# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1831 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.034 0.015 0.021 0.020 0.035 0.060 0.008 0.808 2 N 0.024 0.007 0.013 0.012 0.019 0.178 0.007 0.740 3 A 0.169 0.020 0.038 0.028 0.037 0.214 0.020 0.474 4 S 0.172 0.050 0.068 0.032 0.044 0.205 0.021 0.409 5 Y 0.122 0.042 0.070 0.038 0.053 0.103 0.010 0.561 6 R 0.085 0.064 0.070 0.037 0.058 0.299 0.009 0.379 7 S 0.067 0.058 0.023 0.021 0.043 0.253 0.008 0.528 8 T 0.035 0.096 0.012 0.005 0.014 0.164 0.006 0.667 9 Q 0.012 0.077 0.004 0.001 0.003 0.298 0.003 0.602 10 Q 0.013 0.093 0.002 0.001 0.001 0.592 0.002 0.296 11 I 0.018 0.884 0.005 0.001 0.001 0.027 0.001 0.063 12 T 0.004 0.982 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 13 D 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 14 F 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 15 T 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 16 K 0.015 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.017 17 E 0.023 0.924 0.009 0.001 0.001 0.004 0.016 0.023 18 I 0.059 0.885 0.014 0.001 0.001 0.002 0.016 0.023 19 L 0.014 0.949 0.011 0.002 0.002 0.001 0.003 0.018 20 V 0.048 0.856 0.019 0.005 0.007 0.004 0.013 0.046 21 N 0.242 0.456 0.009 0.007 0.007 0.009 0.097 0.173 22 G 0.325 0.146 0.030 0.007 0.007 0.024 0.148 0.313 23 E 0.103 0.029 0.100 0.018 0.009 0.174 0.033 0.535 24 A 0.023 0.006 0.042 0.012 0.014 0.104 0.005 0.794 25 V 0.054 0.016 0.078 0.090 0.102 0.097 0.003 0.559 26 T 0.046 0.032 0.100 0.094 0.121 0.159 0.003 0.445 27 A 0.029 0.017 0.044 0.046 0.095 0.047 0.002 0.719 28 F 0.047 0.036 0.066 0.093 0.212 0.119 0.008 0.421 29 D 0.089 0.031 0.031 0.118 0.141 0.084 0.015 0.490 30 R 0.072 0.046 0.038 0.065 0.078 0.140 0.020 0.541 31 Q 0.071 0.027 0.022 0.024 0.027 0.295 0.034 0.499 32 G 0.348 0.012 0.017 0.017 0.021 0.072 0.080 0.432 33 D 0.165 0.011 0.044 0.029 0.033 0.225 0.021 0.472 34 L 0.031 0.004 0.035 0.061 0.084 0.084 0.004 0.698 35 P 0.001 0.001 0.004 0.007 0.023 0.004 0.001 0.960 36 N 0.012 0.002 0.043 0.190 0.353 0.057 0.001 0.343 37 V 0.031 0.005 0.115 0.248 0.362 0.024 0.001 0.214 38 V 0.019 0.005 0.125 0.313 0.396 0.026 0.001 0.114 39 V 0.012 0.005 0.115 0.144 0.292 0.035 0.002 0.395 40 T 0.012 0.004 0.095 0.231 0.385 0.048 0.002 0.223 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.992 42 N 0.020 0.003 0.012 0.017 0.038 0.365 0.004 0.542 43 F 0.167 0.006 0.005 0.002 0.006 0.080 0.006 0.727 44 E 0.047 0.041 0.004 0.001 0.004 0.408 0.004 0.491 45 A 0.040 0.042 0.001 0.001 0.001 0.728 0.004 0.185 46 G 0.197 0.456 0.003 0.001 0.001 0.101 0.013 0.228 47 V 0.042 0.845 0.012 0.001 0.001 0.015 0.003 0.081 48 D 0.014 0.829 0.004 0.001 0.001 0.019 0.002 0.130 49 Q 0.009 0.924 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.050 50 V 0.013 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 51 V 0.004 0.984 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 52 D 0.009 0.965 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 53 Q 0.023 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 54 L 0.028 0.941 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 55 A 0.034 0.875 0.008 0.004 0.003 0.013 0.019 0.044 56 M 0.127 0.658 0.026 0.010 0.012 0.013 0.061 0.092 57 N 0.303 0.225 0.031 0.012 0.009 0.031 0.096 0.292 58 D 0.097 0.102 0.042 0.035 0.012 0.061 0.032 0.618 59 S 0.073 0.052 0.034 0.016 0.017 0.263 0.035 0.509 60 E 0.317 0.026 0.018 0.013 0.012 0.294 0.038 0.282 61 R 0.112 0.016 0.019 0.011 0.011 0.114 0.016 0.700 62 D 0.038 0.012 0.041 0.020 0.024 0.214 0.013 0.638 63 T 0.283 0.010 0.083 0.056 0.064 0.211 0.027 0.265 64 T 0.074 0.015 0.249 0.161 0.213 0.077 0.008 0.202 65 A 0.007 0.004 0.229 0.378 0.283 0.044 0.001 0.054 66 I 0.004 0.004 0.320 0.285 0.305 0.022 0.001 0.059 67 I 0.002 0.005 0.368 0.193 0.368 0.013 0.001 0.050 68 G 0.003 0.006 0.248 0.184 0.379 0.031 0.001 0.147 69 K 0.012 0.011 0.160 0.109 0.215 0.099 0.003 0.391 70 S 0.028 0.024 0.075 0.042 0.128 0.193 0.009 0.502 71 L 0.074 0.041 0.022 0.009 0.031 0.106 0.012 0.704 72 A 0.021 0.043 0.005 0.001 0.003 0.451 0.004 0.472 73 E 0.080 0.107 0.002 0.001 0.001 0.537 0.009 0.263 74 C 0.118 0.696 0.005 0.001 0.001 0.027 0.005 0.147 75 E 0.011 0.890 0.006 0.001 0.001 0.019 0.001 0.073 76 A 0.007 0.850 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.118 77 L 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.017 78 T 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 79 K 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 80 A 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 81 L 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 82 K 0.012 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 83 A 0.022 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 84 R 0.046 0.794 0.003 0.001 0.001 0.003 0.125 0.028 85 G 0.513 0.115 0.016 0.001 0.001 0.002 0.292 0.060 86 E 0.066 0.038 0.724 0.020 0.005 0.024 0.016 0.108 87 Q 0.006 0.006 0.047 0.020 0.010 0.034 0.002 0.874 88 V 0.046 0.019 0.084 0.089 0.140 0.052 0.003 0.566 89 T 0.077 0.043 0.216 0.089 0.105 0.122 0.004 0.344 90 L 0.043 0.039 0.113 0.140 0.166 0.071 0.005 0.422 91 I 0.035 0.059 0.122 0.166 0.296 0.074 0.005 0.243 92 Q 0.035 0.043 0.049 0.078 0.141 0.115 0.008 0.530 93 T 0.059 0.043 0.041 0.067 0.133 0.120 0.019 0.518 94 E 0.075 0.031 0.027 0.024 0.041 0.129 0.016 0.657 95 N 0.062 0.029 0.015 0.032 0.037 0.229 0.018 0.579 96 Q 0.216 0.068 0.023 0.041 0.047 0.101 0.024 0.479 97 R 0.151 0.092 0.028 0.046 0.052 0.190 0.018 0.423 98 L 0.178 0.084 0.025 0.040 0.078 0.156 0.024 0.415 99 A 0.202 0.031 0.041 0.025 0.039 0.100 0.018 0.544 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 101 G 0.032 0.001 0.061 0.026 0.057 0.100 0.006 0.715 102 V 0.244 0.002 0.176 0.053 0.040 0.050 0.003 0.433 103 I 0.033 0.004 0.336 0.126 0.131 0.083 0.002 0.287 104 V 0.008 0.002 0.292 0.049 0.097 0.024 0.001 0.527 105 V 0.005 0.003 0.550 0.095 0.122 0.087 0.001 0.138 106 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.993 107 S 0.014 0.012 0.107 0.083 0.221 0.171 0.003 0.389 108 F 0.116 0.075 0.108 0.069 0.166 0.077 0.006 0.382 109 L 0.125 0.256 0.044 0.047 0.108 0.062 0.014 0.343 110 A 0.141 0.401 0.031 0.027 0.075 0.042 0.035 0.248 111 K 0.333 0.166 0.013 0.030 0.046 0.030 0.084 0.298 112 G 0.229 0.181 0.063 0.055 0.057 0.031 0.045 0.339 113 L 0.072 0.088 0.180 0.129 0.129 0.041 0.013 0.349 114 E 0.073 0.057 0.092 0.146 0.156 0.099 0.011 0.367 115 F 0.063 0.024 0.140 0.096 0.118 0.039 0.006 0.515 116 D 0.024 0.013 0.360 0.112 0.143 0.053 0.007 0.287 117 A 0.028 0.005 0.549 0.090 0.127 0.042 0.005 0.154 118 V 0.007 0.001 0.833 0.049 0.062 0.013 0.001 0.033 119 I 0.002 0.001 0.862 0.048 0.051 0.010 0.001 0.027 120 V 0.001 0.001 0.870 0.028 0.043 0.008 0.001 0.050 121 W 0.001 0.001 0.752 0.036 0.063 0.052 0.001 0.095 122 N 0.004 0.001 0.305 0.053 0.104 0.108 0.002 0.424 123 A 0.020 0.002 0.171 0.022 0.055 0.210 0.005 0.515 124 N 0.035 0.004 0.026 0.010 0.019 0.498 0.009 0.399 125 Q 0.168 0.016 0.021 0.008 0.014 0.213 0.026 0.533 126 E 0.170 0.054 0.026 0.009 0.016 0.216 0.029 0.479 127 N 0.247 0.071 0.028 0.012 0.020 0.171 0.040 0.410 128 Y 0.237 0.116 0.052 0.027 0.047 0.099 0.021 0.401 129 Q 0.045 0.059 0.016 0.016 0.029 0.164 0.010 0.663 130 R 0.084 0.069 0.021 0.026 0.043 0.125 0.013 0.618 131 E 0.071 0.067 0.017 0.008 0.012 0.106 0.012 0.706 132 D 0.110 0.146 0.022 0.023 0.025 0.201 0.021 0.453 133 E 0.224 0.217 0.022 0.014 0.022 0.117 0.025 0.359 134 R 0.091 0.354 0.029 0.036 0.046 0.091 0.016 0.337 135 Q 0.093 0.244 0.031 0.036 0.055 0.110 0.018 0.413 136 L 0.074 0.400 0.080 0.068 0.095 0.041 0.011 0.232 137 L 0.024 0.410 0.123 0.104 0.168 0.027 0.007 0.139 138 Y 0.025 0.376 0.090 0.143 0.136 0.047 0.005 0.178 139 T 0.016 0.454 0.100 0.074 0.122 0.034 0.003 0.197 140 I 0.014 0.573 0.113 0.054 0.106 0.022 0.003 0.115 141 C 0.011 0.609 0.056 0.034 0.076 0.055 0.004 0.155 142 S 0.024 0.669 0.019 0.019 0.040 0.069 0.005 0.155 143 R 0.015 0.851 0.016 0.004 0.014 0.009 0.004 0.088 144 A 0.014 0.863 0.009 0.002 0.006 0.014 0.007 0.085 145 M 0.031 0.864 0.004 0.002 0.004 0.017 0.009 0.068 146 H 0.046 0.898 0.008 0.002 0.004 0.004 0.011 0.027 147 E 0.053 0.813 0.026 0.003 0.003 0.005 0.035 0.061 148 L 0.096 0.614 0.155 0.018 0.012 0.004 0.034 0.066 149 T 0.035 0.393 0.374 0.057 0.043 0.014 0.018 0.065 150 L 0.037 0.148 0.466 0.107 0.084 0.014 0.012 0.133 151 V 0.020 0.065 0.687 0.074 0.065 0.019 0.006 0.065 152 A 0.014 0.034 0.407 0.083 0.084 0.036 0.005 0.337 153 V 0.013 0.020 0.299 0.057 0.119 0.082 0.007 0.403 154 G 0.051 0.013 0.073 0.031 0.059 0.115 0.017 0.641 155 S 0.140 0.008 0.035 0.017 0.026 0.102 0.019 0.653 156 L 0.032 0.007 0.015 0.004 0.009 0.061 0.005 0.867 157 S 0.058 0.013 0.017 0.013 0.025 0.298 0.006 0.569 158 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 159 L 0.034 0.083 0.021 0.009 0.028 0.403 0.004 0.418 160 L 0.242 0.306 0.017 0.009 0.019 0.097 0.006 0.305 161 A 0.070 0.730 0.017 0.005 0.011 0.033 0.006 0.127 162 R 0.183 0.538 0.013 0.005 0.010 0.028 0.025 0.198 163 V 0.196 0.593 0.038 0.007 0.011 0.017 0.023 0.116 164 N 0.053 0.478 0.021 0.013 0.015 0.044 0.026 0.350 165 H 0.066 0.241 0.025 0.010 0.016 0.048 0.025 0.569 166 A 0.116 0.231 0.045 0.010 0.010 0.175 0.035 0.379 167 L 0.245 0.224 0.044 0.019 0.017 0.062 0.045 0.343 168 Y 0.116 0.334 0.157 0.038 0.037 0.054 0.013 0.252 169 T 0.060 0.284 0.080 0.057 0.051 0.104 0.011 0.353 170 L 0.100 0.243 0.050 0.044 0.087 0.041 0.014 0.422 171 N 0.094 0.253 0.053 0.050 0.077 0.117 0.021 0.335 172 E 0.128 0.132 0.034 0.039 0.051 0.134 0.032 0.450 173 A 0.116 0.093 0.039 0.024 0.039 0.075 0.026 0.587 174 K 0.042 0.031 0.021 0.017 0.023 0.064 0.010 0.793