# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 528 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.075 0.022 0.039 0.076 0.112 0.087 0.013 0.577 2 N 0.057 0.018 0.046 0.072 0.106 0.173 0.012 0.516 3 A 0.087 0.026 0.068 0.101 0.124 0.094 0.013 0.487 4 S 0.057 0.031 0.079 0.101 0.141 0.182 0.012 0.398 5 Y 0.074 0.020 0.110 0.077 0.138 0.071 0.013 0.497 6 R 0.040 0.032 0.151 0.102 0.145 0.151 0.009 0.368 7 S 0.026 0.027 0.031 0.017 0.034 0.272 0.007 0.587 8 T 0.030 0.036 0.031 0.006 0.033 0.096 0.005 0.763 9 Q 0.006 0.027 0.010 0.002 0.005 0.170 0.002 0.778 10 Q 0.022 0.083 0.008 0.001 0.004 0.407 0.004 0.471 11 I 0.026 0.836 0.003 0.001 0.003 0.025 0.001 0.106 12 T 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 13 D 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 14 F 0.011 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 15 T 0.012 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 16 K 0.012 0.961 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.017 17 E 0.019 0.939 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.029 18 I 0.099 0.847 0.002 0.001 0.001 0.006 0.017 0.029 19 L 0.093 0.842 0.012 0.001 0.001 0.005 0.016 0.029 20 V 0.157 0.659 0.027 0.004 0.002 0.013 0.053 0.086 21 N 0.187 0.306 0.028 0.004 0.003 0.013 0.104 0.355 22 G 0.175 0.153 0.113 0.006 0.006 0.034 0.087 0.426 23 E 0.163 0.051 0.258 0.020 0.007 0.211 0.024 0.266 24 A 0.030 0.019 0.103 0.010 0.009 0.144 0.006 0.679 25 V 0.054 0.036 0.100 0.063 0.134 0.081 0.007 0.525 26 T 0.041 0.049 0.087 0.055 0.083 0.134 0.006 0.546 27 A 0.050 0.067 0.039 0.043 0.059 0.065 0.007 0.669 28 F 0.101 0.107 0.060 0.077 0.149 0.074 0.010 0.421 29 D 0.078 0.122 0.046 0.091 0.099 0.115 0.015 0.434 30 R 0.070 0.127 0.050 0.041 0.074 0.084 0.020 0.534 31 Q 0.134 0.082 0.039 0.031 0.046 0.167 0.047 0.453 32 G 0.352 0.029 0.037 0.020 0.023 0.097 0.067 0.374 33 D 0.110 0.024 0.062 0.028 0.028 0.121 0.029 0.598 34 L 0.058 0.008 0.057 0.046 0.047 0.170 0.006 0.608 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.990 36 N 0.026 0.002 0.076 0.111 0.233 0.130 0.004 0.419 37 V 0.114 0.007 0.079 0.093 0.101 0.053 0.005 0.548 38 V 0.027 0.009 0.156 0.262 0.294 0.031 0.003 0.218 39 V 0.020 0.010 0.135 0.111 0.180 0.052 0.005 0.487 40 T 0.027 0.010 0.120 0.103 0.215 0.086 0.005 0.433 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 42 N 0.005 0.003 0.010 0.005 0.015 0.434 0.003 0.526 43 F 0.199 0.013 0.014 0.002 0.010 0.085 0.010 0.667 44 E 0.026 0.052 0.003 0.001 0.003 0.348 0.003 0.564 45 A 0.091 0.079 0.003 0.001 0.003 0.504 0.007 0.311 46 G 0.082 0.728 0.002 0.001 0.001 0.034 0.002 0.151 47 V 0.026 0.906 0.001 0.001 0.002 0.013 0.002 0.051 48 D 0.007 0.878 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.101 49 Q 0.010 0.934 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.040 50 V 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 51 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 52 D 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 53 Q 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 54 L 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 55 A 0.009 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 56 M 0.031 0.922 0.005 0.001 0.001 0.003 0.021 0.017 57 N 0.152 0.719 0.009 0.002 0.001 0.006 0.071 0.039 58 D 0.143 0.568 0.032 0.006 0.004 0.015 0.051 0.181 59 S 0.062 0.240 0.076 0.008 0.005 0.110 0.032 0.466 60 E 0.229 0.106 0.042 0.009 0.009 0.174 0.058 0.374 61 R 0.271 0.132 0.043 0.013 0.015 0.124 0.030 0.373 62 D 0.084 0.087 0.058 0.021 0.022 0.155 0.014 0.559 63 T 0.075 0.079 0.066 0.034 0.045 0.166 0.014 0.520 64 T 0.088 0.154 0.090 0.058 0.092 0.138 0.013 0.368 65 A 0.038 0.195 0.163 0.131 0.162 0.097 0.006 0.207 66 I 0.018 0.264 0.190 0.130 0.177 0.064 0.005 0.152 67 I 0.026 0.379 0.157 0.089 0.159 0.029 0.007 0.155 68 G 0.031 0.432 0.108 0.074 0.193 0.020 0.009 0.134 69 K 0.045 0.403 0.087 0.067 0.103 0.048 0.017 0.230 70 S 0.036 0.292 0.039 0.024 0.053 0.127 0.021 0.408 71 L 0.073 0.393 0.042 0.010 0.055 0.078 0.015 0.334 72 A 0.021 0.365 0.009 0.003 0.007 0.176 0.006 0.413 73 E 0.035 0.295 0.006 0.001 0.003 0.399 0.010 0.251 74 C 0.054 0.821 0.003 0.001 0.002 0.028 0.004 0.088 75 E 0.016 0.920 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.052 76 A 0.014 0.905 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.063 77 L 0.014 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.021 78 T 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 79 K 0.003 0.968 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.021 80 A 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.017 81 L 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 82 K 0.019 0.962 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 83 A 0.041 0.923 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.018 84 R 0.154 0.721 0.006 0.001 0.001 0.004 0.068 0.046 85 G 0.212 0.513 0.041 0.005 0.004 0.012 0.090 0.123 86 E 0.093 0.221 0.194 0.021 0.009 0.088 0.028 0.346 87 Q 0.045 0.106 0.084 0.016 0.015 0.122 0.015 0.597 88 V 0.091 0.220 0.089 0.039 0.066 0.066 0.012 0.417 89 T 0.047 0.208 0.116 0.073 0.081 0.123 0.009 0.344 90 L 0.052 0.277 0.075 0.067 0.078 0.071 0.010 0.371 91 I 0.067 0.395 0.056 0.060 0.119 0.041 0.010 0.251 92 Q 0.051 0.381 0.025 0.046 0.071 0.073 0.015 0.337 93 T 0.047 0.306 0.031 0.028 0.055 0.080 0.017 0.436 94 E 0.059 0.234 0.018 0.016 0.030 0.103 0.022 0.518 95 N 0.136 0.227 0.013 0.014 0.026 0.178 0.041 0.365 96 Q 0.233 0.289 0.017 0.018 0.022 0.101 0.028 0.292 97 R 0.136 0.304 0.014 0.019 0.023 0.079 0.017 0.408 98 L 0.143 0.197 0.024 0.024 0.050 0.060 0.034 0.467 99 A 0.261 0.108 0.044 0.047 0.057 0.062 0.018 0.403 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 101 G 0.062 0.005 0.094 0.026 0.042 0.144 0.014 0.612 102 V 0.402 0.007 0.162 0.061 0.034 0.031 0.012 0.292 103 I 0.010 0.002 0.535 0.120 0.180 0.041 0.002 0.111 104 V 0.004 0.002 0.383 0.167 0.150 0.042 0.002 0.250 105 V 0.001 0.001 0.523 0.128 0.295 0.015 0.001 0.037 106 P 0.001 0.001 0.006 0.008 0.007 0.013 0.001 0.965 107 S 0.002 0.002 0.211 0.076 0.476 0.048 0.001 0.183 108 F 0.023 0.049 0.057 0.225 0.214 0.100 0.006 0.326 109 L 0.098 0.091 0.040 0.135 0.204 0.064 0.016 0.353 110 A 0.107 0.155 0.060 0.156 0.303 0.036 0.014 0.169 111 K 0.194 0.118 0.023 0.146 0.140 0.085 0.043 0.250 112 G 0.182 0.034 0.020 0.055 0.101 0.052 0.053 0.503 113 L 0.149 0.023 0.134 0.111 0.159 0.071 0.020 0.333 114 E 0.043 0.004 0.138 0.103 0.166 0.125 0.006 0.415 115 F 0.009 0.001 0.183 0.200 0.249 0.034 0.002 0.321 116 D 0.004 0.001 0.225 0.327 0.253 0.020 0.001 0.170 117 A 0.004 0.001 0.270 0.124 0.164 0.048 0.001 0.388 118 V 0.003 0.001 0.744 0.063 0.070 0.049 0.001 0.069 119 I 0.001 0.001 0.876 0.032 0.055 0.013 0.001 0.023 120 V 0.001 0.001 0.854 0.049 0.068 0.006 0.001 0.021 121 W 0.001 0.001 0.863 0.034 0.053 0.012 0.001 0.037 122 N 0.001 0.001 0.387 0.070 0.147 0.155 0.001 0.239 123 A 0.004 0.001 0.163 0.023 0.074 0.222 0.003 0.509 124 N 0.004 0.002 0.027 0.009 0.018 0.683 0.005 0.251 125 Q 0.225 0.006 0.023 0.008 0.015 0.175 0.040 0.507 126 E 0.203 0.047 0.009 0.008 0.009 0.399 0.018 0.308 127 N 0.347 0.026 0.009 0.011 0.012 0.202 0.029 0.364 128 Y 0.268 0.102 0.014 0.016 0.030 0.128 0.012 0.430 129 Q 0.040 0.026 0.004 0.007 0.013 0.098 0.006 0.806 130 R 0.071 0.039 0.008 0.011 0.039 0.104 0.009 0.719 131 E 0.036 0.042 0.006 0.003 0.008 0.058 0.005 0.842 132 D 0.035 0.072 0.006 0.004 0.006 0.283 0.006 0.588 133 E 0.143 0.302 0.014 0.009 0.014 0.163 0.011 0.343 134 R 0.059 0.732 0.007 0.009 0.015 0.031 0.005 0.143 135 Q 0.037 0.745 0.008 0.008 0.016 0.044 0.006 0.135 136 L 0.039 0.822 0.010 0.007 0.010 0.009 0.008 0.096 137 L 0.034 0.829 0.023 0.021 0.023 0.005 0.006 0.059 138 Y 0.023 0.665 0.084 0.062 0.048 0.027 0.009 0.081 139 T 0.017 0.680 0.103 0.030 0.044 0.009 0.006 0.111 140 I 0.024 0.789 0.066 0.015 0.035 0.004 0.005 0.063 141 C 0.022 0.477 0.260 0.033 0.064 0.031 0.007 0.106 142 S 0.008 0.385 0.259 0.033 0.095 0.045 0.005 0.168 143 R 0.014 0.515 0.022 0.008 0.040 0.044 0.004 0.352 144 A 0.022 0.544 0.011 0.010 0.022 0.196 0.008 0.187 145 M 0.035 0.696 0.031 0.014 0.012 0.095 0.008 0.109 146 H 0.054 0.856 0.004 0.009 0.010 0.007 0.010 0.051 147 E 0.111 0.751 0.006 0.008 0.016 0.005 0.016 0.086 148 L 0.059 0.680 0.031 0.046 0.042 0.007 0.025 0.109 149 T 0.023 0.073 0.341 0.285 0.197 0.016 0.012 0.053 150 L 0.009 0.033 0.334 0.257 0.205 0.020 0.006 0.136 151 V 0.005 0.009 0.422 0.226 0.282 0.008 0.003 0.046 152 A 0.009 0.021 0.238 0.158 0.244 0.036 0.007 0.287 153 V 0.011 0.010 0.345 0.109 0.209 0.039 0.006 0.272 154 G 0.023 0.009 0.091 0.089 0.132 0.139 0.010 0.507 155 S 0.054 0.007 0.036 0.031 0.054 0.090 0.011 0.716 156 L 0.076 0.011 0.030 0.019 0.060 0.102 0.013 0.689 157 S 0.069 0.019 0.033 0.030 0.060 0.190 0.004 0.593 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 159 L 0.031 0.024 0.010 0.012 0.024 0.429 0.004 0.465 160 L 0.462 0.111 0.020 0.009 0.020 0.133 0.011 0.234 161 A 0.162 0.486 0.019 0.015 0.023 0.042 0.008 0.246 162 R 0.181 0.347 0.028 0.010 0.025 0.033 0.017 0.359 163 V 0.241 0.238 0.037 0.017 0.029 0.061 0.035 0.342 164 N 0.083 0.180 0.038 0.019 0.029 0.098 0.028 0.525 165 H 0.026 0.063 0.024 0.005 0.008 0.033 0.006 0.835 166 A 0.057 0.102 0.031 0.007 0.008 0.401 0.011 0.384 167 L 0.266 0.158 0.055 0.010 0.015 0.168 0.024 0.303 168 Y 0.109 0.452 0.076 0.020 0.025 0.076 0.009 0.233 169 T 0.060 0.347 0.034 0.009 0.018 0.088 0.015 0.429 170 L 0.078 0.489 0.061 0.012 0.051 0.030 0.012 0.267 171 N 0.022 0.485 0.016 0.010 0.017 0.052 0.009 0.389 172 E 0.063 0.299 0.020 0.010 0.014 0.173 0.020 0.402 173 A 0.227 0.455 0.022 0.007 0.012 0.091 0.024 0.161 174 K 0.309 0.417 0.012 0.006 0.009 0.036 0.030 0.180