# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 528 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.562 0.178 0.115 0.095 0.040 0.009 0.001 2 N 0.707 0.210 0.054 0.020 0.007 0.002 0.001 3 A 0.589 0.235 0.104 0.053 0.015 0.004 0.001 4 S 0.540 0.306 0.100 0.037 0.012 0.003 0.001 5 Y 0.146 0.163 0.214 0.241 0.173 0.058 0.004 6 R 0.119 0.160 0.230 0.239 0.188 0.059 0.005 7 S 0.158 0.174 0.192 0.197 0.172 0.095 0.013 8 T 0.220 0.275 0.214 0.150 0.096 0.040 0.005 9 Q 0.274 0.317 0.200 0.136 0.054 0.016 0.002 10 Q 0.058 0.136 0.243 0.275 0.208 0.069 0.011 11 I 0.008 0.014 0.021 0.047 0.193 0.532 0.186 12 T 0.009 0.038 0.122 0.294 0.315 0.195 0.026 13 D 0.064 0.255 0.353 0.227 0.075 0.024 0.003 14 F 0.003 0.014 0.056 0.146 0.348 0.363 0.070 15 T 0.002 0.006 0.011 0.030 0.169 0.593 0.188 16 K 0.015 0.113 0.348 0.361 0.120 0.039 0.003 17 E 0.061 0.300 0.339 0.219 0.065 0.016 0.001 18 I 0.005 0.013 0.031 0.123 0.421 0.391 0.017 19 L 0.012 0.057 0.168 0.377 0.303 0.082 0.002 20 V 0.206 0.441 0.234 0.090 0.024 0.004 0.001 21 N 0.354 0.387 0.170 0.072 0.015 0.002 0.001 22 G 0.251 0.227 0.215 0.210 0.083 0.014 0.001 23 E 0.429 0.355 0.143 0.055 0.016 0.003 0.001 24 A 0.232 0.371 0.230 0.122 0.036 0.009 0.001 25 V 0.098 0.112 0.173 0.264 0.266 0.083 0.005 26 T 0.131 0.286 0.272 0.197 0.088 0.024 0.001 27 A 0.149 0.242 0.254 0.202 0.113 0.038 0.002 28 F 0.072 0.109 0.197 0.287 0.243 0.088 0.005 29 D 0.275 0.334 0.212 0.115 0.051 0.013 0.001 30 R 0.273 0.251 0.218 0.168 0.069 0.020 0.001 31 Q 0.486 0.278 0.131 0.070 0.028 0.007 0.001 32 G 0.505 0.253 0.133 0.077 0.026 0.006 0.001 33 D 0.578 0.300 0.080 0.030 0.010 0.003 0.001 34 L 0.190 0.232 0.233 0.214 0.097 0.032 0.003 35 P 0.156 0.187 0.222 0.222 0.155 0.054 0.004 36 N 0.152 0.293 0.247 0.180 0.092 0.034 0.002 37 V 0.060 0.095 0.154 0.238 0.287 0.154 0.013 38 V 0.064 0.142 0.221 0.257 0.213 0.097 0.006 39 V 0.108 0.212 0.252 0.244 0.137 0.045 0.002 40 T 0.145 0.204 0.277 0.221 0.121 0.031 0.001 41 P 0.439 0.331 0.138 0.068 0.021 0.003 0.001 42 N 0.583 0.305 0.075 0.027 0.008 0.002 0.001 43 F 0.216 0.204 0.274 0.223 0.072 0.012 0.001 44 E 0.593 0.313 0.070 0.018 0.005 0.001 0.001 45 A 0.509 0.383 0.078 0.025 0.004 0.001 0.001 46 G 0.095 0.211 0.305 0.263 0.105 0.020 0.001 47 V 0.039 0.078 0.180 0.309 0.294 0.097 0.002 48 D 0.221 0.421 0.240 0.089 0.025 0.004 0.001 49 Q 0.108 0.289 0.314 0.218 0.061 0.010 0.001 50 V 0.015 0.037 0.068 0.159 0.384 0.316 0.021 51 V 0.022 0.090 0.233 0.408 0.196 0.048 0.002 52 D 0.249 0.449 0.191 0.075 0.029 0.007 0.001 53 Q 0.067 0.187 0.283 0.311 0.127 0.025 0.001 54 L 0.040 0.071 0.147 0.254 0.372 0.113 0.003 55 A 0.183 0.365 0.281 0.123 0.040 0.007 0.001 56 M 0.310 0.296 0.228 0.124 0.035 0.006 0.001 57 N 0.286 0.249 0.240 0.164 0.054 0.008 0.001 58 D 0.537 0.282 0.111 0.051 0.017 0.002 0.001 59 S 0.682 0.248 0.048 0.017 0.005 0.001 0.001 60 E 0.581 0.291 0.085 0.032 0.009 0.001 0.001 61 R 0.310 0.264 0.248 0.135 0.036 0.007 0.001 62 D 0.267 0.298 0.264 0.126 0.036 0.008 0.001 63 T 0.123 0.229 0.252 0.242 0.117 0.035 0.003 64 T 0.023 0.072 0.129 0.260 0.291 0.206 0.018 65 A 0.017 0.035 0.054 0.124 0.260 0.426 0.084 66 I 0.020 0.063 0.138 0.220 0.248 0.243 0.068 67 I 0.013 0.030 0.058 0.124 0.266 0.356 0.154 68 G 0.016 0.045 0.090 0.153 0.266 0.332 0.098 69 K 0.060 0.164 0.257 0.265 0.175 0.070 0.010 70 S 0.122 0.274 0.244 0.192 0.114 0.049 0.004 71 L 0.062 0.108 0.197 0.282 0.250 0.096 0.005 72 A 0.248 0.290 0.224 0.145 0.072 0.020 0.001 73 E 0.337 0.352 0.178 0.092 0.031 0.009 0.001 74 C 0.111 0.144 0.241 0.277 0.175 0.049 0.002 75 E 0.287 0.331 0.220 0.116 0.039 0.007 0.001 76 A 0.305 0.383 0.180 0.090 0.035 0.007 0.001 77 L 0.050 0.126 0.203 0.310 0.234 0.073 0.003 78 T 0.043 0.120 0.234 0.328 0.208 0.065 0.002 79 K 0.203 0.370 0.262 0.119 0.037 0.008 0.001 80 A 0.080 0.197 0.302 0.294 0.104 0.022 0.001 81 L 0.036 0.056 0.110 0.213 0.394 0.184 0.007 82 K 0.130 0.286 0.309 0.205 0.058 0.011 0.001 83 A 0.396 0.368 0.143 0.064 0.023 0.005 0.001 84 R 0.197 0.260 0.252 0.203 0.070 0.016 0.001 85 G 0.223 0.230 0.235 0.193 0.093 0.023 0.001 86 E 0.336 0.322 0.192 0.103 0.038 0.010 0.001 87 Q 0.188 0.301 0.243 0.172 0.074 0.021 0.002 88 V 0.076 0.097 0.145 0.243 0.301 0.130 0.007 89 T 0.120 0.316 0.276 0.183 0.082 0.024 0.001 90 L 0.077 0.161 0.253 0.269 0.178 0.060 0.002 91 I 0.083 0.139 0.237 0.299 0.193 0.049 0.001 92 Q 0.377 0.334 0.171 0.082 0.031 0.005 0.001 93 T 0.611 0.272 0.079 0.029 0.007 0.001 0.001 94 E 0.680 0.237 0.057 0.021 0.005 0.001 0.001 95 N 0.545 0.264 0.126 0.052 0.012 0.002 0.001 96 Q 0.612 0.266 0.089 0.027 0.006 0.001 0.001 97 R 0.507 0.343 0.105 0.035 0.009 0.001 0.001 98 L 0.232 0.237 0.242 0.199 0.077 0.014 0.001 99 A 0.235 0.304 0.245 0.147 0.056 0.013 0.001 100 P 0.326 0.383 0.171 0.085 0.029 0.006 0.001 101 G 0.045 0.170 0.289 0.298 0.151 0.043 0.004 102 V 0.005 0.011 0.019 0.058 0.283 0.519 0.104 103 I 0.004 0.030 0.094 0.248 0.233 0.317 0.075 104 V 0.002 0.004 0.011 0.031 0.087 0.392 0.472 105 V 0.002 0.003 0.010 0.024 0.079 0.305 0.577 106 P 0.002 0.003 0.005 0.013 0.046 0.213 0.717 107 S 0.005 0.010 0.021 0.049 0.080 0.239 0.595 108 F 0.010 0.027 0.049 0.091 0.182 0.327 0.313 109 L 0.011 0.029 0.047 0.091 0.203 0.332 0.286 110 A 0.017 0.023 0.036 0.089 0.164 0.314 0.358 111 K 0.013 0.029 0.043 0.080 0.158 0.345 0.330 112 G 0.033 0.046 0.066 0.121 0.190 0.287 0.257 113 L 0.014 0.025 0.043 0.098 0.195 0.339 0.286 114 E 0.012 0.025 0.043 0.099 0.176 0.305 0.340 115 F 0.004 0.008 0.016 0.047 0.124 0.346 0.456 116 D 0.008 0.035 0.122 0.234 0.245 0.226 0.130 117 A 0.003 0.010 0.027 0.067 0.207 0.417 0.269 118 V 0.001 0.002 0.003 0.012 0.057 0.352 0.573 119 I 0.002 0.003 0.005 0.024 0.056 0.284 0.628 120 V 0.003 0.008 0.016 0.056 0.106 0.316 0.494 121 W 0.004 0.014 0.041 0.095 0.258 0.417 0.171 122 N 0.016 0.072 0.201 0.313 0.205 0.156 0.037 123 A 0.020 0.037 0.084 0.199 0.323 0.295 0.042 124 N 0.277 0.310 0.165 0.128 0.087 0.030 0.002 125 Q 0.352 0.281 0.186 0.116 0.046 0.018 0.001 126 E 0.440 0.313 0.140 0.077 0.023 0.007 0.001 127 N 0.308 0.273 0.202 0.131 0.064 0.020 0.001 128 Y 0.172 0.137 0.224 0.256 0.167 0.041 0.002 129 Q 0.536 0.308 0.101 0.038 0.014 0.003 0.001 130 R 0.482 0.277 0.140 0.073 0.023 0.005 0.001 131 E 0.681 0.207 0.062 0.033 0.014 0.003 0.001 132 D 0.594 0.285 0.077 0.030 0.011 0.003 0.001 133 E 0.288 0.254 0.209 0.161 0.065 0.021 0.003 134 R 0.145 0.169 0.248 0.241 0.139 0.053 0.005 135 Q 0.186 0.228 0.243 0.195 0.098 0.043 0.006 136 L 0.062 0.078 0.137 0.229 0.240 0.195 0.058 137 L 0.049 0.035 0.050 0.134 0.193 0.321 0.217 138 Y 0.032 0.034 0.046 0.096 0.168 0.321 0.302 139 T 0.030 0.035 0.052 0.101 0.142 0.262 0.378 140 I 0.017 0.020 0.032 0.072 0.110 0.281 0.467 141 C 0.009 0.015 0.021 0.043 0.113 0.328 0.471 142 S 0.022 0.032 0.046 0.108 0.196 0.313 0.284 143 R 0.033 0.065 0.099 0.182 0.233 0.245 0.143 144 A 0.032 0.056 0.094 0.166 0.224 0.298 0.130 145 M 0.046 0.103 0.198 0.247 0.208 0.151 0.048 146 H 0.087 0.186 0.224 0.235 0.158 0.090 0.020 147 E 0.038 0.124 0.204 0.288 0.196 0.121 0.029 148 L 0.011 0.011 0.017 0.066 0.236 0.491 0.169 149 T 0.011 0.048 0.097 0.241 0.254 0.287 0.061 150 L 0.009 0.015 0.029 0.078 0.176 0.443 0.250 151 V 0.010 0.025 0.063 0.122 0.210 0.357 0.212 152 A 0.013 0.031 0.060 0.121 0.259 0.360 0.155 153 V 0.044 0.109 0.188 0.246 0.220 0.159 0.034 154 G 0.205 0.291 0.229 0.169 0.077 0.027 0.003 155 S 0.328 0.314 0.161 0.107 0.062 0.025 0.002 156 L 0.118 0.134 0.185 0.251 0.218 0.087 0.007 157 S 0.271 0.289 0.209 0.137 0.071 0.022 0.001 158 P 0.401 0.342 0.156 0.071 0.023 0.007 0.001 159 L 0.136 0.170 0.213 0.253 0.169 0.056 0.004 160 L 0.118 0.145 0.203 0.245 0.203 0.082 0.004 161 A 0.323 0.315 0.202 0.106 0.042 0.011 0.001 162 R 0.378 0.342 0.174 0.076 0.023 0.006 0.001 163 V 0.123 0.112 0.178 0.286 0.218 0.078 0.005 164 N 0.349 0.303 0.173 0.105 0.054 0.014 0.001 165 H 0.492 0.326 0.120 0.046 0.013 0.003 0.001 166 A 0.321 0.344 0.167 0.112 0.045 0.012 0.001 167 L 0.087 0.123 0.203 0.268 0.216 0.098 0.005 168 Y 0.149 0.193 0.262 0.237 0.122 0.034 0.002 169 T 0.377 0.361 0.172 0.063 0.021 0.006 0.001 170 L 0.116 0.084 0.157 0.321 0.232 0.084 0.005 171 N 0.568 0.313 0.080 0.025 0.012 0.003 0.001 172 E 0.543 0.287 0.093 0.055 0.016 0.005 0.001 173 A 0.529 0.225 0.130 0.071 0.034 0.010 0.001 174 K 0.422 0.188 0.165 0.148 0.056 0.019 0.002