# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3116 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.023 0.012 0.012 0.008 0.017 0.124 0.028 0.775 2 N 0.042 0.024 0.025 0.014 0.048 0.153 0.060 0.634 3 A 0.046 0.018 0.039 0.048 0.059 0.143 0.099 0.548 4 S 0.033 0.033 0.071 0.044 0.068 0.088 0.303 0.361 5 Y 0.038 0.081 0.063 0.037 0.056 0.117 0.077 0.532 6 R 0.018 0.065 0.093 0.054 0.059 0.141 0.062 0.508 7 S 0.042 0.430 0.020 0.010 0.014 0.055 0.067 0.362 8 T 0.045 0.471 0.006 0.003 0.005 0.021 0.394 0.055 9 Q 0.010 0.749 0.009 0.006 0.007 0.018 0.141 0.061 10 Q 0.013 0.898 0.004 0.003 0.005 0.010 0.033 0.034 11 I 0.011 0.662 0.008 0.004 0.004 0.010 0.275 0.026 12 T 0.008 0.792 0.010 0.003 0.005 0.007 0.156 0.018 13 D 0.017 0.872 0.008 0.003 0.003 0.011 0.047 0.038 14 F 0.014 0.910 0.009 0.002 0.003 0.009 0.026 0.028 15 T 0.022 0.918 0.005 0.001 0.002 0.006 0.024 0.022 16 K 0.044 0.719 0.012 0.004 0.004 0.017 0.096 0.104 17 E 0.027 0.327 0.082 0.011 0.010 0.046 0.347 0.151 18 I 0.072 0.204 0.123 0.021 0.019 0.070 0.295 0.196 19 L 0.427 0.064 0.082 0.010 0.013 0.074 0.054 0.275 20 V 0.112 0.018 0.033 0.006 0.007 0.072 0.038 0.713 21 N 0.019 0.013 0.007 0.002 0.005 0.074 0.013 0.866 22 G 0.044 0.017 0.015 0.007 0.011 0.119 0.054 0.732 23 E 0.053 0.040 0.020 0.027 0.020 0.155 0.053 0.631 24 A 0.079 0.057 0.022 0.014 0.024 0.093 0.036 0.675 25 V 0.061 0.064 0.030 0.029 0.036 0.107 0.047 0.626 26 T 0.083 0.086 0.047 0.040 0.051 0.094 0.082 0.517 27 A 0.085 0.061 0.043 0.047 0.055 0.104 0.110 0.495 28 F 0.060 0.021 0.056 0.047 0.062 0.109 0.109 0.536 29 D 0.373 0.012 0.021 0.023 0.029 0.075 0.065 0.401 30 R 0.246 0.005 0.007 0.012 0.017 0.072 0.033 0.607 31 Q 0.017 0.002 0.005 0.006 0.018 0.092 0.009 0.852 32 G 0.009 0.001 0.013 0.011 0.030 0.134 0.023 0.780 33 D 0.039 0.005 0.021 0.045 0.039 0.139 0.043 0.668 34 L 0.065 0.008 0.036 0.046 0.059 0.128 0.070 0.588 35 P 0.019 0.005 0.049 0.051 0.120 0.084 0.046 0.627 36 N 0.007 0.002 0.159 0.174 0.420 0.034 0.063 0.141 37 V 0.008 0.002 0.093 0.139 0.236 0.058 0.035 0.429 38 V 0.002 0.001 0.137 0.335 0.319 0.040 0.015 0.151 39 V 0.014 0.005 0.051 0.053 0.085 0.097 0.021 0.674 40 T 0.193 0.097 0.045 0.072 0.062 0.107 0.102 0.323 41 P 0.050 0.071 0.010 0.010 0.012 0.091 0.020 0.737 42 N 0.127 0.515 0.008 0.005 0.006 0.041 0.094 0.204 43 F 0.043 0.867 0.001 0.001 0.001 0.009 0.033 0.045 44 E 0.015 0.891 0.002 0.001 0.002 0.009 0.028 0.053 45 A 0.004 0.890 0.002 0.003 0.003 0.009 0.052 0.038 46 G 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.005 47 V 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 48 D 0.001 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.006 49 Q 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 50 V 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 51 V 0.012 0.959 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 52 D 0.019 0.890 0.008 0.001 0.001 0.006 0.021 0.054 53 Q 0.077 0.171 0.064 0.002 0.002 0.027 0.562 0.094 54 L 0.198 0.139 0.064 0.007 0.004 0.052 0.387 0.149 55 A 0.263 0.030 0.011 0.002 0.003 0.046 0.033 0.611 56 M 0.015 0.005 0.006 0.002 0.002 0.052 0.015 0.902 57 N 0.035 0.009 0.010 0.006 0.007 0.112 0.030 0.791 58 D 0.092 0.006 0.006 0.004 0.006 0.118 0.036 0.732 59 S 0.083 0.004 0.009 0.004 0.004 0.129 0.041 0.726 60 E 0.155 0.012 0.013 0.004 0.007 0.108 0.072 0.629 61 R 0.035 0.017 0.024 0.005 0.013 0.158 0.038 0.710 62 D 0.016 0.017 0.154 0.024 0.074 0.152 0.046 0.517 63 T 0.008 0.020 0.167 0.097 0.198 0.079 0.091 0.340 64 T 0.002 0.012 0.378 0.124 0.234 0.040 0.064 0.145 65 A 0.005 0.012 0.390 0.196 0.253 0.024 0.041 0.079 66 I 0.007 0.013 0.346 0.278 0.208 0.021 0.056 0.072 67 I 0.010 0.047 0.403 0.094 0.191 0.035 0.104 0.116 68 G 0.081 0.170 0.136 0.124 0.165 0.061 0.081 0.182 69 K 0.056 0.127 0.087 0.061 0.061 0.087 0.124 0.396 70 S 0.047 0.648 0.010 0.007 0.011 0.033 0.054 0.189 71 L 0.067 0.801 0.004 0.002 0.002 0.015 0.018 0.090 72 A 0.010 0.816 0.007 0.005 0.003 0.019 0.023 0.118 73 E 0.021 0.933 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.023 74 C 0.005 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.002 75 E 0.002 0.708 0.002 0.001 0.001 0.003 0.269 0.015 76 A 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 77 L 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 78 T 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 79 K 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 80 A 0.061 0.829 0.039 0.001 0.001 0.006 0.049 0.016 81 L 0.192 0.062 0.251 0.002 0.001 0.011 0.444 0.036 82 K 0.613 0.055 0.027 0.001 0.001 0.018 0.027 0.259 83 A 0.179 0.005 0.030 0.001 0.001 0.021 0.015 0.750 84 R 0.006 0.003 0.005 0.001 0.001 0.088 0.007 0.889 85 G 0.008 0.003 0.005 0.001 0.001 0.049 0.017 0.917 86 E 0.052 0.043 0.019 0.011 0.005 0.128 0.048 0.695 87 Q 0.094 0.105 0.096 0.016 0.025 0.098 0.094 0.472 88 V 0.089 0.055 0.069 0.023 0.036 0.096 0.059 0.573 89 T 0.019 0.028 0.255 0.069 0.082 0.070 0.122 0.356 90 L 0.030 0.053 0.096 0.036 0.046 0.112 0.077 0.549 91 I 0.044 0.065 0.111 0.056 0.066 0.112 0.121 0.425 92 Q 0.074 0.081 0.039 0.032 0.037 0.095 0.074 0.568 93 T 0.204 0.151 0.018 0.022 0.032 0.068 0.111 0.394 94 E 0.110 0.065 0.026 0.032 0.040 0.108 0.075 0.544 95 N 0.124 0.035 0.014 0.037 0.054 0.077 0.057 0.603 96 Q 0.054 0.010 0.012 0.033 0.050 0.106 0.059 0.675 97 R 0.008 0.003 0.032 0.032 0.061 0.172 0.075 0.617 98 L 0.109 0.004 0.024 0.022 0.034 0.099 0.055 0.653 99 A 0.173 0.007 0.021 0.024 0.021 0.110 0.079 0.566 100 P 0.005 0.003 0.084 0.021 0.084 0.156 0.025 0.623 101 G 0.004 0.002 0.250 0.052 0.285 0.083 0.050 0.274 102 V 0.003 0.003 0.243 0.238 0.169 0.047 0.059 0.239 103 I 0.002 0.006 0.559 0.137 0.152 0.024 0.043 0.078 104 V 0.008 0.034 0.292 0.119 0.189 0.063 0.069 0.226 105 V 0.034 0.089 0.415 0.124 0.087 0.049 0.063 0.139 106 P 0.115 0.370 0.146 0.062 0.075 0.036 0.064 0.130 107 S 0.110 0.281 0.101 0.039 0.073 0.052 0.127 0.218 108 F 0.072 0.051 0.171 0.127 0.100 0.064 0.154 0.261 109 L 0.455 0.023 0.018 0.027 0.035 0.062 0.065 0.315 110 A 0.262 0.006 0.008 0.009 0.012 0.048 0.038 0.618 111 K 0.022 0.003 0.009 0.015 0.053 0.121 0.016 0.761 112 G 0.006 0.001 0.012 0.011 0.054 0.074 0.043 0.800 113 L 0.004 0.002 0.073 0.242 0.171 0.154 0.055 0.299 114 E 0.009 0.002 0.143 0.078 0.134 0.086 0.077 0.471 115 F 0.010 0.003 0.106 0.178 0.122 0.095 0.128 0.358 116 D 0.001 0.001 0.620 0.072 0.114 0.035 0.058 0.099 117 A 0.002 0.001 0.589 0.072 0.139 0.023 0.071 0.102 118 V 0.001 0.001 0.714 0.107 0.089 0.011 0.034 0.043 119 I 0.005 0.003 0.738 0.053 0.078 0.025 0.033 0.065 120 V 0.020 0.007 0.451 0.112 0.132 0.073 0.089 0.116 121 W 0.033 0.012 0.238 0.027 0.045 0.161 0.061 0.422 122 N 0.163 0.037 0.108 0.019 0.035 0.174 0.119 0.344 123 A 0.060 0.030 0.053 0.012 0.020 0.163 0.103 0.559 124 N 0.179 0.083 0.026 0.014 0.027 0.120 0.101 0.449 125 Q 0.152 0.059 0.020 0.016 0.026 0.127 0.079 0.520 126 E 0.042 0.040 0.020 0.025 0.041 0.141 0.060 0.631 127 N 0.081 0.045 0.020 0.020 0.035 0.112 0.066 0.621 128 Y 0.085 0.046 0.019 0.032 0.034 0.152 0.059 0.572 129 Q 0.073 0.058 0.014 0.013 0.016 0.092 0.056 0.677 130 R 0.186 0.190 0.006 0.008 0.012 0.068 0.079 0.452 131 E 0.085 0.268 0.010 0.008 0.011 0.081 0.064 0.473 132 D 0.047 0.417 0.009 0.014 0.026 0.070 0.064 0.352 133 E 0.027 0.488 0.012 0.017 0.041 0.055 0.125 0.234 134 R 0.012 0.528 0.017 0.033 0.068 0.053 0.140 0.150 135 Q 0.006 0.262 0.037 0.075 0.160 0.033 0.325 0.102 136 L 0.003 0.359 0.053 0.104 0.181 0.029 0.217 0.055 137 L 0.006 0.498 0.073 0.080 0.178 0.021 0.095 0.048 138 Y 0.007 0.134 0.059 0.152 0.150 0.012 0.458 0.027 139 T 0.008 0.361 0.078 0.089 0.117 0.020 0.280 0.047 140 I 0.020 0.625 0.054 0.043 0.082 0.030 0.077 0.069 141 C 0.020 0.611 0.058 0.068 0.046 0.023 0.087 0.087 142 S 0.032 0.694 0.028 0.018 0.028 0.027 0.082 0.092 143 R 0.058 0.513 0.042 0.029 0.028 0.050 0.128 0.152 144 A 0.165 0.314 0.029 0.022 0.033 0.062 0.191 0.183 145 M 0.109 0.062 0.029 0.011 0.018 0.100 0.358 0.313 146 H 0.024 0.063 0.021 0.021 0.046 0.093 0.100 0.634 147 E 0.015 0.037 0.077 0.049 0.140 0.106 0.086 0.491 148 L 0.007 0.014 0.123 0.123 0.242 0.133 0.062 0.297 149 T 0.007 0.007 0.250 0.221 0.371 0.029 0.051 0.064 150 L 0.011 0.007 0.176 0.217 0.267 0.048 0.061 0.212 151 V 0.017 0.005 0.280 0.214 0.243 0.048 0.085 0.107 152 A 0.075 0.007 0.089 0.126 0.163 0.083 0.078 0.380 153 V 0.059 0.007 0.051 0.035 0.061 0.106 0.088 0.593 154 G 0.041 0.011 0.015 0.014 0.022 0.130 0.038 0.729 155 S 0.016 0.027 0.008 0.011 0.013 0.145 0.023 0.757 156 L 0.047 0.255 0.004 0.003 0.004 0.061 0.024 0.602 157 S 0.199 0.729 0.002 0.001 0.001 0.010 0.023 0.035 158 P 0.065 0.667 0.014 0.005 0.005 0.030 0.062 0.151 159 L 0.129 0.675 0.008 0.002 0.004 0.019 0.054 0.110 160 L 0.199 0.285 0.023 0.004 0.005 0.032 0.344 0.108 161 A 0.031 0.427 0.014 0.007 0.008 0.054 0.103 0.356 162 R 0.038 0.428 0.016 0.003 0.005 0.048 0.030 0.432 163 V 0.059 0.549 0.023 0.008 0.006 0.056 0.045 0.255 164 N 0.248 0.492 0.009 0.003 0.005 0.030 0.047 0.166 165 H 0.074 0.139 0.017 0.005 0.005 0.058 0.354 0.348 166 A 0.034 0.322 0.026 0.008 0.012 0.081 0.180 0.338 167 L 0.095 0.153 0.043 0.013 0.023 0.085 0.164 0.424 168 Y 0.054 0.074 0.053 0.038 0.033 0.122 0.092 0.536 169 T 0.149 0.074 0.038 0.018 0.032 0.079 0.076 0.535 170 L 0.087 0.022 0.019 0.019 0.023 0.122 0.042 0.666 171 N 0.058 0.012 0.022 0.021 0.032 0.113 0.055 0.688 172 E 0.070 0.010 0.009 0.011 0.016 0.103 0.043 0.739 173 A 0.049 0.012 0.017 0.016 0.024 0.119 0.050 0.713 174 K 0.045 0.013 0.022 0.024 0.040 0.105 0.046 0.704