# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3116 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.554 0.201 0.039 0.076 0.053 0.026 0.022 0.014 0.008 0.005 0.002 2 N 0.415 0.185 0.042 0.112 0.092 0.053 0.044 0.026 0.016 0.010 0.005 3 A 0.169 0.117 0.046 0.144 0.127 0.109 0.125 0.074 0.050 0.026 0.013 4 S 0.117 0.082 0.059 0.136 0.133 0.126 0.146 0.080 0.067 0.038 0.017 5 Y 0.031 0.037 0.051 0.106 0.118 0.153 0.182 0.115 0.103 0.067 0.036 6 R 0.041 0.058 0.083 0.145 0.134 0.110 0.152 0.104 0.081 0.062 0.030 7 S 0.016 0.045 0.046 0.077 0.084 0.097 0.168 0.159 0.140 0.107 0.060 8 T 0.052 0.070 0.066 0.127 0.144 0.129 0.155 0.096 0.074 0.056 0.029 9 Q 0.404 0.105 0.123 0.155 0.092 0.045 0.038 0.016 0.011 0.008 0.003 10 Q 0.037 0.059 0.052 0.239 0.235 0.178 0.127 0.041 0.020 0.008 0.003 11 I 0.001 0.002 0.005 0.005 0.006 0.008 0.043 0.087 0.224 0.294 0.324 12 T 0.002 0.006 0.018 0.046 0.077 0.199 0.296 0.143 0.109 0.067 0.037 13 D 0.033 0.070 0.517 0.223 0.085 0.031 0.019 0.010 0.006 0.004 0.001 14 F 0.001 0.003 0.009 0.017 0.024 0.082 0.251 0.221 0.179 0.130 0.083 15 T 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.010 0.051 0.084 0.229 0.290 0.318 16 K 0.007 0.015 0.123 0.194 0.214 0.217 0.139 0.046 0.024 0.016 0.006 17 E 0.007 0.025 0.240 0.194 0.168 0.169 0.124 0.038 0.021 0.010 0.004 18 I 0.001 0.002 0.008 0.008 0.010 0.017 0.084 0.171 0.240 0.259 0.198 19 L 0.004 0.007 0.019 0.022 0.021 0.047 0.145 0.170 0.210 0.204 0.152 20 V 0.013 0.043 0.297 0.190 0.158 0.097 0.081 0.048 0.033 0.027 0.013 21 N 0.058 0.112 0.122 0.174 0.159 0.138 0.144 0.046 0.026 0.014 0.007 22 G 0.169 0.054 0.031 0.068 0.067 0.080 0.148 0.117 0.114 0.095 0.058 23 E 0.416 0.247 0.057 0.106 0.063 0.037 0.033 0.017 0.012 0.008 0.004 24 A 0.134 0.137 0.071 0.162 0.113 0.096 0.107 0.070 0.054 0.034 0.022 25 V 0.060 0.046 0.028 0.070 0.081 0.106 0.169 0.141 0.133 0.100 0.067 26 T 0.171 0.170 0.077 0.194 0.126 0.090 0.079 0.040 0.028 0.017 0.009 27 A 0.068 0.065 0.055 0.102 0.083 0.111 0.152 0.102 0.115 0.085 0.063 28 F 0.068 0.057 0.035 0.100 0.109 0.109 0.165 0.120 0.103 0.078 0.057 29 D 0.131 0.126 0.075 0.175 0.135 0.100 0.103 0.062 0.044 0.030 0.018 30 R 0.230 0.175 0.088 0.153 0.107 0.076 0.068 0.039 0.030 0.021 0.013 31 Q 0.304 0.227 0.051 0.126 0.103 0.058 0.062 0.032 0.019 0.012 0.008 32 G 0.554 0.131 0.030 0.079 0.059 0.042 0.042 0.028 0.018 0.011 0.006 33 D 0.280 0.207 0.070 0.153 0.100 0.071 0.054 0.026 0.019 0.013 0.006 34 L 0.085 0.075 0.041 0.132 0.126 0.124 0.160 0.113 0.073 0.043 0.028 35 P 0.073 0.055 0.034 0.078 0.093 0.127 0.171 0.133 0.108 0.080 0.048 36 N 0.100 0.133 0.097 0.223 0.156 0.114 0.081 0.039 0.029 0.019 0.009 37 V 0.028 0.021 0.028 0.054 0.054 0.071 0.146 0.156 0.175 0.151 0.116 38 V 0.034 0.041 0.039 0.102 0.112 0.112 0.164 0.131 0.122 0.092 0.050 39 V 0.051 0.123 0.087 0.144 0.118 0.107 0.132 0.082 0.071 0.057 0.027 40 T 0.039 0.039 0.037 0.098 0.110 0.139 0.191 0.131 0.099 0.072 0.044 41 P 0.553 0.167 0.064 0.088 0.050 0.023 0.023 0.014 0.010 0.007 0.003 42 N 0.219 0.338 0.056 0.148 0.095 0.051 0.047 0.020 0.013 0.009 0.004 43 F 0.074 0.082 0.027 0.081 0.102 0.129 0.188 0.126 0.094 0.058 0.037 44 E 0.416 0.134 0.095 0.148 0.083 0.057 0.037 0.015 0.007 0.004 0.001 45 A 0.195 0.134 0.206 0.242 0.105 0.061 0.036 0.013 0.005 0.003 0.001 46 G 0.004 0.017 0.021 0.039 0.049 0.085 0.211 0.188 0.183 0.131 0.072 47 V 0.001 0.002 0.009 0.016 0.034 0.092 0.226 0.233 0.183 0.128 0.076 48 D 0.059 0.033 0.685 0.143 0.039 0.023 0.010 0.004 0.002 0.002 0.001 49 Q 0.003 0.010 0.099 0.176 0.232 0.222 0.185 0.048 0.017 0.006 0.002 50 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 0.031 0.067 0.227 0.343 0.321 51 V 0.001 0.002 0.016 0.024 0.049 0.185 0.352 0.162 0.113 0.064 0.032 52 D 0.008 0.014 0.838 0.094 0.023 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 53 Q 0.001 0.004 0.030 0.055 0.090 0.217 0.396 0.118 0.055 0.024 0.010 54 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.004 0.028 0.080 0.211 0.326 0.340 55 A 0.006 0.013 0.130 0.144 0.202 0.186 0.190 0.066 0.034 0.023 0.007 56 M 0.009 0.035 0.513 0.163 0.107 0.069 0.056 0.021 0.015 0.009 0.004 57 N 0.051 0.051 0.052 0.085 0.117 0.167 0.288 0.090 0.056 0.031 0.012 58 D 0.534 0.196 0.039 0.068 0.044 0.029 0.042 0.021 0.014 0.008 0.005 59 S 0.212 0.118 0.045 0.086 0.076 0.088 0.115 0.080 0.078 0.050 0.053 60 E 0.330 0.418 0.065 0.104 0.052 0.013 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 61 R 0.267 0.114 0.030 0.108 0.111 0.104 0.117 0.074 0.038 0.019 0.017 62 D 0.193 0.182 0.065 0.205 0.147 0.097 0.057 0.023 0.016 0.010 0.005 63 T 0.016 0.037 0.030 0.133 0.160 0.197 0.203 0.118 0.063 0.028 0.016 64 T 0.003 0.005 0.011 0.016 0.029 0.051 0.124 0.197 0.207 0.216 0.142 65 A 0.001 0.005 0.014 0.029 0.042 0.082 0.159 0.197 0.184 0.183 0.104 66 I 0.001 0.004 0.017 0.016 0.020 0.027 0.082 0.204 0.219 0.252 0.159 67 I 0.001 0.002 0.007 0.006 0.007 0.013 0.055 0.111 0.195 0.333 0.270 68 G 0.006 0.007 0.019 0.025 0.024 0.043 0.113 0.127 0.198 0.215 0.223 69 K 0.011 0.023 0.036 0.087 0.100 0.152 0.185 0.140 0.123 0.092 0.051 70 S 0.038 0.059 0.051 0.095 0.112 0.139 0.195 0.110 0.096 0.072 0.034 71 L 0.090 0.060 0.057 0.154 0.158 0.149 0.148 0.079 0.053 0.036 0.016 72 A 0.220 0.131 0.129 0.158 0.106 0.073 0.074 0.045 0.029 0.024 0.011 73 E 0.007 0.050 0.049 0.083 0.080 0.099 0.197 0.140 0.139 0.107 0.050 74 C 0.002 0.003 0.010 0.015 0.024 0.070 0.186 0.194 0.210 0.163 0.123 75 E 0.218 0.054 0.427 0.188 0.050 0.032 0.017 0.006 0.003 0.003 0.001 76 A 0.004 0.016 0.089 0.209 0.216 0.217 0.174 0.045 0.018 0.007 0.003 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.061 0.217 0.318 0.379 78 T 0.001 0.002 0.040 0.060 0.136 0.248 0.359 0.079 0.045 0.024 0.007 79 K 0.005 0.009 0.880 0.074 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.002 0.021 0.026 0.045 0.176 0.466 0.144 0.073 0.031 0.014 81 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.004 0.032 0.091 0.211 0.313 0.338 82 K 0.002 0.005 0.203 0.149 0.285 0.164 0.129 0.037 0.014 0.010 0.003 83 A 0.009 0.020 0.734 0.107 0.071 0.030 0.018 0.005 0.002 0.002 0.001 84 R 0.015 0.020 0.038 0.042 0.058 0.158 0.352 0.151 0.086 0.056 0.023 85 G 0.588 0.137 0.041 0.045 0.028 0.032 0.052 0.031 0.022 0.015 0.009 86 E 0.313 0.162 0.120 0.111 0.077 0.060 0.058 0.037 0.029 0.021 0.013 87 Q 0.253 0.248 0.106 0.162 0.102 0.051 0.039 0.018 0.011 0.005 0.003 88 V 0.025 0.016 0.013 0.030 0.038 0.077 0.170 0.175 0.188 0.147 0.121 89 T 0.082 0.121 0.107 0.207 0.154 0.124 0.096 0.044 0.033 0.021 0.011 90 L 0.012 0.030 0.056 0.072 0.077 0.101 0.167 0.152 0.136 0.115 0.083 91 I 0.020 0.031 0.041 0.073 0.086 0.107 0.180 0.162 0.126 0.107 0.066 92 Q 0.117 0.148 0.131 0.177 0.127 0.087 0.087 0.050 0.034 0.029 0.013 93 T 0.265 0.171 0.100 0.166 0.108 0.067 0.056 0.030 0.018 0.012 0.006 94 E 0.335 0.134 0.052 0.126 0.100 0.075 0.077 0.042 0.030 0.020 0.009 95 N 0.199 0.137 0.054 0.164 0.127 0.098 0.099 0.049 0.039 0.022 0.011 96 Q 0.097 0.088 0.067 0.126 0.110 0.113 0.158 0.080 0.080 0.047 0.032 97 R 0.095 0.101 0.077 0.151 0.137 0.108 0.136 0.077 0.059 0.038 0.023 98 L 0.068 0.074 0.066 0.139 0.099 0.128 0.153 0.084 0.084 0.056 0.050 99 A 0.124 0.132 0.061 0.169 0.149 0.115 0.106 0.057 0.037 0.025 0.024 100 P 0.472 0.197 0.053 0.123 0.056 0.038 0.030 0.013 0.009 0.005 0.003 101 G 0.228 0.110 0.036 0.218 0.168 0.114 0.066 0.028 0.017 0.008 0.005 102 V 0.003 0.004 0.004 0.008 0.012 0.019 0.063 0.136 0.227 0.258 0.266 103 I 0.021 0.067 0.035 0.152 0.174 0.183 0.190 0.080 0.053 0.029 0.017 104 V 0.001 0.002 0.007 0.005 0.005 0.008 0.029 0.067 0.186 0.334 0.356 105 V 0.007 0.010 0.015 0.030 0.042 0.061 0.142 0.167 0.185 0.190 0.152 106 P 0.011 0.022 0.028 0.042 0.041 0.054 0.116 0.140 0.173 0.186 0.187 107 S 0.013 0.015 0.018 0.054 0.064 0.091 0.132 0.136 0.162 0.153 0.163 108 F 0.054 0.032 0.044 0.089 0.122 0.121 0.167 0.119 0.111 0.080 0.062 109 L 0.053 0.081 0.076 0.215 0.204 0.116 0.104 0.064 0.047 0.028 0.012 110 A 0.013 0.012 0.021 0.027 0.023 0.045 0.087 0.096 0.203 0.236 0.238 111 K 0.035 0.051 0.050 0.142 0.166 0.145 0.159 0.091 0.079 0.052 0.030 112 G 0.196 0.143 0.136 0.124 0.085 0.067 0.077 0.049 0.054 0.043 0.026 113 L 0.040 0.032 0.044 0.089 0.113 0.134 0.200 0.120 0.105 0.076 0.047 114 E 0.033 0.027 0.037 0.058 0.056 0.065 0.146 0.150 0.168 0.134 0.125 115 F 0.010 0.014 0.030 0.069 0.097 0.132 0.194 0.144 0.138 0.101 0.070 116 D 0.040 0.083 0.139 0.186 0.168 0.126 0.114 0.057 0.048 0.025 0.013 117 A 0.007 0.008 0.017 0.031 0.047 0.078 0.178 0.182 0.204 0.143 0.104 118 V 0.003 0.004 0.009 0.010 0.015 0.027 0.083 0.150 0.238 0.240 0.221 119 I 0.002 0.005 0.015 0.018 0.024 0.044 0.126 0.189 0.222 0.208 0.147 120 V 0.001 0.002 0.009 0.007 0.009 0.014 0.054 0.109 0.212 0.289 0.293 121 W 0.003 0.004 0.010 0.016 0.024 0.042 0.118 0.158 0.227 0.226 0.172 122 N 0.019 0.033 0.037 0.084 0.099 0.106 0.171 0.160 0.126 0.095 0.069 123 A 0.012 0.013 0.016 0.034 0.048 0.065 0.149 0.181 0.167 0.181 0.134 124 N 0.081 0.140 0.061 0.160 0.138 0.102 0.113 0.075 0.058 0.046 0.027 125 Q 0.132 0.108 0.053 0.162 0.132 0.121 0.116 0.074 0.048 0.034 0.020 126 E 0.503 0.149 0.061 0.108 0.064 0.041 0.031 0.017 0.012 0.010 0.004 127 N 0.203 0.162 0.059 0.175 0.127 0.086 0.081 0.039 0.033 0.024 0.011 128 Y 0.044 0.035 0.021 0.049 0.055 0.089 0.170 0.156 0.158 0.128 0.095 129 Q 0.181 0.312 0.124 0.143 0.087 0.051 0.050 0.022 0.015 0.011 0.004 130 R 0.167 0.224 0.091 0.133 0.113 0.094 0.090 0.048 0.022 0.012 0.006 131 E 0.782 0.107 0.033 0.035 0.015 0.010 0.008 0.005 0.003 0.002 0.001 132 D 0.375 0.150 0.066 0.156 0.095 0.075 0.050 0.019 0.008 0.004 0.002 133 E 0.084 0.072 0.094 0.153 0.139 0.128 0.142 0.082 0.057 0.032 0.016 134 R 0.017 0.021 0.072 0.112 0.163 0.221 0.208 0.087 0.056 0.029 0.013 135 Q 0.011 0.028 0.255 0.153 0.144 0.148 0.126 0.061 0.040 0.024 0.009 136 L 0.003 0.010 0.086 0.074 0.109 0.140 0.213 0.159 0.109 0.069 0.029 137 L 0.001 0.003 0.030 0.013 0.020 0.028 0.100 0.196 0.232 0.236 0.141 138 Y 0.003 0.010 0.100 0.059 0.077 0.097 0.200 0.142 0.146 0.122 0.044 139 T 0.003 0.007 0.079 0.030 0.029 0.062 0.150 0.134 0.207 0.198 0.100 140 I 0.003 0.006 0.033 0.027 0.032 0.068 0.189 0.159 0.211 0.173 0.100 141 C 0.004 0.006 0.025 0.019 0.021 0.036 0.108 0.139 0.246 0.216 0.181 142 S 0.011 0.017 0.079 0.071 0.090 0.122 0.224 0.130 0.121 0.084 0.052 143 R 0.017 0.036 0.139 0.117 0.117 0.115 0.182 0.108 0.082 0.057 0.031 144 A 0.003 0.004 0.021 0.018 0.016 0.040 0.121 0.130 0.220 0.219 0.208 145 M 0.014 0.022 0.088 0.121 0.156 0.127 0.182 0.100 0.084 0.066 0.041 146 H 0.039 0.061 0.229 0.198 0.158 0.115 0.102 0.041 0.029 0.019 0.008 147 E 0.015 0.021 0.069 0.136 0.173 0.223 0.209 0.068 0.049 0.024 0.012 148 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.008 0.039 0.127 0.245 0.281 0.290 149 T 0.004 0.015 0.041 0.074 0.106 0.105 0.211 0.170 0.143 0.086 0.044 150 L 0.001 0.003 0.017 0.007 0.007 0.011 0.043 0.101 0.234 0.283 0.294 151 V 0.004 0.006 0.016 0.021 0.023 0.048 0.169 0.160 0.226 0.178 0.149 152 A 0.010 0.013 0.020 0.035 0.034 0.063 0.157 0.183 0.197 0.156 0.131 153 V 0.019 0.030 0.023 0.093 0.119 0.145 0.187 0.152 0.104 0.074 0.054 154 G 0.210 0.113 0.052 0.128 0.124 0.095 0.105 0.071 0.048 0.034 0.019 155 S 0.238 0.230 0.059 0.166 0.120 0.062 0.053 0.031 0.019 0.015 0.006 156 L 0.100 0.078 0.033 0.088 0.082 0.094 0.133 0.120 0.111 0.097 0.065 157 S 0.102 0.090 0.050 0.126 0.128 0.144 0.141 0.085 0.062 0.048 0.026 158 P 0.311 0.182 0.129 0.149 0.070 0.056 0.044 0.024 0.017 0.013 0.005 159 L 0.027 0.039 0.034 0.083 0.088 0.133 0.201 0.148 0.116 0.082 0.049 160 L 0.010 0.014 0.019 0.042 0.055 0.084 0.158 0.173 0.179 0.156 0.110 161 A 0.112 0.084 0.231 0.207 0.139 0.090 0.069 0.029 0.019 0.015 0.005 162 R 0.048 0.082 0.214 0.235 0.166 0.103 0.083 0.032 0.020 0.012 0.005 163 V 0.005 0.007 0.011 0.015 0.017 0.039 0.130 0.160 0.233 0.212 0.171 164 N 0.042 0.068 0.105 0.185 0.182 0.140 0.148 0.063 0.036 0.023 0.009 165 H 0.143 0.109 0.375 0.183 0.080 0.047 0.031 0.015 0.009 0.007 0.002 166 A 0.069 0.056 0.089 0.156 0.142 0.177 0.174 0.063 0.042 0.023 0.010 167 L 0.026 0.027 0.034 0.061 0.061 0.081 0.184 0.156 0.162 0.126 0.081 168 Y 0.029 0.044 0.116 0.119 0.119 0.141 0.162 0.104 0.081 0.058 0.027 169 T 0.065 0.146 0.331 0.182 0.110 0.064 0.051 0.022 0.015 0.010 0.004 170 L 0.026 0.034 0.037 0.081 0.085 0.145 0.225 0.147 0.106 0.071 0.045 171 N 0.402 0.145 0.087 0.110 0.084 0.048 0.051 0.029 0.021 0.015 0.008 172 E 0.315 0.332 0.097 0.140 0.069 0.022 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 173 A 0.092 0.040 0.030 0.060 0.058 0.100 0.152 0.127 0.142 0.104 0.095 174 K 0.343 0.229 0.083 0.160 0.094 0.038 0.027 0.012 0.007 0.004 0.002