# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 528 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.018 0.006 0.041 0.078 0.129 0.122 0.041 0.565 2 N 0.038 0.022 0.027 0.038 0.077 0.124 0.053 0.621 3 A 0.032 0.015 0.051 0.118 0.114 0.122 0.063 0.486 4 S 0.021 0.016 0.119 0.079 0.168 0.083 0.106 0.408 5 Y 0.022 0.017 0.086 0.082 0.112 0.107 0.082 0.491 6 R 0.012 0.047 0.111 0.129 0.105 0.109 0.060 0.428 7 S 0.026 0.481 0.027 0.016 0.030 0.063 0.085 0.272 8 T 0.074 0.505 0.006 0.003 0.005 0.020 0.314 0.072 9 Q 0.017 0.663 0.011 0.006 0.008 0.020 0.203 0.072 10 Q 0.006 0.912 0.003 0.003 0.004 0.006 0.040 0.025 11 I 0.013 0.711 0.008 0.003 0.003 0.007 0.227 0.028 12 T 0.010 0.853 0.008 0.003 0.003 0.005 0.098 0.018 13 D 0.008 0.947 0.003 0.002 0.002 0.004 0.013 0.022 14 F 0.025 0.859 0.014 0.003 0.003 0.008 0.043 0.044 15 T 0.045 0.848 0.007 0.001 0.002 0.010 0.045 0.041 16 K 0.055 0.746 0.004 0.002 0.002 0.020 0.038 0.133 17 E 0.044 0.344 0.046 0.005 0.006 0.062 0.238 0.257 18 I 0.136 0.134 0.091 0.009 0.011 0.081 0.260 0.278 19 L 0.367 0.050 0.031 0.006 0.007 0.065 0.078 0.397 20 V 0.071 0.021 0.012 0.003 0.004 0.086 0.014 0.789 21 N 0.063 0.053 0.006 0.001 0.002 0.087 0.025 0.762 22 G 0.150 0.056 0.015 0.003 0.005 0.117 0.083 0.570 23 E 0.044 0.091 0.020 0.020 0.018 0.122 0.059 0.625 24 A 0.080 0.208 0.026 0.010 0.023 0.084 0.049 0.521 25 V 0.109 0.173 0.053 0.019 0.027 0.101 0.100 0.418 26 T 0.099 0.316 0.039 0.022 0.039 0.082 0.066 0.337 27 A 0.065 0.168 0.046 0.027 0.053 0.086 0.077 0.478 28 F 0.114 0.061 0.095 0.035 0.049 0.094 0.123 0.429 29 D 0.328 0.017 0.030 0.021 0.024 0.077 0.076 0.427 30 R 0.118 0.006 0.011 0.009 0.013 0.072 0.028 0.744 31 Q 0.042 0.003 0.006 0.005 0.009 0.116 0.019 0.800 32 G 0.012 0.002 0.011 0.012 0.019 0.123 0.015 0.807 33 D 0.040 0.006 0.015 0.026 0.034 0.104 0.061 0.714 34 L 0.063 0.008 0.021 0.036 0.041 0.122 0.055 0.655 35 P 0.028 0.008 0.057 0.049 0.100 0.124 0.036 0.598 36 N 0.011 0.004 0.093 0.105 0.292 0.063 0.058 0.374 37 V 0.015 0.002 0.114 0.136 0.134 0.087 0.064 0.449 38 V 0.009 0.002 0.142 0.215 0.259 0.077 0.030 0.265 39 V 0.009 0.004 0.092 0.058 0.120 0.077 0.032 0.608 40 T 0.175 0.066 0.035 0.038 0.039 0.103 0.126 0.418 41 P 0.017 0.077 0.026 0.015 0.021 0.111 0.041 0.692 42 N 0.047 0.591 0.006 0.005 0.005 0.034 0.134 0.178 43 F 0.045 0.857 0.002 0.001 0.001 0.010 0.042 0.042 44 E 0.024 0.873 0.002 0.001 0.001 0.009 0.038 0.052 45 A 0.009 0.886 0.001 0.001 0.002 0.008 0.054 0.039 46 G 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.012 47 V 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.005 48 D 0.004 0.911 0.001 0.001 0.001 0.002 0.070 0.012 49 Q 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 50 V 0.003 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 51 V 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 52 D 0.014 0.933 0.002 0.001 0.001 0.004 0.015 0.033 53 Q 0.033 0.310 0.041 0.001 0.001 0.017 0.539 0.058 54 L 0.133 0.347 0.039 0.003 0.003 0.046 0.311 0.118 55 A 0.112 0.184 0.023 0.004 0.005 0.067 0.113 0.493 56 M 0.031 0.092 0.023 0.002 0.004 0.087 0.036 0.724 57 N 0.163 0.136 0.021 0.005 0.006 0.090 0.090 0.490 58 D 0.266 0.067 0.010 0.003 0.004 0.072 0.101 0.477 59 S 0.105 0.029 0.008 0.002 0.003 0.094 0.112 0.646 60 E 0.040 0.048 0.013 0.003 0.004 0.116 0.164 0.612 61 R 0.042 0.175 0.025 0.008 0.011 0.125 0.082 0.533 62 D 0.044 0.326 0.025 0.021 0.031 0.086 0.068 0.399 63 T 0.026 0.371 0.047 0.026 0.069 0.067 0.107 0.289 64 T 0.016 0.514 0.062 0.030 0.090 0.038 0.072 0.177 65 A 0.026 0.500 0.083 0.050 0.094 0.031 0.075 0.141 66 I 0.034 0.161 0.138 0.073 0.085 0.036 0.341 0.132 67 I 0.032 0.293 0.088 0.064 0.089 0.042 0.186 0.206 68 G 0.060 0.498 0.050 0.032 0.042 0.043 0.076 0.199 69 K 0.028 0.393 0.046 0.035 0.039 0.058 0.127 0.274 70 S 0.021 0.793 0.008 0.004 0.008 0.019 0.028 0.119 71 L 0.058 0.836 0.004 0.002 0.002 0.011 0.029 0.058 72 A 0.021 0.827 0.005 0.002 0.002 0.015 0.046 0.082 73 E 0.019 0.886 0.001 0.001 0.001 0.008 0.027 0.057 74 C 0.046 0.384 0.010 0.001 0.001 0.011 0.508 0.039 75 E 0.028 0.679 0.009 0.001 0.001 0.026 0.180 0.076 76 A 0.008 0.899 0.003 0.001 0.001 0.007 0.021 0.060 77 L 0.006 0.960 0.003 0.001 0.001 0.003 0.007 0.019 78 T 0.020 0.943 0.002 0.001 0.001 0.004 0.013 0.017 79 K 0.009 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.019 80 A 0.022 0.860 0.010 0.001 0.002 0.010 0.050 0.045 81 L 0.110 0.445 0.062 0.003 0.003 0.023 0.271 0.084 82 K 0.323 0.283 0.015 0.003 0.003 0.042 0.055 0.276 83 A 0.069 0.130 0.013 0.002 0.003 0.065 0.041 0.677 84 R 0.046 0.163 0.012 0.002 0.003 0.101 0.050 0.622 85 G 0.094 0.106 0.016 0.004 0.005 0.097 0.263 0.415 86 E 0.050 0.202 0.020 0.009 0.012 0.099 0.105 0.502 87 Q 0.049 0.455 0.022 0.007 0.019 0.047 0.042 0.358 88 V 0.100 0.272 0.053 0.017 0.027 0.072 0.148 0.311 89 T 0.052 0.110 0.099 0.028 0.047 0.079 0.333 0.250 90 L 0.052 0.148 0.060 0.026 0.047 0.088 0.155 0.424 91 I 0.099 0.117 0.106 0.034 0.037 0.098 0.161 0.348 92 Q 0.089 0.117 0.041 0.019 0.033 0.091 0.091 0.519 93 T 0.149 0.145 0.016 0.014 0.019 0.074 0.077 0.506 94 E 0.136 0.094 0.026 0.023 0.027 0.106 0.075 0.514 95 N 0.167 0.032 0.012 0.014 0.021 0.090 0.058 0.605 96 Q 0.119 0.007 0.009 0.017 0.025 0.087 0.049 0.686 97 R 0.032 0.001 0.010 0.013 0.019 0.114 0.027 0.785 98 L 0.077 0.002 0.008 0.008 0.012 0.113 0.037 0.742 99 A 0.110 0.002 0.011 0.006 0.011 0.121 0.057 0.682 100 P 0.008 0.002 0.062 0.013 0.028 0.145 0.026 0.715 101 G 0.002 0.002 0.240 0.040 0.112 0.081 0.052 0.472 102 V 0.003 0.003 0.431 0.086 0.056 0.067 0.071 0.282 103 I 0.001 0.003 0.698 0.082 0.081 0.020 0.039 0.076 104 V 0.005 0.014 0.418 0.090 0.110 0.041 0.068 0.254 105 V 0.020 0.070 0.431 0.097 0.114 0.044 0.049 0.173 106 P 0.058 0.178 0.200 0.053 0.083 0.062 0.124 0.243 107 S 0.049 0.090 0.179 0.050 0.081 0.095 0.170 0.287 108 F 0.045 0.034 0.163 0.091 0.105 0.085 0.231 0.247 109 L 0.159 0.028 0.049 0.053 0.087 0.086 0.118 0.419 110 A 0.251 0.015 0.017 0.040 0.052 0.087 0.053 0.485 111 K 0.025 0.006 0.020 0.041 0.096 0.100 0.040 0.672 112 G 0.031 0.004 0.021 0.025 0.075 0.114 0.039 0.691 113 L 0.024 0.003 0.054 0.188 0.126 0.111 0.030 0.464 114 E 0.015 0.003 0.106 0.040 0.093 0.093 0.058 0.593 115 F 0.010 0.002 0.139 0.049 0.072 0.131 0.086 0.511 116 D 0.002 0.002 0.518 0.043 0.085 0.061 0.038 0.252 117 A 0.001 0.001 0.628 0.050 0.098 0.035 0.034 0.153 118 V 0.001 0.001 0.839 0.038 0.034 0.011 0.023 0.053 119 I 0.001 0.001 0.852 0.032 0.034 0.013 0.019 0.049 120 V 0.004 0.001 0.738 0.035 0.051 0.027 0.039 0.104 121 W 0.010 0.005 0.603 0.044 0.053 0.053 0.039 0.193 122 N 0.122 0.047 0.251 0.024 0.028 0.103 0.148 0.277 123 A 0.059 0.026 0.171 0.016 0.020 0.144 0.081 0.482 124 N 0.266 0.069 0.041 0.011 0.016 0.096 0.110 0.391 125 Q 0.263 0.032 0.016 0.007 0.014 0.118 0.059 0.490 126 E 0.035 0.021 0.016 0.019 0.031 0.150 0.029 0.700 127 N 0.030 0.023 0.011 0.013 0.024 0.123 0.042 0.733 128 Y 0.053 0.076 0.017 0.017 0.018 0.150 0.107 0.563 129 Q 0.053 0.310 0.009 0.007 0.010 0.094 0.061 0.457 130 R 0.120 0.608 0.004 0.003 0.004 0.029 0.075 0.157 131 E 0.057 0.689 0.005 0.003 0.005 0.037 0.056 0.149 132 D 0.027 0.779 0.004 0.004 0.006 0.024 0.066 0.089 133 E 0.013 0.877 0.003 0.003 0.010 0.011 0.030 0.052 134 R 0.023 0.770 0.006 0.019 0.035 0.022 0.054 0.072 135 Q 0.010 0.332 0.028 0.031 0.070 0.029 0.423 0.077 136 L 0.003 0.721 0.025 0.025 0.085 0.012 0.071 0.058 137 L 0.003 0.840 0.017 0.029 0.058 0.005 0.017 0.031 138 Y 0.010 0.329 0.101 0.091 0.092 0.011 0.314 0.052 139 T 0.011 0.297 0.076 0.062 0.066 0.016 0.383 0.089 140 I 0.006 0.727 0.038 0.047 0.071 0.011 0.038 0.062 141 C 0.011 0.745 0.037 0.026 0.030 0.017 0.035 0.099 142 S 0.081 0.492 0.026 0.017 0.017 0.022 0.252 0.093 143 R 0.085 0.352 0.027 0.013 0.015 0.046 0.296 0.166 144 A 0.133 0.245 0.027 0.015 0.021 0.088 0.199 0.273 145 M 0.130 0.071 0.026 0.007 0.015 0.104 0.268 0.380 146 H 0.040 0.069 0.038 0.032 0.063 0.161 0.101 0.495 147 E 0.012 0.052 0.070 0.044 0.190 0.096 0.050 0.487 148 L 0.006 0.027 0.171 0.159 0.268 0.061 0.062 0.247 149 T 0.006 0.021 0.253 0.219 0.236 0.035 0.086 0.144 150 L 0.011 0.009 0.281 0.165 0.221 0.035 0.087 0.190 151 V 0.022 0.005 0.340 0.190 0.158 0.037 0.076 0.172 152 A 0.129 0.010 0.198 0.075 0.139 0.064 0.079 0.308 153 V 0.166 0.005 0.066 0.026 0.033 0.103 0.045 0.555 154 G 0.025 0.004 0.055 0.033 0.046 0.153 0.023 0.661 155 S 0.013 0.021 0.022 0.017 0.034 0.154 0.031 0.708 156 L 0.042 0.168 0.015 0.022 0.024 0.134 0.038 0.558 157 S 0.214 0.501 0.006 0.008 0.008 0.039 0.084 0.139 158 P 0.134 0.412 0.015 0.010 0.018 0.068 0.079 0.264 159 L 0.240 0.181 0.023 0.013 0.030 0.069 0.100 0.344 160 L 0.244 0.047 0.028 0.011 0.017 0.084 0.189 0.379 161 A 0.036 0.031 0.015 0.010 0.014 0.129 0.025 0.739 162 R 0.015 0.043 0.012 0.011 0.017 0.108 0.024 0.770 163 V 0.051 0.159 0.017 0.010 0.011 0.129 0.048 0.576 164 N 0.401 0.277 0.003 0.003 0.003 0.030 0.149 0.135 165 H 0.088 0.163 0.016 0.005 0.007 0.078 0.240 0.401 166 A 0.068 0.250 0.031 0.012 0.028 0.107 0.096 0.408 167 L 0.139 0.118 0.044 0.018 0.027 0.086 0.232 0.335 168 Y 0.032 0.177 0.070 0.058 0.077 0.098 0.078 0.410 169 T 0.023 0.291 0.023 0.038 0.069 0.068 0.052 0.435 170 L 0.067 0.120 0.104 0.030 0.031 0.097 0.133 0.418 171 N 0.608 0.114 0.011 0.008 0.007 0.028 0.106 0.119 172 E 0.202 0.036 0.007 0.004 0.008 0.055 0.044 0.644 173 A 0.023 0.009 0.013 0.005 0.007 0.117 0.031 0.797 174 K 0.027 0.011 0.022 0.008 0.018 0.128 0.052 0.734