# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3116 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.002 0.030 0.699 0.004 0.006 0.015 0.001 0.001 0.019 0.155 0.025 0.025 0.018 2 N 0.001 0.012 0.768 0.006 0.007 0.013 0.001 0.001 0.013 0.117 0.031 0.006 0.026 3 A 0.003 0.015 0.295 0.013 0.097 0.141 0.002 0.004 0.032 0.155 0.194 0.025 0.024 4 S 0.008 0.027 0.235 0.011 0.173 0.150 0.006 0.006 0.050 0.086 0.176 0.021 0.051 5 Y 0.009 0.030 0.281 0.006 0.140 0.167 0.005 0.007 0.063 0.116 0.068 0.049 0.060 6 R 0.007 0.041 0.432 0.009 0.036 0.091 0.003 0.004 0.058 0.126 0.064 0.058 0.072 7 S 0.004 0.036 0.483 0.005 0.028 0.121 0.002 0.001 0.014 0.155 0.074 0.018 0.060 8 T 0.001 0.009 0.286 0.007 0.031 0.479 0.001 0.001 0.005 0.100 0.064 0.008 0.010 9 Q 0.001 0.002 0.032 0.002 0.045 0.841 0.001 0.001 0.001 0.020 0.052 0.002 0.003 10 Q 0.001 0.002 0.020 0.001 0.039 0.902 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 0.002 0.003 11 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.019 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.003 12 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 18 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.023 0.910 0.001 0.001 0.001 0.005 0.045 0.001 0.001 20 V 0.001 0.002 0.025 0.002 0.053 0.745 0.001 0.001 0.001 0.021 0.144 0.003 0.003 21 N 0.001 0.003 0.044 0.002 0.039 0.370 0.001 0.001 0.001 0.070 0.465 0.001 0.004 22 G 0.001 0.004 0.241 0.002 0.025 0.083 0.001 0.001 0.003 0.218 0.416 0.005 0.004 23 E 0.001 0.010 0.582 0.004 0.029 0.051 0.001 0.001 0.010 0.170 0.119 0.012 0.011 24 A 0.002 0.028 0.603 0.003 0.026 0.039 0.001 0.001 0.026 0.133 0.093 0.014 0.031 25 V 0.003 0.025 0.706 0.005 0.024 0.030 0.001 0.002 0.040 0.086 0.026 0.020 0.032 26 T 0.006 0.029 0.655 0.008 0.023 0.030 0.002 0.002 0.062 0.074 0.023 0.038 0.047 27 A 0.014 0.055 0.504 0.008 0.047 0.045 0.004 0.003 0.062 0.072 0.040 0.051 0.096 28 F 0.011 0.053 0.455 0.011 0.063 0.066 0.003 0.003 0.046 0.094 0.077 0.046 0.072 29 D 0.004 0.024 0.587 0.005 0.049 0.032 0.001 0.001 0.016 0.119 0.085 0.028 0.049 30 R 0.002 0.010 0.321 0.004 0.068 0.032 0.001 0.001 0.005 0.152 0.350 0.021 0.034 31 Q 0.001 0.005 0.113 0.002 0.036 0.009 0.001 0.001 0.001 0.122 0.693 0.006 0.011 32 G 0.001 0.005 0.152 0.003 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.382 0.420 0.015 0.005 33 D 0.003 0.026 0.486 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.003 0.326 0.093 0.015 0.032 34 L 0.006 0.032 0.648 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 0.010 0.136 0.051 0.043 0.056 35 P 0.022 0.024 0.578 0.044 0.008 0.003 0.007 0.003 0.019 0.073 0.036 0.057 0.125 36 N 0.105 0.011 0.137 0.032 0.004 0.003 0.022 0.008 0.045 0.031 0.005 0.510 0.087 37 V 0.208 0.005 0.037 0.020 0.004 0.003 0.106 0.031 0.062 0.008 0.004 0.043 0.470 38 V 0.222 0.010 0.049 0.016 0.004 0.003 0.115 0.062 0.125 0.009 0.005 0.323 0.056 39 V 0.120 0.022 0.153 0.006 0.004 0.003 0.061 0.036 0.132 0.039 0.013 0.065 0.347 40 T 0.010 0.018 0.592 0.004 0.004 0.004 0.004 0.003 0.057 0.109 0.023 0.094 0.079 41 P 0.001 0.011 0.311 0.003 0.009 0.012 0.001 0.001 0.008 0.336 0.285 0.007 0.014 42 N 0.001 0.018 0.532 0.002 0.043 0.030 0.001 0.001 0.003 0.250 0.108 0.005 0.007 43 F 0.001 0.005 0.076 0.001 0.203 0.509 0.001 0.001 0.001 0.074 0.128 0.001 0.003 44 E 0.001 0.003 0.016 0.001 0.131 0.742 0.001 0.001 0.001 0.013 0.093 0.001 0.001 45 A 0.001 0.002 0.011 0.001 0.056 0.886 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 0.001 0.001 46 G 0.001 0.002 0.016 0.001 0.018 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 47 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 56 M 0.001 0.001 0.014 0.001 0.016 0.796 0.001 0.001 0.001 0.013 0.159 0.001 0.001 57 N 0.001 0.001 0.103 0.001 0.020 0.258 0.001 0.001 0.001 0.124 0.491 0.001 0.001 58 D 0.001 0.005 0.274 0.001 0.021 0.037 0.001 0.001 0.002 0.181 0.475 0.002 0.003 59 S 0.001 0.018 0.580 0.001 0.019 0.012 0.001 0.001 0.005 0.250 0.107 0.004 0.004 60 E 0.001 0.012 0.715 0.001 0.021 0.007 0.001 0.001 0.005 0.163 0.064 0.003 0.008 61 R 0.001 0.010 0.272 0.010 0.182 0.029 0.001 0.001 0.007 0.148 0.331 0.003 0.009 62 D 0.001 0.007 0.178 0.037 0.119 0.015 0.001 0.001 0.013 0.228 0.380 0.012 0.007 63 T 0.015 0.013 0.309 0.039 0.048 0.012 0.007 0.008 0.063 0.257 0.116 0.032 0.080 64 T 0.137 0.008 0.114 0.020 0.004 0.007 0.067 0.112 0.233 0.056 0.008 0.101 0.133 65 A 0.252 0.002 0.011 0.013 0.001 0.003 0.209 0.296 0.096 0.005 0.001 0.052 0.060 66 I 0.288 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.227 0.325 0.084 0.001 0.001 0.031 0.034 67 I 0.360 0.002 0.012 0.013 0.002 0.004 0.255 0.181 0.091 0.003 0.002 0.025 0.049 68 G 0.123 0.008 0.264 0.014 0.006 0.013 0.050 0.041 0.184 0.054 0.018 0.119 0.104 69 K 0.023 0.011 0.369 0.014 0.021 0.028 0.010 0.005 0.061 0.197 0.133 0.038 0.090 70 S 0.004 0.013 0.378 0.004 0.054 0.060 0.001 0.001 0.009 0.250 0.197 0.012 0.018 71 L 0.001 0.006 0.109 0.002 0.110 0.477 0.001 0.001 0.002 0.148 0.139 0.002 0.004 72 A 0.001 0.005 0.046 0.001 0.122 0.642 0.001 0.001 0.001 0.042 0.138 0.002 0.002 73 E 0.001 0.003 0.035 0.001 0.074 0.834 0.001 0.001 0.001 0.012 0.038 0.001 0.002 74 C 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 75 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 82 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.001 0.001 84 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.356 0.001 0.001 0.001 0.016 0.611 0.001 0.001 85 G 0.001 0.001 0.086 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.061 0.833 0.001 0.001 86 E 0.001 0.004 0.873 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.010 0.081 0.014 0.005 0.002 87 Q 0.001 0.011 0.672 0.003 0.006 0.020 0.001 0.001 0.092 0.096 0.050 0.010 0.037 88 V 0.014 0.017 0.449 0.018 0.026 0.041 0.010 0.012 0.197 0.058 0.026 0.031 0.101 89 T 0.043 0.013 0.185 0.029 0.023 0.052 0.028 0.030 0.322 0.023 0.009 0.156 0.085 90 L 0.060 0.019 0.100 0.013 0.032 0.049 0.040 0.044 0.301 0.014 0.012 0.064 0.251 91 I 0.026 0.016 0.224 0.055 0.030 0.061 0.015 0.026 0.231 0.043 0.046 0.155 0.072 92 Q 0.012 0.015 0.294 0.018 0.028 0.057 0.004 0.004 0.056 0.165 0.159 0.045 0.142 93 T 0.006 0.014 0.378 0.012 0.043 0.077 0.001 0.001 0.013 0.192 0.166 0.038 0.059 94 E 0.010 0.016 0.293 0.016 0.108 0.130 0.001 0.001 0.008 0.130 0.163 0.061 0.063 95 N 0.012 0.021 0.237 0.009 0.155 0.146 0.002 0.001 0.006 0.123 0.166 0.034 0.087 96 Q 0.012 0.023 0.253 0.011 0.147 0.173 0.002 0.001 0.005 0.110 0.160 0.044 0.059 97 R 0.016 0.036 0.304 0.010 0.089 0.118 0.003 0.001 0.007 0.091 0.185 0.052 0.088 98 L 0.010 0.034 0.374 0.014 0.058 0.057 0.002 0.001 0.006 0.139 0.165 0.055 0.085 99 A 0.004 0.008 0.497 0.029 0.030 0.015 0.001 0.001 0.007 0.199 0.141 0.032 0.037 100 P 0.004 0.005 0.235 0.062 0.034 0.009 0.002 0.001 0.009 0.252 0.347 0.021 0.020 101 G 0.017 0.011 0.349 0.033 0.017 0.007 0.009 0.008 0.054 0.222 0.164 0.054 0.055 102 V 0.090 0.008 0.192 0.015 0.005 0.005 0.069 0.080 0.228 0.057 0.009 0.059 0.183 103 I 0.091 0.005 0.038 0.011 0.001 0.003 0.122 0.173 0.334 0.013 0.002 0.162 0.046 104 V 0.091 0.007 0.026 0.006 0.001 0.003 0.189 0.250 0.249 0.004 0.002 0.012 0.162 105 V 0.042 0.008 0.146 0.047 0.002 0.006 0.035 0.077 0.308 0.034 0.004 0.275 0.018 106 P 0.020 0.008 0.315 0.007 0.007 0.029 0.015 0.014 0.219 0.059 0.018 0.012 0.276 107 S 0.020 0.013 0.285 0.048 0.080 0.100 0.013 0.014 0.090 0.126 0.105 0.073 0.035 108 F 0.027 0.016 0.177 0.015 0.230 0.159 0.010 0.008 0.046 0.075 0.100 0.028 0.108 109 L 0.013 0.015 0.146 0.009 0.426 0.163 0.003 0.002 0.009 0.051 0.112 0.015 0.036 110 A 0.009 0.005 0.087 0.023 0.424 0.122 0.001 0.001 0.004 0.063 0.229 0.017 0.015 111 K 0.004 0.006 0.077 0.010 0.146 0.067 0.001 0.001 0.002 0.112 0.551 0.009 0.016 112 G 0.005 0.011 0.293 0.010 0.094 0.036 0.001 0.001 0.003 0.180 0.311 0.013 0.043 113 L 0.008 0.014 0.520 0.014 0.030 0.017 0.001 0.001 0.015 0.154 0.047 0.151 0.028 114 E 0.008 0.024 0.445 0.011 0.013 0.006 0.008 0.002 0.101 0.084 0.075 0.021 0.202 115 F 0.005 0.010 0.588 0.060 0.006 0.002 0.005 0.006 0.159 0.089 0.018 0.032 0.021 116 D 0.007 0.004 0.342 0.133 0.001 0.001 0.009 0.022 0.290 0.130 0.012 0.033 0.017 117 A 0.016 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.076 0.316 0.526 0.010 0.001 0.009 0.027 118 V 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.822 0.095 0.001 0.001 0.001 0.002 119 I 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.801 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 120 V 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.057 0.692 0.221 0.001 0.001 0.004 0.005 121 W 0.016 0.008 0.204 0.005 0.001 0.001 0.034 0.140 0.493 0.051 0.006 0.024 0.018 122 N 0.002 0.010 0.597 0.004 0.003 0.002 0.003 0.005 0.208 0.120 0.012 0.006 0.028 123 A 0.002 0.015 0.271 0.007 0.070 0.029 0.002 0.002 0.024 0.242 0.318 0.004 0.013 124 N 0.002 0.012 0.194 0.006 0.171 0.032 0.001 0.001 0.005 0.185 0.381 0.007 0.005 125 Q 0.003 0.009 0.191 0.003 0.260 0.049 0.001 0.001 0.002 0.207 0.261 0.004 0.011 126 E 0.004 0.014 0.209 0.002 0.228 0.060 0.001 0.001 0.002 0.160 0.305 0.007 0.008 127 N 0.005 0.033 0.310 0.002 0.165 0.071 0.001 0.001 0.002 0.162 0.220 0.007 0.020 128 Y 0.003 0.040 0.530 0.002 0.038 0.032 0.001 0.001 0.004 0.217 0.083 0.029 0.020 129 Q 0.001 0.029 0.638 0.002 0.019 0.028 0.001 0.001 0.002 0.189 0.065 0.007 0.020 130 R 0.001 0.016 0.552 0.002 0.042 0.143 0.001 0.001 0.001 0.154 0.076 0.007 0.006 131 E 0.001 0.005 0.073 0.001 0.097 0.666 0.001 0.001 0.001 0.034 0.119 0.001 0.003 132 D 0.001 0.005 0.045 0.001 0.066 0.739 0.001 0.001 0.001 0.026 0.112 0.003 0.003 133 E 0.001 0.006 0.082 0.001 0.058 0.774 0.001 0.001 0.001 0.018 0.038 0.004 0.018 134 R 0.002 0.003 0.039 0.003 0.027 0.878 0.001 0.001 0.001 0.012 0.021 0.005 0.008 135 Q 0.004 0.001 0.011 0.005 0.021 0.905 0.001 0.001 0.001 0.010 0.027 0.005 0.009 136 L 0.008 0.001 0.004 0.002 0.006 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.003 0.018 137 L 0.026 0.001 0.005 0.004 0.003 0.928 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.011 138 Y 0.054 0.001 0.003 0.003 0.003 0.892 0.004 0.003 0.002 0.001 0.005 0.012 0.019 139 T 0.037 0.001 0.001 0.004 0.004 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.007 140 I 0.039 0.001 0.002 0.002 0.010 0.907 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.005 0.007 141 C 0.035 0.001 0.006 0.002 0.016 0.890 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.006 0.019 142 S 0.013 0.002 0.040 0.002 0.007 0.837 0.001 0.001 0.001 0.041 0.021 0.016 0.021 143 R 0.001 0.001 0.010 0.001 0.015 0.918 0.001 0.001 0.001 0.007 0.042 0.001 0.003 144 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.049 0.819 0.001 0.001 0.001 0.006 0.111 0.001 0.002 145 M 0.002 0.001 0.007 0.002 0.150 0.741 0.001 0.001 0.001 0.010 0.082 0.001 0.004 146 H 0.007 0.001 0.013 0.012 0.102 0.629 0.001 0.001 0.001 0.037 0.187 0.006 0.005 147 E 0.080 0.004 0.053 0.041 0.101 0.320 0.005 0.002 0.009 0.055 0.243 0.020 0.068 148 L 0.373 0.003 0.047 0.018 0.006 0.065 0.047 0.036 0.075 0.034 0.026 0.083 0.186 149 T 0.474 0.002 0.024 0.030 0.001 0.019 0.070 0.054 0.052 0.011 0.006 0.192 0.062 150 L 0.552 0.002 0.009 0.006 0.001 0.007 0.077 0.067 0.080 0.002 0.002 0.081 0.112 151 V 0.423 0.004 0.024 0.074 0.003 0.016 0.133 0.086 0.098 0.009 0.006 0.050 0.074 152 A 0.146 0.008 0.142 0.015 0.008 0.026 0.036 0.037 0.118 0.075 0.039 0.139 0.210 153 V 0.029 0.010 0.281 0.011 0.027 0.023 0.007 0.006 0.042 0.133 0.240 0.046 0.145 154 G 0.005 0.010 0.332 0.006 0.032 0.015 0.001 0.001 0.012 0.274 0.246 0.047 0.018 155 S 0.001 0.018 0.392 0.002 0.021 0.018 0.001 0.001 0.007 0.407 0.106 0.012 0.015 156 L 0.001 0.038 0.421 0.002 0.038 0.117 0.001 0.001 0.003 0.227 0.134 0.004 0.015 157 S 0.001 0.015 0.354 0.003 0.042 0.430 0.001 0.001 0.001 0.107 0.038 0.005 0.004 158 P 0.001 0.003 0.027 0.001 0.130 0.742 0.001 0.001 0.001 0.014 0.077 0.001 0.004 159 L 0.001 0.005 0.031 0.001 0.148 0.717 0.001 0.001 0.001 0.007 0.085 0.002 0.003 160 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.229 0.720 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.001 0.003 161 A 0.001 0.003 0.023 0.001 0.130 0.724 0.001 0.001 0.001 0.014 0.099 0.002 0.003 162 R 0.001 0.005 0.026 0.001 0.110 0.636 0.001 0.001 0.001 0.017 0.197 0.002 0.005 163 V 0.001 0.007 0.159 0.001 0.025 0.627 0.001 0.001 0.003 0.070 0.094 0.004 0.008 164 N 0.001 0.004 0.311 0.002 0.037 0.516 0.001 0.001 0.002 0.046 0.072 0.004 0.006 165 H 0.001 0.003 0.073 0.003 0.085 0.663 0.001 0.001 0.002 0.033 0.128 0.004 0.004 166 A 0.001 0.002 0.046 0.002 0.075 0.736 0.001 0.001 0.003 0.031 0.094 0.002 0.005 167 L 0.003 0.004 0.061 0.004 0.087 0.711 0.001 0.001 0.010 0.027 0.071 0.006 0.015 168 Y 0.013 0.012 0.139 0.015 0.097 0.512 0.003 0.002 0.027 0.043 0.065 0.035 0.038 169 T 0.018 0.015 0.179 0.014 0.077 0.404 0.004 0.002 0.026 0.051 0.109 0.036 0.065 170 L 0.013 0.013 0.248 0.012 0.072 0.314 0.003 0.001 0.023 0.067 0.152 0.028 0.055 171 N 0.008 0.011 0.386 0.010 0.046 0.166 0.002 0.001 0.017 0.108 0.177 0.035 0.034 172 E 0.004 0.018 0.514 0.004 0.028 0.075 0.001 0.001 0.017 0.133 0.131 0.030 0.044 173 A 0.002 0.020 0.692 0.003 0.010 0.028 0.001 0.001 0.014 0.143 0.043 0.017 0.028 174 K 0.001 0.011 0.796 0.002 0.007 0.014 0.001 0.001 0.012 0.105 0.024 0.014 0.014