# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3116 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.013 0.011 0.001 0.018 0.007 0.017 0.132 0.002 0.001 0.020 0.780 2 N 0.044 0.040 0.001 0.022 0.025 0.059 0.128 0.006 0.001 0.053 0.621 3 A 0.043 0.032 0.002 0.026 0.132 0.086 0.118 0.004 0.001 0.126 0.430 4 S 0.028 0.027 0.003 0.039 0.049 0.102 0.105 0.003 0.001 0.147 0.496 5 Y 0.041 0.039 0.003 0.057 0.064 0.081 0.131 0.005 0.001 0.077 0.503 6 R 0.017 0.111 0.005 0.027 0.064 0.069 0.090 0.004 0.001 0.104 0.508 7 S 0.020 0.684 0.002 0.006 0.010 0.010 0.028 0.006 0.001 0.055 0.178 8 T 0.009 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.854 0.017 9 Q 0.004 0.863 0.002 0.002 0.003 0.002 0.013 0.002 0.001 0.079 0.029 10 Q 0.010 0.913 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.042 0.023 11 I 0.006 0.689 0.002 0.003 0.001 0.003 0.010 0.003 0.001 0.263 0.021 12 T 0.002 0.525 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.445 0.013 13 D 0.004 0.930 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.039 0.017 14 F 0.005 0.960 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.012 0.011 15 T 0.009 0.936 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.021 0.016 16 K 0.018 0.865 0.002 0.003 0.001 0.003 0.016 0.003 0.001 0.036 0.051 17 E 0.042 0.491 0.008 0.009 0.002 0.007 0.039 0.004 0.003 0.292 0.104 18 I 0.033 0.098 0.214 0.021 0.010 0.012 0.081 0.017 0.075 0.311 0.128 19 L 0.470 0.038 0.009 0.013 0.007 0.011 0.081 0.011 0.005 0.040 0.316 20 V 0.081 0.011 0.002 0.006 0.003 0.005 0.053 0.003 0.001 0.017 0.818 21 N 0.025 0.009 0.001 0.014 0.002 0.004 0.104 0.001 0.001 0.009 0.829 22 G 0.078 0.011 0.001 0.008 0.004 0.010 0.116 0.003 0.001 0.081 0.686 23 E 0.018 0.012 0.001 0.010 0.022 0.013 0.128 0.002 0.001 0.025 0.768 24 A 0.067 0.037 0.001 0.056 0.014 0.024 0.117 0.005 0.001 0.042 0.634 25 V 0.094 0.050 0.002 0.030 0.030 0.034 0.114 0.010 0.001 0.070 0.567 26 T 0.060 0.056 0.002 0.059 0.027 0.051 0.111 0.007 0.001 0.061 0.566 27 A 0.055 0.029 0.003 0.040 0.035 0.065 0.113 0.005 0.001 0.085 0.568 28 F 0.054 0.016 0.011 0.038 0.049 0.067 0.130 0.007 0.008 0.104 0.515 29 D 0.243 0.008 0.003 0.020 0.018 0.029 0.093 0.007 0.003 0.056 0.521 30 R 0.292 0.004 0.001 0.010 0.009 0.013 0.069 0.003 0.001 0.034 0.564 31 Q 0.033 0.001 0.001 0.008 0.005 0.010 0.094 0.001 0.001 0.017 0.831 32 G 0.008 0.001 0.001 0.009 0.008 0.017 0.126 0.001 0.001 0.018 0.811 33 D 0.020 0.004 0.001 0.022 0.073 0.063 0.153 0.002 0.001 0.037 0.626 34 L 0.021 0.004 0.001 0.046 0.073 0.113 0.128 0.003 0.001 0.054 0.555 35 P 0.012 0.004 0.001 0.064 0.081 0.166 0.099 0.002 0.001 0.064 0.508 36 N 0.006 0.002 0.001 0.129 0.152 0.376 0.048 0.001 0.001 0.061 0.224 37 V 0.005 0.001 0.001 0.140 0.188 0.228 0.050 0.001 0.001 0.058 0.329 38 V 0.001 0.001 0.001 0.193 0.226 0.321 0.044 0.001 0.001 0.023 0.190 39 V 0.013 0.008 0.001 0.126 0.142 0.165 0.059 0.001 0.001 0.049 0.436 40 T 0.233 0.050 0.002 0.043 0.060 0.060 0.087 0.011 0.001 0.061 0.392 41 P 0.035 0.059 0.001 0.020 0.010 0.015 0.123 0.003 0.001 0.013 0.721 42 N 0.100 0.374 0.012 0.009 0.008 0.011 0.054 0.011 0.004 0.034 0.382 43 F 0.274 0.561 0.001 0.002 0.004 0.003 0.016 0.016 0.001 0.014 0.110 44 E 0.099 0.658 0.002 0.003 0.003 0.003 0.018 0.005 0.001 0.042 0.167 45 A 0.007 0.785 0.002 0.007 0.005 0.005 0.019 0.001 0.001 0.024 0.144 46 G 0.007 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.029 0.028 47 V 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.005 48 D 0.002 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 0.010 49 Q 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.009 50 V 0.007 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.006 0.004 51 V 0.008 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.014 0.013 52 D 0.016 0.898 0.004 0.002 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.018 0.050 53 Q 0.071 0.528 0.027 0.007 0.002 0.005 0.039 0.013 0.006 0.193 0.107 54 L 0.097 0.067 0.178 0.010 0.007 0.008 0.083 0.032 0.067 0.314 0.138 55 A 0.323 0.023 0.004 0.005 0.004 0.008 0.065 0.008 0.003 0.036 0.523 56 M 0.020 0.006 0.001 0.004 0.002 0.004 0.064 0.002 0.001 0.014 0.884 57 N 0.030 0.004 0.002 0.009 0.006 0.008 0.118 0.002 0.001 0.021 0.801 58 D 0.081 0.005 0.002 0.004 0.004 0.008 0.097 0.004 0.001 0.060 0.734 59 S 0.041 0.004 0.001 0.006 0.007 0.006 0.103 0.001 0.001 0.025 0.805 60 E 0.192 0.009 0.001 0.025 0.006 0.011 0.115 0.002 0.001 0.071 0.568 61 R 0.016 0.007 0.001 0.017 0.005 0.010 0.156 0.001 0.001 0.033 0.754 62 D 0.008 0.014 0.001 0.082 0.014 0.030 0.175 0.001 0.001 0.050 0.624 63 T 0.005 0.021 0.001 0.186 0.128 0.248 0.091 0.002 0.001 0.110 0.207 64 T 0.003 0.014 0.001 0.309 0.082 0.286 0.047 0.001 0.001 0.094 0.163 65 A 0.003 0.011 0.001 0.391 0.217 0.215 0.019 0.001 0.001 0.054 0.088 66 I 0.005 0.010 0.001 0.317 0.212 0.233 0.025 0.001 0.001 0.084 0.113 67 I 0.007 0.021 0.002 0.379 0.130 0.170 0.046 0.002 0.001 0.069 0.174 68 G 0.053 0.120 0.005 0.174 0.102 0.135 0.083 0.007 0.002 0.050 0.270 69 K 0.071 0.258 0.006 0.029 0.030 0.034 0.075 0.009 0.002 0.045 0.440 70 S 0.105 0.625 0.003 0.008 0.005 0.006 0.029 0.013 0.001 0.022 0.183 71 L 0.096 0.650 0.004 0.015 0.003 0.006 0.042 0.012 0.001 0.035 0.136 72 A 0.012 0.765 0.005 0.005 0.004 0.003 0.021 0.002 0.001 0.030 0.151 73 E 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 0.012 74 C 0.005 0.145 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.836 0.007 75 E 0.001 0.875 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.100 0.015 76 A 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 77 L 0.003 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.003 78 T 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 0.008 79 K 0.009 0.943 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.028 80 A 0.043 0.790 0.013 0.002 0.001 0.001 0.012 0.012 0.003 0.094 0.030 81 L 0.017 0.035 0.431 0.002 0.001 0.001 0.020 0.009 0.289 0.166 0.029 82 K 0.751 0.016 0.002 0.002 0.002 0.002 0.025 0.005 0.003 0.013 0.179 83 A 0.033 0.005 0.001 0.004 0.001 0.002 0.034 0.001 0.001 0.008 0.911 84 R 0.018 0.004 0.003 0.015 0.003 0.005 0.151 0.001 0.001 0.008 0.791 85 G 0.029 0.005 0.001 0.006 0.002 0.007 0.112 0.002 0.001 0.055 0.779 86 E 0.023 0.006 0.001 0.009 0.029 0.012 0.127 0.002 0.001 0.020 0.772 87 Q 0.025 0.018 0.001 0.197 0.018 0.057 0.098 0.003 0.001 0.053 0.530 88 V 0.025 0.016 0.001 0.106 0.053 0.083 0.101 0.003 0.001 0.074 0.536 89 T 0.010 0.010 0.002 0.407 0.053 0.087 0.060 0.002 0.001 0.076 0.293 90 L 0.026 0.015 0.001 0.152 0.068 0.099 0.082 0.003 0.001 0.069 0.484 91 I 0.046 0.018 0.002 0.125 0.070 0.081 0.100 0.004 0.001 0.092 0.460 92 Q 0.048 0.048 0.003 0.048 0.032 0.057 0.111 0.006 0.001 0.061 0.585 93 T 0.138 0.074 0.002 0.018 0.020 0.030 0.094 0.012 0.001 0.049 0.561 94 E 0.136 0.066 0.005 0.013 0.038 0.040 0.082 0.012 0.002 0.047 0.558 95 N 0.108 0.047 0.003 0.016 0.027 0.048 0.096 0.011 0.001 0.047 0.596 96 Q 0.112 0.010 0.003 0.015 0.044 0.055 0.097 0.003 0.002 0.090 0.567 97 R 0.029 0.004 0.003 0.021 0.036 0.053 0.126 0.001 0.001 0.058 0.667 98 L 0.030 0.004 0.001 0.018 0.016 0.025 0.121 0.002 0.001 0.028 0.755 99 A 0.200 0.002 0.003 0.021 0.018 0.020 0.140 0.003 0.001 0.063 0.529 100 P 0.012 0.001 0.001 0.054 0.013 0.034 0.152 0.001 0.001 0.043 0.688 101 G 0.003 0.001 0.001 0.159 0.019 0.068 0.101 0.001 0.001 0.056 0.592 102 V 0.003 0.001 0.001 0.394 0.123 0.076 0.060 0.001 0.001 0.092 0.251 103 I 0.001 0.001 0.001 0.617 0.062 0.076 0.028 0.001 0.001 0.046 0.168 104 V 0.002 0.003 0.001 0.623 0.068 0.055 0.025 0.001 0.001 0.027 0.197 105 V 0.006 0.019 0.001 0.582 0.092 0.075 0.030 0.002 0.001 0.033 0.159 106 P 0.070 0.147 0.003 0.279 0.043 0.056 0.063 0.013 0.001 0.056 0.269 107 S 0.198 0.134 0.009 0.140 0.023 0.036 0.086 0.017 0.005 0.055 0.296 108 F 0.220 0.066 0.034 0.050 0.028 0.042 0.090 0.019 0.017 0.067 0.367 109 L 0.403 0.044 0.002 0.018 0.008 0.019 0.090 0.013 0.001 0.028 0.374 110 A 0.141 0.027 0.006 0.017 0.016 0.018 0.083 0.007 0.002 0.039 0.645 111 K 0.051 0.025 0.002 0.030 0.018 0.031 0.101 0.003 0.001 0.026 0.711 112 G 0.088 0.012 0.003 0.015 0.015 0.030 0.111 0.003 0.002 0.075 0.647 113 L 0.078 0.005 0.003 0.035 0.071 0.055 0.190 0.002 0.001 0.045 0.516 114 E 0.012 0.004 0.001 0.143 0.020 0.082 0.108 0.002 0.001 0.051 0.578 115 F 0.011 0.002 0.002 0.137 0.047 0.077 0.121 0.001 0.001 0.117 0.486 116 D 0.001 0.001 0.001 0.491 0.071 0.113 0.043 0.001 0.001 0.108 0.170 117 A 0.001 0.001 0.001 0.603 0.066 0.110 0.018 0.001 0.001 0.082 0.118 118 V 0.001 0.001 0.001 0.785 0.083 0.065 0.006 0.001 0.001 0.028 0.032 119 I 0.001 0.001 0.001 0.743 0.081 0.080 0.009 0.001 0.001 0.033 0.051 120 V 0.006 0.001 0.001 0.699 0.066 0.076 0.024 0.001 0.001 0.038 0.088 121 W 0.011 0.005 0.001 0.422 0.057 0.090 0.086 0.002 0.001 0.041 0.284 122 N 0.100 0.024 0.002 0.112 0.020 0.055 0.173 0.008 0.002 0.059 0.446 123 A 0.080 0.019 0.003 0.047 0.014 0.023 0.184 0.008 0.002 0.086 0.534 124 N 0.161 0.056 0.004 0.030 0.012 0.023 0.133 0.016 0.002 0.065 0.497 125 Q 0.185 0.039 0.002 0.018 0.011 0.022 0.111 0.010 0.001 0.054 0.547 126 E 0.058 0.034 0.004 0.024 0.021 0.037 0.117 0.005 0.001 0.051 0.649 127 N 0.060 0.026 0.002 0.023 0.021 0.033 0.102 0.003 0.001 0.033 0.696 128 Y 0.077 0.040 0.004 0.024 0.023 0.029 0.144 0.004 0.001 0.041 0.613 129 Q 0.059 0.093 0.002 0.015 0.017 0.020 0.094 0.006 0.001 0.035 0.657 130 R 0.239 0.258 0.002 0.006 0.008 0.010 0.059 0.013 0.001 0.037 0.366 131 E 0.123 0.290 0.005 0.007 0.015 0.014 0.078 0.009 0.001 0.071 0.387 132 D 0.076 0.388 0.007 0.010 0.020 0.028 0.060 0.008 0.001 0.050 0.352 133 E 0.095 0.325 0.005 0.015 0.028 0.059 0.073 0.011 0.001 0.066 0.321 134 R 0.029 0.218 0.007 0.033 0.079 0.117 0.081 0.006 0.001 0.082 0.347 135 Q 0.012 0.100 0.004 0.065 0.086 0.211 0.070 0.002 0.001 0.175 0.275 136 L 0.007 0.102 0.003 0.062 0.115 0.269 0.050 0.003 0.001 0.167 0.221 137 L 0.013 0.143 0.004 0.062 0.223 0.206 0.036 0.006 0.001 0.099 0.209 138 Y 0.009 0.057 0.003 0.060 0.171 0.202 0.026 0.002 0.001 0.293 0.176 139 T 0.014 0.142 0.006 0.060 0.161 0.140 0.042 0.003 0.001 0.240 0.191 140 I 0.032 0.219 0.008 0.038 0.107 0.082 0.055 0.011 0.001 0.264 0.183 141 C 0.037 0.401 0.005 0.018 0.042 0.058 0.058 0.013 0.002 0.084 0.283 142 S 0.033 0.432 0.008 0.014 0.025 0.037 0.049 0.007 0.002 0.206 0.188 143 R 0.040 0.361 0.019 0.009 0.018 0.017 0.067 0.009 0.005 0.305 0.151 144 A 0.119 0.385 0.026 0.012 0.019 0.026 0.066 0.037 0.006 0.117 0.186 145 M 0.059 0.070 0.017 0.036 0.013 0.035 0.117 0.006 0.005 0.357 0.287 146 H 0.026 0.050 0.009 0.113 0.040 0.116 0.121 0.004 0.002 0.175 0.345 147 E 0.009 0.023 0.003 0.197 0.039 0.151 0.083 0.004 0.001 0.133 0.356 148 L 0.005 0.012 0.002 0.328 0.095 0.205 0.042 0.002 0.001 0.102 0.207 149 T 0.004 0.007 0.001 0.342 0.178 0.192 0.029 0.001 0.001 0.086 0.161 150 L 0.006 0.004 0.001 0.357 0.162 0.132 0.031 0.001 0.001 0.068 0.237 151 V 0.006 0.003 0.002 0.508 0.105 0.155 0.038 0.001 0.001 0.058 0.123 152 A 0.062 0.009 0.003 0.169 0.049 0.100 0.096 0.005 0.002 0.101 0.405 153 V 0.098 0.007 0.001 0.078 0.019 0.037 0.126 0.005 0.001 0.057 0.571 154 G 0.036 0.006 0.001 0.032 0.011 0.024 0.139 0.002 0.001 0.042 0.706 155 S 0.015 0.033 0.001 0.017 0.011 0.019 0.142 0.002 0.001 0.058 0.702 156 L 0.051 0.283 0.002 0.009 0.011 0.009 0.072 0.012 0.001 0.041 0.510 157 S 0.091 0.708 0.002 0.004 0.005 0.005 0.031 0.013 0.001 0.036 0.104 158 P 0.034 0.756 0.006 0.006 0.005 0.005 0.031 0.005 0.001 0.033 0.118 159 L 0.057 0.808 0.005 0.004 0.003 0.005 0.014 0.008 0.001 0.025 0.071 160 L 0.114 0.519 0.005 0.010 0.004 0.010 0.036 0.012 0.001 0.186 0.103 161 A 0.026 0.553 0.008 0.015 0.009 0.011 0.048 0.004 0.001 0.129 0.196 162 R 0.036 0.677 0.007 0.009 0.004 0.006 0.028 0.007 0.001 0.029 0.195 163 V 0.068 0.626 0.020 0.006 0.006 0.005 0.033 0.028 0.004 0.038 0.166 164 N 0.201 0.587 0.006 0.004 0.004 0.005 0.022 0.027 0.002 0.031 0.111 165 H 0.145 0.193 0.008 0.008 0.006 0.009 0.065 0.007 0.001 0.196 0.362 166 A 0.047 0.214 0.011 0.028 0.015 0.033 0.095 0.010 0.002 0.124 0.421 167 L 0.102 0.101 0.008 0.022 0.018 0.035 0.109 0.015 0.003 0.129 0.458 168 Y 0.042 0.047 0.011 0.026 0.046 0.044 0.102 0.006 0.005 0.066 0.605 169 T 0.102 0.036 0.003 0.023 0.020 0.033 0.078 0.007 0.002 0.044 0.654 170 L 0.127 0.013 0.005 0.019 0.017 0.023 0.104 0.007 0.002 0.052 0.630 171 N 0.067 0.007 0.002 0.022 0.013 0.024 0.123 0.003 0.001 0.038 0.699 172 E 0.036 0.006 0.001 0.014 0.007 0.014 0.100 0.002 0.001 0.027 0.794 173 A 0.044 0.006 0.001 0.018 0.015 0.012 0.122 0.002 0.001 0.027 0.752 174 K 0.055 0.012 0.001 0.026 0.014 0.018 0.126 0.003 0.001 0.042 0.702