0.003 0.001 0.032 0.744 173 A 0.066 0.018 0.005 0.015 0.008 0.015 0.141 0.004 0.001 0.044 0.683 174 K 0.040 0.012 0.002 0.017 0.020 0.034 0.155 0.003 0.001 0.031 0.685