# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1831 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.002 0.013 0.732 0.004 0.015 0.010 0.001 0.001 0.016 0.122 0.033 0.025 0.028 2 N 0.002 0.015 0.584 0.011 0.054 0.033 0.001 0.001 0.014 0.133 0.105 0.013 0.035 3 A 0.004 0.023 0.316 0.009 0.181 0.055 0.002 0.002 0.021 0.176 0.134 0.045 0.031 4 S 0.006 0.025 0.351 0.010 0.100 0.075 0.004 0.002 0.031 0.118 0.159 0.019 0.100 5 Y 0.006 0.038 0.346 0.009 0.088 0.105 0.004 0.002 0.034 0.144 0.134 0.049 0.040 6 R 0.007 0.041 0.385 0.006 0.033 0.111 0.002 0.002 0.027 0.200 0.108 0.032 0.047 7 S 0.003 0.031 0.486 0.003 0.019 0.098 0.001 0.001 0.013 0.214 0.079 0.020 0.034 8 T 0.001 0.007 0.279 0.003 0.023 0.512 0.001 0.001 0.003 0.087 0.073 0.003 0.010 9 Q 0.001 0.002 0.036 0.001 0.029 0.866 0.001 0.001 0.001 0.029 0.033 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.002 0.027 0.001 0.026 0.909 0.001 0.001 0.001 0.013 0.015 0.001 0.004 11 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 12 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 18 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.031 0.857 0.001 0.001 0.001 0.004 0.094 0.001 0.002 20 V 0.001 0.003 0.051 0.001 0.033 0.712 0.001 0.001 0.004 0.038 0.145 0.005 0.007 21 N 0.001 0.005 0.219 0.002 0.014 0.191 0.001 0.001 0.006 0.180 0.362 0.008 0.012 22 G 0.001 0.005 0.386 0.002 0.026 0.092 0.001 0.001 0.005 0.125 0.345 0.004 0.009 23 E 0.001 0.011 0.493 0.004 0.042 0.074 0.001 0.001 0.017 0.222 0.095 0.029 0.012 24 A 0.003 0.023 0.484 0.006 0.073 0.084 0.002 0.002 0.038 0.088 0.068 0.012 0.119 25 V 0.008 0.027 0.424 0.024 0.088 0.103 0.004 0.004 0.067 0.069 0.056 0.064 0.063 26 T 0.020 0.018 0.402 0.013 0.050 0.085 0.006 0.003 0.047 0.095 0.052 0.093 0.116 27 A 0.027 0.035 0.296 0.012 0.079 0.086 0.006 0.003 0.032 0.080 0.078 0.050 0.218 28 F 0.019 0.041 0.372 0.022 0.049 0.069 0.003 0.002 0.023 0.104 0.096 0.113 0.089 29 D 0.007 0.031 0.479 0.011 0.048 0.038 0.001 0.001 0.013 0.124 0.107 0.039 0.100 30 R 0.002 0.018 0.303 0.005 0.074 0.039 0.001 0.001 0.006 0.150 0.342 0.022 0.037 31 Q 0.001 0.011 0.097 0.006 0.033 0.016 0.001 0.001 0.002 0.117 0.697 0.009 0.012 32 G 0.001 0.016 0.193 0.003 0.020 0.004 0.001 0.001 0.002 0.339 0.391 0.018 0.013 33 D 0.002 0.024 0.552 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.007 0.283 0.057 0.023 0.033 34 L 0.004 0.021 0.581 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.023 0.162 0.033 0.084 0.070 35 P 0.012 0.012 0.507 0.104 0.009 0.003 0.006 0.002 0.063 0.060 0.033 0.022 0.166 36 N 0.052 0.007 0.162 0.061 0.015 0.003 0.051 0.016 0.114 0.037 0.011 0.428 0.045 37 V 0.138 0.004 0.033 0.006 0.003 0.001 0.211 0.054 0.112 0.004 0.002 0.015 0.417 38 V 0.152 0.004 0.038 0.011 0.002 0.001 0.132 0.084 0.204 0.004 0.001 0.337 0.029 39 V 0.075 0.011 0.135 0.006 0.002 0.001 0.066 0.048 0.271 0.028 0.010 0.035 0.311 40 T 0.002 0.004 0.809 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 0.072 0.008 0.036 0.025 41 P 0.001 0.013 0.428 0.002 0.012 0.008 0.001 0.001 0.023 0.427 0.063 0.010 0.013 42 N 0.001 0.004 0.737 0.001 0.014 0.008 0.001 0.001 0.003 0.188 0.034 0.005 0.008 43 F 0.001 0.003 0.098 0.001 0.259 0.508 0.001 0.001 0.001 0.052 0.076 0.001 0.003 44 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.084 0.860 0.001 0.001 0.001 0.011 0.029 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.057 0.925 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 46 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 47 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 48 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 52 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 53 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.011 0.906 0.001 0.001 0.001 0.007 0.052 0.001 0.004 55 A 0.001 0.003 0.080 0.001 0.032 0.640 0.001 0.001 0.006 0.028 0.191 0.012 0.005 56 M 0.002 0.012 0.225 0.002 0.066 0.362 0.001 0.001 0.013 0.064 0.209 0.007 0.036 57 N 0.001 0.012 0.483 0.004 0.032 0.097 0.001 0.001 0.009 0.122 0.195 0.020 0.025 58 D 0.001 0.012 0.342 0.002 0.063 0.058 0.001 0.001 0.006 0.172 0.317 0.010 0.019 59 S 0.001 0.019 0.304 0.002 0.052 0.036 0.001 0.001 0.006 0.214 0.345 0.007 0.013 60 E 0.001 0.014 0.508 0.002 0.025 0.012 0.001 0.001 0.004 0.286 0.125 0.012 0.010 61 R 0.001 0.013 0.409 0.006 0.056 0.021 0.001 0.001 0.005 0.214 0.247 0.006 0.022 62 D 0.002 0.014 0.318 0.042 0.046 0.016 0.001 0.001 0.017 0.285 0.219 0.021 0.021 63 T 0.016 0.015 0.329 0.071 0.050 0.029 0.006 0.002 0.040 0.189 0.104 0.062 0.089 64 T 0.118 0.014 0.124 0.042 0.010 0.015 0.111 0.056 0.140 0.022 0.017 0.044 0.287 65 A 0.317 0.005 0.011 0.008 0.001 0.004 0.214 0.152 0.083 0.002 0.001 0.163 0.038 66 I 0.408 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.238 0.194 0.041 0.001 0.001 0.049 0.054 67 I 0.343 0.006 0.021 0.027 0.001 0.010 0.208 0.162 0.070 0.005 0.004 0.070 0.073 68 G 0.191 0.009 0.161 0.056 0.009 0.048 0.045 0.043 0.121 0.060 0.023 0.139 0.095 69 K 0.036 0.012 0.308 0.019 0.031 0.125 0.008 0.006 0.056 0.177 0.089 0.036 0.097 70 S 0.009 0.010 0.339 0.010 0.080 0.184 0.001 0.001 0.015 0.185 0.112 0.019 0.036 71 L 0.002 0.004 0.097 0.004 0.160 0.481 0.001 0.001 0.002 0.068 0.170 0.003 0.009 72 A 0.001 0.003 0.055 0.001 0.137 0.586 0.001 0.001 0.001 0.052 0.158 0.002 0.003 73 E 0.001 0.004 0.048 0.001 0.039 0.815 0.001 0.001 0.001 0.036 0.050 0.001 0.004 74 C 0.001 0.001 0.016 0.001 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 75 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 82 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 84 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.372 0.001 0.001 0.001 0.015 0.596 0.001 0.001 85 G 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.038 0.909 0.001 0.001 86 E 0.001 0.001 0.871 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.094 0.014 0.006 0.002 87 Q 0.001 0.013 0.665 0.004 0.004 0.006 0.002 0.003 0.105 0.118 0.011 0.005 0.063 88 V 0.002 0.012 0.143 0.025 0.027 0.012 0.016 0.058 0.592 0.031 0.009 0.051 0.022 89 T 0.008 0.003 0.042 0.006 0.008 0.008 0.025 0.153 0.675 0.010 0.003 0.024 0.033 90 L 0.069 0.009 0.081 0.005 0.009 0.010 0.074 0.169 0.341 0.010 0.007 0.041 0.175 91 I 0.043 0.014 0.262 0.027 0.010 0.018 0.041 0.056 0.266 0.038 0.037 0.103 0.085 92 Q 0.012 0.014 0.448 0.019 0.011 0.017 0.006 0.005 0.079 0.176 0.091 0.047 0.075 93 T 0.002 0.010 0.467 0.006 0.019 0.027 0.001 0.001 0.018 0.255 0.136 0.020 0.039 94 E 0.002 0.021 0.242 0.009 0.077 0.111 0.001 0.001 0.010 0.209 0.275 0.016 0.027 95 N 0.003 0.023 0.217 0.006 0.151 0.147 0.001 0.001 0.005 0.157 0.231 0.020 0.039 96 Q 0.006 0.021 0.198 0.008 0.245 0.191 0.001 0.001 0.004 0.077 0.157 0.016 0.075 97 R 0.007 0.025 0.229 0.011 0.145 0.146 0.002 0.001 0.009 0.090 0.229 0.048 0.059 98 L 0.008 0.029 0.313 0.013 0.082 0.065 0.002 0.001 0.013 0.142 0.237 0.022 0.073 99 A 0.004 0.009 0.606 0.008 0.022 0.007 0.001 0.001 0.008 0.202 0.057 0.048 0.028 100 P 0.002 0.007 0.260 0.057 0.033 0.015 0.001 0.001 0.019 0.242 0.335 0.010 0.017 101 G 0.007 0.012 0.202 0.031 0.028 0.011 0.007 0.004 0.032 0.205 0.411 0.025 0.024 102 V 0.072 0.013 0.374 0.015 0.009 0.009 0.048 0.072 0.183 0.054 0.009 0.024 0.118 103 I 0.097 0.007 0.039 0.003 0.001 0.006 0.101 0.209 0.345 0.009 0.002 0.162 0.019 104 V 0.066 0.013 0.063 0.006 0.002 0.011 0.137 0.292 0.193 0.007 0.004 0.009 0.197 105 V 0.035 0.009 0.225 0.096 0.003 0.041 0.039 0.076 0.201 0.061 0.007 0.194 0.013 106 P 0.019 0.009 0.280 0.008 0.016 0.092 0.008 0.014 0.134 0.124 0.023 0.011 0.261 107 S 0.007 0.004 0.074 0.012 0.140 0.585 0.002 0.001 0.024 0.035 0.085 0.014 0.018 108 F 0.009 0.007 0.029 0.006 0.304 0.435 0.001 0.001 0.006 0.021 0.152 0.007 0.021 109 L 0.011 0.010 0.034 0.006 0.255 0.489 0.001 0.001 0.002 0.029 0.125 0.008 0.030 110 A 0.018 0.012 0.053 0.007 0.161 0.478 0.001 0.001 0.003 0.054 0.176 0.025 0.012 111 K 0.003 0.003 0.029 0.004 0.020 0.124 0.001 0.001 0.002 0.074 0.729 0.003 0.009 112 G 0.008 0.011 0.189 0.006 0.048 0.078 0.001 0.001 0.002 0.099 0.532 0.010 0.017 113 L 0.014 0.019 0.548 0.009 0.024 0.058 0.004 0.002 0.017 0.146 0.062 0.051 0.047 114 E 0.024 0.029 0.312 0.025 0.032 0.020 0.011 0.013 0.192 0.107 0.063 0.036 0.136 115 F 0.010 0.005 0.372 0.073 0.014 0.003 0.006 0.018 0.293 0.076 0.016 0.069 0.045 116 D 0.006 0.002 0.284 0.195 0.007 0.002 0.031 0.025 0.237 0.119 0.020 0.018 0.054 117 A 0.030 0.001 0.024 0.021 0.003 0.001 0.105 0.294 0.471 0.012 0.004 0.017 0.017 118 V 0.036 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.046 0.667 0.237 0.001 0.001 0.002 0.005 119 I 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.114 0.687 0.139 0.001 0.001 0.011 0.004 120 V 0.036 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.090 0.571 0.262 0.002 0.001 0.004 0.018 121 W 0.017 0.006 0.197 0.059 0.003 0.002 0.052 0.142 0.390 0.053 0.012 0.043 0.024 122 N 0.005 0.006 0.538 0.009 0.007 0.004 0.004 0.007 0.144 0.187 0.033 0.016 0.041 123 A 0.003 0.017 0.438 0.009 0.072 0.034 0.002 0.002 0.040 0.220 0.113 0.010 0.041 124 N 0.003 0.017 0.334 0.008 0.090 0.068 0.001 0.001 0.022 0.170 0.237 0.028 0.021 125 Q 0.004 0.017 0.191 0.008 0.247 0.101 0.001 0.001 0.006 0.152 0.235 0.007 0.032 126 E 0.006 0.016 0.249 0.006 0.117 0.094 0.001 0.001 0.006 0.221 0.223 0.040 0.021 127 N 0.009 0.036 0.355 0.006 0.061 0.095 0.002 0.001 0.012 0.159 0.137 0.013 0.114 128 Y 0.011 0.043 0.455 0.005 0.042 0.056 0.001 0.001 0.012 0.183 0.069 0.088 0.034 129 Q 0.003 0.026 0.554 0.004 0.027 0.057 0.001 0.001 0.008 0.125 0.111 0.016 0.067 130 R 0.001 0.019 0.385 0.004 0.062 0.089 0.001 0.001 0.003 0.161 0.238 0.018 0.019 131 E 0.001 0.010 0.201 0.005 0.100 0.170 0.001 0.001 0.002 0.127 0.361 0.005 0.019 132 D 0.001 0.009 0.163 0.004 0.074 0.200 0.001 0.001 0.003 0.172 0.354 0.010 0.010 133 E 0.002 0.020 0.241 0.005 0.072 0.350 0.001 0.001 0.003 0.146 0.122 0.010 0.029 134 R 0.009 0.038 0.277 0.014 0.036 0.321 0.001 0.001 0.008 0.109 0.053 0.037 0.095 135 Q 0.028 0.014 0.119 0.049 0.044 0.429 0.002 0.001 0.015 0.051 0.066 0.099 0.082 136 L 0.051 0.009 0.057 0.045 0.021 0.422 0.014 0.003 0.016 0.020 0.126 0.042 0.175 137 L 0.309 0.009 0.048 0.069 0.013 0.215 0.029 0.014 0.028 0.011 0.030 0.085 0.139 138 Y 0.276 0.004 0.014 0.010 0.004 0.275 0.052 0.006 0.009 0.010 0.011 0.278 0.050 139 T 0.518 0.006 0.007 0.007 0.003 0.151 0.074 0.038 0.022 0.003 0.005 0.034 0.131 140 I 0.381 0.007 0.015 0.020 0.003 0.269 0.033 0.015 0.012 0.007 0.008 0.193 0.037 141 C 0.196 0.009 0.064 0.024 0.007 0.409 0.010 0.005 0.019 0.019 0.030 0.033 0.176 142 S 0.033 0.003 0.088 0.016 0.021 0.680 0.001 0.001 0.005 0.045 0.042 0.034 0.030 143 R 0.015 0.002 0.041 0.009 0.059 0.700 0.001 0.001 0.003 0.032 0.087 0.007 0.044 144 A 0.008 0.002 0.031 0.010 0.088 0.708 0.001 0.001 0.001 0.017 0.104 0.007 0.024 145 M 0.015 0.002 0.045 0.017 0.135 0.513 0.001 0.001 0.002 0.024 0.184 0.011 0.052 146 H 0.016 0.001 0.038 0.029 0.059 0.523 0.001 0.001 0.004 0.028 0.248 0.017 0.035 147 E 0.080 0.003 0.049 0.019 0.023 0.372 0.007 0.002 0.014 0.048 0.221 0.054 0.108 148 L 0.364 0.006 0.058 0.020 0.006 0.077 0.045 0.022 0.031 0.019 0.041 0.051 0.260 149 T 0.310 0.003 0.022 0.013 0.002 0.039 0.113 0.022 0.025 0.007 0.013 0.388 0.043 150 L 0.499 0.005 0.013 0.007 0.003 0.022 0.114 0.082 0.049 0.004 0.004 0.040 0.157 151 V 0.255 0.007 0.044 0.059 0.007 0.040 0.084 0.098 0.113 0.014 0.013 0.199 0.068 152 A 0.144 0.012 0.126 0.027 0.023 0.031 0.042 0.042 0.131 0.047 0.069 0.083 0.224 153 V 0.016 0.011 0.330 0.024 0.044 0.033 0.007 0.003 0.031 0.135 0.254 0.038 0.073 154 G 0.003 0.010 0.253 0.007 0.029 0.017 0.001 0.001 0.014 0.327 0.301 0.028 0.011 155 S 0.001 0.009 0.592 0.001 0.015 0.012 0.001 0.001 0.004 0.281 0.060 0.008 0.018 156 L 0.001 0.029 0.471 0.001 0.027 0.113 0.001 0.001 0.004 0.280 0.060 0.003 0.011 157 S 0.001 0.008 0.532 0.001 0.057 0.182 0.001 0.001 0.002 0.182 0.023 0.007 0.005 158 P 0.001 0.002 0.039 0.001 0.245 0.617 0.001 0.001 0.001 0.020 0.073 0.001 0.003 159 L 0.001 0.002 0.024 0.001 0.208 0.687 0.001 0.001 0.001 0.007 0.067 0.001 0.003 160 L 0.001 0.002 0.016 0.001 0.170 0.776 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.001 0.004 161 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.068 0.811 0.001 0.001 0.001 0.011 0.092 0.001 0.003 162 R 0.001 0.003 0.023 0.001 0.042 0.816 0.001 0.001 0.001 0.013 0.094 0.001 0.007 163 V 0.002 0.012 0.154 0.002 0.029 0.634 0.001 0.001 0.003 0.081 0.062 0.008 0.013 164 N 0.001 0.003 0.307 0.002 0.029 0.484 0.001 0.001 0.005 0.057 0.095 0.004 0.014 165 H 0.001 0.002 0.071 0.002 0.132 0.607 0.001 0.001 0.004 0.027 0.149 0.002 0.004 166 A 0.001 0.003 0.109 0.006 0.113 0.498 0.001 0.001 0.007 0.056 0.185 0.006 0.015 167 L 0.004 0.008 0.139 0.006 0.130 0.466 0.001 0.001 0.014 0.056 0.129 0.011 0.035 168 Y 0.015 0.020 0.249 0.008 0.066 0.326 0.005 0.005 0.053 0.080 0.075 0.048 0.051 169 T 0.022 0.021 0.290 0.009 0.055 0.202 0.007 0.005 0.066 0.060 0.067 0.081 0.113 170 L 0.016 0.025 0.264 0.018 0.092 0.180 0.008 0.004 0.035 0.055 0.147 0.035 0.120 171 N 0.013 0.019 0.325 0.024 0.061 0.098 0.006 0.003 0.034 0.119 0.154 0.089 0.056 172 E 0.007 0.019 0.462 0.006 0.035 0.042 0.002 0.001 0.025 0.178 0.102 0.038 0.083 173 A 0.002 0.023 0.625 0.004 0.020 0.027 0.001 0.001 0.012 0.164 0.058 0.025 0.039 174 K 0.001 0.009 0.741 0.004 0.019 0.020 0.001 0.001 0.006 0.118 0.038 0.021 0.024