# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3116 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.048 0.183 0.108 0.107 0.098 0.099 0.091 0.108 0.058 0.074 0.027 2 N 0.154 0.104 0.115 0.068 0.185 0.024 0.020 0.059 0.041 0.128 0.102 3 A 0.049 0.104 0.051 0.017 0.098 0.028 0.050 0.254 0.228 0.090 0.031 4 S 0.095 0.193 0.058 0.016 0.208 0.018 0.040 0.153 0.085 0.090 0.045 5 Y 0.182 0.121 0.024 0.010 0.233 0.016 0.025 0.119 0.069 0.096 0.104 6 R 0.074 0.156 0.067 0.020 0.170 0.043 0.087 0.202 0.061 0.080 0.039 7 S 0.070 0.307 0.152 0.020 0.106 0.016 0.017 0.116 0.042 0.110 0.044 8 T 0.041 0.133 0.058 0.008 0.101 0.006 0.006 0.473 0.128 0.034 0.012 9 Q 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.821 0.150 0.006 0.001 10 Q 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.905 0.055 0.017 0.002 11 I 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.926 0.048 0.010 0.003 12 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.910 0.082 0.002 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.946 0.040 0.003 0.001 14 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.934 0.037 0.011 0.001 15 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.894 0.089 0.007 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.912 0.078 0.004 0.001 17 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.925 0.053 0.007 0.001 18 I 0.009 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.024 0.866 0.068 0.011 0.004 19 L 0.010 0.006 0.003 0.001 0.012 0.003 0.016 0.736 0.179 0.026 0.008 20 V 0.012 0.035 0.019 0.007 0.023 0.024 0.188 0.558 0.105 0.022 0.007 21 N 0.026 0.107 0.096 0.054 0.043 0.051 0.223 0.155 0.061 0.151 0.032 22 G 0.083 0.091 0.082 0.054 0.105 0.021 0.026 0.069 0.053 0.292 0.124 23 E 0.069 0.155 0.066 0.021 0.132 0.023 0.043 0.146 0.114 0.165 0.065 24 A 0.115 0.207 0.085 0.020 0.194 0.019 0.035 0.111 0.070 0.080 0.064 25 V 0.140 0.190 0.059 0.019 0.244 0.020 0.031 0.115 0.071 0.060 0.054 26 T 0.111 0.188 0.069 0.017 0.263 0.021 0.031 0.129 0.066 0.058 0.047 27 A 0.141 0.147 0.065 0.014 0.222 0.016 0.024 0.155 0.093 0.068 0.054 28 F 0.068 0.163 0.050 0.021 0.173 0.042 0.063 0.208 0.102 0.080 0.028 29 D 0.084 0.201 0.159 0.022 0.132 0.016 0.040 0.173 0.072 0.067 0.034 30 R 0.041 0.033 0.039 0.023 0.043 0.034 0.087 0.366 0.178 0.103 0.053 31 Q 0.013 0.392 0.160 0.129 0.043 0.058 0.091 0.045 0.031 0.032 0.007 32 G 0.028 0.029 0.055 0.265 0.021 0.041 0.017 0.023 0.031 0.344 0.145 33 D 0.047 0.303 0.268 0.037 0.168 0.009 0.012 0.018 0.023 0.084 0.033 34 L 0.186 0.297 0.100 0.012 0.287 0.013 0.017 0.022 0.019 0.014 0.033 35 P 0.138 0.270 0.078 0.031 0.247 0.039 0.043 0.037 0.040 0.022 0.056 36 N 0.176 0.189 0.036 0.007 0.476 0.008 0.026 0.018 0.018 0.017 0.030 37 V 0.277 0.092 0.009 0.002 0.557 0.003 0.004 0.009 0.007 0.007 0.032 38 V 0.217 0.154 0.017 0.003 0.525 0.006 0.009 0.012 0.006 0.011 0.039 39 V 0.213 0.155 0.053 0.017 0.342 0.020 0.020 0.020 0.011 0.047 0.103 40 T 0.132 0.291 0.187 0.021 0.301 0.007 0.005 0.013 0.007 0.013 0.022 41 P 0.032 0.168 0.050 0.031 0.073 0.069 0.106 0.232 0.163 0.057 0.019 42 N 0.085 0.152 0.128 0.031 0.174 0.019 0.039 0.153 0.063 0.116 0.039 43 F 0.027 0.069 0.017 0.006 0.039 0.007 0.019 0.536 0.175 0.081 0.026 44 E 0.013 0.023 0.014 0.007 0.023 0.009 0.014 0.680 0.140 0.063 0.014 45 A 0.003 0.023 0.013 0.003 0.007 0.006 0.015 0.845 0.068 0.013 0.003 46 G 0.007 0.012 0.006 0.002 0.006 0.002 0.005 0.823 0.050 0.078 0.011 47 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.916 0.072 0.003 0.001 48 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.042 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.981 0.014 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.019 0.002 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.056 0.001 0.001 52 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.030 0.001 0.001 53 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.962 0.027 0.002 0.001 54 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.863 0.102 0.012 0.002 55 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 0.789 0.163 0.014 0.003 56 M 0.009 0.015 0.009 0.003 0.012 0.010 0.143 0.540 0.141 0.101 0.016 57 N 0.025 0.404 0.198 0.015 0.089 0.019 0.083 0.063 0.036 0.051 0.016 58 D 0.068 0.041 0.024 0.016 0.053 0.016 0.027 0.049 0.049 0.469 0.188 59 S 0.077 0.268 0.136 0.024 0.168 0.016 0.035 0.085 0.080 0.081 0.030 60 E 0.128 0.198 0.187 0.041 0.147 0.040 0.042 0.062 0.040 0.061 0.054 61 R 0.074 0.110 0.096 0.066 0.126 0.044 0.084 0.125 0.172 0.072 0.031 62 D 0.043 0.061 0.055 0.078 0.048 0.088 0.108 0.176 0.151 0.152 0.040 63 T 0.095 0.123 0.032 0.015 0.179 0.019 0.069 0.062 0.050 0.279 0.077 64 T 0.244 0.079 0.005 0.001 0.608 0.003 0.011 0.015 0.011 0.008 0.015 65 A 0.141 0.064 0.003 0.001 0.763 0.003 0.008 0.007 0.003 0.002 0.005 66 I 0.319 0.039 0.002 0.001 0.613 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.018 67 I 0.285 0.117 0.015 0.008 0.400 0.008 0.007 0.008 0.004 0.025 0.124 68 G 0.162 0.255 0.105 0.016 0.346 0.007 0.007 0.013 0.006 0.021 0.062 69 K 0.065 0.175 0.063 0.026 0.122 0.027 0.055 0.200 0.141 0.080 0.048 70 S 0.045 0.216 0.066 0.021 0.089 0.022 0.057 0.222 0.105 0.130 0.028 71 L 0.032 0.045 0.018 0.007 0.055 0.010 0.012 0.463 0.220 0.109 0.029 72 A 0.002 0.010 0.005 0.001 0.005 0.004 0.016 0.844 0.099 0.010 0.003 73 E 0.005 0.017 0.006 0.001 0.005 0.001 0.005 0.812 0.065 0.077 0.006 74 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.924 0.068 0.003 0.001 75 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.043 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.027 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.010 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.041 0.002 0.001 82 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.870 0.121 0.003 0.001 83 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.113 0.746 0.076 0.046 0.007 84 R 0.003 0.763 0.145 0.003 0.022 0.004 0.044 0.008 0.002 0.004 0.001 85 G 0.020 0.002 0.004 0.013 0.004 0.007 0.003 0.005 0.005 0.392 0.545 86 E 0.025 0.571 0.197 0.011 0.141 0.003 0.005 0.013 0.010 0.014 0.009 87 Q 0.196 0.215 0.043 0.010 0.296 0.021 0.025 0.047 0.031 0.023 0.091 88 V 0.203 0.186 0.041 0.010 0.426 0.009 0.014 0.037 0.030 0.012 0.031 89 T 0.130 0.159 0.024 0.003 0.573 0.008 0.017 0.043 0.016 0.009 0.018 90 L 0.330 0.096 0.024 0.007 0.368 0.009 0.013 0.041 0.019 0.023 0.070 91 I 0.110 0.204 0.089 0.051 0.249 0.053 0.057 0.062 0.031 0.051 0.044 92 Q 0.077 0.171 0.157 0.101 0.120 0.046 0.048 0.073 0.043 0.117 0.047 93 T 0.088 0.184 0.140 0.042 0.189 0.019 0.026 0.104 0.070 0.093 0.045 94 E 0.057 0.150 0.053 0.021 0.112 0.034 0.057 0.226 0.171 0.082 0.037 95 N 0.080 0.127 0.066 0.024 0.129 0.025 0.049 0.155 0.153 0.136 0.056 96 Q 0.095 0.150 0.053 0.020 0.179 0.025 0.041 0.141 0.120 0.120 0.057 97 R 0.166 0.167 0.073 0.022 0.202 0.025 0.056 0.111 0.069 0.067 0.042 98 L 0.117 0.109 0.084 0.037 0.116 0.048 0.069 0.064 0.060 0.207 0.088 99 A 0.083 0.254 0.336 0.063 0.181 0.020 0.017 0.008 0.008 0.016 0.014 100 P 0.039 0.062 0.044 0.118 0.055 0.149 0.168 0.112 0.161 0.061 0.031 101 G 0.079 0.089 0.026 0.036 0.106 0.025 0.096 0.031 0.046 0.376 0.089 102 V 0.208 0.091 0.005 0.001 0.679 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.008 103 I 0.123 0.062 0.002 0.001 0.792 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 104 V 0.548 0.037 0.003 0.001 0.271 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.126 105 V 0.142 0.215 0.079 0.023 0.414 0.027 0.013 0.023 0.006 0.017 0.041 106 P 0.226 0.180 0.022 0.004 0.508 0.001 0.002 0.016 0.006 0.007 0.027 107 S 0.178 0.095 0.013 0.009 0.205 0.014 0.014 0.190 0.133 0.042 0.109 108 F 0.073 0.105 0.041 0.016 0.173 0.043 0.166 0.283 0.067 0.020 0.014 109 L 0.089 0.061 0.035 0.013 0.082 0.017 0.063 0.365 0.158 0.083 0.034 110 A 0.086 0.094 0.059 0.066 0.107 0.068 0.089 0.213 0.092 0.078 0.047 111 K 0.022 0.203 0.118 0.165 0.044 0.114 0.158 0.062 0.046 0.055 0.015 112 G 0.119 0.037 0.031 0.078 0.068 0.020 0.018 0.030 0.047 0.327 0.226 113 L 0.076 0.315 0.161 0.012 0.276 0.013 0.014 0.033 0.042 0.034 0.024 114 E 0.344 0.113 0.042 0.011 0.273 0.025 0.050 0.021 0.017 0.038 0.066 115 F 0.304 0.170 0.047 0.030 0.287 0.026 0.015 0.005 0.010 0.023 0.083 116 D 0.065 0.065 0.024 0.092 0.080 0.238 0.311 0.019 0.020 0.056 0.031 117 A 0.268 0.061 0.009 0.003 0.634 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.015 118 V 0.110 0.065 0.002 0.001 0.817 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 119 I 0.305 0.037 0.002 0.001 0.613 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 120 V 0.431 0.076 0.015 0.009 0.285 0.007 0.004 0.002 0.001 0.011 0.159 121 W 0.079 0.249 0.104 0.101 0.200 0.104 0.056 0.018 0.009 0.035 0.045 122 N 0.163 0.161 0.208 0.072 0.258 0.013 0.008 0.012 0.011 0.051 0.043 123 A 0.045 0.089 0.051 0.031 0.092 0.039 0.058 0.261 0.249 0.056 0.028 124 N 0.058 0.138 0.116 0.051 0.089 0.050 0.075 0.144 0.103 0.138 0.040 125 Q 0.055 0.096 0.056 0.036 0.103 0.028 0.039 0.192 0.168 0.170 0.058 126 E 0.036 0.104 0.065 0.033 0.070 0.026 0.051 0.276 0.195 0.112 0.032 127 N 0.063 0.089 0.050 0.023 0.087 0.019 0.044 0.146 0.143 0.271 0.065 128 Y 0.074 0.287 0.137 0.020 0.182 0.013 0.027 0.101 0.061 0.067 0.029 129 Q 0.050 0.232 0.130 0.025 0.097 0.028 0.053 0.160 0.090 0.096 0.038 130 R 0.058 0.267 0.152 0.015 0.153 0.009 0.021 0.166 0.075 0.060 0.024 131 E 0.014 0.039 0.015 0.006 0.024 0.012 0.027 0.579 0.236 0.041 0.010 132 D 0.009 0.023 0.014 0.004 0.016 0.006 0.020 0.698 0.136 0.064 0.009 133 E 0.016 0.017 0.005 0.001 0.019 0.002 0.007 0.788 0.090 0.044 0.010 134 R 0.008 0.009 0.003 0.001 0.012 0.002 0.006 0.877 0.066 0.012 0.004 135 Q 0.004 0.006 0.002 0.001 0.008 0.002 0.008 0.920 0.043 0.005 0.001 136 L 0.008 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.005 0.927 0.034 0.004 0.002 137 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.948 0.029 0.002 0.001 138 Y 0.007 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.940 0.032 0.002 0.002 139 T 0.007 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 0.926 0.032 0.003 0.003 140 I 0.012 0.008 0.002 0.001 0.014 0.001 0.014 0.897 0.041 0.007 0.005 141 C 0.008 0.005 0.001 0.001 0.009 0.002 0.009 0.857 0.095 0.009 0.005 142 S 0.006 0.007 0.002 0.001 0.009 0.004 0.020 0.840 0.099 0.007 0.003 143 R 0.011 0.008 0.003 0.002 0.011 0.006 0.046 0.758 0.130 0.021 0.004 144 A 0.031 0.016 0.007 0.003 0.031 0.007 0.047 0.608 0.165 0.069 0.016 145 M 0.102 0.042 0.012 0.005 0.084 0.014 0.057 0.406 0.163 0.076 0.038 146 H 0.079 0.076 0.024 0.009 0.123 0.040 0.199 0.253 0.082 0.077 0.039 147 E 0.238 0.089 0.010 0.006 0.332 0.016 0.125 0.068 0.032 0.045 0.039 148 L 0.274 0.049 0.003 0.001 0.638 0.003 0.006 0.006 0.003 0.004 0.015 149 T 0.193 0.055 0.003 0.001 0.718 0.003 0.007 0.003 0.001 0.002 0.014 150 L 0.401 0.035 0.002 0.001 0.519 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 151 V 0.221 0.143 0.037 0.017 0.402 0.022 0.019 0.008 0.005 0.023 0.103 152 A 0.253 0.120 0.059 0.033 0.295 0.017 0.022 0.021 0.019 0.043 0.118 153 V 0.060 0.171 0.079 0.102 0.120 0.053 0.058 0.079 0.142 0.097 0.039 154 G 0.028 0.070 0.079 0.124 0.039 0.089 0.085 0.079 0.124 0.243 0.040 155 S 0.070 0.264 0.156 0.019 0.212 0.008 0.018 0.071 0.056 0.097 0.028 156 L 0.047 0.178 0.056 0.011 0.082 0.017 0.025 0.139 0.221 0.191 0.032 157 S 0.050 0.319 0.229 0.005 0.197 0.004 0.006 0.122 0.052 0.009 0.008 158 P 0.004 0.016 0.004 0.001 0.007 0.005 0.031 0.678 0.241 0.011 0.003 159 L 0.014 0.023 0.007 0.002 0.014 0.003 0.036 0.662 0.126 0.103 0.010 160 L 0.018 0.010 0.002 0.002 0.022 0.002 0.004 0.601 0.266 0.058 0.014 161 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.005 0.019 0.785 0.168 0.010 0.001 162 R 0.005 0.008 0.004 0.001 0.009 0.002 0.031 0.728 0.123 0.086 0.004 163 V 0.042 0.065 0.021 0.007 0.065 0.006 0.034 0.462 0.150 0.126 0.022 164 N 0.032 0.077 0.038 0.006 0.065 0.009 0.016 0.548 0.144 0.048 0.018 165 H 0.006 0.024 0.007 0.002 0.014 0.006 0.046 0.634 0.225 0.033 0.004 166 A 0.019 0.039 0.020 0.005 0.036 0.009 0.068 0.550 0.150 0.092 0.014 167 L 0.065 0.051 0.013 0.006 0.083 0.007 0.023 0.408 0.163 0.127 0.054 168 Y 0.049 0.111 0.038 0.008 0.104 0.019 0.050 0.382 0.133 0.077 0.028 169 T 0.095 0.131 0.049 0.008 0.169 0.013 0.049 0.263 0.087 0.092 0.043 170 L 0.096 0.137 0.047 0.019 0.158 0.025 0.052 0.204 0.120 0.089 0.052 171 N 0.046 0.135 0.092 0.056 0.099 0.067 0.105 0.182 0.090 0.096 0.031 172 E 0.098 0.119 0.077 0.031 0.144 0.016 0.035 0.121 0.072 0.215 0.071 173 A 0.092 0.241 0.102 0.023 0.205 0.018 0.025 0.105 0.072 0.075 0.043 174 K 0.080 0.214 0.120 0.031 0.165 0.039 0.054 0.134 0.072 0.054 0.036