# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1831 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.039 0.011 0.002 0.020 0.020 0.025 0.081 0.001 0.001 0.002 0.798 2 N 0.035 0.010 0.003 0.030 0.019 0.032 0.085 0.001 0.001 0.003 0.782 3 A 0.172 0.034 0.010 0.092 0.040 0.059 0.173 0.001 0.001 0.009 0.409 4 S 0.045 0.029 0.002 0.054 0.035 0.040 0.259 0.001 0.001 0.004 0.532 5 Y 0.157 0.032 0.013 0.032 0.043 0.087 0.073 0.002 0.001 0.007 0.552 6 R 0.088 0.067 0.011 0.115 0.036 0.081 0.207 0.003 0.001 0.006 0.386 7 S 0.094 0.057 0.005 0.021 0.020 0.029 0.308 0.003 0.001 0.004 0.460 8 T 0.073 0.138 0.008 0.028 0.014 0.027 0.155 0.002 0.001 0.005 0.551 9 Q 0.010 0.075 0.002 0.003 0.005 0.012 0.287 0.001 0.001 0.006 0.598 10 Q 0.021 0.046 0.001 0.001 0.001 0.002 0.726 0.001 0.001 0.002 0.200 11 I 0.042 0.714 0.002 0.002 0.001 0.002 0.103 0.001 0.001 0.001 0.131 12 T 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 13 D 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 14 F 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.018 15 T 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 16 K 0.006 0.969 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.013 17 E 0.015 0.940 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.025 18 I 0.032 0.918 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.024 19 L 0.038 0.885 0.011 0.001 0.001 0.003 0.002 0.024 0.001 0.001 0.034 20 V 0.087 0.703 0.033 0.005 0.002 0.004 0.007 0.057 0.001 0.001 0.100 21 N 0.278 0.444 0.041 0.007 0.003 0.004 0.013 0.068 0.001 0.002 0.138 22 G 0.273 0.093 0.065 0.010 0.006 0.009 0.015 0.025 0.001 0.002 0.501 23 E 0.087 0.020 0.058 0.036 0.017 0.018 0.102 0.004 0.001 0.002 0.655 24 A 0.018 0.005 0.003 0.033 0.014 0.015 0.104 0.001 0.001 0.001 0.806 25 V 0.069 0.023 0.007 0.064 0.064 0.102 0.069 0.001 0.001 0.004 0.598 26 T 0.032 0.025 0.003 0.146 0.046 0.085 0.199 0.001 0.001 0.004 0.460 27 A 0.037 0.016 0.003 0.090 0.065 0.136 0.080 0.001 0.001 0.005 0.568 28 F 0.039 0.033 0.003 0.099 0.094 0.180 0.097 0.002 0.001 0.008 0.445 29 D 0.060 0.031 0.004 0.076 0.097 0.201 0.149 0.003 0.001 0.012 0.367 30 R 0.063 0.046 0.007 0.056 0.081 0.120 0.126 0.004 0.001 0.009 0.489 31 Q 0.052 0.037 0.009 0.027 0.048 0.084 0.228 0.004 0.001 0.019 0.491 32 G 0.268 0.013 0.017 0.021 0.026 0.037 0.157 0.004 0.001 0.052 0.404 33 D 0.255 0.004 0.028 0.016 0.014 0.021 0.072 0.002 0.001 0.010 0.579 34 L 0.039 0.001 0.005 0.062 0.057 0.035 0.153 0.001 0.001 0.002 0.646 35 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.977 36 N 0.005 0.001 0.001 0.112 0.253 0.404 0.041 0.001 0.001 0.001 0.183 37 V 0.017 0.001 0.001 0.129 0.082 0.202 0.051 0.001 0.001 0.002 0.515 38 V 0.013 0.003 0.001 0.284 0.225 0.335 0.025 0.001 0.001 0.001 0.113 39 V 0.008 0.002 0.001 0.132 0.107 0.221 0.074 0.001 0.001 0.003 0.452 40 T 0.014 0.002 0.002 0.130 0.231 0.268 0.064 0.001 0.001 0.004 0.285 41 P 0.002 0.001 0.001 0.008 0.008 0.022 0.018 0.001 0.001 0.001 0.943 42 N 0.008 0.001 0.001 0.019 0.009 0.020 0.437 0.001 0.001 0.004 0.503 43 F 0.147 0.005 0.001 0.006 0.003 0.004 0.193 0.001 0.001 0.012 0.629 44 E 0.021 0.037 0.001 0.003 0.003 0.006 0.381 0.001 0.001 0.009 0.539 45 A 0.050 0.042 0.002 0.003 0.002 0.005 0.471 0.001 0.001 0.012 0.414 46 G 0.174 0.353 0.003 0.003 0.003 0.006 0.189 0.003 0.001 0.005 0.262 47 V 0.020 0.907 0.008 0.002 0.001 0.002 0.016 0.002 0.001 0.001 0.042 48 D 0.006 0.818 0.001 0.002 0.002 0.006 0.010 0.002 0.001 0.001 0.153 49 Q 0.017 0.768 0.001 0.002 0.001 0.001 0.031 0.003 0.001 0.001 0.175 50 V 0.027 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.054 51 V 0.007 0.955 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.027 52 D 0.009 0.945 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.034 53 Q 0.041 0.907 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.035 54 L 0.038 0.934 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.011 55 A 0.035 0.867 0.008 0.002 0.002 0.004 0.004 0.023 0.001 0.001 0.055 56 M 0.132 0.652 0.022 0.006 0.002 0.005 0.009 0.053 0.001 0.001 0.117 57 N 0.264 0.470 0.017 0.009 0.005 0.009 0.016 0.060 0.001 0.002 0.148 58 D 0.124 0.182 0.035 0.010 0.008 0.012 0.046 0.035 0.001 0.003 0.546 59 S 0.100 0.093 0.080 0.019 0.008 0.018 0.152 0.017 0.001 0.012 0.503 60 E 0.162 0.032 0.022 0.011 0.006 0.008 0.334 0.007 0.001 0.018 0.400 61 R 0.173 0.021 0.022 0.009 0.005 0.005 0.074 0.002 0.001 0.007 0.681 62 D 0.084 0.013 0.021 0.019 0.025 0.037 0.104 0.001 0.001 0.010 0.684 63 T 0.102 0.006 0.006 0.053 0.028 0.024 0.215 0.001 0.001 0.006 0.559 64 T 0.083 0.018 0.005 0.149 0.139 0.172 0.071 0.001 0.001 0.003 0.361 65 A 0.009 0.012 0.003 0.266 0.259 0.320 0.051 0.001 0.001 0.001 0.079 66 I 0.004 0.012 0.001 0.362 0.216 0.300 0.028 0.001 0.001 0.001 0.075 67 I 0.004 0.019 0.001 0.339 0.228 0.311 0.019 0.001 0.001 0.001 0.079 68 G 0.008 0.027 0.002 0.224 0.202 0.396 0.026 0.001 0.001 0.001 0.114 69 K 0.009 0.033 0.002 0.184 0.135 0.298 0.060 0.001 0.001 0.002 0.277 70 S 0.028 0.056 0.003 0.052 0.076 0.196 0.159 0.002 0.001 0.003 0.426 71 L 0.097 0.118 0.004 0.025 0.020 0.062 0.110 0.003 0.001 0.004 0.556 72 A 0.033 0.202 0.005 0.005 0.005 0.015 0.218 0.002 0.001 0.005 0.510 73 E 0.092 0.233 0.003 0.001 0.001 0.003 0.352 0.002 0.001 0.003 0.309 74 C 0.074 0.686 0.004 0.001 0.001 0.002 0.040 0.004 0.001 0.001 0.187 75 E 0.008 0.858 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.116 76 A 0.008 0.860 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.103 77 L 0.008 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.025 78 T 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 79 K 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 80 A 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 81 L 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.003 82 K 0.001 0.985 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 83 A 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.004 84 R 0.156 0.685 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.001 0.001 0.015 85 G 0.540 0.077 0.053 0.003 0.005 0.004 0.004 0.201 0.001 0.002 0.112 86 E 0.013 0.001 0.947 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.026 87 Q 0.003 0.001 0.003 0.210 0.030 0.025 0.095 0.001 0.001 0.001 0.633 88 V 0.007 0.001 0.003 0.105 0.052 0.059 0.019 0.001 0.001 0.001 0.752 89 T 0.006 0.002 0.001 0.709 0.067 0.084 0.029 0.001 0.001 0.002 0.102 90 L 0.006 0.001 0.001 0.165 0.036 0.138 0.049 0.001 0.001 0.002 0.602 91 I 0.008 0.004 0.001 0.648 0.065 0.156 0.036 0.001 0.001 0.002 0.080 92 Q 0.019 0.005 0.001 0.147 0.049 0.093 0.143 0.001 0.001 0.010 0.533 93 T 0.060 0.008 0.002 0.058 0.030 0.051 0.114 0.001 0.001 0.010 0.666 94 E 0.094 0.012 0.003 0.028 0.017 0.041 0.243 0.001 0.001 0.010 0.551 95 N 0.046 0.010 0.002 0.021 0.011 0.018 0.351 0.001 0.001 0.010 0.532 96 Q 0.257 0.043 0.007 0.020 0.035 0.065 0.123 0.003 0.001 0.021 0.426 97 R 0.092 0.065 0.011 0.019 0.038 0.066 0.246 0.005 0.001 0.014 0.445 98 L 0.179 0.044 0.027 0.017 0.037 0.094 0.143 0.008 0.001 0.011 0.440 99 A 0.144 0.026 0.014 0.023 0.040 0.053 0.092 0.003 0.001 0.004 0.600 100 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.987 101 G 0.070 0.001 0.004 0.062 0.040 0.054 0.107 0.001 0.001 0.002 0.659 102 V 0.349 0.003 0.014 0.121 0.062 0.043 0.053 0.001 0.001 0.006 0.349 103 I 0.011 0.002 0.001 0.263 0.237 0.260 0.049 0.001 0.001 0.001 0.176 104 V 0.003 0.001 0.002 0.315 0.104 0.249 0.036 0.001 0.001 0.001 0.289 105 V 0.002 0.002 0.001 0.482 0.149 0.244 0.029 0.001 0.001 0.001 0.090 106 P 0.001 0.001 0.001 0.080 0.021 0.054 0.017 0.001 0.001 0.001 0.827 107 S 0.006 0.005 0.001 0.302 0.058 0.220 0.067 0.001 0.001 0.002 0.339 108 F 0.028 0.021 0.001 0.171 0.045 0.092 0.197 0.001 0.001 0.010 0.434 109 L 0.112 0.111 0.006 0.064 0.064 0.105 0.106 0.004 0.001 0.011 0.418 110 A 0.117 0.215 0.012 0.072 0.066 0.107 0.074 0.008 0.001 0.008 0.321 111 K 0.120 0.148 0.006 0.027 0.054 0.070 0.093 0.011 0.001 0.008 0.462 112 G 0.359 0.049 0.006 0.028 0.034 0.076 0.039 0.016 0.001 0.011 0.382 113 L 0.332 0.032 0.080 0.071 0.077 0.093 0.062 0.011 0.001 0.008 0.233 114 E 0.034 0.005 0.005 0.107 0.112 0.133 0.146 0.003 0.001 0.002 0.454 115 F 0.018 0.002 0.023 0.180 0.153 0.224 0.042 0.001 0.001 0.005 0.352 116 D 0.012 0.001 0.001 0.334 0.190 0.296 0.049 0.001 0.001 0.002 0.115 117 A 0.002 0.001 0.001 0.245 0.018 0.042 0.116 0.001 0.001 0.001 0.575 118 V 0.014 0.001 0.001 0.795 0.054 0.049 0.019 0.001 0.001 0.001 0.068 119 I 0.001 0.001 0.001 0.646 0.051 0.062 0.042 0.001 0.001 0.001 0.196 120 V 0.001 0.001 0.001 0.620 0.082 0.118 0.035 0.001 0.001 0.001 0.142 121 W 0.001 0.001 0.001 0.521 0.095 0.120 0.088 0.001 0.001 0.002 0.170 122 N 0.003 0.001 0.001 0.139 0.074 0.093 0.114 0.001 0.001 0.004 0.572 123 A 0.006 0.001 0.001 0.093 0.023 0.049 0.157 0.001 0.001 0.003 0.666 124 N 0.005 0.001 0.001 0.039 0.012 0.025 0.573 0.001 0.001 0.011 0.332 125 Q 0.167 0.009 0.002 0.016 0.006 0.009 0.255 0.001 0.001 0.046 0.490 126 E 0.067 0.039 0.003 0.013 0.009 0.016 0.374 0.001 0.001 0.029 0.449 127 N 0.232 0.054 0.006 0.011 0.015 0.023 0.277 0.003 0.001 0.016 0.362 128 Y 0.166 0.244 0.015 0.019 0.038 0.068 0.086 0.008 0.001 0.008 0.348 129 Q 0.023 0.080 0.003 0.011 0.030 0.044 0.099 0.004 0.001 0.002 0.703 130 R 0.060 0.062 0.006 0.007 0.020 0.047 0.056 0.005 0.001 0.003 0.733 131 E 0.103 0.050 0.006 0.007 0.012 0.021 0.088 0.004 0.001 0.004 0.705 132 D 0.079 0.036 0.009 0.003 0.005 0.007 0.146 0.002 0.001 0.004 0.709 133 E 0.156 0.066 0.026 0.006 0.007 0.012 0.149 0.002 0.001 0.009 0.566 134 R 0.167 0.163 0.028 0.009 0.024 0.029 0.180 0.002 0.001 0.012 0.385 135 Q 0.074 0.215 0.008 0.013 0.039 0.044 0.169 0.002 0.001 0.003 0.434 136 L 0.030 0.471 0.009 0.020 0.042 0.061 0.094 0.002 0.001 0.001 0.271 137 L 0.007 0.708 0.003 0.024 0.048 0.079 0.040 0.001 0.001 0.001 0.090 138 Y 0.003 0.777 0.001 0.010 0.046 0.072 0.025 0.001 0.001 0.001 0.064 139 T 0.004 0.893 0.001 0.005 0.016 0.028 0.012 0.001 0.001 0.001 0.040 140 I 0.003 0.949 0.001 0.002 0.008 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.017 141 C 0.001 0.981 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 142 S 0.003 0.965 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.017 143 R 0.005 0.962 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.018 144 A 0.008 0.965 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.014 145 M 0.024 0.886 0.009 0.001 0.001 0.003 0.004 0.017 0.001 0.001 0.055 146 H 0.029 0.906 0.015 0.001 0.002 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.023 147 E 0.058 0.799 0.021 0.002 0.003 0.004 0.005 0.024 0.001 0.001 0.083 148 L 0.110 0.592 0.060 0.027 0.028 0.031 0.011 0.030 0.001 0.001 0.109 149 T 0.036 0.283 0.035 0.089 0.186 0.177 0.022 0.020 0.001 0.001 0.149 150 L 0.017 0.104 0.022 0.141 0.218 0.247 0.023 0.011 0.001 0.001 0.216 151 V 0.017 0.085 0.027 0.246 0.176 0.209 0.036 0.006 0.001 0.002 0.196 152 A 0.013 0.029 0.005 0.186 0.120 0.200 0.056 0.003 0.001 0.002 0.386 153 V 0.015 0.015 0.007 0.169 0.079 0.157 0.068 0.002 0.001 0.003 0.486 154 G 0.045 0.011 0.005 0.125 0.033 0.069 0.139 0.003 0.001 0.010 0.560 155 S 0.144 0.009 0.011 0.034 0.021 0.022 0.131 0.002 0.001 0.012 0.613 156 L 0.017 0.002 0.002 0.008 0.003 0.008 0.033 0.001 0.001 0.001 0.925 157 S 0.034 0.009 0.003 0.018 0.038 0.058 0.306 0.001 0.001 0.006 0.526 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.994 159 L 0.018 0.037 0.001 0.009 0.012 0.041 0.333 0.001 0.001 0.002 0.546 160 L 0.346 0.123 0.003 0.007 0.006 0.012 0.131 0.002 0.001 0.012 0.358 161 A 0.089 0.682 0.004 0.008 0.008 0.013 0.032 0.003 0.001 0.001 0.161 162 R 0.107 0.666 0.009 0.007 0.005 0.007 0.024 0.010 0.001 0.002 0.164 163 V 0.156 0.665 0.006 0.006 0.007 0.011 0.011 0.016 0.001 0.001 0.121 164 N 0.077 0.409 0.005 0.009 0.020 0.027 0.033 0.020 0.001 0.001 0.400 165 H 0.076 0.278 0.029 0.012 0.018 0.036 0.039 0.013 0.001 0.003 0.497 166 A 0.087 0.213 0.020 0.016 0.013 0.020 0.165 0.008 0.001 0.007 0.452 167 L 0.303 0.220 0.024 0.012 0.010 0.015 0.135 0.008 0.001 0.006 0.268 168 Y 0.135 0.421 0.042 0.042 0.035 0.049 0.074 0.010 0.001 0.005 0.187 169 T 0.047 0.270 0.012 0.042 0.049 0.058 0.076 0.009 0.001 0.003 0.434 170 L 0.084 0.260 0.011 0.045 0.047 0.088 0.032 0.010 0.001 0.003 0.420 171 N 0.088 0.183 0.010 0.053 0.075 0.116 0.112 0.012 0.001 0.008 0.342 172 E 0.112 0.091 0.015 0.022 0.035 0.055 0.120 0.008 0.001 0.008 0.534 173 A 0.091 0.065 0.023 0.026 0.030 0.064 0.085 0.004 0.001 0.008 0.603 174 K 0.082 0.031 0.007 0.022 0.023 0.038 0.154 0.003 0.001 0.006 0.634