# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1831 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.019 0.028 0.002 0.025 0.027 0.034 0.161 0.002 0.001 0.047 0.655 2 N 0.049 0.072 0.002 0.038 0.048 0.107 0.090 0.006 0.001 0.059 0.530 3 A 0.046 0.046 0.002 0.043 0.117 0.101 0.086 0.005 0.001 0.105 0.449 4 S 0.025 0.069 0.001 0.042 0.077 0.104 0.127 0.002 0.001 0.119 0.434 5 Y 0.017 0.078 0.002 0.059 0.064 0.076 0.093 0.002 0.001 0.173 0.437 6 R 0.017 0.211 0.003 0.054 0.068 0.059 0.080 0.003 0.002 0.120 0.383 7 S 0.017 0.745 0.001 0.006 0.010 0.012 0.019 0.002 0.001 0.034 0.154 8 T 0.033 0.181 0.001 0.005 0.006 0.007 0.017 0.004 0.001 0.676 0.070 9 Q 0.005 0.786 0.002 0.005 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.141 0.042 10 Q 0.004 0.957 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.017 11 I 0.017 0.401 0.004 0.004 0.005 0.006 0.008 0.008 0.002 0.477 0.069 12 T 0.006 0.878 0.006 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.004 0.068 0.022 13 D 0.014 0.904 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.037 0.026 14 F 0.017 0.913 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.023 0.023 15 T 0.045 0.848 0.009 0.001 0.001 0.002 0.008 0.006 0.007 0.026 0.048 16 K 0.057 0.772 0.009 0.002 0.002 0.003 0.016 0.004 0.005 0.043 0.087 17 E 0.068 0.233 0.024 0.016 0.012 0.014 0.065 0.011 0.010 0.294 0.252 18 I 0.082 0.069 0.051 0.022 0.014 0.019 0.121 0.012 0.018 0.246 0.345 19 L 0.300 0.018 0.014 0.020 0.010 0.020 0.069 0.010 0.009 0.069 0.460 20 V 0.074 0.003 0.002 0.011 0.005 0.005 0.055 0.002 0.001 0.016 0.827 21 N 0.022 0.005 0.001 0.008 0.003 0.005 0.073 0.001 0.001 0.011 0.869 22 G 0.043 0.004 0.001 0.007 0.005 0.008 0.166 0.002 0.001 0.054 0.711 23 E 0.031 0.017 0.001 0.027 0.013 0.013 0.155 0.002 0.001 0.050 0.690 24 A 0.036 0.053 0.001 0.032 0.016 0.029 0.095 0.003 0.001 0.030 0.706 25 V 0.059 0.089 0.002 0.052 0.047 0.072 0.071 0.006 0.001 0.051 0.549 26 T 0.061 0.081 0.001 0.101 0.065 0.124 0.071 0.004 0.001 0.060 0.431 27 A 0.043 0.069 0.002 0.065 0.061 0.102 0.097 0.003 0.001 0.082 0.474 28 F 0.066 0.030 0.007 0.033 0.060 0.069 0.116 0.007 0.003 0.078 0.531 29 D 0.377 0.017 0.008 0.017 0.026 0.043 0.063 0.010 0.004 0.055 0.381 30 R 0.301 0.005 0.001 0.007 0.012 0.016 0.055 0.004 0.001 0.020 0.579 31 Q 0.029 0.002 0.001 0.009 0.012 0.020 0.127 0.001 0.001 0.021 0.780 32 G 0.008 0.002 0.001 0.014 0.019 0.036 0.151 0.001 0.001 0.021 0.748 33 D 0.014 0.004 0.001 0.022 0.054 0.087 0.139 0.001 0.001 0.026 0.652 34 L 0.020 0.003 0.001 0.030 0.114 0.159 0.143 0.001 0.001 0.046 0.485 35 P 0.007 0.004 0.001 0.112 0.150 0.218 0.090 0.001 0.001 0.051 0.367 36 N 0.005 0.001 0.001 0.149 0.133 0.390 0.047 0.001 0.001 0.069 0.205 37 V 0.002 0.001 0.001 0.213 0.185 0.189 0.058 0.001 0.001 0.084 0.268 38 V 0.003 0.002 0.001 0.242 0.204 0.279 0.057 0.001 0.001 0.061 0.151 39 V 0.022 0.005 0.001 0.134 0.087 0.119 0.081 0.001 0.001 0.064 0.486 40 T 0.121 0.026 0.001 0.129 0.058 0.065 0.100 0.004 0.001 0.062 0.432 41 P 0.017 0.071 0.001 0.022 0.008 0.011 0.139 0.001 0.001 0.017 0.714 42 N 0.073 0.596 0.001 0.008 0.004 0.007 0.032 0.007 0.001 0.040 0.231 43 F 0.098 0.743 0.001 0.002 0.002 0.002 0.013 0.007 0.001 0.026 0.105 44 E 0.018 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.035 0.057 45 A 0.011 0.902 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.031 0.041 46 G 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 47 V 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 48 D 0.004 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.012 49 Q 0.004 0.956 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.023 0.009 50 V 0.007 0.961 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.008 51 V 0.038 0.872 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.027 0.031 52 D 0.036 0.811 0.009 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.007 0.037 0.084 53 Q 0.073 0.336 0.014 0.005 0.003 0.003 0.043 0.014 0.013 0.252 0.245 54 L 0.136 0.288 0.032 0.014 0.004 0.005 0.060 0.015 0.022 0.167 0.258 55 A 0.148 0.050 0.010 0.016 0.005 0.007 0.080 0.011 0.008 0.112 0.554 56 M 0.067 0.015 0.008 0.016 0.006 0.009 0.088 0.007 0.005 0.060 0.719 57 N 0.114 0.008 0.003 0.012 0.004 0.007 0.079 0.006 0.003 0.033 0.731 58 D 0.123 0.005 0.002 0.011 0.005 0.007 0.092 0.004 0.002 0.030 0.719 59 S 0.024 0.002 0.001 0.005 0.003 0.004 0.106 0.001 0.001 0.021 0.832 60 E 0.050 0.006 0.001 0.009 0.006 0.010 0.127 0.002 0.001 0.059 0.730 61 R 0.031 0.005 0.001 0.021 0.011 0.015 0.182 0.001 0.001 0.062 0.670 62 D 0.005 0.007 0.001 0.047 0.026 0.037 0.161 0.001 0.001 0.060 0.656 63 T 0.004 0.008 0.001 0.131 0.074 0.206 0.136 0.001 0.001 0.129 0.312 64 T 0.002 0.007 0.001 0.304 0.167 0.260 0.055 0.001 0.001 0.074 0.131 65 A 0.001 0.003 0.001 0.376 0.167 0.315 0.018 0.001 0.001 0.066 0.053 66 I 0.002 0.002 0.001 0.351 0.178 0.242 0.026 0.001 0.001 0.131 0.067 67 I 0.004 0.017 0.001 0.391 0.219 0.132 0.037 0.001 0.001 0.067 0.131 68 G 0.039 0.062 0.002 0.219 0.133 0.189 0.062 0.004 0.001 0.093 0.197 69 K 0.056 0.085 0.005 0.076 0.073 0.078 0.101 0.007 0.002 0.115 0.402 70 S 0.099 0.449 0.002 0.019 0.019 0.024 0.094 0.007 0.001 0.046 0.239 71 L 0.078 0.614 0.002 0.009 0.007 0.009 0.030 0.008 0.001 0.054 0.189 72 A 0.019 0.766 0.002 0.004 0.004 0.004 0.014 0.004 0.001 0.037 0.145 73 E 0.007 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.017 0.042 74 C 0.027 0.329 0.001 0.002 0.003 0.002 0.012 0.006 0.001 0.554 0.063 75 E 0.006 0.882 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.071 0.024 76 A 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 77 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 78 T 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 79 K 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 80 A 0.010 0.879 0.030 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.059 0.012 81 L 0.137 0.080 0.367 0.003 0.001 0.003 0.013 0.023 0.145 0.187 0.040 82 K 0.761 0.026 0.025 0.002 0.001 0.002 0.019 0.006 0.022 0.016 0.121 83 A 0.075 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.031 0.002 0.002 0.012 0.867 84 R 0.006 0.001 0.001 0.009 0.002 0.002 0.149 0.001 0.001 0.013 0.816 85 G 0.017 0.001 0.001 0.011 0.003 0.010 0.141 0.002 0.001 0.048 0.767 86 E 0.008 0.004 0.001 0.027 0.012 0.005 0.197 0.001 0.001 0.026 0.721 87 Q 0.014 0.014 0.001 0.179 0.015 0.037 0.152 0.001 0.001 0.045 0.542 88 V 0.013 0.011 0.001 0.277 0.032 0.066 0.065 0.001 0.001 0.070 0.463 89 T 0.012 0.016 0.001 0.389 0.053 0.074 0.056 0.001 0.001 0.059 0.340 90 L 0.025 0.026 0.001 0.272 0.042 0.089 0.057 0.003 0.001 0.082 0.402 91 I 0.034 0.019 0.002 0.177 0.053 0.051 0.095 0.004 0.001 0.094 0.470 92 Q 0.057 0.050 0.003 0.067 0.026 0.038 0.098 0.005 0.001 0.049 0.606 93 T 0.168 0.085 0.002 0.026 0.021 0.030 0.076 0.009 0.001 0.041 0.542 94 E 0.123 0.083 0.004 0.023 0.030 0.040 0.096 0.011 0.002 0.033 0.554 95 N 0.157 0.057 0.003 0.016 0.031 0.065 0.072 0.010 0.001 0.038 0.549 96 Q 0.138 0.014 0.004 0.019 0.046 0.076 0.115 0.006 0.002 0.078 0.503 97 R 0.026 0.005 0.008 0.024 0.058 0.065 0.129 0.002 0.002 0.034 0.647 98 L 0.053 0.006 0.003 0.015 0.040 0.056 0.131 0.003 0.001 0.025 0.668 99 A 0.094 0.002 0.001 0.017 0.037 0.077 0.129 0.002 0.001 0.053 0.589 100 P 0.004 0.002 0.001 0.049 0.051 0.044 0.175 0.001 0.001 0.027 0.647 101 G 0.003 0.002 0.001 0.169 0.064 0.304 0.106 0.001 0.001 0.043 0.308 102 V 0.002 0.001 0.001 0.227 0.146 0.177 0.081 0.001 0.001 0.040 0.325 103 I 0.002 0.002 0.001 0.588 0.104 0.140 0.027 0.001 0.001 0.030 0.107 104 V 0.001 0.016 0.001 0.457 0.089 0.086 0.061 0.001 0.001 0.030 0.257 105 V 0.017 0.150 0.002 0.328 0.090 0.097 0.059 0.006 0.001 0.055 0.197 106 P 0.106 0.580 0.003 0.057 0.025 0.035 0.019 0.009 0.001 0.042 0.123 107 S 0.164 0.441 0.009 0.041 0.017 0.019 0.033 0.013 0.003 0.096 0.165 108 F 0.153 0.191 0.056 0.037 0.022 0.044 0.067 0.030 0.020 0.108 0.273 109 L 0.426 0.118 0.016 0.016 0.016 0.027 0.055 0.023 0.009 0.037 0.257 110 A 0.110 0.041 0.011 0.019 0.038 0.033 0.062 0.017 0.004 0.028 0.637 111 K 0.040 0.022 0.009 0.027 0.086 0.094 0.144 0.007 0.003 0.029 0.539 112 G 0.058 0.007 0.007 0.028 0.069 0.223 0.128 0.009 0.002 0.056 0.412 113 L 0.028 0.006 0.006 0.032 0.106 0.062 0.168 0.003 0.001 0.028 0.560 114 E 0.032 0.009 0.002 0.067 0.075 0.100 0.130 0.003 0.001 0.035 0.547 115 F 0.016 0.003 0.001 0.088 0.070 0.114 0.155 0.001 0.001 0.080 0.473 116 D 0.001 0.001 0.001 0.213 0.102 0.170 0.122 0.001 0.001 0.092 0.299 117 A 0.001 0.001 0.001 0.517 0.099 0.178 0.035 0.001 0.001 0.098 0.072 118 V 0.001 0.001 0.001 0.632 0.121 0.138 0.012 0.001 0.001 0.060 0.036 119 I 0.001 0.001 0.001 0.711 0.078 0.114 0.012 0.001 0.001 0.049 0.034 120 V 0.002 0.001 0.001 0.727 0.079 0.078 0.018 0.001 0.001 0.042 0.052 121 W 0.019 0.009 0.001 0.459 0.094 0.095 0.069 0.002 0.001 0.049 0.203 122 N 0.122 0.029 0.002 0.143 0.038 0.058 0.101 0.006 0.001 0.074 0.426 123 A 0.130 0.024 0.003 0.035 0.019 0.020 0.151 0.008 0.001 0.070 0.539 124 N 0.210 0.058 0.002 0.018 0.015 0.022 0.102 0.009 0.001 0.056 0.506 125 Q 0.205 0.036 0.001 0.013 0.015 0.018 0.081 0.007 0.001 0.048 0.575 126 E 0.061 0.027 0.002 0.020 0.032 0.048 0.088 0.005 0.001 0.040 0.677 127 N 0.038 0.022 0.001 0.011 0.028 0.035 0.088 0.004 0.001 0.035 0.737 128 Y 0.060 0.027 0.002 0.015 0.059 0.052 0.094 0.006 0.001 0.047 0.638 129 Q 0.053 0.027 0.002 0.009 0.027 0.025 0.100 0.003 0.001 0.047 0.706 130 R 0.112 0.069 0.004 0.009 0.026 0.029 0.098 0.007 0.002 0.064 0.580 131 E 0.115 0.101 0.003 0.005 0.012 0.014 0.119 0.004 0.001 0.063 0.563 132 D 0.093 0.225 0.004 0.008 0.011 0.018 0.071 0.004 0.001 0.094 0.471 133 E 0.028 0.234 0.005 0.014 0.020 0.028 0.088 0.003 0.001 0.088 0.493 134 R 0.013 0.222 0.004 0.026 0.043 0.074 0.105 0.003 0.001 0.194 0.317 135 Q 0.007 0.076 0.002 0.043 0.065 0.107 0.056 0.002 0.001 0.512 0.131 136 L 0.002 0.256 0.003 0.129 0.147 0.127 0.034 0.001 0.001 0.213 0.087 137 L 0.002 0.345 0.002 0.150 0.157 0.164 0.011 0.001 0.001 0.107 0.060 138 Y 0.004 0.346 0.002 0.072 0.114 0.198 0.012 0.002 0.001 0.208 0.041 139 T 0.004 0.693 0.003 0.038 0.067 0.053 0.009 0.001 0.001 0.094 0.035 140 I 0.003 0.865 0.004 0.015 0.021 0.020 0.006 0.001 0.002 0.040 0.024 141 C 0.009 0.815 0.010 0.007 0.010 0.011 0.010 0.003 0.005 0.080 0.039 142 S 0.026 0.565 0.025 0.006 0.011 0.012 0.012 0.007 0.014 0.258 0.063 143 R 0.049 0.554 0.055 0.006 0.007 0.008 0.020 0.006 0.027 0.173 0.094 144 A 0.093 0.468 0.047 0.007 0.008 0.011 0.030 0.009 0.021 0.103 0.202 145 M 0.099 0.113 0.020 0.009 0.012 0.024 0.057 0.013 0.011 0.193 0.448 146 H 0.044 0.158 0.013 0.020 0.038 0.066 0.125 0.005 0.005 0.101 0.424 147 E 0.013 0.071 0.003 0.033 0.085 0.145 0.116 0.003 0.001 0.087 0.442 148 L 0.007 0.041 0.004 0.079 0.210 0.240 0.094 0.003 0.001 0.104 0.218 149 T 0.007 0.016 0.002 0.109 0.207 0.365 0.058 0.002 0.001 0.085 0.149 150 L 0.010 0.017 0.003 0.135 0.241 0.247 0.065 0.002 0.001 0.077 0.202 151 V 0.031 0.012 0.003 0.164 0.165 0.229 0.057 0.003 0.001 0.082 0.253 152 A 0.069 0.009 0.003 0.106 0.085 0.119 0.073 0.005 0.002 0.108 0.421 153 V 0.053 0.009 0.002 0.052 0.038 0.050 0.095 0.004 0.001 0.044 0.651 154 G 0.036 0.010 0.001 0.030 0.015 0.020 0.075 0.002 0.001 0.033 0.778 155 S 0.037 0.040 0.001 0.030 0.019 0.026 0.141 0.004 0.001 0.039 0.663 156 L 0.018 0.222 0.001 0.007 0.008 0.009 0.103 0.004 0.001 0.017 0.611 157 S 0.093 0.708 0.001 0.004 0.006 0.006 0.022 0.007 0.001 0.038 0.113 158 P 0.083 0.690 0.004 0.004 0.007 0.009 0.021 0.006 0.001 0.047 0.128 159 L 0.083 0.671 0.007 0.004 0.005 0.010 0.020 0.007 0.002 0.046 0.145 160 L 0.257 0.293 0.015 0.012 0.019 0.026 0.033 0.022 0.007 0.112 0.203 161 A 0.082 0.240 0.009 0.016 0.023 0.026 0.104 0.007 0.005 0.082 0.407 162 R 0.033 0.168 0.009 0.016 0.021 0.024 0.091 0.007 0.004 0.075 0.553 163 V 0.086 0.215 0.017 0.010 0.019 0.014 0.091 0.021 0.008 0.066 0.453 164 N 0.303 0.329 0.006 0.006 0.005 0.008 0.035 0.019 0.004 0.037 0.247 165 H 0.208 0.069 0.002 0.010 0.007 0.010 0.073 0.011 0.001 0.132 0.476 166 A 0.031 0.189 0.004 0.036 0.015 0.018 0.095 0.005 0.002 0.092 0.513 167 L 0.064 0.119 0.005 0.045 0.025 0.041 0.097 0.008 0.002 0.129 0.464 168 Y 0.058 0.078 0.010 0.052 0.069 0.074 0.076 0.009 0.003 0.096 0.475 169 T 0.087 0.044 0.003 0.031 0.043 0.076 0.090 0.006 0.002 0.070 0.548 170 L 0.111 0.019 0.004 0.031 0.044 0.055 0.081 0.005 0.002 0.070 0.579 171 N 0.099 0.007 0.002 0.022 0.022 0.030 0.103 0.003 0.001 0.041 0.671 172 E 0.053 0.004 0.001 0.009 0.010 0.019 0.075 0.002 0.001 0.022 0.806 173 A 0.023 0.003 0.001 0.008 0.013 0.016 0.113 0.001 0.001 0.019 0.804 174 K 0.021 0.009 0.001 0.016 0.022 0.038 0.128 0.001 0.001 0.028 0.736