# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 528 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.198 0.288 0.221 0.142 0.064 0.032 0.020 0.004 0.026 0.004 0.001 2 N 0.107 0.200 0.294 0.112 0.079 0.077 0.064 0.006 0.051 0.008 0.001 3 A 0.297 0.225 0.254 0.118 0.040 0.023 0.014 0.003 0.020 0.003 0.004 4 S 0.216 0.210 0.194 0.174 0.083 0.052 0.033 0.008 0.024 0.006 0.001 5 Y 0.168 0.298 0.231 0.127 0.070 0.047 0.019 0.004 0.033 0.002 0.002 6 R 0.239 0.297 0.253 0.100 0.039 0.033 0.013 0.002 0.021 0.002 0.001 7 S 0.186 0.110 0.351 0.066 0.086 0.121 0.031 0.006 0.030 0.013 0.001 8 T 0.845 0.023 0.071 0.030 0.009 0.014 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 9 Q 0.980 0.003 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.989 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 I 0.997 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.954 0.002 0.002 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 I 0.889 0.016 0.010 0.074 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 19 L 0.792 0.047 0.063 0.064 0.008 0.012 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 20 V 0.652 0.114 0.064 0.118 0.011 0.015 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 21 N 0.182 0.025 0.174 0.396 0.017 0.023 0.163 0.006 0.008 0.005 0.001 22 G 0.026 0.005 0.019 0.036 0.027 0.005 0.101 0.686 0.002 0.092 0.001 23 E 0.145 0.240 0.506 0.042 0.027 0.013 0.008 0.001 0.014 0.002 0.001 24 A 0.108 0.130 0.605 0.033 0.016 0.080 0.008 0.001 0.015 0.001 0.003 25 V 0.154 0.337 0.363 0.053 0.032 0.033 0.004 0.001 0.019 0.001 0.003 26 T 0.107 0.386 0.344 0.022 0.060 0.031 0.004 0.001 0.044 0.001 0.001 27 A 0.238 0.216 0.384 0.045 0.041 0.044 0.005 0.001 0.019 0.001 0.007 28 F 0.224 0.392 0.165 0.084 0.064 0.029 0.006 0.002 0.033 0.002 0.001 29 D 0.223 0.188 0.331 0.075 0.071 0.047 0.020 0.002 0.036 0.006 0.001 30 R 0.554 0.109 0.137 0.118 0.023 0.019 0.014 0.002 0.017 0.003 0.004 31 Q 0.136 0.085 0.196 0.433 0.029 0.016 0.077 0.008 0.012 0.006 0.001 32 G 0.028 0.019 0.067 0.022 0.058 0.008 0.102 0.461 0.004 0.230 0.001 33 D 0.119 0.190 0.474 0.112 0.037 0.032 0.014 0.003 0.011 0.004 0.003 34 L 0.016 0.289 0.501 0.006 0.025 0.013 0.004 0.001 0.142 0.003 0.001 35 P 0.094 0.014 0.791 0.013 0.007 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.057 36 N 0.045 0.531 0.222 0.043 0.104 0.025 0.005 0.003 0.018 0.001 0.001 37 V 0.022 0.697 0.203 0.012 0.042 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 38 V 0.020 0.654 0.203 0.010 0.065 0.030 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 39 V 0.042 0.587 0.222 0.025 0.048 0.051 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 40 T 0.009 0.308 0.379 0.003 0.051 0.028 0.004 0.001 0.214 0.002 0.001 41 P 0.291 0.005 0.593 0.023 0.005 0.020 0.002 0.001 0.003 0.002 0.056 42 N 0.133 0.075 0.358 0.117 0.085 0.113 0.039 0.019 0.043 0.017 0.001 43 F 0.908 0.004 0.058 0.019 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 E 0.971 0.002 0.006 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.966 0.001 0.003 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 G 0.985 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 D 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Q 0.978 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.977 0.003 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.939 0.007 0.006 0.038 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 56 M 0.781 0.019 0.026 0.155 0.004 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 57 N 0.442 0.049 0.139 0.256 0.017 0.033 0.029 0.002 0.031 0.002 0.001 58 D 0.673 0.018 0.124 0.113 0.008 0.017 0.034 0.002 0.008 0.003 0.001 59 S 0.713 0.022 0.058 0.147 0.008 0.015 0.026 0.004 0.004 0.002 0.001 60 E 0.349 0.044 0.087 0.426 0.013 0.027 0.038 0.004 0.010 0.002 0.001 61 R 0.276 0.107 0.197 0.185 0.032 0.033 0.114 0.022 0.024 0.009 0.001 62 D 0.340 0.113 0.277 0.098 0.035 0.046 0.061 0.008 0.016 0.007 0.001 63 T 0.424 0.161 0.183 0.136 0.034 0.031 0.015 0.002 0.012 0.001 0.001 64 T 0.338 0.387 0.126 0.050 0.059 0.015 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 65 A 0.279 0.482 0.131 0.020 0.051 0.021 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 66 I 0.227 0.514 0.148 0.019 0.040 0.034 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 67 I 0.306 0.425 0.122 0.044 0.056 0.017 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 68 G 0.298 0.174 0.165 0.060 0.190 0.044 0.025 0.005 0.034 0.006 0.001 69 K 0.535 0.176 0.150 0.062 0.033 0.020 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 70 S 0.481 0.088 0.204 0.099 0.044 0.056 0.011 0.001 0.014 0.002 0.001 71 L 0.778 0.046 0.063 0.061 0.015 0.019 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 72 A 0.943 0.007 0.017 0.020 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 E 0.898 0.007 0.011 0.070 0.004 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 74 C 0.934 0.010 0.011 0.032 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 75 E 0.990 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.984 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 K 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.967 0.002 0.002 0.023 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 84 R 0.285 0.004 0.018 0.673 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 85 G 0.132 0.005 0.035 0.025 0.011 0.006 0.379 0.355 0.003 0.048 0.001 86 E 0.540 0.090 0.258 0.069 0.011 0.017 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 87 Q 0.414 0.107 0.233 0.129 0.023 0.060 0.017 0.001 0.015 0.001 0.001 88 V 0.443 0.293 0.135 0.055 0.038 0.016 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 89 T 0.418 0.334 0.111 0.039 0.059 0.017 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 90 L 0.302 0.357 0.183 0.043 0.050 0.036 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 91 I 0.298 0.353 0.203 0.048 0.032 0.030 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 92 Q 0.344 0.178 0.252 0.087 0.040 0.056 0.015 0.001 0.026 0.001 0.001 93 T 0.485 0.121 0.140 0.133 0.037 0.025 0.029 0.004 0.021 0.004 0.001 94 E 0.573 0.051 0.101 0.163 0.025 0.019 0.047 0.006 0.009 0.006 0.001 95 N 0.315 0.051 0.084 0.409 0.023 0.021 0.068 0.011 0.011 0.006 0.001 96 Q 0.329 0.123 0.238 0.150 0.026 0.022 0.072 0.012 0.019 0.007 0.001 97 R 0.281 0.172 0.310 0.128 0.022 0.036 0.026 0.002 0.017 0.002 0.004 98 L 0.167 0.187 0.329 0.190 0.025 0.045 0.024 0.006 0.020 0.004 0.004 99 A 0.013 0.241 0.415 0.005 0.023 0.010 0.007 0.001 0.278 0.005 0.001 100 P 0.140 0.004 0.731 0.019 0.004 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.088 101 G 0.049 0.268 0.164 0.097 0.237 0.031 0.024 0.104 0.020 0.007 0.001 102 V 0.009 0.684 0.254 0.008 0.028 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 103 I 0.010 0.732 0.194 0.004 0.019 0.036 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 104 V 0.050 0.649 0.169 0.013 0.043 0.059 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 105 V 0.026 0.471 0.230 0.002 0.100 0.015 0.002 0.001 0.153 0.001 0.001 106 P 0.226 0.015 0.673 0.006 0.005 0.051 0.002 0.001 0.003 0.001 0.019 107 S 0.659 0.170 0.088 0.033 0.029 0.008 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 108 F 0.646 0.138 0.053 0.065 0.068 0.009 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 109 L 0.622 0.135 0.062 0.103 0.044 0.009 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 110 A 0.629 0.122 0.101 0.076 0.026 0.014 0.008 0.001 0.021 0.001 0.001 111 K 0.263 0.054 0.225 0.337 0.022 0.015 0.064 0.003 0.012 0.004 0.001 112 G 0.064 0.023 0.063 0.058 0.085 0.012 0.115 0.475 0.006 0.101 0.001 113 L 0.094 0.385 0.384 0.059 0.029 0.030 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 114 E 0.077 0.506 0.223 0.067 0.034 0.059 0.012 0.002 0.019 0.001 0.001 115 F 0.031 0.450 0.219 0.045 0.110 0.045 0.016 0.002 0.076 0.005 0.001 116 D 0.104 0.197 0.420 0.088 0.110 0.031 0.016 0.001 0.021 0.003 0.010 117 A 0.046 0.448 0.126 0.066 0.254 0.027 0.013 0.004 0.013 0.002 0.001 118 V 0.007 0.887 0.060 0.004 0.025 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 119 I 0.004 0.734 0.161 0.002 0.008 0.086 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 120 V 0.013 0.582 0.206 0.006 0.016 0.150 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 121 W 0.041 0.630 0.145 0.035 0.063 0.039 0.007 0.001 0.039 0.001 0.001 122 N 0.025 0.150 0.223 0.030 0.150 0.093 0.130 0.006 0.148 0.045 0.001 123 A 0.670 0.034 0.146 0.087 0.019 0.011 0.005 0.001 0.008 0.006 0.011 124 N 0.448 0.048 0.102 0.290 0.023 0.036 0.026 0.007 0.012 0.006 0.001 125 Q 0.481 0.085 0.124 0.199 0.030 0.017 0.034 0.008 0.014 0.006 0.002 126 E 0.530 0.055 0.114 0.168 0.018 0.021 0.072 0.008 0.008 0.005 0.001 127 N 0.240 0.075 0.101 0.463 0.022 0.023 0.048 0.010 0.014 0.003 0.001 128 Y 0.112 0.210 0.469 0.047 0.028 0.033 0.035 0.003 0.058 0.004 0.002 129 Q 0.098 0.070 0.685 0.034 0.011 0.076 0.005 0.001 0.011 0.002 0.008 130 R 0.320 0.088 0.430 0.033 0.026 0.046 0.006 0.001 0.041 0.007 0.002 131 E 0.934 0.002 0.042 0.013 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 D 0.904 0.003 0.011 0.067 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.910 0.013 0.011 0.054 0.001 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 134 R 0.967 0.008 0.008 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 135 Q 0.973 0.007 0.003 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 L 0.968 0.014 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 137 L 0.950 0.029 0.006 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Y 0.930 0.031 0.008 0.010 0.015 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 139 T 0.899 0.067 0.012 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 140 I 0.883 0.045 0.025 0.016 0.017 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 141 C 0.930 0.028 0.014 0.014 0.004 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 142 S 0.955 0.011 0.008 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 143 R 0.926 0.009 0.007 0.038 0.011 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 144 A 0.923 0.012 0.010 0.035 0.009 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 145 M 0.949 0.006 0.009 0.030 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 146 H 0.825 0.006 0.008 0.137 0.008 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.641 0.081 0.033 0.171 0.033 0.007 0.015 0.001 0.019 0.001 0.001 148 L 0.337 0.346 0.218 0.038 0.021 0.027 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 149 T 0.166 0.686 0.073 0.011 0.029 0.025 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 150 L 0.129 0.522 0.209 0.017 0.021 0.088 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 151 V 0.125 0.691 0.060 0.019 0.042 0.013 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 152 A 0.120 0.285 0.263 0.035 0.142 0.089 0.015 0.001 0.049 0.001 0.001 153 V 0.207 0.259 0.222 0.175 0.044 0.019 0.044 0.003 0.023 0.002 0.002 154 G 0.075 0.026 0.072 0.045 0.140 0.013 0.086 0.307 0.006 0.229 0.001 155 S 0.152 0.157 0.375 0.156 0.064 0.054 0.016 0.002 0.019 0.004 0.002 156 L 0.234 0.207 0.351 0.102 0.023 0.051 0.010 0.002 0.015 0.004 0.002 157 S 0.290 0.123 0.396 0.010 0.040 0.025 0.010 0.001 0.088 0.014 0.001 158 P 0.935 0.001 0.049 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 159 L 0.799 0.013 0.041 0.113 0.009 0.013 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 160 L 0.787 0.043 0.060 0.082 0.007 0.007 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 161 A 0.771 0.046 0.041 0.104 0.008 0.008 0.015 0.001 0.006 0.001 0.001 162 R 0.373 0.071 0.107 0.346 0.024 0.030 0.028 0.002 0.017 0.001 0.001 163 V 0.268 0.209 0.250 0.157 0.017 0.041 0.021 0.002 0.032 0.002 0.001 164 N 0.232 0.097 0.385 0.065 0.022 0.109 0.040 0.001 0.043 0.004 0.002 165 H 0.872 0.009 0.053 0.047 0.005 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 166 A 0.811 0.021 0.039 0.090 0.010 0.013 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 167 L 0.697 0.090 0.057 0.120 0.010 0.010 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 168 Y 0.616 0.193 0.077 0.043 0.032 0.012 0.011 0.001 0.015 0.001 0.001 169 T 0.390 0.310 0.119 0.075 0.044 0.033 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 170 L 0.392 0.206 0.208 0.095 0.029 0.040 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 171 N 0.496 0.078 0.187 0.101 0.035 0.035 0.033 0.004 0.023 0.008 0.001 172 E 0.792 0.021 0.049 0.080 0.014 0.010 0.022 0.004 0.005 0.003 0.001 173 A 0.449 0.037 0.051 0.414 0.009 0.011 0.018 0.002 0.006 0.001 0.001 174 K 0.363 0.138 0.202 0.110 0.029 0.022 0.093 0.008 0.029 0.004 0.001