# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1831 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.617 0.141 0.031 0.065 0.041 0.027 0.032 0.019 0.014 0.009 0.006 2 N 0.433 0.145 0.045 0.115 0.074 0.049 0.054 0.034 0.025 0.016 0.010 3 A 0.142 0.160 0.058 0.156 0.126 0.097 0.101 0.067 0.049 0.029 0.015 4 S 0.064 0.080 0.042 0.125 0.130 0.113 0.142 0.120 0.089 0.054 0.041 5 Y 0.053 0.036 0.052 0.089 0.103 0.111 0.162 0.144 0.112 0.082 0.058 6 R 0.056 0.081 0.094 0.188 0.167 0.124 0.120 0.074 0.047 0.031 0.019 7 S 0.017 0.038 0.034 0.058 0.080 0.068 0.142 0.170 0.158 0.143 0.093 8 T 0.075 0.079 0.053 0.136 0.139 0.129 0.163 0.087 0.073 0.047 0.019 9 Q 0.440 0.105 0.158 0.158 0.063 0.033 0.024 0.010 0.006 0.003 0.001 10 Q 0.051 0.105 0.083 0.230 0.198 0.143 0.116 0.045 0.018 0.008 0.004 11 I 0.001 0.002 0.004 0.004 0.009 0.010 0.040 0.099 0.214 0.259 0.359 12 T 0.004 0.005 0.019 0.043 0.109 0.186 0.276 0.156 0.099 0.071 0.033 13 D 0.014 0.050 0.640 0.207 0.058 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.005 0.012 0.034 0.090 0.234 0.218 0.181 0.133 0.092 15 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.028 0.065 0.219 0.302 0.372 16 K 0.011 0.017 0.146 0.171 0.233 0.167 0.158 0.056 0.026 0.011 0.005 17 E 0.018 0.036 0.343 0.227 0.154 0.105 0.075 0.024 0.010 0.005 0.003 18 I 0.001 0.002 0.005 0.005 0.009 0.025 0.083 0.101 0.234 0.254 0.280 19 L 0.005 0.004 0.006 0.015 0.031 0.059 0.171 0.160 0.210 0.196 0.142 20 V 0.020 0.111 0.396 0.213 0.117 0.069 0.036 0.015 0.012 0.008 0.004 21 N 0.063 0.120 0.118 0.171 0.162 0.138 0.128 0.055 0.024 0.013 0.008 22 G 0.514 0.133 0.029 0.066 0.047 0.042 0.058 0.045 0.031 0.021 0.013 23 E 0.341 0.152 0.049 0.133 0.096 0.068 0.070 0.046 0.025 0.013 0.007 24 A 0.113 0.158 0.099 0.218 0.147 0.099 0.073 0.042 0.026 0.016 0.009 25 V 0.012 0.010 0.013 0.021 0.036 0.076 0.164 0.151 0.202 0.172 0.143 26 T 0.071 0.129 0.134 0.241 0.171 0.100 0.076 0.039 0.021 0.012 0.006 27 A 0.032 0.033 0.062 0.091 0.092 0.120 0.162 0.126 0.125 0.103 0.055 28 F 0.047 0.043 0.034 0.101 0.111 0.130 0.186 0.129 0.104 0.075 0.042 29 D 0.156 0.133 0.086 0.158 0.112 0.091 0.110 0.066 0.045 0.030 0.013 30 R 0.155 0.186 0.102 0.173 0.118 0.094 0.076 0.041 0.026 0.018 0.010 31 Q 0.261 0.268 0.050 0.131 0.085 0.060 0.062 0.037 0.022 0.014 0.008 32 G 0.559 0.125 0.026 0.075 0.058 0.040 0.043 0.032 0.020 0.014 0.008 33 D 0.342 0.202 0.062 0.135 0.080 0.062 0.051 0.029 0.019 0.012 0.006 34 L 0.049 0.089 0.039 0.143 0.136 0.154 0.153 0.093 0.072 0.046 0.026 35 P 0.055 0.041 0.024 0.056 0.074 0.099 0.155 0.152 0.149 0.115 0.080 36 N 0.105 0.149 0.085 0.242 0.154 0.098 0.081 0.042 0.025 0.013 0.006 37 V 0.016 0.012 0.018 0.039 0.052 0.072 0.127 0.139 0.189 0.187 0.148 38 V 0.036 0.035 0.031 0.097 0.125 0.141 0.173 0.134 0.107 0.076 0.044 39 V 0.037 0.098 0.079 0.164 0.132 0.127 0.145 0.088 0.065 0.044 0.020 40 T 0.020 0.020 0.022 0.046 0.065 0.104 0.184 0.148 0.162 0.132 0.098 41 P 0.471 0.148 0.065 0.128 0.073 0.038 0.039 0.019 0.011 0.006 0.003 42 N 0.185 0.252 0.093 0.170 0.099 0.069 0.060 0.032 0.020 0.014 0.007 43 F 0.047 0.086 0.032 0.095 0.119 0.134 0.190 0.123 0.084 0.058 0.032 44 E 0.537 0.134 0.065 0.104 0.061 0.041 0.033 0.014 0.006 0.003 0.001 45 A 0.195 0.122 0.209 0.223 0.119 0.062 0.041 0.018 0.007 0.004 0.002 46 G 0.016 0.057 0.045 0.120 0.145 0.139 0.194 0.134 0.078 0.051 0.021 47 V 0.001 0.002 0.004 0.008 0.023 0.063 0.173 0.176 0.230 0.205 0.115 48 D 0.030 0.047 0.566 0.214 0.090 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 49 Q 0.011 0.022 0.162 0.196 0.191 0.174 0.160 0.052 0.018 0.009 0.004 50 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.020 0.049 0.190 0.278 0.454 51 V 0.001 0.002 0.006 0.021 0.072 0.137 0.301 0.193 0.136 0.093 0.037 52 D 0.007 0.029 0.739 0.152 0.045 0.016 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 53 Q 0.003 0.007 0.040 0.070 0.116 0.215 0.334 0.124 0.053 0.025 0.012 54 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.036 0.063 0.233 0.323 0.327 55 A 0.019 0.042 0.119 0.191 0.213 0.145 0.148 0.066 0.031 0.017 0.008 56 M 0.021 0.036 0.204 0.102 0.097 0.145 0.156 0.082 0.072 0.059 0.027 57 N 0.124 0.101 0.070 0.126 0.117 0.108 0.166 0.089 0.052 0.028 0.018 58 D 0.324 0.210 0.063 0.108 0.066 0.059 0.075 0.044 0.026 0.017 0.008 59 S 0.265 0.224 0.088 0.164 0.103 0.059 0.042 0.024 0.014 0.009 0.006 60 E 0.434 0.304 0.048 0.091 0.049 0.028 0.022 0.013 0.006 0.004 0.002 61 R 0.217 0.132 0.041 0.126 0.119 0.098 0.102 0.070 0.044 0.030 0.021 62 D 0.228 0.147 0.063 0.147 0.119 0.093 0.094 0.056 0.028 0.017 0.008 63 T 0.021 0.049 0.046 0.164 0.166 0.158 0.171 0.099 0.069 0.039 0.018 64 T 0.003 0.006 0.010 0.018 0.030 0.061 0.138 0.136 0.228 0.203 0.167 65 A 0.002 0.008 0.016 0.050 0.070 0.088 0.158 0.160 0.184 0.151 0.113 66 I 0.001 0.001 0.005 0.007 0.012 0.027 0.063 0.096 0.229 0.269 0.289 67 I 0.001 0.001 0.004 0.008 0.018 0.019 0.057 0.129 0.200 0.217 0.346 68 G 0.002 0.003 0.011 0.019 0.032 0.046 0.105 0.144 0.223 0.231 0.184 69 K 0.009 0.016 0.035 0.091 0.140 0.139 0.197 0.148 0.114 0.067 0.044 70 S 0.038 0.101 0.077 0.138 0.110 0.134 0.180 0.094 0.068 0.041 0.019 71 L 0.052 0.045 0.047 0.123 0.143 0.160 0.210 0.097 0.065 0.035 0.023 72 A 0.515 0.128 0.091 0.099 0.059 0.036 0.037 0.018 0.008 0.005 0.003 73 E 0.027 0.134 0.090 0.198 0.160 0.131 0.138 0.059 0.034 0.020 0.009 74 C 0.004 0.007 0.011 0.016 0.036 0.085 0.200 0.159 0.195 0.174 0.114 75 E 0.204 0.092 0.378 0.201 0.081 0.026 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 76 A 0.027 0.061 0.265 0.262 0.175 0.103 0.071 0.024 0.007 0.003 0.002 77 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.012 0.047 0.091 0.247 0.321 0.273 78 T 0.006 0.009 0.034 0.076 0.166 0.243 0.308 0.095 0.041 0.018 0.005 79 K 0.004 0.011 0.896 0.069 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.004 0.005 0.044 0.062 0.097 0.257 0.379 0.096 0.035 0.016 0.004 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.061 0.250 0.371 0.283 82 K 0.007 0.026 0.277 0.215 0.226 0.118 0.082 0.029 0.011 0.006 0.002 83 A 0.005 0.039 0.769 0.106 0.044 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 84 R 0.020 0.027 0.031 0.047 0.079 0.212 0.308 0.146 0.073 0.039 0.017 85 G 0.626 0.215 0.028 0.050 0.022 0.015 0.018 0.014 0.007 0.004 0.002 86 E 0.162 0.058 0.061 0.098 0.106 0.109 0.152 0.100 0.075 0.048 0.031 87 Q 0.294 0.264 0.123 0.168 0.076 0.031 0.024 0.011 0.005 0.003 0.001 88 V 0.008 0.008 0.009 0.019 0.033 0.098 0.179 0.146 0.217 0.171 0.113 89 T 0.089 0.151 0.109 0.215 0.174 0.103 0.074 0.044 0.021 0.012 0.007 90 L 0.013 0.014 0.029 0.058 0.074 0.119 0.191 0.162 0.152 0.123 0.064 91 I 0.022 0.028 0.030 0.061 0.072 0.120 0.188 0.138 0.145 0.125 0.073 92 Q 0.123 0.178 0.085 0.195 0.127 0.090 0.094 0.048 0.033 0.018 0.008 93 T 0.259 0.166 0.089 0.165 0.108 0.071 0.060 0.037 0.022 0.014 0.009 94 E 0.283 0.120 0.053 0.121 0.099 0.088 0.104 0.060 0.037 0.023 0.012 95 N 0.210 0.162 0.072 0.171 0.117 0.089 0.084 0.048 0.025 0.016 0.007 96 Q 0.072 0.066 0.055 0.101 0.104 0.136 0.160 0.108 0.092 0.069 0.037 97 R 0.115 0.083 0.068 0.143 0.126 0.107 0.135 0.094 0.063 0.044 0.023 98 L 0.053 0.096 0.095 0.152 0.124 0.128 0.141 0.084 0.061 0.044 0.023 99 A 0.067 0.142 0.105 0.181 0.154 0.123 0.096 0.055 0.036 0.025 0.017 100 P 0.308 0.158 0.066 0.132 0.096 0.070 0.074 0.047 0.026 0.014 0.008 101 G 0.355 0.139 0.056 0.135 0.088 0.057 0.070 0.040 0.031 0.017 0.011 102 V 0.019 0.018 0.017 0.030 0.034 0.049 0.098 0.112 0.209 0.211 0.202 103 I 0.024 0.085 0.054 0.170 0.171 0.148 0.131 0.083 0.067 0.039 0.026 104 V 0.006 0.008 0.015 0.021 0.033 0.043 0.098 0.163 0.199 0.187 0.227 105 V 0.009 0.010 0.020 0.049 0.073 0.063 0.118 0.206 0.159 0.144 0.151 106 P 0.011 0.016 0.025 0.051 0.061 0.071 0.148 0.162 0.197 0.158 0.100 107 S 0.016 0.017 0.030 0.073 0.101 0.065 0.124 0.160 0.163 0.122 0.129 108 F 0.027 0.022 0.036 0.062 0.070 0.084 0.165 0.148 0.163 0.138 0.087 109 L 0.041 0.068 0.090 0.222 0.178 0.117 0.126 0.065 0.050 0.024 0.018 110 A 0.011 0.015 0.030 0.025 0.036 0.040 0.099 0.131 0.192 0.206 0.215 111 K 0.017 0.052 0.066 0.165 0.173 0.125 0.149 0.095 0.077 0.053 0.028 112 G 0.204 0.124 0.125 0.140 0.079 0.078 0.083 0.048 0.052 0.043 0.024 113 L 0.022 0.022 0.029 0.066 0.084 0.153 0.215 0.137 0.129 0.086 0.056 114 E 0.015 0.044 0.049 0.092 0.101 0.079 0.161 0.163 0.125 0.098 0.072 115 F 0.004 0.006 0.020 0.033 0.056 0.072 0.166 0.173 0.187 0.161 0.123 116 D 0.062 0.123 0.189 0.218 0.137 0.088 0.085 0.037 0.033 0.018 0.011 117 A 0.003 0.006 0.014 0.034 0.055 0.067 0.170 0.178 0.197 0.166 0.111 118 V 0.001 0.004 0.008 0.015 0.024 0.040 0.087 0.129 0.218 0.261 0.211 119 I 0.001 0.003 0.007 0.013 0.023 0.029 0.089 0.156 0.222 0.233 0.225 120 V 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 0.013 0.034 0.089 0.187 0.276 0.383 121 W 0.001 0.001 0.006 0.009 0.020 0.031 0.095 0.166 0.241 0.231 0.198 122 N 0.011 0.024 0.059 0.132 0.139 0.124 0.178 0.126 0.103 0.066 0.038 123 A 0.005 0.005 0.015 0.022 0.039 0.059 0.138 0.163 0.213 0.169 0.173 124 N 0.063 0.133 0.072 0.160 0.117 0.125 0.160 0.069 0.053 0.033 0.015 125 Q 0.083 0.132 0.092 0.176 0.142 0.132 0.130 0.050 0.034 0.019 0.011 126 E 0.606 0.166 0.057 0.080 0.043 0.021 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 127 N 0.266 0.204 0.062 0.143 0.091 0.065 0.080 0.040 0.025 0.015 0.009 128 Y 0.036 0.027 0.017 0.038 0.056 0.088 0.168 0.152 0.164 0.142 0.113 129 Q 0.168 0.405 0.159 0.161 0.059 0.025 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 130 R 0.131 0.152 0.125 0.191 0.135 0.100 0.082 0.043 0.022 0.012 0.007 131 E 0.602 0.143 0.050 0.083 0.046 0.026 0.024 0.014 0.007 0.003 0.002 132 D 0.209 0.164 0.092 0.192 0.118 0.080 0.074 0.038 0.019 0.009 0.004 133 E 0.041 0.046 0.087 0.113 0.121 0.132 0.172 0.121 0.083 0.057 0.027 134 R 0.031 0.051 0.118 0.150 0.127 0.150 0.179 0.087 0.059 0.035 0.013 135 Q 0.016 0.052 0.240 0.192 0.136 0.129 0.122 0.054 0.035 0.018 0.008 136 L 0.006 0.012 0.064 0.069 0.088 0.116 0.210 0.164 0.130 0.093 0.050 137 L 0.003 0.007 0.031 0.029 0.038 0.065 0.160 0.159 0.221 0.177 0.109 138 Y 0.004 0.009 0.043 0.048 0.067 0.081 0.189 0.175 0.167 0.131 0.086 139 T 0.002 0.003 0.020 0.016 0.025 0.036 0.103 0.155 0.223 0.240 0.177 140 I 0.002 0.005 0.017 0.023 0.039 0.045 0.144 0.220 0.215 0.187 0.102 141 C 0.002 0.002 0.010 0.012 0.021 0.026 0.082 0.177 0.224 0.239 0.205 142 S 0.009 0.012 0.050 0.054 0.074 0.072 0.138 0.180 0.160 0.139 0.111 143 R 0.006 0.010 0.040 0.056 0.093 0.103 0.212 0.189 0.141 0.096 0.055 144 A 0.003 0.006 0.029 0.034 0.058 0.059 0.185 0.215 0.171 0.149 0.090 145 M 0.008 0.026 0.126 0.145 0.139 0.172 0.184 0.068 0.066 0.047 0.018 146 H 0.016 0.049 0.229 0.181 0.144 0.131 0.144 0.049 0.032 0.017 0.007 147 E 0.010 0.031 0.089 0.143 0.158 0.169 0.198 0.088 0.058 0.037 0.019 148 L 0.001 0.001 0.006 0.004 0.006 0.015 0.049 0.079 0.214 0.309 0.317 149 T 0.006 0.022 0.054 0.104 0.134 0.159 0.193 0.110 0.103 0.069 0.049 150 L 0.001 0.001 0.009 0.006 0.011 0.015 0.046 0.091 0.180 0.244 0.396 151 V 0.003 0.003 0.009 0.015 0.031 0.057 0.117 0.149 0.210 0.214 0.193 152 A 0.008 0.017 0.025 0.053 0.067 0.084 0.171 0.164 0.185 0.133 0.091 153 V 0.017 0.023 0.031 0.075 0.100 0.121 0.192 0.155 0.128 0.084 0.074 154 G 0.212 0.148 0.079 0.153 0.111 0.087 0.098 0.046 0.033 0.018 0.013 155 S 0.209 0.222 0.062 0.156 0.109 0.074 0.073 0.043 0.026 0.015 0.010 156 L 0.118 0.107 0.036 0.101 0.103 0.099 0.131 0.097 0.090 0.068 0.050 157 S 0.154 0.087 0.054 0.121 0.113 0.115 0.139 0.086 0.062 0.043 0.026 158 P 0.102 0.136 0.143 0.229 0.153 0.109 0.068 0.029 0.017 0.008 0.005 159 L 0.011 0.015 0.021 0.038 0.057 0.062 0.143 0.182 0.183 0.153 0.136 160 L 0.005 0.007 0.012 0.037 0.065 0.089 0.178 0.180 0.181 0.156 0.092 161 A 0.072 0.079 0.300 0.224 0.136 0.078 0.062 0.024 0.015 0.008 0.003 162 R 0.038 0.075 0.190 0.264 0.179 0.118 0.080 0.031 0.014 0.008 0.004 163 V 0.006 0.007 0.009 0.010 0.017 0.037 0.101 0.126 0.225 0.261 0.202 164 N 0.115 0.202 0.088 0.180 0.133 0.091 0.098 0.046 0.026 0.015 0.006 165 H 0.194 0.112 0.247 0.187 0.104 0.071 0.045 0.019 0.012 0.006 0.003 166 A 0.407 0.170 0.119 0.137 0.072 0.040 0.033 0.013 0.005 0.002 0.001 167 L 0.027 0.033 0.029 0.068 0.078 0.113 0.203 0.162 0.142 0.097 0.048 168 Y 0.034 0.029 0.042 0.064 0.087 0.139 0.213 0.151 0.112 0.087 0.042 169 T 0.049 0.173 0.351 0.252 0.099 0.040 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 170 L 0.061 0.044 0.076 0.103 0.127 0.128 0.193 0.134 0.067 0.043 0.024 171 N 0.318 0.185 0.080 0.124 0.078 0.061 0.068 0.041 0.024 0.014 0.006 172 E 0.224 0.255 0.115 0.179 0.096 0.051 0.041 0.020 0.010 0.005 0.003 173 A 0.406 0.153 0.081 0.095 0.076 0.047 0.058 0.038 0.022 0.014 0.009 174 K 0.448 0.218 0.071 0.112 0.061 0.033 0.030 0.015 0.008 0.004 0.002