# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3116 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.732 0.190 0.046 0.021 0.009 0.002 0.001 2 N 0.720 0.200 0.052 0.020 0.006 0.001 0.001 3 A 0.508 0.225 0.161 0.079 0.021 0.005 0.001 4 S 0.381 0.315 0.188 0.083 0.025 0.007 0.001 5 Y 0.092 0.126 0.194 0.245 0.244 0.092 0.007 6 R 0.078 0.130 0.204 0.262 0.221 0.095 0.010 7 S 0.074 0.115 0.155 0.194 0.239 0.189 0.034 8 T 0.104 0.207 0.239 0.222 0.145 0.069 0.013 9 Q 0.199 0.288 0.249 0.169 0.070 0.022 0.003 10 Q 0.049 0.149 0.294 0.289 0.159 0.052 0.008 11 I 0.007 0.010 0.018 0.055 0.206 0.526 0.179 12 T 0.006 0.025 0.072 0.203 0.313 0.316 0.065 13 D 0.045 0.189 0.336 0.272 0.103 0.046 0.009 14 F 0.003 0.014 0.047 0.107 0.332 0.370 0.126 15 T 0.001 0.005 0.009 0.023 0.122 0.507 0.333 16 K 0.009 0.068 0.229 0.350 0.217 0.108 0.019 17 E 0.024 0.152 0.298 0.320 0.137 0.061 0.008 18 I 0.004 0.011 0.030 0.107 0.374 0.433 0.041 19 L 0.012 0.034 0.070 0.200 0.352 0.299 0.034 20 V 0.081 0.257 0.336 0.216 0.082 0.026 0.002 21 N 0.202 0.317 0.257 0.164 0.046 0.012 0.001 22 G 0.217 0.192 0.207 0.222 0.121 0.037 0.003 23 E 0.406 0.285 0.153 0.095 0.045 0.014 0.001 24 A 0.333 0.316 0.173 0.110 0.049 0.018 0.002 25 V 0.173 0.166 0.182 0.220 0.185 0.067 0.006 26 T 0.205 0.268 0.224 0.167 0.097 0.036 0.003 27 A 0.180 0.204 0.215 0.198 0.139 0.059 0.005 28 F 0.179 0.201 0.242 0.210 0.124 0.042 0.003 29 D 0.358 0.263 0.197 0.120 0.048 0.014 0.001 30 R 0.519 0.240 0.130 0.073 0.029 0.008 0.001 31 Q 0.591 0.239 0.097 0.050 0.018 0.005 0.001 32 G 0.545 0.264 0.109 0.056 0.020 0.006 0.001 33 D 0.412 0.310 0.150 0.085 0.033 0.010 0.001 34 L 0.123 0.227 0.246 0.230 0.119 0.049 0.006 35 P 0.066 0.093 0.148 0.243 0.266 0.164 0.020 36 N 0.068 0.180 0.228 0.251 0.170 0.093 0.011 37 V 0.041 0.069 0.106 0.190 0.290 0.263 0.042 38 V 0.044 0.096 0.152 0.218 0.258 0.203 0.031 39 V 0.073 0.166 0.225 0.259 0.182 0.086 0.010 40 T 0.087 0.148 0.236 0.242 0.199 0.082 0.007 41 P 0.307 0.311 0.207 0.121 0.044 0.009 0.001 42 N 0.517 0.310 0.104 0.045 0.018 0.005 0.001 43 F 0.238 0.220 0.243 0.201 0.079 0.019 0.001 44 E 0.431 0.338 0.145 0.061 0.021 0.004 0.001 45 A 0.415 0.415 0.115 0.043 0.010 0.002 0.001 46 G 0.062 0.173 0.287 0.286 0.152 0.036 0.002 47 V 0.013 0.040 0.097 0.217 0.395 0.227 0.011 48 D 0.052 0.264 0.338 0.240 0.085 0.021 0.001 49 Q 0.029 0.145 0.331 0.319 0.145 0.029 0.002 50 V 0.001 0.005 0.011 0.034 0.224 0.614 0.112 51 V 0.003 0.030 0.117 0.382 0.324 0.135 0.009 52 D 0.070 0.382 0.281 0.170 0.070 0.025 0.001 53 Q 0.008 0.058 0.232 0.416 0.240 0.044 0.001 54 L 0.007 0.017 0.043 0.105 0.416 0.394 0.017 55 A 0.082 0.317 0.351 0.185 0.057 0.009 0.001 56 M 0.297 0.353 0.224 0.101 0.021 0.004 0.001 57 N 0.224 0.247 0.268 0.193 0.060 0.008 0.001 58 D 0.582 0.299 0.080 0.028 0.010 0.001 0.001 59 S 0.348 0.318 0.191 0.101 0.038 0.004 0.001 60 E 0.437 0.388 0.118 0.042 0.015 0.002 0.001 61 R 0.103 0.230 0.311 0.242 0.094 0.019 0.001 62 D 0.121 0.280 0.280 0.187 0.102 0.028 0.002 63 T 0.007 0.044 0.157 0.344 0.293 0.143 0.012 64 T 0.001 0.002 0.009 0.034 0.192 0.598 0.163 65 A 0.001 0.001 0.002 0.007 0.050 0.442 0.498 66 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.210 0.760 67 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.180 0.788 68 G 0.001 0.001 0.004 0.012 0.064 0.351 0.567 69 K 0.004 0.022 0.068 0.137 0.278 0.332 0.159 70 S 0.014 0.081 0.123 0.192 0.271 0.272 0.047 71 L 0.023 0.090 0.199 0.261 0.283 0.134 0.011 72 A 0.085 0.222 0.267 0.226 0.145 0.051 0.004 73 E 0.063 0.179 0.234 0.253 0.183 0.080 0.007 74 C 0.018 0.047 0.110 0.255 0.355 0.204 0.011 75 E 0.167 0.428 0.253 0.107 0.036 0.008 0.001 76 A 0.048 0.205 0.343 0.287 0.102 0.015 0.001 77 L 0.004 0.013 0.023 0.068 0.363 0.482 0.047 78 T 0.010 0.093 0.265 0.466 0.139 0.027 0.001 79 K 0.186 0.537 0.183 0.072 0.018 0.004 0.001 80 A 0.009 0.065 0.284 0.472 0.148 0.020 0.001 81 L 0.013 0.024 0.073 0.174 0.497 0.214 0.005 82 K 0.159 0.450 0.260 0.103 0.026 0.003 0.001 83 A 0.488 0.382 0.089 0.033 0.008 0.001 0.001 84 R 0.206 0.257 0.273 0.200 0.054 0.009 0.001 85 G 0.380 0.312 0.185 0.087 0.029 0.006 0.001 86 E 0.209 0.214 0.247 0.203 0.102 0.022 0.002 87 Q 0.265 0.333 0.202 0.126 0.057 0.017 0.001 88 V 0.108 0.149 0.193 0.249 0.208 0.086 0.006 89 T 0.156 0.289 0.258 0.178 0.088 0.029 0.002 90 L 0.079 0.133 0.212 0.264 0.220 0.087 0.006 91 I 0.118 0.158 0.240 0.266 0.164 0.050 0.003 92 Q 0.440 0.297 0.152 0.075 0.029 0.007 0.001 93 T 0.624 0.250 0.077 0.035 0.011 0.003 0.001 94 E 0.553 0.243 0.113 0.064 0.021 0.005 0.001 95 N 0.432 0.288 0.160 0.085 0.026 0.008 0.001 96 Q 0.315 0.255 0.214 0.139 0.059 0.017 0.001 97 R 0.184 0.209 0.254 0.205 0.109 0.036 0.002 98 L 0.227 0.253 0.209 0.175 0.098 0.036 0.003 99 A 0.182 0.243 0.241 0.202 0.091 0.037 0.004 100 P 0.307 0.313 0.169 0.119 0.065 0.024 0.003 101 G 0.070 0.185 0.237 0.246 0.167 0.080 0.016 102 V 0.013 0.020 0.035 0.103 0.303 0.408 0.118 103 I 0.011 0.053 0.119 0.221 0.223 0.290 0.085 104 V 0.007 0.011 0.023 0.058 0.135 0.398 0.368 105 V 0.006 0.010 0.020 0.040 0.103 0.355 0.466 106 P 0.010 0.017 0.024 0.046 0.107 0.281 0.516 107 S 0.017 0.025 0.040 0.083 0.119 0.276 0.441 108 F 0.036 0.075 0.107 0.149 0.212 0.267 0.155 109 L 0.049 0.105 0.131 0.170 0.215 0.215 0.115 110 A 0.061 0.063 0.078 0.141 0.220 0.269 0.168 111 K 0.056 0.096 0.115 0.162 0.189 0.241 0.140 112 G 0.087 0.089 0.110 0.167 0.210 0.223 0.114 113 L 0.049 0.085 0.127 0.192 0.246 0.208 0.093 114 E 0.030 0.063 0.081 0.145 0.219 0.275 0.186 115 F 0.009 0.019 0.044 0.105 0.226 0.352 0.245 116 D 0.015 0.060 0.178 0.268 0.221 0.179 0.078 117 A 0.003 0.007 0.023 0.065 0.199 0.427 0.276 118 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.038 0.306 0.646 119 I 0.001 0.001 0.002 0.010 0.033 0.225 0.728 120 V 0.002 0.004 0.008 0.030 0.071 0.258 0.627 121 W 0.002 0.009 0.024 0.059 0.183 0.423 0.301 122 N 0.006 0.032 0.082 0.178 0.248 0.333 0.122 123 A 0.015 0.037 0.081 0.167 0.319 0.318 0.063 124 N 0.166 0.259 0.204 0.191 0.123 0.051 0.006 125 Q 0.363 0.274 0.174 0.108 0.055 0.024 0.003 126 E 0.362 0.260 0.188 0.130 0.044 0.015 0.001 127 N 0.388 0.275 0.178 0.100 0.044 0.015 0.001 128 Y 0.213 0.170 0.219 0.224 0.132 0.039 0.002 129 Q 0.465 0.286 0.145 0.067 0.029 0.008 0.001 130 R 0.391 0.267 0.185 0.110 0.037 0.010 0.001 131 E 0.657 0.227 0.070 0.031 0.013 0.003 0.001 132 D 0.609 0.260 0.079 0.034 0.014 0.003 0.001 133 E 0.445 0.286 0.137 0.085 0.035 0.010 0.002 134 R 0.152 0.191 0.276 0.235 0.104 0.039 0.004 135 Q 0.173 0.241 0.267 0.193 0.086 0.036 0.005 136 L 0.047 0.074 0.147 0.229 0.252 0.201 0.049 137 L 0.033 0.028 0.049 0.132 0.210 0.343 0.205 138 Y 0.020 0.029 0.048 0.099 0.174 0.351 0.278 139 T 0.022 0.032 0.055 0.104 0.164 0.276 0.345 140 I 0.012 0.019 0.033 0.067 0.127 0.310 0.432 141 C 0.007 0.018 0.028 0.059 0.154 0.361 0.374 142 S 0.018 0.042 0.065 0.145 0.263 0.298 0.170 143 R 0.023 0.065 0.105 0.202 0.274 0.242 0.088 144 A 0.030 0.065 0.122 0.208 0.254 0.251 0.072 145 M 0.047 0.136 0.287 0.280 0.142 0.086 0.022 146 H 0.089 0.185 0.242 0.264 0.143 0.066 0.011 147 E 0.024 0.095 0.217 0.329 0.204 0.111 0.020 148 L 0.004 0.005 0.008 0.034 0.194 0.566 0.188 149 T 0.006 0.032 0.077 0.245 0.247 0.315 0.077 150 L 0.004 0.007 0.014 0.044 0.115 0.428 0.387 151 V 0.004 0.014 0.040 0.081 0.176 0.373 0.312 152 A 0.009 0.025 0.050 0.101 0.244 0.358 0.212 153 V 0.038 0.128 0.186 0.228 0.197 0.167 0.055 154 G 0.121 0.196 0.224 0.225 0.148 0.073 0.012 155 S 0.207 0.254 0.197 0.149 0.117 0.065 0.011 156 L 0.089 0.132 0.162 0.223 0.234 0.137 0.022 157 S 0.104 0.184 0.218 0.229 0.175 0.083 0.009 158 P 0.155 0.294 0.252 0.181 0.084 0.031 0.004 159 L 0.035 0.082 0.141 0.241 0.298 0.180 0.022 160 L 0.031 0.066 0.111 0.232 0.306 0.231 0.022 161 A 0.140 0.299 0.277 0.177 0.079 0.026 0.002 162 R 0.141 0.289 0.286 0.202 0.064 0.017 0.002 163 V 0.032 0.042 0.087 0.205 0.366 0.245 0.024 164 N 0.119 0.227 0.263 0.244 0.113 0.033 0.002 165 H 0.409 0.378 0.140 0.051 0.016 0.005 0.001 166 A 0.212 0.249 0.206 0.214 0.093 0.025 0.002 167 L 0.134 0.147 0.195 0.228 0.209 0.082 0.005 168 Y 0.208 0.221 0.250 0.194 0.095 0.029 0.002 169 T 0.474 0.324 0.124 0.050 0.022 0.006 0.001 170 L 0.258 0.190 0.207 0.217 0.101 0.026 0.001 171 N 0.669 0.234 0.063 0.022 0.009 0.002 0.001 172 E 0.707 0.211 0.056 0.019 0.004 0.001 0.001 173 A 0.544 0.158 0.137 0.105 0.044 0.011 0.001 174 K 0.704 0.208 0.057 0.022 0.007 0.002 0.001