# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 528 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.118 0.184 0.065 0.028 0.207 0.032 0.050 0.130 0.068 0.073 0.046 2 N 0.166 0.093 0.047 0.030 0.200 0.025 0.034 0.111 0.056 0.136 0.103 3 A 0.112 0.183 0.057 0.027 0.216 0.029 0.037 0.139 0.076 0.080 0.044 4 S 0.150 0.131 0.049 0.018 0.276 0.020 0.029 0.093 0.056 0.111 0.067 5 Y 0.151 0.089 0.035 0.009 0.205 0.012 0.025 0.186 0.103 0.114 0.071 6 R 0.067 0.190 0.080 0.030 0.165 0.039 0.069 0.201 0.046 0.080 0.035 7 S 0.055 0.395 0.158 0.011 0.128 0.007 0.010 0.122 0.038 0.054 0.023 8 T 0.007 0.029 0.008 0.001 0.013 0.001 0.003 0.788 0.136 0.009 0.006 9 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.910 0.085 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.007 0.004 0.001 11 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.018 0.002 0.001 12 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.008 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.010 0.007 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.881 0.111 0.003 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.817 0.163 0.001 0.001 17 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.839 0.115 0.017 0.001 18 I 0.011 0.048 0.006 0.001 0.021 0.001 0.036 0.706 0.101 0.065 0.005 19 L 0.050 0.042 0.029 0.006 0.049 0.009 0.056 0.558 0.122 0.052 0.027 20 V 0.024 0.056 0.036 0.034 0.032 0.056 0.152 0.442 0.092 0.061 0.015 21 N 0.027 0.212 0.171 0.095 0.065 0.041 0.090 0.104 0.047 0.124 0.024 22 G 0.042 0.043 0.043 0.061 0.050 0.023 0.020 0.084 0.123 0.390 0.121 23 E 0.060 0.277 0.117 0.026 0.159 0.021 0.041 0.094 0.074 0.092 0.037 24 A 0.148 0.210 0.065 0.014 0.262 0.010 0.032 0.074 0.052 0.071 0.062 25 V 0.200 0.137 0.041 0.014 0.279 0.021 0.034 0.084 0.063 0.067 0.061 26 T 0.093 0.300 0.116 0.023 0.259 0.026 0.025 0.071 0.029 0.028 0.030 27 A 0.204 0.140 0.040 0.007 0.296 0.009 0.022 0.122 0.049 0.060 0.052 28 F 0.122 0.213 0.056 0.010 0.288 0.014 0.025 0.116 0.048 0.066 0.041 29 D 0.142 0.164 0.114 0.021 0.219 0.017 0.029 0.133 0.052 0.051 0.057 30 R 0.061 0.085 0.069 0.046 0.070 0.060 0.077 0.282 0.125 0.086 0.040 31 Q 0.027 0.210 0.106 0.134 0.055 0.093 0.136 0.082 0.055 0.077 0.024 32 G 0.041 0.063 0.071 0.157 0.044 0.049 0.028 0.039 0.047 0.346 0.115 33 D 0.099 0.212 0.134 0.033 0.208 0.018 0.025 0.030 0.035 0.146 0.060 34 L 0.138 0.316 0.109 0.021 0.297 0.010 0.014 0.018 0.020 0.026 0.031 35 P 0.092 0.305 0.105 0.033 0.214 0.045 0.063 0.049 0.043 0.025 0.025 36 N 0.165 0.222 0.046 0.009 0.400 0.011 0.017 0.031 0.033 0.034 0.032 37 V 0.305 0.073 0.007 0.001 0.529 0.004 0.008 0.012 0.015 0.016 0.030 38 V 0.125 0.188 0.041 0.005 0.559 0.008 0.010 0.012 0.006 0.011 0.034 39 V 0.254 0.162 0.032 0.007 0.331 0.012 0.012 0.007 0.008 0.068 0.107 40 T 0.015 0.477 0.404 0.009 0.074 0.002 0.002 0.004 0.003 0.004 0.007 41 P 0.012 0.105 0.038 0.025 0.025 0.038 0.107 0.341 0.263 0.033 0.013 42 N 0.027 0.331 0.240 0.014 0.087 0.005 0.009 0.132 0.051 0.092 0.013 43 F 0.006 0.016 0.003 0.001 0.009 0.002 0.007 0.575 0.348 0.027 0.006 44 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.818 0.135 0.020 0.002 45 A 0.001 0.007 0.003 0.001 0.002 0.002 0.008 0.891 0.074 0.011 0.001 46 G 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.834 0.099 0.052 0.003 47 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.062 0.007 0.001 48 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.037 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.011 0.006 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.026 0.004 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.042 0.001 0.001 52 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.028 0.001 0.001 53 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.950 0.030 0.013 0.001 54 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.888 0.089 0.010 0.001 55 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.825 0.126 0.013 0.002 56 M 0.010 0.034 0.011 0.001 0.018 0.003 0.042 0.715 0.094 0.068 0.005 57 N 0.044 0.091 0.046 0.009 0.074 0.010 0.039 0.386 0.119 0.148 0.034 58 D 0.057 0.057 0.032 0.007 0.070 0.009 0.027 0.422 0.193 0.095 0.031 59 S 0.028 0.047 0.026 0.012 0.039 0.017 0.091 0.455 0.174 0.091 0.019 60 E 0.059 0.099 0.052 0.019 0.085 0.020 0.072 0.296 0.108 0.156 0.033 61 R 0.055 0.100 0.058 0.033 0.084 0.028 0.035 0.286 0.123 0.144 0.053 62 D 0.068 0.069 0.043 0.024 0.088 0.023 0.033 0.378 0.112 0.114 0.048 63 T 0.085 0.128 0.038 0.010 0.143 0.013 0.032 0.347 0.086 0.081 0.037 64 T 0.169 0.123 0.017 0.005 0.254 0.009 0.020 0.266 0.056 0.045 0.036 65 A 0.182 0.110 0.011 0.003 0.347 0.008 0.017 0.239 0.042 0.017 0.022 66 I 0.199 0.092 0.009 0.003 0.320 0.009 0.021 0.259 0.039 0.023 0.027 67 I 0.178 0.118 0.012 0.003 0.248 0.008 0.027 0.275 0.042 0.047 0.042 68 G 0.122 0.095 0.027 0.015 0.172 0.021 0.040 0.319 0.068 0.056 0.065 69 K 0.052 0.112 0.039 0.016 0.097 0.023 0.042 0.458 0.086 0.049 0.026 70 S 0.044 0.117 0.040 0.009 0.078 0.010 0.029 0.442 0.112 0.094 0.026 71 L 0.017 0.029 0.007 0.002 0.023 0.003 0.009 0.688 0.164 0.045 0.012 72 A 0.002 0.008 0.002 0.001 0.004 0.003 0.013 0.860 0.094 0.010 0.002 73 E 0.005 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.009 0.865 0.070 0.032 0.003 74 C 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.909 0.060 0.014 0.002 75 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.052 0.002 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.024 0.003 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.022 0.004 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.024 0.006 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.059 0.005 0.001 82 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.854 0.129 0.002 0.001 83 A 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.002 0.103 0.772 0.090 0.023 0.001 84 R 0.011 0.341 0.099 0.011 0.033 0.013 0.069 0.229 0.057 0.119 0.018 85 G 0.058 0.038 0.030 0.031 0.042 0.016 0.014 0.164 0.081 0.348 0.178 86 E 0.048 0.185 0.057 0.011 0.105 0.011 0.035 0.330 0.116 0.075 0.027 87 Q 0.131 0.102 0.017 0.005 0.175 0.008 0.059 0.296 0.091 0.076 0.040 88 V 0.167 0.114 0.017 0.005 0.256 0.013 0.034 0.233 0.092 0.034 0.035 89 T 0.147 0.110 0.018 0.006 0.290 0.018 0.032 0.255 0.060 0.031 0.032 90 L 0.198 0.088 0.015 0.003 0.268 0.006 0.022 0.252 0.048 0.062 0.038 91 I 0.116 0.160 0.040 0.009 0.234 0.014 0.037 0.233 0.049 0.064 0.044 92 Q 0.123 0.120 0.058 0.021 0.158 0.021 0.036 0.253 0.070 0.085 0.054 93 T 0.045 0.129 0.072 0.030 0.078 0.027 0.044 0.355 0.116 0.076 0.028 94 E 0.032 0.090 0.046 0.029 0.051 0.030 0.082 0.336 0.162 0.113 0.029 95 N 0.050 0.077 0.046 0.025 0.068 0.020 0.036 0.199 0.166 0.255 0.058 96 Q 0.080 0.167 0.070 0.018 0.155 0.019 0.036 0.174 0.127 0.105 0.048 97 R 0.119 0.163 0.069 0.016 0.178 0.020 0.076 0.173 0.077 0.071 0.038 98 L 0.136 0.088 0.101 0.031 0.124 0.031 0.069 0.084 0.058 0.199 0.078 99 A 0.099 0.217 0.225 0.085 0.188 0.038 0.016 0.044 0.024 0.031 0.033 100 P 0.027 0.167 0.081 0.090 0.048 0.142 0.231 0.102 0.054 0.042 0.016 101 G 0.049 0.107 0.075 0.085 0.075 0.022 0.018 0.018 0.027 0.363 0.162 102 V 0.194 0.099 0.006 0.001 0.688 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 103 I 0.169 0.063 0.005 0.001 0.744 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 104 V 0.427 0.048 0.007 0.002 0.397 0.004 0.004 0.003 0.002 0.013 0.093 105 V 0.063 0.462 0.155 0.027 0.209 0.019 0.011 0.008 0.004 0.010 0.032 106 P 0.156 0.297 0.087 0.011 0.284 0.007 0.013 0.065 0.036 0.018 0.027 107 S 0.093 0.093 0.018 0.006 0.152 0.013 0.024 0.268 0.255 0.050 0.027 108 F 0.058 0.156 0.026 0.005 0.133 0.015 0.038 0.382 0.113 0.059 0.016 109 L 0.075 0.042 0.016 0.004 0.069 0.008 0.069 0.415 0.128 0.126 0.049 110 A 0.096 0.058 0.042 0.035 0.092 0.056 0.074 0.316 0.114 0.060 0.057 111 K 0.013 0.186 0.080 0.083 0.035 0.197 0.260 0.076 0.034 0.025 0.011 112 G 0.072 0.027 0.034 0.084 0.046 0.014 0.008 0.015 0.021 0.363 0.318 113 L 0.140 0.296 0.077 0.005 0.408 0.008 0.015 0.015 0.013 0.011 0.013 114 E 0.202 0.146 0.039 0.017 0.329 0.014 0.024 0.020 0.016 0.047 0.145 115 F 0.386 0.065 0.018 0.009 0.235 0.014 0.068 0.019 0.050 0.017 0.118 116 D 0.028 0.057 0.046 0.099 0.064 0.403 0.191 0.031 0.014 0.040 0.028 117 A 0.230 0.162 0.023 0.003 0.540 0.002 0.006 0.004 0.003 0.010 0.016 118 V 0.160 0.024 0.001 0.001 0.811 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 I 0.173 0.039 0.002 0.001 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 120 V 0.387 0.047 0.006 0.002 0.425 0.003 0.002 0.002 0.001 0.008 0.117 121 W 0.105 0.258 0.104 0.094 0.212 0.063 0.043 0.014 0.009 0.033 0.063 122 N 0.106 0.323 0.207 0.024 0.231 0.006 0.006 0.018 0.012 0.033 0.034 123 A 0.029 0.079 0.025 0.010 0.051 0.017 0.041 0.321 0.367 0.045 0.016 124 N 0.028 0.048 0.046 0.032 0.039 0.045 0.136 0.295 0.161 0.145 0.025 125 Q 0.044 0.126 0.062 0.030 0.073 0.033 0.042 0.264 0.169 0.124 0.032 126 E 0.021 0.109 0.059 0.043 0.040 0.043 0.117 0.217 0.214 0.103 0.033 127 N 0.050 0.047 0.043 0.024 0.052 0.020 0.048 0.083 0.088 0.443 0.100 128 Y 0.045 0.463 0.203 0.015 0.142 0.010 0.012 0.031 0.013 0.044 0.022 129 Q 0.066 0.382 0.227 0.024 0.133 0.012 0.016 0.050 0.029 0.036 0.026 130 R 0.024 0.222 0.103 0.011 0.059 0.007 0.015 0.316 0.197 0.031 0.014 131 E 0.008 0.015 0.005 0.002 0.014 0.004 0.016 0.688 0.219 0.023 0.006 132 D 0.018 0.031 0.008 0.001 0.027 0.003 0.011 0.719 0.115 0.057 0.009 133 E 0.050 0.024 0.002 0.001 0.046 0.002 0.007 0.741 0.072 0.042 0.014 134 R 0.035 0.021 0.003 0.002 0.047 0.005 0.013 0.774 0.079 0.013 0.009 135 Q 0.029 0.015 0.002 0.001 0.034 0.004 0.011 0.825 0.050 0.020 0.009 136 L 0.062 0.027 0.003 0.001 0.050 0.002 0.017 0.719 0.079 0.021 0.020 137 L 0.048 0.044 0.005 0.002 0.064 0.009 0.032 0.710 0.049 0.024 0.014 138 Y 0.086 0.068 0.005 0.002 0.148 0.005 0.012 0.605 0.036 0.020 0.013 139 T 0.105 0.048 0.004 0.001 0.186 0.004 0.016 0.557 0.050 0.014 0.013 140 I 0.077 0.066 0.008 0.002 0.150 0.007 0.020 0.580 0.037 0.028 0.025 141 C 0.092 0.046 0.007 0.004 0.086 0.008 0.018 0.550 0.084 0.069 0.035 142 S 0.025 0.074 0.026 0.013 0.051 0.010 0.019 0.660 0.097 0.013 0.011 143 R 0.013 0.014 0.006 0.001 0.014 0.003 0.015 0.744 0.170 0.016 0.003 144 A 0.006 0.018 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.791 0.053 0.112 0.005 145 M 0.065 0.008 0.002 0.003 0.030 0.004 0.045 0.549 0.240 0.016 0.037 146 H 0.011 0.012 0.007 0.005 0.017 0.037 0.081 0.630 0.178 0.015 0.007 147 E 0.105 0.054 0.007 0.003 0.103 0.005 0.034 0.525 0.033 0.102 0.029 148 L 0.265 0.107 0.014 0.002 0.429 0.005 0.037 0.077 0.034 0.007 0.022 149 T 0.227 0.088 0.005 0.002 0.495 0.010 0.016 0.100 0.008 0.013 0.037 150 L 0.387 0.055 0.005 0.001 0.427 0.003 0.008 0.046 0.008 0.012 0.048 151 V 0.146 0.148 0.077 0.026 0.364 0.031 0.056 0.059 0.011 0.017 0.065 152 A 0.253 0.070 0.047 0.038 0.229 0.034 0.016 0.123 0.026 0.071 0.094 153 V 0.020 0.156 0.057 0.145 0.051 0.112 0.200 0.121 0.067 0.052 0.019 154 G 0.031 0.030 0.047 0.186 0.031 0.047 0.033 0.052 0.050 0.400 0.094 155 S 0.060 0.286 0.157 0.020 0.180 0.012 0.022 0.099 0.055 0.073 0.035 156 L 0.092 0.228 0.070 0.021 0.136 0.027 0.053 0.121 0.087 0.113 0.052 157 S 0.051 0.396 0.206 0.020 0.139 0.010 0.014 0.083 0.044 0.020 0.018 158 P 0.010 0.023 0.009 0.003 0.016 0.006 0.024 0.538 0.349 0.016 0.005 159 L 0.022 0.027 0.008 0.002 0.027 0.004 0.046 0.498 0.225 0.129 0.012 160 L 0.034 0.050 0.013 0.003 0.049 0.006 0.030 0.439 0.237 0.114 0.024 161 A 0.021 0.039 0.018 0.013 0.037 0.026 0.089 0.426 0.229 0.079 0.023 162 R 0.096 0.079 0.055 0.009 0.135 0.010 0.062 0.268 0.075 0.177 0.031 163 V 0.053 0.313 0.093 0.010 0.150 0.016 0.033 0.134 0.057 0.115 0.026 164 N 0.137 0.199 0.085 0.012 0.282 0.008 0.013 0.132 0.060 0.036 0.036 165 H 0.010 0.017 0.007 0.003 0.016 0.007 0.024 0.548 0.344 0.019 0.007 166 A 0.022 0.041 0.014 0.003 0.038 0.007 0.063 0.508 0.166 0.120 0.018 167 L 0.092 0.057 0.010 0.002 0.098 0.004 0.021 0.439 0.164 0.078 0.035 168 Y 0.036 0.108 0.023 0.006 0.105 0.017 0.034 0.560 0.066 0.030 0.015 169 T 0.163 0.079 0.015 0.004 0.200 0.006 0.021 0.367 0.039 0.079 0.027 170 L 0.076 0.207 0.026 0.004 0.164 0.006 0.020 0.360 0.076 0.035 0.026 171 N 0.037 0.026 0.012 0.014 0.047 0.024 0.050 0.523 0.186 0.051 0.030 172 E 0.027 0.034 0.011 0.003 0.039 0.006 0.033 0.549 0.213 0.070 0.013 173 A 0.045 0.048 0.022 0.005 0.067 0.010 0.114 0.398 0.155 0.114 0.021 174 K 0.061 0.188 0.077 0.016 0.121 0.022 0.051 0.243 0.112 0.079 0.030