# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1831 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.025 0.009 0.015 0.030 0.031 0.134 0.041 0.715 2 N 0.240 0.017 0.021 0.014 0.036 0.093 0.059 0.520 3 A 0.072 0.012 0.013 0.023 0.024 0.117 0.058 0.682 4 S 0.019 0.018 0.033 0.026 0.052 0.140 0.063 0.649 5 Y 0.024 0.011 0.024 0.034 0.047 0.147 0.061 0.652 6 R 0.016 0.032 0.034 0.076 0.062 0.154 0.052 0.575 7 S 0.091 0.301 0.015 0.012 0.025 0.063 0.034 0.459 8 T 0.099 0.261 0.008 0.007 0.007 0.039 0.454 0.125 9 Q 0.004 0.727 0.015 0.023 0.010 0.043 0.088 0.091 10 Q 0.039 0.906 0.003 0.001 0.007 0.005 0.013 0.027 11 I 0.015 0.313 0.008 0.009 0.005 0.020 0.588 0.042 12 T 0.001 0.651 0.011 0.008 0.008 0.016 0.279 0.026 13 D 0.008 0.916 0.004 0.001 0.001 0.003 0.057 0.009 14 F 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.010 15 T 0.006 0.948 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.022 16 K 0.022 0.867 0.004 0.001 0.002 0.008 0.059 0.036 17 E 0.062 0.330 0.026 0.005 0.007 0.030 0.411 0.129 18 I 0.110 0.181 0.043 0.018 0.010 0.059 0.310 0.269 19 L 0.245 0.038 0.020 0.007 0.009 0.068 0.065 0.548 20 V 0.056 0.011 0.036 0.004 0.007 0.092 0.019 0.775 21 N 0.055 0.023 0.032 0.004 0.006 0.102 0.019 0.760 22 G 0.081 0.014 0.017 0.006 0.005 0.118 0.059 0.700 23 E 0.031 0.026 0.043 0.028 0.027 0.123 0.063 0.660 24 A 0.046 0.034 0.064 0.019 0.065 0.099 0.042 0.631 25 V 0.023 0.032 0.088 0.070 0.064 0.113 0.059 0.552 26 T 0.071 0.049 0.091 0.089 0.163 0.089 0.075 0.371 27 A 0.108 0.030 0.079 0.071 0.162 0.078 0.084 0.388 28 F 0.042 0.008 0.069 0.077 0.093 0.098 0.090 0.525 29 D 0.250 0.007 0.026 0.045 0.062 0.080 0.070 0.459 30 R 0.312 0.003 0.011 0.021 0.039 0.059 0.033 0.522 31 Q 0.024 0.001 0.011 0.010 0.025 0.105 0.015 0.809 32 G 0.008 0.001 0.008 0.031 0.053 0.136 0.017 0.746 33 D 0.017 0.001 0.026 0.097 0.150 0.127 0.028 0.555 34 L 0.052 0.002 0.042 0.135 0.169 0.105 0.038 0.458 35 P 0.005 0.001 0.019 0.052 0.070 0.099 0.016 0.737 36 N 0.005 0.001 0.188 0.169 0.386 0.046 0.052 0.152 37 V 0.007 0.001 0.095 0.161 0.166 0.085 0.019 0.467 38 V 0.002 0.001 0.236 0.206 0.214 0.074 0.039 0.229 39 V 0.013 0.005 0.103 0.075 0.107 0.090 0.024 0.583 40 T 0.135 0.049 0.046 0.056 0.050 0.109 0.144 0.411 41 P 0.018 0.055 0.020 0.010 0.008 0.109 0.033 0.748 42 N 0.079 0.676 0.007 0.002 0.005 0.020 0.121 0.090 43 F 0.031 0.887 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.040 44 E 0.024 0.883 0.002 0.001 0.001 0.006 0.052 0.031 45 A 0.004 0.880 0.002 0.001 0.002 0.008 0.055 0.047 46 G 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.007 47 V 0.005 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 48 D 0.003 0.864 0.001 0.001 0.001 0.003 0.107 0.019 49 Q 0.004 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.015 50 V 0.008 0.950 0.003 0.001 0.001 0.002 0.028 0.008 51 V 0.050 0.744 0.010 0.002 0.001 0.010 0.141 0.043 52 D 0.042 0.787 0.005 0.001 0.002 0.012 0.055 0.097 53 Q 0.048 0.189 0.063 0.005 0.007 0.072 0.329 0.287 54 L 0.066 0.328 0.066 0.016 0.011 0.076 0.176 0.262 55 A 0.113 0.061 0.043 0.005 0.014 0.100 0.103 0.562 56 M 0.037 0.034 0.108 0.020 0.011 0.140 0.110 0.540 57 N 0.238 0.015 0.021 0.005 0.006 0.083 0.051 0.581 58 D 0.171 0.007 0.014 0.002 0.002 0.080 0.032 0.691 59 S 0.016 0.004 0.014 0.002 0.004 0.115 0.021 0.825 60 E 0.047 0.006 0.013 0.004 0.006 0.167 0.048 0.711 61 R 0.025 0.011 0.012 0.008 0.007 0.176 0.036 0.724 62 D 0.016 0.030 0.055 0.014 0.038 0.169 0.065 0.613 63 T 0.004 0.040 0.190 0.073 0.127 0.127 0.169 0.269 64 T 0.001 0.016 0.408 0.121 0.189 0.056 0.061 0.148 65 A 0.002 0.016 0.513 0.156 0.207 0.017 0.042 0.047 66 I 0.002 0.017 0.561 0.163 0.129 0.015 0.072 0.042 67 I 0.008 0.039 0.376 0.196 0.161 0.033 0.092 0.096 68 G 0.062 0.087 0.211 0.102 0.096 0.070 0.121 0.252 69 K 0.081 0.255 0.075 0.032 0.035 0.067 0.183 0.273 70 S 0.056 0.660 0.008 0.004 0.006 0.030 0.061 0.175 71 L 0.074 0.737 0.003 0.003 0.002 0.020 0.055 0.106 72 A 0.019 0.795 0.003 0.002 0.003 0.017 0.042 0.120 73 E 0.014 0.910 0.002 0.001 0.001 0.004 0.043 0.026 74 C 0.022 0.646 0.001 0.001 0.001 0.006 0.307 0.016 75 E 0.003 0.805 0.002 0.002 0.001 0.006 0.161 0.021 76 A 0.004 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.019 77 L 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 78 T 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 79 K 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.008 80 A 0.012 0.763 0.006 0.001 0.001 0.005 0.174 0.038 81 L 0.052 0.122 0.142 0.006 0.001 0.022 0.616 0.039 82 K 0.884 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.076 83 A 0.033 0.002 0.008 0.001 0.001 0.058 0.008 0.891 84 R 0.009 0.004 0.024 0.001 0.001 0.093 0.006 0.861 85 G 0.045 0.004 0.010 0.002 0.001 0.122 0.021 0.795 86 E 0.011 0.003 0.028 0.005 0.004 0.107 0.017 0.826 87 Q 0.017 0.012 0.316 0.024 0.068 0.082 0.069 0.412 88 V 0.009 0.003 0.193 0.022 0.025 0.082 0.030 0.635 89 T 0.008 0.003 0.520 0.084 0.082 0.060 0.063 0.181 90 L 0.084 0.012 0.217 0.066 0.144 0.061 0.074 0.342 91 I 0.080 0.011 0.178 0.046 0.077 0.087 0.103 0.417 92 Q 0.043 0.019 0.039 0.036 0.042 0.116 0.032 0.674 93 T 0.207 0.044 0.009 0.030 0.045 0.104 0.052 0.508 94 E 0.080 0.050 0.011 0.052 0.048 0.103 0.051 0.605 95 N 0.128 0.034 0.017 0.049 0.087 0.069 0.069 0.547 96 Q 0.164 0.010 0.013 0.049 0.076 0.088 0.073 0.525 97 R 0.022 0.002 0.029 0.070 0.105 0.119 0.036 0.617 98 L 0.067 0.003 0.015 0.025 0.045 0.090 0.018 0.739 99 A 0.331 0.009 0.007 0.022 0.028 0.072 0.033 0.498 100 P 0.004 0.002 0.032 0.017 0.040 0.157 0.022 0.725 101 G 0.002 0.006 0.216 0.087 0.209 0.105 0.084 0.291 102 V 0.002 0.003 0.158 0.139 0.131 0.080 0.062 0.424 103 I 0.001 0.004 0.666 0.169 0.081 0.015 0.034 0.031 104 V 0.009 0.017 0.285 0.110 0.150 0.042 0.054 0.333 105 V 0.018 0.049 0.423 0.125 0.094 0.038 0.063 0.188 106 P 0.178 0.150 0.152 0.056 0.079 0.062 0.093 0.230 107 S 0.104 0.178 0.071 0.063 0.083 0.070 0.141 0.290 108 F 0.174 0.081 0.073 0.041 0.059 0.079 0.192 0.299 109 L 0.222 0.045 0.018 0.049 0.048 0.074 0.072 0.472 110 A 0.104 0.023 0.032 0.017 0.047 0.095 0.048 0.634 111 K 0.021 0.016 0.040 0.048 0.059 0.101 0.042 0.672 112 G 0.062 0.013 0.039 0.035 0.074 0.118 0.062 0.597 113 L 0.039 0.009 0.078 0.071 0.099 0.110 0.057 0.537 114 E 0.032 0.005 0.079 0.027 0.066 0.131 0.035 0.625 115 F 0.022 0.011 0.131 0.048 0.073 0.142 0.078 0.495 116 D 0.002 0.005 0.317 0.062 0.139 0.094 0.069 0.313 117 A 0.001 0.002 0.664 0.078 0.161 0.019 0.033 0.042 118 V 0.001 0.001 0.680 0.139 0.102 0.011 0.021 0.046 119 I 0.001 0.001 0.796 0.091 0.078 0.006 0.010 0.017 120 V 0.004 0.002 0.575 0.113 0.165 0.023 0.039 0.080 121 W 0.007 0.002 0.617 0.054 0.097 0.041 0.032 0.150 122 N 0.209 0.017 0.192 0.032 0.067 0.109 0.124 0.250 123 A 0.114 0.010 0.048 0.015 0.020 0.153 0.091 0.550 124 N 0.120 0.049 0.027 0.012 0.019 0.121 0.094 0.557 125 Q 0.216 0.037 0.012 0.007 0.012 0.100 0.062 0.553 126 E 0.059 0.043 0.012 0.020 0.022 0.127 0.046 0.671 127 N 0.038 0.024 0.007 0.010 0.019 0.124 0.026 0.752 128 Y 0.079 0.036 0.008 0.022 0.031 0.122 0.114 0.589 129 Q 0.102 0.069 0.005 0.017 0.019 0.100 0.071 0.618 130 R 0.205 0.169 0.004 0.007 0.012 0.063 0.078 0.462 131 E 0.092 0.200 0.005 0.014 0.012 0.080 0.072 0.525 132 D 0.102 0.292 0.010 0.010 0.026 0.074 0.077 0.409 133 E 0.046 0.429 0.013 0.022 0.032 0.073 0.110 0.274 134 R 0.032 0.502 0.012 0.018 0.051 0.049 0.148 0.187 135 Q 0.006 0.561 0.028 0.079 0.059 0.024 0.202 0.040 136 L 0.005 0.690 0.026 0.049 0.105 0.017 0.053 0.055 137 L 0.002 0.855 0.026 0.027 0.043 0.004 0.033 0.010 138 Y 0.005 0.620 0.028 0.051 0.049 0.009 0.221 0.017 139 T 0.003 0.640 0.018 0.106 0.035 0.008 0.175 0.014 140 I 0.008 0.891 0.009 0.015 0.031 0.004 0.024 0.017 141 C 0.007 0.917 0.005 0.016 0.009 0.003 0.034 0.009 142 S 0.013 0.694 0.010 0.031 0.035 0.016 0.160 0.042 143 R 0.022 0.646 0.020 0.043 0.041 0.023 0.146 0.059 144 A 0.151 0.445 0.023 0.018 0.037 0.028 0.167 0.131 145 M 0.068 0.217 0.029 0.050 0.041 0.079 0.254 0.262 146 H 0.024 0.159 0.092 0.055 0.118 0.100 0.153 0.300 147 E 0.008 0.031 0.108 0.042 0.177 0.113 0.071 0.450 148 L 0.003 0.045 0.208 0.239 0.219 0.055 0.078 0.154 149 T 0.005 0.031 0.196 0.236 0.331 0.040 0.057 0.104 150 L 0.005 0.012 0.209 0.316 0.167 0.050 0.060 0.181 151 V 0.017 0.009 0.292 0.151 0.215 0.044 0.098 0.175 152 A 0.113 0.023 0.204 0.095 0.098 0.088 0.078 0.301 153 V 0.075 0.031 0.059 0.026 0.041 0.112 0.053 0.603 154 G 0.024 0.011 0.041 0.010 0.016 0.113 0.061 0.724 155 S 0.030 0.122 0.018 0.014 0.019 0.099 0.097 0.601 156 L 0.086 0.416 0.007 0.003 0.005 0.054 0.033 0.397 157 S 0.103 0.701 0.002 0.003 0.002 0.015 0.048 0.126 158 P 0.043 0.661 0.006 0.004 0.005 0.027 0.104 0.150 159 L 0.127 0.641 0.018 0.002 0.007 0.020 0.095 0.091 160 L 0.247 0.066 0.008 0.005 0.006 0.030 0.526 0.111 161 A 0.034 0.128 0.011 0.014 0.012 0.096 0.079 0.625 162 R 0.041 0.129 0.019 0.004 0.015 0.091 0.044 0.657 163 V 0.086 0.303 0.021 0.016 0.009 0.087 0.075 0.402 164 N 0.315 0.304 0.009 0.004 0.007 0.052 0.066 0.243 165 H 0.074 0.065 0.023 0.008 0.013 0.103 0.202 0.512 166 A 0.020 0.125 0.054 0.022 0.037 0.118 0.130 0.494 167 L 0.046 0.076 0.076 0.030 0.049 0.129 0.119 0.474 168 Y 0.044 0.070 0.098 0.099 0.072 0.105 0.142 0.370 169 T 0.095 0.029 0.057 0.043 0.085 0.097 0.073 0.520 170 L 0.052 0.011 0.099 0.057 0.077 0.102 0.066 0.535 171 N 0.097 0.008 0.041 0.039 0.060 0.087 0.043 0.626 172 E 0.179 0.008 0.012 0.018 0.027 0.083 0.033 0.639 173 A 0.037 0.005 0.013 0.016 0.027 0.110 0.022 0.769 174 K 0.042 0.008 0.011 0.027 0.043 0.110 0.028 0.731