# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3116 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.018 0.005 0.022 0.015 0.024 0.085 0.004 0.827 2 N 0.080 0.018 0.058 0.033 0.054 0.140 0.013 0.604 3 A 0.109 0.023 0.080 0.034 0.049 0.140 0.009 0.554 4 S 0.040 0.026 0.038 0.029 0.048 0.379 0.008 0.433 5 Y 0.152 0.062 0.076 0.044 0.077 0.099 0.013 0.476 6 R 0.075 0.072 0.058 0.033 0.049 0.372 0.007 0.334 7 S 0.061 0.081 0.026 0.024 0.042 0.349 0.012 0.404 8 T 0.117 0.178 0.022 0.015 0.041 0.058 0.009 0.559 9 Q 0.028 0.063 0.009 0.006 0.014 0.250 0.006 0.625 10 Q 0.066 0.096 0.004 0.004 0.007 0.420 0.008 0.395 11 I 0.053 0.755 0.005 0.004 0.009 0.049 0.004 0.121 12 T 0.007 0.914 0.004 0.003 0.007 0.010 0.002 0.054 13 D 0.005 0.921 0.002 0.002 0.004 0.009 0.002 0.055 14 F 0.010 0.959 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.021 15 T 0.010 0.968 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.013 16 K 0.013 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.019 17 E 0.024 0.943 0.003 0.001 0.001 0.002 0.007 0.018 18 I 0.029 0.926 0.005 0.002 0.003 0.002 0.010 0.023 19 L 0.026 0.908 0.012 0.005 0.008 0.004 0.010 0.028 20 V 0.040 0.837 0.026 0.010 0.010 0.008 0.016 0.054 21 N 0.125 0.558 0.038 0.012 0.011 0.017 0.070 0.170 22 G 0.374 0.150 0.045 0.009 0.008 0.019 0.109 0.286 23 E 0.152 0.068 0.142 0.017 0.015 0.137 0.038 0.432 24 A 0.019 0.019 0.034 0.012 0.015 0.081 0.010 0.810 25 V 0.056 0.026 0.044 0.024 0.046 0.100 0.007 0.697 26 T 0.039 0.027 0.056 0.034 0.047 0.150 0.006 0.640 27 A 0.043 0.041 0.050 0.049 0.082 0.118 0.005 0.613 28 F 0.079 0.074 0.037 0.075 0.126 0.097 0.008 0.504 29 D 0.085 0.100 0.031 0.090 0.127 0.087 0.013 0.467 30 R 0.114 0.089 0.032 0.055 0.079 0.117 0.020 0.495 31 Q 0.115 0.065 0.021 0.036 0.046 0.210 0.030 0.477 32 G 0.266 0.045 0.019 0.029 0.034 0.078 0.085 0.443 33 D 0.164 0.026 0.052 0.031 0.034 0.123 0.050 0.521 34 L 0.026 0.003 0.025 0.023 0.026 0.068 0.006 0.823 35 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.992 36 N 0.021 0.001 0.110 0.182 0.307 0.086 0.004 0.291 37 V 0.070 0.003 0.105 0.098 0.157 0.051 0.003 0.514 38 V 0.015 0.003 0.207 0.307 0.345 0.016 0.002 0.106 39 V 0.015 0.003 0.073 0.084 0.172 0.037 0.002 0.615 40 T 0.021 0.003 0.205 0.165 0.300 0.051 0.003 0.251 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 42 N 0.005 0.001 0.008 0.013 0.058 0.402 0.002 0.510 43 F 0.209 0.004 0.005 0.002 0.007 0.075 0.005 0.693 44 E 0.059 0.030 0.005 0.002 0.006 0.326 0.003 0.568 45 A 0.078 0.063 0.002 0.001 0.003 0.476 0.003 0.373 46 G 0.083 0.600 0.002 0.001 0.002 0.055 0.003 0.254 47 V 0.029 0.804 0.003 0.001 0.004 0.019 0.004 0.136 48 D 0.005 0.925 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.060 49 Q 0.006 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.037 50 V 0.010 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.031 51 V 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 52 D 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 53 Q 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 54 L 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 55 A 0.013 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 56 M 0.105 0.822 0.009 0.003 0.002 0.002 0.030 0.028 57 N 0.364 0.383 0.025 0.005 0.004 0.008 0.104 0.108 58 D 0.140 0.090 0.032 0.006 0.005 0.016 0.043 0.668 59 S 0.050 0.036 0.085 0.013 0.016 0.100 0.016 0.684 60 E 0.039 0.011 0.017 0.007 0.015 0.538 0.010 0.364 61 R 0.129 0.026 0.028 0.009 0.019 0.182 0.010 0.596 62 D 0.042 0.023 0.033 0.015 0.014 0.258 0.010 0.606 63 T 0.187 0.011 0.052 0.020 0.023 0.308 0.024 0.375 64 T 0.231 0.020 0.261 0.082 0.115 0.127 0.013 0.150 65 A 0.012 0.008 0.495 0.198 0.225 0.025 0.003 0.033 66 I 0.006 0.006 0.513 0.127 0.235 0.017 0.002 0.094 67 I 0.002 0.003 0.756 0.074 0.124 0.009 0.001 0.031 68 G 0.004 0.008 0.539 0.104 0.129 0.034 0.003 0.178 69 K 0.006 0.006 0.428 0.044 0.102 0.085 0.003 0.325 70 S 0.012 0.009 0.071 0.015 0.049 0.275 0.004 0.566 71 L 0.045 0.018 0.026 0.005 0.028 0.098 0.007 0.773 72 A 0.032 0.026 0.008 0.003 0.005 0.340 0.006 0.579 73 E 0.082 0.058 0.002 0.001 0.002 0.583 0.009 0.263 74 C 0.094 0.745 0.004 0.001 0.003 0.017 0.003 0.133 75 E 0.004 0.871 0.002 0.001 0.002 0.018 0.001 0.101 76 A 0.009 0.870 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.099 77 L 0.018 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.025 78 T 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 79 K 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 80 A 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 81 L 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 82 K 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 83 A 0.012 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 84 R 0.117 0.773 0.004 0.001 0.001 0.001 0.090 0.014 85 G 0.660 0.076 0.016 0.003 0.001 0.002 0.197 0.045 86 E 0.091 0.042 0.674 0.017 0.012 0.034 0.020 0.111 87 Q 0.007 0.013 0.067 0.018 0.023 0.042 0.004 0.825 88 V 0.026 0.016 0.181 0.033 0.066 0.067 0.004 0.607 89 T 0.027 0.023 0.411 0.128 0.091 0.087 0.006 0.229 90 L 0.020 0.020 0.195 0.063 0.081 0.049 0.004 0.567 91 I 0.028 0.043 0.204 0.175 0.256 0.051 0.005 0.237 92 Q 0.031 0.037 0.071 0.081 0.135 0.122 0.009 0.515 93 T 0.078 0.037 0.044 0.038 0.091 0.091 0.016 0.605 94 E 0.099 0.026 0.028 0.017 0.041 0.141 0.012 0.637 95 N 0.083 0.042 0.014 0.021 0.027 0.230 0.020 0.563 96 Q 0.209 0.070 0.022 0.024 0.036 0.116 0.021 0.503 97 R 0.150 0.108 0.024 0.037 0.055 0.150 0.021 0.453 98 L 0.163 0.077 0.037 0.036 0.083 0.133 0.043 0.429 99 A 0.090 0.073 0.035 0.055 0.074 0.082 0.015 0.575 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 101 G 0.029 0.002 0.016 0.020 0.037 0.068 0.006 0.822 102 V 0.307 0.005 0.179 0.112 0.075 0.039 0.015 0.267 103 I 0.021 0.002 0.413 0.163 0.154 0.027 0.004 0.217 104 V 0.005 0.002 0.228 0.070 0.147 0.018 0.001 0.529 105 V 0.002 0.001 0.585 0.151 0.147 0.016 0.001 0.096 106 P 0.001 0.001 0.008 0.004 0.007 0.005 0.001 0.975 107 S 0.004 0.007 0.337 0.074 0.305 0.060 0.002 0.211 108 F 0.029 0.077 0.065 0.085 0.161 0.122 0.004 0.458 109 L 0.103 0.231 0.054 0.066 0.160 0.066 0.028 0.292 110 A 0.445 0.164 0.037 0.030 0.040 0.091 0.051 0.142 111 K 0.604 0.090 0.030 0.032 0.015 0.015 0.117 0.097 112 G 0.214 0.070 0.152 0.059 0.042 0.031 0.086 0.346 113 L 0.114 0.034 0.251 0.123 0.168 0.072 0.028 0.208 114 E 0.042 0.013 0.132 0.097 0.164 0.098 0.016 0.439 115 F 0.037 0.010 0.191 0.150 0.226 0.096 0.007 0.284 116 D 0.007 0.004 0.216 0.165 0.107 0.069 0.004 0.428 117 A 0.022 0.002 0.251 0.112 0.219 0.087 0.006 0.302 118 V 0.019 0.002 0.503 0.211 0.198 0.021 0.003 0.043 119 I 0.003 0.001 0.634 0.150 0.166 0.013 0.002 0.031 120 V 0.002 0.001 0.542 0.131 0.234 0.009 0.001 0.080 121 W 0.001 0.001 0.762 0.059 0.100 0.010 0.001 0.068 122 N 0.004 0.002 0.239 0.081 0.143 0.153 0.003 0.375 123 A 0.027 0.003 0.265 0.031 0.128 0.079 0.004 0.464 124 N 0.015 0.004 0.039 0.016 0.049 0.413 0.005 0.460 125 Q 0.117 0.009 0.026 0.010 0.024 0.213 0.017 0.585 126 E 0.134 0.046 0.022 0.012 0.015 0.197 0.017 0.557 127 N 0.255 0.037 0.016 0.010 0.017 0.138 0.028 0.500 128 Y 0.189 0.096 0.050 0.025 0.035 0.089 0.015 0.502 129 Q 0.046 0.046 0.018 0.013 0.029 0.179 0.010 0.659 130 R 0.094 0.047 0.016 0.011 0.028 0.184 0.009 0.611 131 E 0.032 0.044 0.005 0.003 0.010 0.068 0.003 0.835 132 D 0.013 0.039 0.002 0.002 0.004 0.129 0.003 0.808 133 E 0.060 0.192 0.004 0.004 0.006 0.179 0.009 0.547 134 R 0.076 0.659 0.005 0.007 0.009 0.041 0.009 0.193 135 Q 0.061 0.623 0.011 0.015 0.020 0.051 0.012 0.206 136 L 0.030 0.755 0.018 0.017 0.018 0.027 0.007 0.129 137 L 0.023 0.827 0.016 0.031 0.031 0.015 0.007 0.051 138 Y 0.029 0.753 0.028 0.048 0.057 0.017 0.005 0.063 139 T 0.016 0.621 0.029 0.052 0.061 0.028 0.005 0.187 140 I 0.008 0.785 0.029 0.067 0.055 0.012 0.004 0.040 141 C 0.005 0.842 0.012 0.030 0.040 0.009 0.003 0.058 142 S 0.009 0.836 0.010 0.029 0.044 0.008 0.005 0.060 143 R 0.015 0.824 0.008 0.017 0.022 0.016 0.007 0.091 144 A 0.043 0.800 0.004 0.010 0.017 0.035 0.015 0.076 145 M 0.091 0.705 0.006 0.010 0.018 0.041 0.029 0.100 146 H 0.063 0.815 0.004 0.011 0.007 0.014 0.020 0.067 147 E 0.137 0.601 0.038 0.018 0.018 0.035 0.053 0.101 148 L 0.149 0.391 0.117 0.118 0.080 0.026 0.055 0.064 149 T 0.017 0.089 0.464 0.204 0.173 0.009 0.011 0.035 150 L 0.006 0.021 0.464 0.164 0.227 0.012 0.005 0.101 151 V 0.003 0.009 0.674 0.135 0.130 0.007 0.003 0.038 152 A 0.004 0.021 0.421 0.185 0.171 0.035 0.005 0.158 153 V 0.008 0.008 0.447 0.065 0.147 0.039 0.005 0.282 154 G 0.016 0.006 0.081 0.027 0.056 0.139 0.008 0.666 155 S 0.102 0.005 0.029 0.011 0.020 0.123 0.014 0.696 156 L 0.050 0.005 0.021 0.004 0.006 0.074 0.010 0.829 157 S 0.076 0.012 0.022 0.013 0.019 0.262 0.009 0.588 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 159 L 0.009 0.036 0.007 0.006 0.023 0.506 0.002 0.411 160 L 0.224 0.265 0.014 0.005 0.018 0.226 0.009 0.240 161 A 0.063 0.794 0.004 0.003 0.005 0.023 0.004 0.104 162 R 0.164 0.656 0.007 0.004 0.005 0.032 0.014 0.118 163 V 0.156 0.707 0.015 0.004 0.006 0.011 0.014 0.085 164 N 0.059 0.677 0.010 0.006 0.016 0.023 0.019 0.189 165 H 0.053 0.546 0.024 0.009 0.017 0.034 0.019 0.297 166 A 0.082 0.580 0.016 0.006 0.008 0.089 0.026 0.193 167 L 0.161 0.613 0.021 0.008 0.009 0.034 0.022 0.132 168 Y 0.088 0.649 0.065 0.022 0.019 0.032 0.017 0.108 169 T 0.066 0.501 0.055 0.036 0.038 0.050 0.018 0.235 170 L 0.072 0.357 0.072 0.030 0.068 0.030 0.014 0.358 171 N 0.067 0.316 0.032 0.042 0.057 0.101 0.024 0.361 172 E 0.162 0.143 0.033 0.020 0.026 0.094 0.038 0.484 173 A 0.174 0.182 0.040 0.022 0.035 0.081 0.019 0.447 174 K 0.058 0.105 0.026 0.024 0.035 0.109 0.017 0.625