# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3116 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.430 0.108 0.113 0.219 0.040 0.024 0.033 0.011 0.011 0.010 0.001 2 N 0.058 0.063 0.071 0.402 0.033 0.058 0.256 0.022 0.030 0.006 0.001 3 A 0.387 0.216 0.170 0.124 0.043 0.019 0.021 0.007 0.009 0.005 0.001 4 S 0.267 0.157 0.188 0.219 0.043 0.052 0.044 0.005 0.019 0.004 0.002 5 Y 0.192 0.270 0.223 0.154 0.050 0.047 0.025 0.004 0.031 0.004 0.001 6 R 0.240 0.311 0.218 0.106 0.057 0.034 0.015 0.001 0.017 0.002 0.001 7 S 0.176 0.187 0.359 0.096 0.075 0.066 0.009 0.002 0.021 0.008 0.001 8 T 0.832 0.021 0.083 0.029 0.013 0.012 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 9 Q 0.981 0.002 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.985 0.003 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 I 0.989 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 T 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.983 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.975 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.984 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.985 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.973 0.003 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 I 0.950 0.011 0.019 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.894 0.021 0.021 0.026 0.002 0.026 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 20 V 0.685 0.040 0.016 0.236 0.006 0.008 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 21 N 0.119 0.013 0.031 0.634 0.009 0.013 0.159 0.010 0.009 0.001 0.001 22 G 0.090 0.014 0.054 0.083 0.037 0.011 0.275 0.369 0.007 0.059 0.001 23 E 0.252 0.114 0.476 0.086 0.017 0.019 0.015 0.002 0.014 0.003 0.001 24 A 0.190 0.098 0.499 0.090 0.021 0.052 0.017 0.004 0.021 0.003 0.005 25 V 0.186 0.255 0.351 0.093 0.046 0.033 0.009 0.002 0.021 0.002 0.001 26 T 0.147 0.352 0.323 0.055 0.057 0.035 0.005 0.001 0.022 0.002 0.001 27 A 0.237 0.245 0.311 0.060 0.069 0.041 0.007 0.002 0.021 0.004 0.002 28 F 0.253 0.322 0.171 0.099 0.074 0.039 0.013 0.003 0.021 0.006 0.001 29 D 0.185 0.169 0.293 0.129 0.059 0.053 0.043 0.008 0.048 0.011 0.001 30 R 0.435 0.105 0.194 0.132 0.032 0.030 0.037 0.012 0.013 0.009 0.001 31 Q 0.202 0.070 0.184 0.407 0.022 0.016 0.066 0.008 0.015 0.007 0.002 32 G 0.037 0.010 0.036 0.019 0.068 0.004 0.094 0.460 0.004 0.269 0.001 33 D 0.083 0.151 0.421 0.142 0.047 0.062 0.050 0.006 0.027 0.006 0.005 34 L 0.020 0.203 0.661 0.008 0.020 0.015 0.005 0.001 0.063 0.002 0.003 35 P 0.119 0.016 0.786 0.012 0.004 0.018 0.003 0.001 0.004 0.001 0.035 36 N 0.065 0.519 0.237 0.044 0.069 0.028 0.009 0.004 0.023 0.001 0.001 37 V 0.021 0.697 0.207 0.014 0.026 0.018 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 38 V 0.022 0.764 0.133 0.009 0.045 0.016 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 39 V 0.030 0.536 0.223 0.028 0.056 0.089 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 40 T 0.012 0.331 0.365 0.004 0.079 0.033 0.003 0.001 0.169 0.003 0.001 41 P 0.462 0.010 0.429 0.029 0.004 0.019 0.003 0.001 0.003 0.001 0.037 42 N 0.132 0.116 0.218 0.273 0.055 0.062 0.062 0.017 0.058 0.007 0.001 43 F 0.693 0.029 0.132 0.081 0.011 0.034 0.008 0.003 0.004 0.002 0.003 44 E 0.899 0.012 0.018 0.061 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.798 0.010 0.031 0.134 0.009 0.005 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 46 G 0.788 0.006 0.028 0.071 0.012 0.018 0.050 0.021 0.002 0.005 0.001 47 V 0.974 0.008 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 D 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Q 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.977 0.003 0.007 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 55 A 0.944 0.002 0.007 0.035 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 56 M 0.704 0.015 0.011 0.250 0.003 0.006 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 57 N 0.360 0.013 0.027 0.508 0.005 0.009 0.063 0.007 0.006 0.001 0.001 58 D 0.062 0.014 0.032 0.265 0.012 0.016 0.532 0.050 0.012 0.006 0.001 59 S 0.206 0.154 0.359 0.174 0.024 0.028 0.029 0.008 0.014 0.006 0.001 60 E 0.199 0.130 0.434 0.102 0.034 0.057 0.011 0.002 0.021 0.007 0.002 61 R 0.447 0.079 0.263 0.112 0.036 0.021 0.012 0.003 0.013 0.010 0.005 62 D 0.270 0.079 0.153 0.279 0.047 0.029 0.097 0.021 0.014 0.009 0.002 63 T 0.134 0.358 0.184 0.178 0.056 0.029 0.031 0.007 0.019 0.002 0.001 64 T 0.082 0.648 0.157 0.037 0.050 0.011 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 65 A 0.018 0.754 0.118 0.008 0.064 0.016 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 66 I 0.013 0.787 0.129 0.004 0.024 0.030 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 67 I 0.022 0.629 0.182 0.022 0.028 0.075 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 68 G 0.059 0.316 0.224 0.021 0.270 0.039 0.011 0.004 0.029 0.027 0.001 69 K 0.282 0.221 0.249 0.076 0.080 0.065 0.006 0.001 0.015 0.002 0.001 70 S 0.213 0.182 0.303 0.082 0.104 0.057 0.017 0.002 0.028 0.012 0.001 71 L 0.931 0.006 0.027 0.025 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.950 0.005 0.013 0.021 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 E 0.919 0.006 0.010 0.051 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 C 0.991 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 K 0.990 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.953 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.171 0.003 0.016 0.784 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 85 G 0.005 0.001 0.002 0.008 0.008 0.001 0.235 0.689 0.001 0.052 0.001 86 E 0.049 0.100 0.789 0.027 0.012 0.007 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 87 Q 0.175 0.049 0.629 0.048 0.007 0.063 0.006 0.002 0.010 0.001 0.009 88 V 0.097 0.639 0.146 0.032 0.063 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 89 T 0.088 0.565 0.189 0.017 0.084 0.036 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 90 L 0.142 0.291 0.382 0.032 0.026 0.083 0.004 0.001 0.036 0.001 0.002 91 I 0.222 0.374 0.214 0.083 0.037 0.032 0.005 0.001 0.032 0.001 0.001 92 Q 0.170 0.152 0.199 0.151 0.125 0.062 0.067 0.024 0.033 0.017 0.001 93 T 0.238 0.188 0.214 0.104 0.108 0.043 0.044 0.018 0.023 0.019 0.001 94 E 0.579 0.084 0.128 0.129 0.023 0.024 0.014 0.004 0.009 0.004 0.002 95 N 0.285 0.076 0.111 0.288 0.037 0.043 0.114 0.018 0.019 0.007 0.001 96 Q 0.391 0.151 0.131 0.183 0.034 0.023 0.053 0.011 0.018 0.003 0.001 97 R 0.285 0.214 0.309 0.095 0.022 0.033 0.014 0.002 0.023 0.001 0.002 98 L 0.245 0.157 0.314 0.163 0.024 0.054 0.014 0.002 0.022 0.003 0.002 99 A 0.036 0.238 0.460 0.006 0.056 0.015 0.005 0.001 0.177 0.006 0.001 100 P 0.289 0.003 0.608 0.031 0.002 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.053 101 G 0.058 0.073 0.085 0.062 0.105 0.014 0.143 0.427 0.016 0.016 0.001 102 V 0.014 0.746 0.188 0.009 0.029 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 103 I 0.022 0.593 0.271 0.007 0.016 0.074 0.002 0.001 0.014 0.001 0.002 104 V 0.043 0.628 0.193 0.018 0.035 0.063 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 105 V 0.036 0.520 0.185 0.006 0.097 0.031 0.001 0.001 0.122 0.001 0.001 106 P 0.195 0.029 0.655 0.014 0.012 0.063 0.005 0.001 0.014 0.001 0.012 107 S 0.707 0.075 0.090 0.058 0.029 0.023 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 108 F 0.688 0.081 0.099 0.073 0.024 0.022 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 109 L 0.724 0.054 0.058 0.103 0.019 0.018 0.013 0.002 0.006 0.002 0.001 110 A 0.524 0.079 0.108 0.218 0.020 0.017 0.017 0.002 0.013 0.002 0.001 111 K 0.225 0.045 0.132 0.478 0.023 0.010 0.073 0.003 0.009 0.002 0.001 112 G 0.012 0.002 0.012 0.006 0.030 0.002 0.092 0.653 0.001 0.190 0.001 113 L 0.128 0.220 0.477 0.084 0.035 0.025 0.014 0.002 0.012 0.002 0.001 114 E 0.079 0.425 0.266 0.079 0.060 0.051 0.019 0.003 0.015 0.002 0.002 115 F 0.027 0.496 0.367 0.018 0.051 0.014 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 116 D 0.125 0.129 0.553 0.074 0.033 0.042 0.013 0.002 0.016 0.001 0.010 117 A 0.019 0.749 0.087 0.022 0.088 0.009 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 118 V 0.005 0.862 0.087 0.002 0.031 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 119 I 0.008 0.642 0.264 0.003 0.015 0.048 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 120 V 0.013 0.530 0.310 0.007 0.029 0.052 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 121 W 0.084 0.412 0.293 0.046 0.061 0.064 0.005 0.001 0.033 0.002 0.001 122 N 0.053 0.194 0.285 0.097 0.096 0.118 0.058 0.009 0.081 0.009 0.001 123 A 0.638 0.070 0.123 0.101 0.026 0.017 0.008 0.004 0.006 0.005 0.002 124 N 0.283 0.059 0.072 0.463 0.029 0.023 0.048 0.006 0.011 0.006 0.001 125 Q 0.397 0.098 0.097 0.260 0.039 0.023 0.047 0.016 0.015 0.009 0.001 126 E 0.460 0.082 0.123 0.195 0.030 0.017 0.065 0.010 0.009 0.007 0.001 127 N 0.171 0.115 0.148 0.333 0.042 0.043 0.088 0.024 0.027 0.007 0.001 128 Y 0.089 0.302 0.377 0.071 0.030 0.033 0.036 0.002 0.055 0.002 0.001 129 Q 0.223 0.059 0.514 0.083 0.017 0.065 0.013 0.005 0.014 0.004 0.004 130 R 0.289 0.143 0.348 0.073 0.057 0.033 0.010 0.002 0.030 0.013 0.001 131 E 0.849 0.010 0.079 0.035 0.005 0.009 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 132 D 0.770 0.020 0.037 0.095 0.016 0.015 0.027 0.011 0.004 0.003 0.001 133 E 0.782 0.043 0.037 0.100 0.009 0.013 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 134 R 0.833 0.059 0.058 0.028 0.005 0.010 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 135 Q 0.861 0.028 0.024 0.041 0.011 0.026 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 136 L 0.855 0.035 0.030 0.060 0.005 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 137 L 0.853 0.062 0.037 0.025 0.007 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 138 Y 0.832 0.072 0.030 0.017 0.016 0.023 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 139 T 0.735 0.150 0.037 0.034 0.014 0.020 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 140 I 0.653 0.132 0.060 0.048 0.023 0.066 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 141 C 0.584 0.113 0.064 0.093 0.013 0.094 0.009 0.001 0.030 0.001 0.001 142 S 0.587 0.091 0.090 0.148 0.037 0.019 0.015 0.001 0.011 0.001 0.001 143 R 0.783 0.025 0.044 0.070 0.038 0.015 0.017 0.003 0.004 0.001 0.001 144 A 0.807 0.037 0.040 0.065 0.011 0.022 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 145 M 0.772 0.042 0.042 0.119 0.007 0.010 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 146 H 0.562 0.110 0.052 0.173 0.044 0.017 0.029 0.003 0.008 0.001 0.001 147 E 0.137 0.294 0.130 0.254 0.061 0.022 0.080 0.003 0.018 0.001 0.001 148 L 0.018 0.685 0.204 0.029 0.033 0.011 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 149 T 0.006 0.881 0.065 0.002 0.027 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 150 L 0.011 0.715 0.178 0.007 0.019 0.054 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 151 V 0.021 0.788 0.078 0.012 0.065 0.019 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 152 A 0.050 0.442 0.160 0.024 0.188 0.065 0.016 0.005 0.039 0.010 0.001 153 V 0.118 0.242 0.360 0.111 0.061 0.049 0.026 0.001 0.026 0.003 0.002 154 G 0.066 0.019 0.057 0.033 0.093 0.013 0.084 0.320 0.008 0.307 0.001 155 S 0.124 0.117 0.422 0.104 0.081 0.065 0.033 0.004 0.040 0.009 0.002 156 L 0.264 0.062 0.361 0.161 0.018 0.086 0.015 0.003 0.015 0.005 0.010 157 S 0.273 0.104 0.460 0.020 0.041 0.018 0.005 0.001 0.072 0.006 0.001 158 P 0.928 0.001 0.054 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 159 L 0.921 0.011 0.017 0.043 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 L 0.947 0.012 0.016 0.015 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 161 A 0.958 0.004 0.014 0.016 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 162 R 0.820 0.012 0.016 0.116 0.005 0.011 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 163 V 0.584 0.069 0.161 0.104 0.005 0.025 0.006 0.001 0.046 0.001 0.001 164 N 0.696 0.017 0.120 0.067 0.007 0.038 0.037 0.002 0.014 0.001 0.001 165 H 0.860 0.011 0.044 0.063 0.005 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 166 A 0.838 0.018 0.031 0.088 0.006 0.010 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 167 L 0.669 0.066 0.095 0.125 0.012 0.013 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 168 Y 0.561 0.131 0.140 0.086 0.029 0.023 0.016 0.002 0.011 0.001 0.001 169 T 0.325 0.289 0.175 0.101 0.042 0.040 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 170 L 0.329 0.211 0.242 0.119 0.026 0.037 0.010 0.001 0.024 0.001 0.001 171 N 0.294 0.122 0.194 0.173 0.050 0.047 0.074 0.013 0.025 0.007 0.001 172 E 0.216 0.161 0.235 0.137 0.063 0.057 0.069 0.017 0.034 0.009 0.001 173 A 0.273 0.145 0.384 0.100 0.025 0.032 0.014 0.003 0.019 0.004 0.002 174 K 0.300 0.127 0.292 0.129 0.047 0.038 0.029 0.008 0.019 0.008 0.002