# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 528 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.089 0.040 0.013 0.152 0.070 0.127 0.080 0.005 0.001 0.007 0.416 2 N 0.052 0.017 0.003 0.089 0.092 0.122 0.094 0.004 0.001 0.007 0.520 3 A 0.080 0.023 0.029 0.157 0.058 0.092 0.106 0.002 0.001 0.009 0.445 4 S 0.023 0.014 0.001 0.110 0.064 0.074 0.224 0.002 0.001 0.005 0.483 5 Y 0.118 0.019 0.007 0.136 0.046 0.103 0.161 0.002 0.001 0.018 0.391 6 R 0.057 0.038 0.005 0.153 0.050 0.069 0.261 0.001 0.001 0.006 0.360 7 S 0.031 0.018 0.004 0.022 0.012 0.025 0.365 0.001 0.001 0.010 0.512 8 T 0.030 0.050 0.003 0.025 0.008 0.015 0.177 0.001 0.001 0.007 0.684 9 Q 0.008 0.030 0.001 0.003 0.002 0.003 0.286 0.001 0.001 0.002 0.665 10 Q 0.015 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.747 0.001 0.001 0.002 0.199 11 I 0.077 0.714 0.002 0.003 0.004 0.007 0.087 0.001 0.001 0.003 0.104 12 T 0.004 0.971 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 13 D 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.035 14 F 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 15 T 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 16 K 0.012 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.010 17 E 0.067 0.863 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 0.031 18 I 0.117 0.816 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 0.018 19 L 0.096 0.762 0.028 0.002 0.002 0.003 0.005 0.038 0.001 0.001 0.063 20 V 0.052 0.533 0.070 0.010 0.007 0.009 0.036 0.044 0.001 0.001 0.238 21 N 0.127 0.280 0.014 0.011 0.006 0.011 0.030 0.070 0.001 0.005 0.446 22 G 0.242 0.076 0.028 0.013 0.006 0.007 0.028 0.029 0.001 0.010 0.561 23 E 0.168 0.024 0.183 0.019 0.012 0.007 0.269 0.003 0.001 0.011 0.304 24 A 0.036 0.012 0.016 0.042 0.012 0.022 0.117 0.001 0.001 0.007 0.736 25 V 0.042 0.025 0.004 0.101 0.060 0.130 0.056 0.001 0.001 0.006 0.574 26 T 0.039 0.039 0.004 0.104 0.113 0.123 0.134 0.002 0.001 0.004 0.439 27 A 0.056 0.039 0.002 0.054 0.055 0.085 0.056 0.002 0.001 0.003 0.647 28 F 0.079 0.049 0.001 0.066 0.141 0.244 0.059 0.002 0.001 0.003 0.355 29 D 0.056 0.069 0.004 0.040 0.116 0.135 0.092 0.005 0.001 0.010 0.473 30 R 0.061 0.087 0.007 0.035 0.062 0.083 0.113 0.004 0.001 0.006 0.541 31 Q 0.086 0.048 0.004 0.027 0.038 0.062 0.232 0.009 0.001 0.014 0.479 32 G 0.335 0.021 0.013 0.020 0.028 0.037 0.111 0.006 0.001 0.032 0.398 33 D 0.135 0.013 0.024 0.016 0.017 0.027 0.120 0.004 0.001 0.013 0.632 34 L 0.027 0.004 0.011 0.024 0.022 0.032 0.063 0.001 0.001 0.003 0.813 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 36 N 0.018 0.002 0.001 0.069 0.151 0.363 0.058 0.001 0.001 0.004 0.333 37 V 0.131 0.006 0.001 0.097 0.126 0.165 0.038 0.001 0.001 0.001 0.435 38 V 0.022 0.007 0.001 0.156 0.287 0.345 0.025 0.001 0.001 0.003 0.155 39 V 0.018 0.007 0.002 0.144 0.091 0.159 0.067 0.001 0.001 0.002 0.509 40 T 0.035 0.006 0.001 0.149 0.135 0.305 0.073 0.001 0.001 0.002 0.295 41 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 42 N 0.007 0.001 0.001 0.009 0.015 0.023 0.519 0.001 0.001 0.005 0.419 43 F 0.189 0.005 0.004 0.008 0.002 0.005 0.070 0.001 0.001 0.006 0.710 44 E 0.010 0.036 0.001 0.002 0.002 0.003 0.536 0.001 0.001 0.001 0.410 45 A 0.074 0.053 0.001 0.001 0.001 0.002 0.596 0.001 0.001 0.005 0.265 46 G 0.121 0.704 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.002 0.001 0.001 0.129 47 V 0.049 0.856 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.001 0.001 0.064 48 D 0.007 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.097 49 Q 0.012 0.902 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.065 50 V 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 51 V 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 52 D 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 53 Q 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 54 L 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 55 A 0.020 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.012 56 M 0.054 0.890 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.018 57 N 0.182 0.654 0.008 0.001 0.002 0.002 0.006 0.091 0.001 0.001 0.054 58 D 0.125 0.415 0.080 0.003 0.002 0.003 0.013 0.034 0.001 0.002 0.322 59 S 0.038 0.230 0.031 0.005 0.005 0.005 0.185 0.021 0.001 0.002 0.477 60 E 0.281 0.081 0.011 0.006 0.003 0.006 0.247 0.024 0.001 0.012 0.330 61 R 0.267 0.176 0.013 0.009 0.004 0.008 0.083 0.014 0.001 0.007 0.418 62 D 0.115 0.090 0.038 0.015 0.014 0.016 0.093 0.005 0.001 0.008 0.607 63 T 0.084 0.080 0.041 0.035 0.021 0.026 0.168 0.003 0.001 0.010 0.534 64 T 0.070 0.157 0.017 0.064 0.065 0.099 0.151 0.003 0.001 0.008 0.366 65 A 0.053 0.232 0.010 0.096 0.114 0.160 0.079 0.003 0.001 0.005 0.248 66 I 0.027 0.375 0.006 0.097 0.103 0.129 0.053 0.002 0.001 0.003 0.206 67 I 0.050 0.416 0.004 0.089 0.076 0.129 0.037 0.003 0.001 0.002 0.195 68 G 0.058 0.499 0.002 0.071 0.054 0.119 0.029 0.005 0.001 0.002 0.160 69 K 0.045 0.472 0.009 0.039 0.048 0.080 0.044 0.006 0.001 0.003 0.254 70 S 0.043 0.392 0.007 0.017 0.019 0.046 0.084 0.008 0.001 0.004 0.380 71 L 0.071 0.438 0.008 0.011 0.014 0.031 0.075 0.007 0.001 0.004 0.342 72 A 0.036 0.456 0.004 0.004 0.005 0.011 0.100 0.004 0.001 0.002 0.378 73 E 0.062 0.397 0.006 0.003 0.002 0.005 0.220 0.006 0.001 0.002 0.297 74 C 0.052 0.820 0.003 0.001 0.001 0.002 0.021 0.003 0.001 0.001 0.095 75 E 0.019 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.079 76 A 0.016 0.849 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.104 77 L 0.017 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.031 78 T 0.011 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.016 79 K 0.006 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.028 80 A 0.012 0.959 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.018 81 L 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 82 K 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 83 A 0.031 0.918 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.001 0.001 0.019 84 R 0.163 0.731 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.065 0.001 0.001 0.034 85 G 0.266 0.466 0.036 0.002 0.002 0.002 0.007 0.103 0.001 0.001 0.115 86 E 0.072 0.187 0.448 0.006 0.005 0.006 0.032 0.014 0.001 0.002 0.228 87 Q 0.060 0.136 0.044 0.024 0.015 0.026 0.068 0.012 0.001 0.005 0.610 88 V 0.110 0.195 0.032 0.042 0.036 0.052 0.072 0.008 0.001 0.005 0.447 89 T 0.059 0.279 0.010 0.064 0.078 0.082 0.085 0.004 0.001 0.004 0.335 90 L 0.097 0.239 0.008 0.063 0.065 0.077 0.058 0.003 0.001 0.003 0.387 91 I 0.087 0.329 0.003 0.065 0.091 0.132 0.050 0.003 0.001 0.003 0.236 92 Q 0.061 0.348 0.007 0.039 0.053 0.087 0.082 0.009 0.001 0.005 0.308 93 T 0.073 0.305 0.006 0.026 0.040 0.067 0.073 0.011 0.001 0.005 0.394 94 E 0.125 0.221 0.015 0.015 0.018 0.043 0.091 0.013 0.001 0.009 0.450 95 N 0.120 0.200 0.011 0.010 0.020 0.031 0.148 0.014 0.001 0.011 0.436 96 Q 0.236 0.143 0.022 0.011 0.024 0.030 0.087 0.008 0.001 0.012 0.427 97 R 0.176 0.125 0.020 0.017 0.024 0.032 0.131 0.011 0.001 0.009 0.454 98 L 0.211 0.085 0.032 0.030 0.031 0.064 0.106 0.018 0.001 0.013 0.410 99 A 0.164 0.049 0.011 0.035 0.041 0.054 0.091 0.007 0.001 0.005 0.543 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 101 G 0.034 0.005 0.001 0.101 0.072 0.144 0.125 0.002 0.001 0.007 0.509 102 V 0.244 0.009 0.008 0.229 0.115 0.102 0.050 0.001 0.001 0.006 0.235 103 I 0.009 0.005 0.002 0.484 0.155 0.174 0.053 0.001 0.001 0.002 0.116 104 V 0.010 0.003 0.004 0.371 0.079 0.184 0.057 0.001 0.001 0.004 0.287 105 V 0.001 0.002 0.001 0.670 0.090 0.163 0.019 0.001 0.001 0.001 0.053 106 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 107 S 0.003 0.001 0.001 0.305 0.053 0.169 0.066 0.001 0.001 0.002 0.401 108 F 0.041 0.004 0.001 0.179 0.071 0.120 0.102 0.001 0.001 0.012 0.470 109 L 0.124 0.018 0.001 0.122 0.077 0.146 0.083 0.001 0.001 0.006 0.421 110 A 0.168 0.051 0.002 0.140 0.082 0.146 0.096 0.002 0.001 0.006 0.306 111 K 0.115 0.065 0.003 0.091 0.111 0.159 0.057 0.006 0.001 0.010 0.384 112 G 0.073 0.022 0.006 0.074 0.061 0.104 0.030 0.008 0.001 0.009 0.614 113 L 0.122 0.015 0.043 0.123 0.134 0.162 0.104 0.004 0.001 0.010 0.282 114 E 0.023 0.005 0.003 0.196 0.092 0.118 0.122 0.002 0.001 0.006 0.435 115 F 0.013 0.002 0.003 0.127 0.150 0.131 0.025 0.001 0.001 0.003 0.545 116 D 0.004 0.001 0.001 0.448 0.262 0.198 0.025 0.001 0.001 0.002 0.059 117 A 0.006 0.001 0.001 0.430 0.089 0.114 0.053 0.001 0.001 0.001 0.306 118 V 0.001 0.001 0.001 0.766 0.086 0.120 0.014 0.001 0.001 0.001 0.011 119 I 0.001 0.001 0.001 0.786 0.079 0.105 0.008 0.001 0.001 0.002 0.019 120 V 0.002 0.001 0.001 0.689 0.070 0.173 0.006 0.001 0.001 0.001 0.059 121 W 0.001 0.001 0.001 0.695 0.061 0.164 0.016 0.001 0.001 0.001 0.063 122 N 0.001 0.001 0.001 0.237 0.152 0.165 0.083 0.001 0.001 0.006 0.355 123 A 0.009 0.001 0.003 0.195 0.035 0.103 0.107 0.001 0.001 0.006 0.542 124 N 0.007 0.001 0.001 0.032 0.017 0.033 0.677 0.001 0.001 0.005 0.227 125 Q 0.255 0.003 0.002 0.014 0.006 0.010 0.192 0.001 0.001 0.043 0.475 126 E 0.118 0.046 0.001 0.015 0.005 0.006 0.307 0.003 0.001 0.006 0.492 127 N 0.253 0.040 0.013 0.020 0.009 0.018 0.278 0.008 0.001 0.022 0.339 128 Y 0.203 0.174 0.020 0.036 0.016 0.026 0.122 0.005 0.001 0.010 0.387 129 Q 0.023 0.037 0.013 0.008 0.009 0.015 0.099 0.002 0.001 0.002 0.793 130 R 0.025 0.035 0.004 0.006 0.004 0.012 0.164 0.002 0.001 0.004 0.743 131 E 0.058 0.102 0.001 0.006 0.006 0.011 0.093 0.002 0.001 0.003 0.717 132 D 0.023 0.220 0.001 0.002 0.002 0.003 0.121 0.001 0.001 0.001 0.626 133 E 0.070 0.394 0.002 0.003 0.003 0.006 0.276 0.005 0.001 0.003 0.238 134 R 0.152 0.733 0.002 0.002 0.006 0.008 0.014 0.003 0.001 0.002 0.079 135 Q 0.037 0.823 0.006 0.003 0.019 0.014 0.012 0.002 0.001 0.001 0.084 136 L 0.020 0.774 0.012 0.004 0.018 0.018 0.013 0.002 0.001 0.001 0.139 137 L 0.034 0.768 0.003 0.010 0.054 0.045 0.005 0.002 0.001 0.001 0.078 138 Y 0.005 0.834 0.004 0.006 0.043 0.036 0.006 0.003 0.001 0.001 0.063 139 T 0.019 0.630 0.004 0.016 0.112 0.123 0.007 0.002 0.001 0.001 0.088 140 I 0.032 0.588 0.003 0.018 0.120 0.136 0.006 0.001 0.001 0.001 0.096 141 C 0.013 0.668 0.005 0.009 0.111 0.090 0.009 0.002 0.001 0.002 0.091 142 S 0.048 0.375 0.005 0.018 0.103 0.156 0.019 0.004 0.001 0.001 0.270 143 R 0.037 0.415 0.009 0.014 0.062 0.083 0.052 0.005 0.001 0.004 0.319 144 A 0.062 0.337 0.007 0.010 0.028 0.055 0.092 0.010 0.001 0.003 0.395 145 M 0.134 0.387 0.005 0.010 0.029 0.063 0.086 0.020 0.001 0.004 0.262 146 H 0.111 0.599 0.006 0.007 0.021 0.026 0.027 0.011 0.001 0.004 0.188 147 E 0.138 0.454 0.011 0.016 0.027 0.034 0.029 0.018 0.001 0.003 0.270 148 L 0.120 0.339 0.041 0.048 0.123 0.113 0.020 0.010 0.001 0.004 0.182 149 T 0.031 0.131 0.022 0.192 0.197 0.251 0.024 0.007 0.001 0.003 0.141 150 L 0.014 0.074 0.020 0.132 0.227 0.286 0.020 0.002 0.001 0.001 0.224 151 V 0.007 0.025 0.002 0.386 0.180 0.285 0.015 0.001 0.001 0.002 0.098 152 A 0.014 0.033 0.003 0.168 0.145 0.202 0.056 0.003 0.001 0.003 0.374 153 V 0.020 0.022 0.002 0.212 0.121 0.259 0.049 0.001 0.001 0.002 0.311 154 G 0.022 0.011 0.003 0.101 0.054 0.098 0.135 0.003 0.001 0.011 0.562 155 S 0.134 0.007 0.012 0.051 0.021 0.037 0.128 0.002 0.001 0.016 0.591 156 L 0.082 0.010 0.013 0.034 0.012 0.036 0.126 0.002 0.001 0.010 0.675 157 S 0.042 0.013 0.006 0.021 0.037 0.062 0.173 0.002 0.001 0.007 0.635 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 159 L 0.025 0.030 0.001 0.018 0.010 0.035 0.487 0.002 0.001 0.003 0.388 160 L 0.586 0.101 0.002 0.018 0.008 0.023 0.089 0.004 0.001 0.006 0.164 161 A 0.236 0.455 0.003 0.021 0.014 0.023 0.023 0.005 0.001 0.002 0.219 162 R 0.171 0.253 0.025 0.024 0.017 0.024 0.079 0.017 0.001 0.006 0.386 163 V 0.203 0.257 0.041 0.033 0.015 0.033 0.053 0.011 0.001 0.006 0.349 164 N 0.045 0.137 0.008 0.024 0.023 0.047 0.112 0.010 0.001 0.004 0.591 165 H 0.032 0.050 0.008 0.010 0.008 0.012 0.048 0.002 0.001 0.004 0.827 166 A 0.081 0.141 0.005 0.018 0.007 0.015 0.312 0.006 0.001 0.005 0.409 167 L 0.332 0.191 0.008 0.024 0.012 0.032 0.134 0.010 0.001 0.009 0.246 168 Y 0.129 0.521 0.012 0.037 0.051 0.051 0.036 0.003 0.001 0.003 0.157 169 T 0.058 0.346 0.020 0.021 0.023 0.037 0.065 0.007 0.001 0.003 0.419 170 L 0.120 0.373 0.007 0.031 0.043 0.067 0.033 0.004 0.001 0.003 0.318 171 N 0.036 0.369 0.004 0.013 0.029 0.043 0.080 0.009 0.001 0.004 0.414 172 E 0.070 0.233 0.018 0.015 0.019 0.034 0.125 0.007 0.001 0.003 0.476 173 A 0.084 0.400 0.005 0.013 0.022 0.043 0.129 0.008 0.001 0.004 0.292 174 K 0.193 0.376 0.006 0.011 0.024 0.036 0.082 0.013 0.001 0.008 0.252