# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1831 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.347 0.140 0.232 0.120 0.060 0.020 0.038 0.010 0.019 0.012 0.003 2 N 0.197 0.103 0.191 0.230 0.064 0.048 0.100 0.033 0.017 0.012 0.005 3 A 0.166 0.326 0.271 0.100 0.075 0.016 0.014 0.003 0.026 0.002 0.001 4 S 0.152 0.199 0.298 0.156 0.042 0.067 0.049 0.007 0.023 0.004 0.004 5 Y 0.098 0.284 0.261 0.131 0.088 0.061 0.047 0.009 0.017 0.003 0.001 6 R 0.174 0.375 0.222 0.049 0.121 0.025 0.009 0.002 0.016 0.006 0.001 7 S 0.096 0.106 0.419 0.047 0.075 0.192 0.013 0.002 0.042 0.006 0.001 8 T 0.828 0.014 0.052 0.077 0.007 0.014 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 9 Q 0.972 0.006 0.007 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.982 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 T 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.974 0.002 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 I 0.963 0.008 0.011 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.880 0.032 0.041 0.026 0.001 0.009 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 20 V 0.600 0.072 0.057 0.221 0.019 0.010 0.006 0.001 0.010 0.002 0.001 21 N 0.103 0.041 0.144 0.384 0.021 0.029 0.221 0.021 0.028 0.005 0.003 22 G 0.028 0.006 0.038 0.017 0.040 0.006 0.122 0.558 0.004 0.179 0.001 23 E 0.162 0.183 0.502 0.074 0.019 0.023 0.018 0.002 0.011 0.003 0.002 24 A 0.153 0.200 0.491 0.056 0.032 0.045 0.006 0.002 0.011 0.002 0.002 25 V 0.211 0.330 0.278 0.091 0.032 0.039 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 26 T 0.127 0.503 0.206 0.040 0.072 0.023 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 27 A 0.149 0.345 0.262 0.040 0.112 0.045 0.008 0.002 0.033 0.003 0.002 28 F 0.185 0.361 0.198 0.127 0.053 0.035 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 29 D 0.231 0.155 0.263 0.115 0.075 0.049 0.048 0.014 0.031 0.016 0.004 30 R 0.461 0.146 0.158 0.107 0.035 0.019 0.025 0.006 0.032 0.009 0.003 31 Q 0.178 0.109 0.169 0.377 0.012 0.009 0.113 0.003 0.021 0.002 0.005 32 G 0.014 0.005 0.021 0.011 0.060 0.002 0.060 0.585 0.002 0.240 0.001 33 D 0.071 0.160 0.406 0.205 0.025 0.043 0.055 0.009 0.017 0.003 0.006 34 L 0.010 0.385 0.447 0.005 0.056 0.011 0.004 0.001 0.079 0.003 0.001 35 P 0.069 0.010 0.818 0.010 0.008 0.033 0.003 0.001 0.002 0.006 0.040 36 N 0.035 0.467 0.262 0.041 0.126 0.025 0.014 0.005 0.024 0.001 0.001 37 V 0.010 0.609 0.302 0.008 0.017 0.039 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 38 V 0.029 0.633 0.229 0.018 0.020 0.053 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 39 V 0.024 0.559 0.245 0.032 0.054 0.063 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 40 T 0.007 0.390 0.319 0.003 0.087 0.047 0.004 0.001 0.141 0.002 0.001 41 P 0.353 0.007 0.537 0.032 0.006 0.019 0.001 0.001 0.002 0.007 0.034 42 N 0.211 0.076 0.229 0.177 0.065 0.093 0.034 0.021 0.083 0.010 0.001 43 F 0.830 0.010 0.101 0.045 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 44 E 0.962 0.006 0.013 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.934 0.006 0.008 0.047 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 46 G 0.892 0.004 0.019 0.036 0.021 0.004 0.006 0.007 0.004 0.006 0.001 47 V 0.993 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.994 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.993 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 D 0.975 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Q 0.973 0.002 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.955 0.008 0.008 0.022 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 55 A 0.888 0.016 0.031 0.039 0.005 0.006 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 56 M 0.643 0.029 0.053 0.233 0.011 0.011 0.007 0.002 0.009 0.001 0.001 57 N 0.680 0.032 0.065 0.162 0.010 0.012 0.019 0.007 0.008 0.002 0.001 58 D 0.479 0.045 0.073 0.268 0.021 0.018 0.064 0.014 0.012 0.006 0.001 59 S 0.348 0.083 0.111 0.340 0.027 0.013 0.052 0.010 0.010 0.005 0.001 60 E 0.093 0.193 0.244 0.136 0.042 0.044 0.164 0.020 0.053 0.009 0.002 61 R 0.209 0.107 0.472 0.100 0.024 0.021 0.039 0.006 0.011 0.007 0.003 62 D 0.160 0.148 0.244 0.198 0.059 0.029 0.107 0.033 0.012 0.009 0.001 63 T 0.065 0.341 0.384 0.091 0.068 0.035 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 64 T 0.069 0.660 0.127 0.082 0.039 0.009 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 65 A 0.005 0.690 0.071 0.005 0.213 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 66 I 0.003 0.893 0.051 0.001 0.028 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 67 I 0.014 0.703 0.198 0.004 0.015 0.047 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 68 G 0.074 0.399 0.234 0.029 0.122 0.084 0.013 0.003 0.031 0.008 0.001 69 K 0.163 0.357 0.251 0.053 0.096 0.033 0.013 0.002 0.025 0.005 0.002 70 S 0.287 0.153 0.256 0.101 0.066 0.076 0.018 0.004 0.028 0.010 0.002 71 L 0.701 0.029 0.095 0.132 0.011 0.010 0.011 0.002 0.005 0.002 0.001 72 A 0.892 0.017 0.029 0.041 0.005 0.003 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 73 E 0.762 0.032 0.050 0.120 0.011 0.013 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 74 C 0.969 0.002 0.011 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.992 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.994 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.981 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 K 0.993 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.967 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.080 0.002 0.008 0.878 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 85 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.279 0.709 0.001 0.009 0.001 86 E 0.007 0.214 0.726 0.009 0.011 0.027 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 87 Q 0.037 0.110 0.672 0.061 0.004 0.106 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 88 V 0.009 0.713 0.093 0.022 0.122 0.023 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 89 T 0.009 0.768 0.106 0.003 0.075 0.025 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 90 L 0.020 0.545 0.279 0.011 0.033 0.085 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 91 I 0.071 0.558 0.198 0.044 0.054 0.030 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 92 Q 0.072 0.163 0.235 0.064 0.191 0.063 0.084 0.034 0.023 0.067 0.004 93 T 0.177 0.234 0.195 0.098 0.110 0.040 0.064 0.026 0.035 0.019 0.002 94 E 0.427 0.181 0.189 0.127 0.029 0.011 0.015 0.003 0.011 0.004 0.003 95 N 0.237 0.118 0.147 0.245 0.072 0.044 0.084 0.025 0.017 0.008 0.003 96 Q 0.217 0.286 0.202 0.160 0.050 0.019 0.034 0.005 0.023 0.001 0.001 97 R 0.167 0.331 0.344 0.062 0.020 0.036 0.014 0.001 0.021 0.001 0.002 98 L 0.163 0.257 0.284 0.204 0.019 0.033 0.017 0.001 0.019 0.001 0.002 99 A 0.018 0.344 0.341 0.007 0.092 0.014 0.007 0.001 0.171 0.005 0.001 100 P 0.126 0.013 0.764 0.018 0.009 0.017 0.008 0.001 0.004 0.005 0.036 101 G 0.040 0.082 0.170 0.038 0.167 0.028 0.199 0.248 0.011 0.015 0.001 102 V 0.009 0.599 0.314 0.005 0.025 0.034 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 103 I 0.015 0.385 0.444 0.006 0.011 0.128 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 104 V 0.050 0.489 0.216 0.017 0.010 0.197 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 105 V 0.052 0.584 0.168 0.006 0.046 0.060 0.003 0.001 0.080 0.001 0.001 106 P 0.270 0.034 0.522 0.024 0.051 0.057 0.004 0.002 0.007 0.016 0.013 107 S 0.399 0.246 0.133 0.093 0.060 0.022 0.009 0.004 0.030 0.002 0.001 108 F 0.373 0.186 0.186 0.108 0.062 0.041 0.012 0.002 0.027 0.003 0.002 109 L 0.532 0.128 0.128 0.113 0.035 0.018 0.020 0.004 0.018 0.003 0.002 110 A 0.514 0.143 0.134 0.085 0.033 0.018 0.036 0.007 0.022 0.006 0.003 111 K 0.389 0.121 0.143 0.200 0.046 0.008 0.061 0.006 0.019 0.004 0.003 112 G 0.082 0.026 0.064 0.038 0.098 0.010 0.147 0.448 0.006 0.078 0.002 113 L 0.126 0.301 0.346 0.121 0.035 0.045 0.012 0.002 0.011 0.001 0.001 114 E 0.087 0.436 0.214 0.115 0.024 0.052 0.045 0.001 0.024 0.001 0.001 115 F 0.026 0.351 0.436 0.028 0.078 0.053 0.004 0.001 0.020 0.002 0.001 116 D 0.209 0.224 0.282 0.111 0.068 0.055 0.018 0.002 0.023 0.003 0.005 117 A 0.018 0.621 0.156 0.021 0.153 0.008 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 118 V 0.019 0.837 0.073 0.001 0.036 0.020 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 119 I 0.005 0.639 0.270 0.001 0.032 0.033 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 120 V 0.016 0.502 0.210 0.007 0.008 0.226 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 121 W 0.051 0.512 0.172 0.049 0.164 0.027 0.002 0.001 0.014 0.007 0.001 122 N 0.019 0.081 0.345 0.014 0.061 0.270 0.073 0.009 0.091 0.032 0.004 123 A 0.664 0.056 0.167 0.055 0.019 0.020 0.003 0.001 0.008 0.002 0.005 124 N 0.568 0.075 0.090 0.193 0.017 0.024 0.010 0.004 0.014 0.004 0.001 125 Q 0.610 0.037 0.042 0.264 0.019 0.006 0.011 0.002 0.008 0.001 0.001 126 E 0.479 0.048 0.053 0.303 0.022 0.009 0.065 0.010 0.009 0.002 0.001 127 N 0.192 0.048 0.067 0.428 0.027 0.026 0.170 0.026 0.010 0.003 0.001 128 Y 0.091 0.269 0.399 0.086 0.059 0.022 0.023 0.003 0.043 0.003 0.001 129 Q 0.181 0.112 0.524 0.055 0.011 0.067 0.020 0.002 0.016 0.005 0.006 130 R 0.346 0.121 0.301 0.071 0.040 0.058 0.017 0.007 0.028 0.010 0.002 131 E 0.760 0.038 0.123 0.050 0.007 0.007 0.006 0.001 0.004 0.002 0.002 132 D 0.626 0.048 0.072 0.139 0.032 0.021 0.035 0.013 0.008 0.004 0.001 133 E 0.567 0.103 0.084 0.187 0.015 0.016 0.017 0.002 0.008 0.001 0.001 134 R 0.490 0.165 0.147 0.129 0.021 0.018 0.018 0.002 0.008 0.001 0.001 135 Q 0.477 0.165 0.105 0.098 0.025 0.038 0.076 0.003 0.012 0.001 0.001 136 L 0.220 0.360 0.305 0.035 0.039 0.030 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 137 L 0.555 0.292 0.066 0.041 0.021 0.016 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 138 Y 0.079 0.728 0.077 0.006 0.072 0.016 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 139 T 0.164 0.710 0.049 0.005 0.010 0.043 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 140 I 0.196 0.368 0.195 0.021 0.162 0.038 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 141 C 0.518 0.281 0.070 0.028 0.009 0.054 0.012 0.001 0.027 0.001 0.001 142 S 0.664 0.086 0.105 0.041 0.046 0.027 0.017 0.002 0.008 0.003 0.001 143 R 0.612 0.077 0.062 0.130 0.037 0.027 0.024 0.004 0.022 0.005 0.001 144 A 0.881 0.018 0.032 0.039 0.012 0.004 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 145 M 0.884 0.039 0.022 0.042 0.003 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 146 H 0.609 0.068 0.035 0.187 0.064 0.004 0.022 0.004 0.005 0.001 0.001 147 E 0.428 0.235 0.120 0.120 0.037 0.011 0.033 0.002 0.013 0.001 0.001 148 L 0.032 0.668 0.197 0.019 0.051 0.011 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 149 T 0.029 0.781 0.111 0.005 0.038 0.023 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 150 L 0.007 0.645 0.247 0.005 0.029 0.052 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 151 V 0.035 0.797 0.080 0.012 0.023 0.032 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 152 A 0.079 0.402 0.257 0.021 0.112 0.063 0.009 0.001 0.050 0.004 0.001 153 V 0.183 0.299 0.213 0.172 0.030 0.033 0.042 0.001 0.023 0.001 0.003 154 G 0.097 0.023 0.071 0.051 0.140 0.012 0.080 0.297 0.008 0.219 0.002 155 S 0.156 0.157 0.373 0.099 0.065 0.041 0.036 0.005 0.052 0.013 0.002 156 L 0.633 0.025 0.215 0.085 0.008 0.014 0.005 0.001 0.004 0.004 0.006 157 S 0.495 0.084 0.258 0.020 0.019 0.023 0.025 0.003 0.066 0.007 0.001 158 P 0.973 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 L 0.867 0.009 0.016 0.096 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 160 L 0.987 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 A 0.968 0.007 0.006 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 162 R 0.829 0.015 0.018 0.114 0.004 0.006 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 163 V 0.632 0.098 0.126 0.090 0.010 0.011 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 164 N 0.449 0.034 0.334 0.062 0.008 0.056 0.028 0.003 0.017 0.007 0.003 165 H 0.797 0.014 0.063 0.098 0.006 0.008 0.007 0.002 0.003 0.002 0.001 166 A 0.806 0.034 0.059 0.077 0.005 0.007 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 167 L 0.499 0.044 0.059 0.365 0.008 0.012 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 168 Y 0.327 0.283 0.164 0.108 0.052 0.023 0.020 0.002 0.021 0.001 0.001 169 T 0.218 0.371 0.236 0.058 0.031 0.048 0.009 0.001 0.026 0.001 0.001 170 L 0.280 0.294 0.236 0.098 0.023 0.039 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 171 N 0.294 0.164 0.169 0.225 0.044 0.042 0.030 0.006 0.022 0.004 0.001 172 E 0.199 0.236 0.219 0.103 0.058 0.034 0.090 0.008 0.046 0.006 0.001 173 A 0.215 0.187 0.393 0.071 0.045 0.027 0.025 0.005 0.021 0.008 0.003 174 K 0.251 0.172 0.333 0.090 0.044 0.033 0.035 0.010 0.020 0.009 0.004