# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3116 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.037 0.010 0.003 0.032 0.028 0.051 0.119 0.003 0.001 0.004 0.713 2 N 0.067 0.008 0.003 0.032 0.027 0.045 0.102 0.002 0.001 0.008 0.705 3 A 0.205 0.009 0.007 0.037 0.025 0.043 0.124 0.001 0.001 0.012 0.537 4 S 0.034 0.010 0.003 0.041 0.018 0.024 0.531 0.001 0.001 0.014 0.324 5 Y 0.189 0.027 0.005 0.071 0.028 0.071 0.125 0.002 0.001 0.022 0.461 6 R 0.067 0.075 0.007 0.072 0.045 0.056 0.348 0.002 0.001 0.011 0.316 7 S 0.027 0.033 0.003 0.016 0.016 0.021 0.442 0.003 0.001 0.006 0.433 8 T 0.104 0.096 0.004 0.024 0.017 0.085 0.075 0.003 0.001 0.005 0.588 9 Q 0.023 0.048 0.003 0.006 0.005 0.010 0.174 0.001 0.001 0.010 0.719 10 Q 0.043 0.057 0.009 0.005 0.003 0.004 0.436 0.001 0.001 0.007 0.435 11 I 0.089 0.617 0.008 0.011 0.004 0.016 0.047 0.002 0.001 0.002 0.202 12 T 0.013 0.882 0.002 0.008 0.004 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.076 13 D 0.008 0.899 0.001 0.002 0.004 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.073 14 F 0.024 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.058 15 T 0.021 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.031 16 K 0.027 0.912 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.048 17 E 0.013 0.952 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.021 18 I 0.029 0.933 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.021 19 L 0.011 0.965 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 20 V 0.032 0.894 0.004 0.002 0.005 0.003 0.004 0.025 0.001 0.001 0.031 21 N 0.165 0.615 0.006 0.004 0.003 0.005 0.008 0.115 0.001 0.001 0.079 22 G 0.399 0.232 0.041 0.011 0.004 0.007 0.014 0.102 0.001 0.011 0.180 23 E 0.105 0.028 0.497 0.012 0.004 0.004 0.127 0.011 0.001 0.003 0.208 24 A 0.036 0.011 0.028 0.026 0.011 0.012 0.133 0.005 0.001 0.006 0.733 25 V 0.074 0.034 0.018 0.074 0.029 0.076 0.114 0.002 0.001 0.005 0.574 26 T 0.065 0.042 0.005 0.080 0.045 0.072 0.174 0.003 0.001 0.005 0.509 27 A 0.040 0.044 0.002 0.038 0.046 0.072 0.079 0.003 0.001 0.003 0.672 28 F 0.059 0.077 0.003 0.048 0.075 0.140 0.098 0.004 0.001 0.004 0.492 29 D 0.115 0.076 0.003 0.042 0.105 0.133 0.119 0.004 0.001 0.006 0.396 30 R 0.095 0.077 0.003 0.026 0.059 0.074 0.112 0.007 0.001 0.008 0.538 31 Q 0.090 0.051 0.005 0.019 0.025 0.041 0.238 0.006 0.001 0.013 0.512 32 G 0.338 0.027 0.009 0.023 0.026 0.036 0.072 0.009 0.001 0.071 0.389 33 D 0.174 0.006 0.058 0.015 0.013 0.019 0.152 0.003 0.001 0.007 0.553 34 L 0.030 0.001 0.003 0.027 0.032 0.032 0.134 0.001 0.001 0.001 0.740 35 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.017 0.018 0.001 0.001 0.001 0.951 36 N 0.013 0.001 0.001 0.215 0.233 0.350 0.037 0.001 0.001 0.001 0.150 37 V 0.016 0.003 0.001 0.150 0.118 0.119 0.040 0.001 0.001 0.002 0.552 38 V 0.009 0.002 0.001 0.265 0.238 0.432 0.008 0.001 0.001 0.003 0.043 39 V 0.010 0.004 0.001 0.103 0.100 0.179 0.066 0.001 0.001 0.002 0.534 40 T 0.047 0.003 0.001 0.138 0.181 0.397 0.040 0.001 0.001 0.002 0.191 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.978 42 N 0.004 0.001 0.001 0.010 0.006 0.015 0.371 0.001 0.001 0.003 0.590 43 F 0.190 0.005 0.001 0.013 0.003 0.011 0.112 0.001 0.001 0.028 0.637 44 E 0.034 0.041 0.002 0.007 0.003 0.007 0.354 0.001 0.001 0.010 0.542 45 A 0.085 0.069 0.001 0.002 0.002 0.003 0.460 0.001 0.001 0.013 0.364 46 G 0.176 0.552 0.005 0.003 0.001 0.004 0.067 0.002 0.001 0.003 0.187 47 V 0.034 0.809 0.013 0.004 0.001 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.121 48 D 0.008 0.836 0.003 0.002 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.138 49 Q 0.009 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.087 50 V 0.016 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.040 51 V 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 52 D 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 53 Q 0.015 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 54 L 0.018 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 55 A 0.013 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.009 56 M 0.049 0.873 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 0.001 0.001 0.021 57 N 0.180 0.641 0.009 0.002 0.001 0.002 0.003 0.115 0.001 0.001 0.045 58 D 0.258 0.217 0.058 0.007 0.003 0.004 0.013 0.154 0.001 0.009 0.278 59 S 0.098 0.031 0.535 0.014 0.004 0.004 0.091 0.013 0.001 0.003 0.206 60 E 0.050 0.015 0.019 0.022 0.007 0.007 0.300 0.006 0.001 0.006 0.566 61 R 0.053 0.020 0.006 0.030 0.011 0.020 0.126 0.002 0.001 0.006 0.724 62 D 0.054 0.019 0.004 0.051 0.020 0.032 0.246 0.002 0.001 0.014 0.558 63 T 0.263 0.011 0.008 0.046 0.022 0.028 0.303 0.002 0.001 0.013 0.304 64 T 0.250 0.037 0.009 0.129 0.139 0.162 0.130 0.001 0.001 0.010 0.132 65 A 0.032 0.028 0.005 0.267 0.227 0.261 0.050 0.001 0.001 0.005 0.126 66 I 0.008 0.016 0.003 0.288 0.236 0.314 0.025 0.001 0.001 0.002 0.108 67 I 0.006 0.019 0.001 0.228 0.215 0.420 0.020 0.001 0.001 0.002 0.088 68 G 0.007 0.037 0.001 0.215 0.215 0.400 0.022 0.001 0.001 0.002 0.100 69 K 0.005 0.029 0.002 0.082 0.076 0.159 0.073 0.001 0.001 0.002 0.571 70 S 0.017 0.034 0.003 0.053 0.029 0.091 0.277 0.001 0.001 0.005 0.488 71 L 0.091 0.090 0.004 0.039 0.009 0.031 0.121 0.002 0.001 0.016 0.598 72 A 0.053 0.161 0.007 0.008 0.005 0.008 0.182 0.002 0.001 0.011 0.564 73 E 0.096 0.310 0.008 0.004 0.002 0.005 0.276 0.002 0.001 0.006 0.292 74 C 0.066 0.741 0.005 0.003 0.001 0.003 0.009 0.003 0.001 0.001 0.167 75 E 0.009 0.832 0.003 0.001 0.002 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.135 76 A 0.010 0.844 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.122 77 L 0.009 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.037 78 T 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 79 K 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 80 A 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 81 L 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 82 K 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 83 A 0.037 0.911 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.009 84 R 0.111 0.755 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.001 0.001 0.014 85 G 0.385 0.279 0.058 0.004 0.001 0.001 0.002 0.162 0.001 0.008 0.100 86 E 0.028 0.020 0.828 0.004 0.001 0.001 0.040 0.007 0.001 0.001 0.071 87 Q 0.021 0.007 0.010 0.029 0.004 0.004 0.065 0.004 0.001 0.003 0.854 88 V 0.036 0.038 0.018 0.104 0.037 0.065 0.147 0.001 0.001 0.002 0.552 89 T 0.031 0.046 0.002 0.280 0.096 0.084 0.174 0.001 0.001 0.005 0.282 90 L 0.033 0.049 0.002 0.133 0.057 0.073 0.058 0.002 0.001 0.002 0.591 91 I 0.052 0.119 0.002 0.199 0.110 0.193 0.067 0.002 0.001 0.005 0.251 92 Q 0.069 0.079 0.003 0.072 0.052 0.075 0.146 0.004 0.001 0.007 0.493 93 T 0.084 0.076 0.007 0.038 0.030 0.057 0.101 0.007 0.001 0.007 0.594 94 E 0.103 0.058 0.010 0.026 0.020 0.043 0.162 0.003 0.001 0.006 0.569 95 N 0.094 0.074 0.007 0.013 0.018 0.030 0.213 0.004 0.001 0.009 0.538 96 Q 0.257 0.131 0.006 0.015 0.025 0.049 0.094 0.006 0.001 0.012 0.403 97 R 0.239 0.156 0.012 0.015 0.028 0.040 0.088 0.013 0.001 0.006 0.403 98 L 0.220 0.105 0.018 0.019 0.035 0.067 0.108 0.013 0.001 0.008 0.406 99 A 0.180 0.047 0.012 0.029 0.048 0.068 0.062 0.010 0.001 0.004 0.539 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.990 101 G 0.022 0.002 0.004 0.079 0.054 0.071 0.131 0.001 0.001 0.002 0.633 102 V 0.163 0.005 0.002 0.207 0.131 0.145 0.067 0.001 0.001 0.004 0.274 103 I 0.015 0.003 0.001 0.486 0.172 0.210 0.018 0.001 0.001 0.002 0.093 104 V 0.007 0.003 0.001 0.396 0.079 0.179 0.024 0.001 0.001 0.002 0.308 105 V 0.010 0.001 0.001 0.637 0.125 0.167 0.019 0.001 0.001 0.002 0.039 106 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.983 107 S 0.002 0.003 0.001 0.323 0.135 0.355 0.039 0.001 0.001 0.003 0.140 108 F 0.028 0.020 0.001 0.112 0.049 0.084 0.099 0.001 0.001 0.006 0.601 109 L 0.059 0.094 0.001 0.118 0.151 0.189 0.076 0.001 0.001 0.013 0.297 110 A 0.073 0.257 0.001 0.043 0.159 0.096 0.178 0.002 0.001 0.005 0.184 111 K 0.200 0.154 0.002 0.020 0.042 0.054 0.098 0.011 0.001 0.012 0.407 112 G 0.480 0.037 0.012 0.017 0.022 0.032 0.033 0.020 0.001 0.073 0.273 113 L 0.293 0.016 0.245 0.031 0.051 0.030 0.136 0.006 0.001 0.006 0.186 114 E 0.055 0.003 0.009 0.084 0.105 0.129 0.112 0.004 0.001 0.008 0.491 115 F 0.034 0.003 0.008 0.247 0.161 0.262 0.054 0.001 0.001 0.003 0.228 116 D 0.011 0.001 0.001 0.474 0.101 0.132 0.048 0.001 0.001 0.002 0.232 117 A 0.004 0.001 0.001 0.616 0.097 0.125 0.030 0.001 0.001 0.002 0.126 118 V 0.001 0.001 0.001 0.903 0.034 0.043 0.006 0.001 0.001 0.001 0.012 119 I 0.001 0.001 0.001 0.895 0.028 0.048 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 120 V 0.001 0.001 0.001 0.895 0.028 0.060 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 121 W 0.002 0.001 0.001 0.672 0.044 0.080 0.033 0.001 0.001 0.002 0.165 122 N 0.004 0.002 0.001 0.401 0.049 0.083 0.118 0.001 0.001 0.005 0.336 123 A 0.011 0.002 0.001 0.097 0.013 0.039 0.174 0.001 0.001 0.007 0.655 124 N 0.020 0.002 0.001 0.029 0.006 0.016 0.429 0.001 0.001 0.018 0.478 125 Q 0.139 0.010 0.001 0.015 0.005 0.012 0.247 0.001 0.001 0.044 0.527 126 E 0.197 0.060 0.006 0.010 0.007 0.012 0.251 0.004 0.001 0.015 0.438 127 N 0.292 0.071 0.013 0.009 0.009 0.017 0.217 0.006 0.001 0.015 0.350 128 Y 0.334 0.149 0.025 0.013 0.021 0.036 0.060 0.010 0.001 0.011 0.341 129 Q 0.121 0.101 0.026 0.017 0.018 0.038 0.125 0.009 0.001 0.008 0.538 130 R 0.081 0.093 0.015 0.015 0.013 0.031 0.202 0.007 0.001 0.005 0.538 131 E 0.046 0.074 0.003 0.010 0.006 0.019 0.096 0.003 0.001 0.007 0.736 132 D 0.020 0.026 0.003 0.003 0.002 0.004 0.113 0.002 0.001 0.003 0.824 133 E 0.104 0.068 0.007 0.006 0.004 0.010 0.337 0.002 0.001 0.005 0.459 134 R 0.224 0.366 0.006 0.011 0.008 0.018 0.067 0.003 0.001 0.004 0.293 135 Q 0.062 0.667 0.005 0.010 0.015 0.017 0.031 0.003 0.001 0.002 0.188 136 L 0.069 0.662 0.007 0.013 0.022 0.020 0.031 0.004 0.001 0.002 0.170 137 L 0.061 0.735 0.005 0.016 0.029 0.046 0.015 0.006 0.001 0.001 0.086 138 Y 0.030 0.669 0.005 0.024 0.063 0.077 0.014 0.004 0.001 0.001 0.113 139 T 0.013 0.678 0.006 0.029 0.038 0.036 0.015 0.003 0.001 0.001 0.181 140 I 0.018 0.707 0.004 0.042 0.069 0.064 0.014 0.003 0.001 0.001 0.078 141 C 0.016 0.719 0.005 0.028 0.036 0.051 0.015 0.004 0.001 0.001 0.125 142 S 0.026 0.640 0.005 0.029 0.036 0.068 0.021 0.003 0.001 0.001 0.171 143 R 0.048 0.604 0.007 0.020 0.017 0.021 0.028 0.005 0.001 0.002 0.248 144 A 0.040 0.747 0.006 0.007 0.021 0.019 0.026 0.005 0.001 0.001 0.129 145 M 0.117 0.621 0.008 0.011 0.017 0.030 0.049 0.009 0.001 0.002 0.136 146 H 0.302 0.492 0.008 0.008 0.023 0.028 0.010 0.017 0.001 0.003 0.111 147 E 0.298 0.397 0.066 0.023 0.036 0.032 0.030 0.017 0.001 0.002 0.099 148 L 0.161 0.222 0.066 0.095 0.218 0.131 0.020 0.018 0.001 0.002 0.067 149 T 0.023 0.039 0.014 0.194 0.287 0.330 0.014 0.005 0.001 0.001 0.093 150 L 0.009 0.018 0.009 0.266 0.223 0.363 0.010 0.002 0.001 0.001 0.099 151 V 0.007 0.008 0.001 0.289 0.211 0.434 0.008 0.001 0.001 0.001 0.039 152 A 0.002 0.013 0.002 0.178 0.225 0.299 0.052 0.001 0.001 0.001 0.225 153 V 0.004 0.009 0.002 0.139 0.093 0.251 0.074 0.001 0.001 0.003 0.424 154 G 0.023 0.007 0.002 0.062 0.031 0.061 0.190 0.001 0.001 0.012 0.611 155 S 0.118 0.007 0.003 0.018 0.010 0.015 0.173 0.002 0.001 0.012 0.641 156 L 0.145 0.016 0.008 0.017 0.006 0.021 0.136 0.002 0.001 0.008 0.640 157 S 0.116 0.030 0.012 0.028 0.011 0.026 0.243 0.001 0.001 0.008 0.525 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.993 159 L 0.013 0.020 0.004 0.008 0.004 0.014 0.358 0.001 0.001 0.005 0.572 160 L 0.286 0.189 0.001 0.012 0.004 0.011 0.189 0.001 0.001 0.007 0.300 161 A 0.063 0.734 0.001 0.005 0.006 0.006 0.016 0.002 0.001 0.002 0.166 162 R 0.080 0.715 0.005 0.007 0.003 0.005 0.021 0.007 0.001 0.001 0.156 163 V 0.120 0.718 0.009 0.006 0.003 0.006 0.012 0.014 0.001 0.001 0.111 164 N 0.051 0.570 0.007 0.005 0.005 0.009 0.014 0.012 0.001 0.002 0.324 165 H 0.048 0.410 0.025 0.007 0.004 0.006 0.035 0.010 0.001 0.003 0.451 166 A 0.132 0.435 0.010 0.010 0.007 0.009 0.124 0.012 0.001 0.003 0.258 167 L 0.208 0.553 0.008 0.007 0.004 0.008 0.034 0.012 0.001 0.002 0.164 168 Y 0.102 0.639 0.018 0.017 0.013 0.015 0.024 0.011 0.001 0.002 0.158 169 T 0.084 0.475 0.021 0.023 0.025 0.024 0.045 0.023 0.001 0.002 0.277 170 L 0.153 0.373 0.014 0.030 0.024 0.042 0.024 0.019 0.001 0.002 0.320 171 N 0.083 0.287 0.012 0.027 0.033 0.049 0.093 0.017 0.001 0.005 0.393 172 E 0.149 0.106 0.021 0.024 0.014 0.022 0.096 0.017 0.001 0.008 0.544 173 A 0.128 0.099 0.022 0.032 0.021 0.044 0.113 0.008 0.001 0.005 0.528 174 K 0.053 0.042 0.008 0.025 0.020 0.029 0.130 0.004 0.001 0.007 0.682