# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 528 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.564 0.121 0.038 0.076 0.055 0.036 0.047 0.029 0.018 0.010 0.006 2 N 0.306 0.158 0.061 0.132 0.084 0.065 0.077 0.047 0.035 0.023 0.012 3 A 0.107 0.135 0.064 0.147 0.124 0.110 0.123 0.081 0.059 0.033 0.016 4 S 0.168 0.139 0.064 0.155 0.123 0.089 0.098 0.074 0.048 0.026 0.017 5 Y 0.063 0.038 0.043 0.086 0.099 0.109 0.166 0.145 0.113 0.082 0.055 6 R 0.071 0.104 0.080 0.182 0.160 0.115 0.117 0.076 0.050 0.030 0.016 7 S 0.034 0.066 0.043 0.078 0.090 0.072 0.139 0.145 0.146 0.117 0.071 8 T 0.109 0.099 0.066 0.152 0.139 0.113 0.139 0.076 0.058 0.035 0.015 9 Q 0.456 0.114 0.130 0.147 0.060 0.035 0.029 0.014 0.008 0.005 0.002 10 Q 0.025 0.046 0.041 0.133 0.169 0.186 0.202 0.110 0.050 0.025 0.011 11 I 0.002 0.006 0.009 0.012 0.021 0.021 0.068 0.139 0.232 0.259 0.232 12 T 0.006 0.006 0.025 0.054 0.124 0.210 0.290 0.131 0.083 0.051 0.020 13 D 0.045 0.069 0.640 0.181 0.043 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 14 F 0.001 0.003 0.008 0.023 0.057 0.142 0.289 0.194 0.142 0.097 0.043 15 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.030 0.059 0.220 0.328 0.348 16 K 0.014 0.028 0.279 0.235 0.215 0.104 0.081 0.028 0.010 0.004 0.001 17 E 0.010 0.030 0.450 0.213 0.127 0.088 0.054 0.017 0.006 0.003 0.001 18 I 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.029 0.081 0.088 0.225 0.271 0.286 19 L 0.010 0.012 0.012 0.032 0.058 0.104 0.233 0.164 0.163 0.145 0.066 20 V 0.031 0.115 0.348 0.205 0.116 0.083 0.050 0.022 0.015 0.010 0.005 21 N 0.252 0.253 0.128 0.158 0.090 0.045 0.044 0.018 0.006 0.003 0.002 22 G 0.378 0.097 0.026 0.066 0.059 0.065 0.106 0.081 0.057 0.041 0.024 23 E 0.419 0.195 0.051 0.129 0.079 0.046 0.037 0.025 0.011 0.006 0.003 24 A 0.068 0.127 0.077 0.194 0.150 0.134 0.112 0.065 0.039 0.023 0.011 25 V 0.014 0.013 0.013 0.023 0.040 0.076 0.145 0.138 0.194 0.179 0.165 26 T 0.108 0.132 0.135 0.244 0.161 0.083 0.068 0.038 0.017 0.009 0.004 27 A 0.049 0.065 0.097 0.180 0.137 0.143 0.138 0.081 0.057 0.037 0.017 28 F 0.018 0.015 0.013 0.036 0.052 0.082 0.158 0.149 0.185 0.159 0.132 29 D 0.127 0.121 0.088 0.185 0.149 0.089 0.101 0.067 0.038 0.025 0.010 30 R 0.067 0.087 0.102 0.142 0.114 0.145 0.138 0.079 0.060 0.044 0.021 31 Q 0.165 0.263 0.069 0.162 0.105 0.072 0.074 0.042 0.024 0.015 0.008 32 G 0.467 0.118 0.027 0.078 0.064 0.052 0.071 0.053 0.034 0.022 0.012 33 D 0.480 0.243 0.056 0.108 0.048 0.024 0.018 0.011 0.006 0.004 0.002 34 L 0.052 0.066 0.029 0.102 0.111 0.142 0.162 0.116 0.103 0.073 0.044 35 P 0.169 0.131 0.047 0.122 0.119 0.104 0.115 0.087 0.053 0.033 0.018 36 N 0.140 0.152 0.086 0.210 0.132 0.100 0.089 0.046 0.026 0.013 0.006 37 V 0.043 0.027 0.029 0.066 0.075 0.095 0.150 0.136 0.152 0.135 0.092 38 V 0.052 0.054 0.042 0.126 0.140 0.144 0.163 0.111 0.085 0.057 0.027 39 V 0.043 0.119 0.095 0.163 0.129 0.125 0.134 0.081 0.057 0.038 0.016 40 T 0.039 0.049 0.040 0.087 0.106 0.141 0.200 0.127 0.102 0.071 0.039 41 P 0.556 0.139 0.068 0.106 0.054 0.026 0.027 0.013 0.007 0.003 0.001 42 N 0.230 0.265 0.099 0.178 0.090 0.051 0.043 0.023 0.011 0.007 0.003 43 F 0.025 0.047 0.024 0.067 0.093 0.127 0.215 0.155 0.118 0.085 0.044 44 E 0.404 0.155 0.112 0.135 0.080 0.049 0.038 0.016 0.006 0.003 0.001 45 A 0.143 0.102 0.292 0.230 0.111 0.060 0.037 0.016 0.005 0.003 0.001 46 G 0.025 0.077 0.072 0.133 0.136 0.134 0.185 0.116 0.065 0.041 0.016 47 V 0.002 0.003 0.005 0.012 0.029 0.077 0.210 0.180 0.219 0.173 0.089 48 D 0.058 0.061 0.602 0.179 0.067 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.019 0.035 0.270 0.225 0.169 0.132 0.103 0.032 0.010 0.004 0.002 50 V 0.002 0.004 0.009 0.008 0.014 0.027 0.083 0.117 0.242 0.260 0.234 51 V 0.005 0.006 0.020 0.043 0.103 0.174 0.336 0.159 0.088 0.050 0.015 52 D 0.011 0.032 0.797 0.117 0.029 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Q 0.010 0.016 0.102 0.103 0.135 0.200 0.275 0.098 0.036 0.018 0.006 54 L 0.005 0.006 0.013 0.014 0.020 0.057 0.170 0.161 0.234 0.218 0.102 55 A 0.022 0.047 0.280 0.199 0.163 0.110 0.103 0.045 0.019 0.010 0.003 56 M 0.024 0.039 0.460 0.146 0.101 0.096 0.077 0.031 0.015 0.010 0.003 57 N 0.052 0.082 0.138 0.113 0.101 0.125 0.195 0.096 0.054 0.032 0.012 58 D 0.119 0.110 0.098 0.118 0.100 0.103 0.161 0.097 0.051 0.031 0.011 59 S 0.232 0.183 0.227 0.166 0.082 0.044 0.034 0.018 0.008 0.005 0.002 60 E 0.248 0.224 0.167 0.160 0.086 0.044 0.037 0.019 0.008 0.004 0.002 61 R 0.195 0.130 0.067 0.112 0.103 0.096 0.124 0.085 0.045 0.030 0.015 62 D 0.153 0.114 0.088 0.148 0.126 0.117 0.115 0.070 0.036 0.023 0.010 63 T 0.080 0.115 0.134 0.201 0.146 0.113 0.102 0.059 0.028 0.016 0.006 64 T 0.027 0.035 0.043 0.083 0.102 0.129 0.197 0.140 0.119 0.079 0.047 65 A 0.019 0.018 0.030 0.059 0.081 0.106 0.182 0.155 0.152 0.119 0.079 66 I 0.019 0.033 0.078 0.129 0.136 0.160 0.169 0.104 0.084 0.058 0.028 67 I 0.007 0.010 0.022 0.041 0.066 0.093 0.167 0.152 0.181 0.140 0.120 68 G 0.008 0.012 0.022 0.036 0.056 0.061 0.130 0.137 0.195 0.179 0.164 69 K 0.041 0.040 0.085 0.149 0.183 0.144 0.168 0.087 0.056 0.030 0.016 70 S 0.080 0.169 0.185 0.206 0.123 0.085 0.081 0.036 0.019 0.011 0.005 71 L 0.022 0.025 0.030 0.066 0.091 0.141 0.243 0.149 0.118 0.074 0.042 72 A 0.403 0.120 0.112 0.119 0.076 0.052 0.063 0.030 0.014 0.008 0.003 73 E 0.053 0.154 0.280 0.269 0.122 0.056 0.039 0.016 0.006 0.003 0.001 74 C 0.011 0.016 0.034 0.040 0.065 0.124 0.242 0.171 0.140 0.111 0.047 75 E 0.107 0.081 0.223 0.198 0.136 0.097 0.094 0.038 0.016 0.008 0.002 76 A 0.031 0.073 0.514 0.208 0.090 0.041 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 77 L 0.004 0.009 0.034 0.033 0.055 0.128 0.229 0.166 0.159 0.131 0.052 78 T 0.020 0.025 0.056 0.074 0.103 0.147 0.266 0.149 0.091 0.052 0.016 79 K 0.034 0.041 0.614 0.168 0.073 0.034 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 80 A 0.022 0.031 0.217 0.160 0.146 0.150 0.172 0.061 0.024 0.012 0.005 81 L 0.002 0.003 0.010 0.009 0.016 0.039 0.123 0.140 0.248 0.241 0.169 82 K 0.026 0.036 0.169 0.165 0.191 0.129 0.153 0.074 0.032 0.018 0.007 83 A 0.020 0.064 0.585 0.158 0.075 0.044 0.029 0.013 0.006 0.004 0.002 84 R 0.030 0.069 0.106 0.124 0.133 0.158 0.205 0.098 0.044 0.022 0.010 85 G 0.336 0.115 0.059 0.081 0.068 0.065 0.109 0.080 0.046 0.030 0.013 86 E 0.220 0.135 0.169 0.181 0.112 0.067 0.058 0.032 0.015 0.007 0.004 87 Q 0.121 0.166 0.168 0.204 0.127 0.071 0.075 0.038 0.018 0.009 0.004 88 V 0.013 0.010 0.016 0.025 0.045 0.103 0.213 0.157 0.186 0.139 0.093 89 T 0.105 0.159 0.266 0.236 0.127 0.049 0.032 0.015 0.006 0.003 0.001 90 L 0.017 0.020 0.071 0.086 0.103 0.170 0.215 0.126 0.096 0.070 0.027 91 I 0.019 0.027 0.038 0.060 0.073 0.118 0.221 0.148 0.143 0.106 0.049 92 Q 0.081 0.155 0.172 0.200 0.121 0.090 0.100 0.044 0.023 0.012 0.004 93 T 0.154 0.168 0.245 0.200 0.104 0.056 0.039 0.019 0.008 0.005 0.002 94 E 0.386 0.184 0.090 0.131 0.074 0.043 0.048 0.027 0.010 0.006 0.002 95 N 0.206 0.132 0.063 0.124 0.096 0.103 0.126 0.076 0.040 0.026 0.009 96 Q 0.150 0.141 0.151 0.171 0.122 0.099 0.082 0.044 0.022 0.014 0.005 97 R 0.184 0.164 0.164 0.192 0.113 0.070 0.058 0.031 0.013 0.008 0.003 98 L 0.040 0.083 0.057 0.078 0.078 0.127 0.188 0.122 0.103 0.083 0.041 99 A 0.127 0.206 0.091 0.187 0.145 0.091 0.074 0.042 0.020 0.012 0.006 100 P 0.458 0.176 0.097 0.131 0.059 0.031 0.024 0.014 0.005 0.003 0.001 101 G 0.210 0.109 0.072 0.160 0.120 0.092 0.114 0.057 0.036 0.020 0.011 102 V 0.006 0.009 0.010 0.019 0.026 0.054 0.104 0.119 0.226 0.239 0.189 103 I 0.010 0.049 0.058 0.149 0.164 0.199 0.160 0.087 0.068 0.038 0.020 104 V 0.003 0.004 0.015 0.016 0.027 0.040 0.091 0.139 0.202 0.216 0.248 105 V 0.004 0.005 0.011 0.026 0.050 0.052 0.107 0.192 0.191 0.186 0.176 106 P 0.009 0.015 0.024 0.052 0.069 0.073 0.152 0.165 0.195 0.151 0.096 107 S 0.009 0.009 0.021 0.044 0.075 0.051 0.109 0.170 0.180 0.151 0.182 108 F 0.018 0.018 0.031 0.058 0.074 0.085 0.166 0.161 0.166 0.138 0.086 109 L 0.021 0.035 0.055 0.133 0.136 0.118 0.182 0.120 0.100 0.057 0.043 110 A 0.008 0.011 0.028 0.026 0.038 0.040 0.095 0.129 0.195 0.203 0.228 111 K 0.011 0.030 0.058 0.110 0.135 0.117 0.181 0.128 0.112 0.077 0.041 112 G 0.078 0.071 0.113 0.127 0.087 0.101 0.132 0.079 0.092 0.073 0.045 113 L 0.014 0.016 0.029 0.049 0.065 0.120 0.207 0.145 0.158 0.116 0.081 114 E 0.010 0.024 0.045 0.073 0.093 0.077 0.163 0.168 0.147 0.115 0.085 115 F 0.003 0.005 0.020 0.023 0.039 0.051 0.126 0.153 0.211 0.207 0.161 116 D 0.015 0.042 0.108 0.136 0.136 0.119 0.172 0.099 0.087 0.053 0.032 117 A 0.002 0.006 0.020 0.033 0.054 0.065 0.170 0.198 0.193 0.162 0.097 118 V 0.001 0.003 0.010 0.014 0.023 0.035 0.083 0.132 0.220 0.262 0.217 119 I 0.001 0.003 0.008 0.013 0.027 0.029 0.088 0.157 0.217 0.235 0.222 120 V 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.011 0.026 0.065 0.173 0.284 0.423 121 W 0.002 0.002 0.008 0.013 0.039 0.050 0.130 0.186 0.223 0.193 0.155 122 N 0.012 0.030 0.079 0.148 0.158 0.120 0.175 0.112 0.086 0.052 0.029 123 A 0.003 0.003 0.011 0.013 0.028 0.042 0.105 0.131 0.217 0.195 0.253 124 N 0.062 0.123 0.084 0.172 0.128 0.117 0.156 0.067 0.049 0.030 0.013 125 Q 0.062 0.094 0.100 0.169 0.136 0.146 0.154 0.063 0.041 0.022 0.013 126 E 0.541 0.177 0.071 0.096 0.052 0.026 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 127 N 0.199 0.179 0.060 0.134 0.095 0.078 0.112 0.063 0.041 0.026 0.014 128 Y 0.040 0.033 0.017 0.041 0.060 0.094 0.177 0.147 0.155 0.131 0.104 129 Q 0.207 0.517 0.130 0.098 0.030 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 130 R 0.275 0.226 0.089 0.161 0.101 0.058 0.048 0.024 0.010 0.005 0.003 131 E 0.819 0.097 0.017 0.030 0.014 0.007 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 132 D 0.287 0.165 0.082 0.182 0.103 0.067 0.062 0.030 0.013 0.006 0.002 133 E 0.040 0.055 0.120 0.148 0.141 0.142 0.157 0.101 0.053 0.032 0.012 134 R 0.012 0.028 0.103 0.111 0.103 0.164 0.233 0.116 0.074 0.044 0.012 135 Q 0.008 0.040 0.347 0.188 0.114 0.108 0.101 0.049 0.027 0.013 0.005 136 L 0.005 0.011 0.100 0.075 0.084 0.120 0.213 0.161 0.116 0.080 0.035 137 L 0.003 0.006 0.040 0.028 0.038 0.072 0.174 0.164 0.216 0.166 0.093 138 Y 0.003 0.007 0.038 0.032 0.052 0.065 0.184 0.192 0.190 0.147 0.090 139 T 0.002 0.003 0.024 0.015 0.027 0.035 0.104 0.166 0.220 0.235 0.168 140 I 0.002 0.005 0.018 0.018 0.037 0.039 0.130 0.218 0.223 0.200 0.109 141 C 0.001 0.002 0.010 0.011 0.023 0.024 0.079 0.184 0.226 0.240 0.200 142 S 0.005 0.007 0.029 0.032 0.064 0.052 0.121 0.201 0.181 0.169 0.138 143 R 0.006 0.009 0.041 0.051 0.099 0.095 0.195 0.190 0.147 0.107 0.059 144 A 0.004 0.008 0.039 0.043 0.079 0.075 0.216 0.205 0.153 0.117 0.062 145 M 0.008 0.020 0.103 0.109 0.114 0.153 0.219 0.092 0.091 0.065 0.026 146 H 0.016 0.042 0.197 0.152 0.122 0.135 0.189 0.067 0.045 0.024 0.011 147 E 0.014 0.043 0.137 0.176 0.158 0.148 0.170 0.071 0.044 0.026 0.013 148 L 0.001 0.002 0.007 0.005 0.009 0.021 0.061 0.088 0.217 0.300 0.289 149 T 0.007 0.029 0.057 0.119 0.148 0.156 0.178 0.104 0.094 0.064 0.044 150 L 0.001 0.001 0.007 0.006 0.012 0.018 0.045 0.084 0.174 0.261 0.390 151 V 0.003 0.004 0.010 0.019 0.048 0.085 0.138 0.148 0.195 0.198 0.152 152 A 0.005 0.009 0.017 0.033 0.051 0.065 0.146 0.163 0.214 0.178 0.120 153 V 0.009 0.016 0.021 0.054 0.080 0.117 0.195 0.148 0.158 0.113 0.089 154 G 0.219 0.160 0.091 0.167 0.111 0.075 0.089 0.039 0.027 0.014 0.009 155 S 0.289 0.181 0.063 0.169 0.104 0.063 0.061 0.035 0.018 0.010 0.007 156 L 0.060 0.087 0.029 0.075 0.077 0.104 0.149 0.115 0.119 0.107 0.077 157 S 0.116 0.110 0.053 0.151 0.151 0.134 0.135 0.073 0.041 0.024 0.013 158 P 0.312 0.177 0.149 0.170 0.083 0.048 0.031 0.015 0.007 0.005 0.002 159 L 0.028 0.033 0.028 0.072 0.082 0.133 0.203 0.136 0.134 0.099 0.052 160 L 0.017 0.027 0.019 0.058 0.075 0.103 0.187 0.159 0.157 0.133 0.065 161 A 0.092 0.098 0.198 0.216 0.148 0.100 0.078 0.037 0.019 0.010 0.004 162 R 0.151 0.207 0.214 0.229 0.103 0.044 0.030 0.013 0.005 0.003 0.001 163 V 0.016 0.016 0.010 0.021 0.033 0.059 0.138 0.144 0.206 0.204 0.152 164 N 0.194 0.261 0.076 0.164 0.111 0.070 0.064 0.032 0.016 0.009 0.003 165 H 0.236 0.130 0.208 0.198 0.102 0.059 0.035 0.017 0.008 0.004 0.002 166 A 0.276 0.172 0.109 0.158 0.101 0.066 0.073 0.030 0.010 0.005 0.002 167 L 0.013 0.015 0.020 0.049 0.066 0.108 0.194 0.170 0.172 0.133 0.060 168 Y 0.036 0.031 0.080 0.094 0.114 0.192 0.224 0.113 0.064 0.040 0.012 169 T 0.014 0.123 0.414 0.264 0.100 0.043 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 170 L 0.007 0.006 0.017 0.020 0.042 0.072 0.206 0.202 0.173 0.140 0.115 171 N 0.364 0.204 0.160 0.147 0.062 0.024 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 172 E 0.139 0.080 0.188 0.210 0.139 0.086 0.087 0.042 0.017 0.008 0.004 173 A 0.113 0.130 0.160 0.136 0.113 0.087 0.114 0.072 0.038 0.025 0.013 174 K 0.066 0.094 0.096 0.134 0.138 0.123 0.173 0.095 0.049 0.023 0.010