# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1831 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.053 0.263 0.108 0.033 0.165 0.042 0.082 0.108 0.066 0.050 0.029 2 N 0.206 0.072 0.040 0.023 0.180 0.021 0.025 0.078 0.065 0.176 0.115 3 A 0.073 0.188 0.037 0.017 0.220 0.026 0.043 0.151 0.146 0.069 0.029 4 S 0.153 0.107 0.036 0.015 0.233 0.024 0.047 0.121 0.070 0.127 0.066 5 Y 0.181 0.130 0.027 0.010 0.307 0.010 0.016 0.095 0.062 0.084 0.079 6 R 0.088 0.131 0.071 0.026 0.169 0.049 0.067 0.191 0.066 0.083 0.059 7 S 0.075 0.285 0.142 0.018 0.106 0.013 0.019 0.120 0.038 0.131 0.054 8 T 0.032 0.105 0.024 0.008 0.076 0.005 0.006 0.550 0.134 0.040 0.019 9 Q 0.002 0.007 0.004 0.002 0.004 0.005 0.007 0.826 0.137 0.007 0.002 10 Q 0.005 0.010 0.004 0.001 0.005 0.001 0.007 0.865 0.073 0.026 0.003 11 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.925 0.051 0.014 0.001 12 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.931 0.060 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.979 0.013 0.002 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.030 0.007 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.044 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.042 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.969 0.020 0.002 0.001 18 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.925 0.045 0.009 0.001 19 L 0.004 0.002 0.002 0.001 0.004 0.005 0.023 0.801 0.128 0.028 0.003 20 V 0.006 0.011 0.007 0.007 0.008 0.013 0.111 0.729 0.067 0.034 0.005 21 N 0.007 0.524 0.254 0.031 0.033 0.020 0.053 0.036 0.017 0.018 0.007 22 G 0.054 0.014 0.017 0.024 0.019 0.010 0.008 0.022 0.027 0.472 0.333 23 E 0.088 0.339 0.071 0.017 0.202 0.021 0.039 0.065 0.057 0.060 0.041 24 A 0.142 0.198 0.042 0.010 0.331 0.024 0.038 0.064 0.047 0.051 0.053 25 V 0.251 0.131 0.030 0.013 0.317 0.018 0.024 0.055 0.058 0.057 0.046 26 T 0.144 0.213 0.075 0.014 0.332 0.021 0.026 0.064 0.033 0.034 0.045 27 A 0.136 0.223 0.095 0.012 0.318 0.010 0.015 0.067 0.029 0.038 0.057 28 F 0.091 0.175 0.041 0.021 0.227 0.024 0.050 0.180 0.082 0.069 0.041 29 D 0.100 0.148 0.205 0.034 0.144 0.018 0.036 0.121 0.065 0.064 0.064 30 R 0.070 0.109 0.071 0.050 0.093 0.054 0.074 0.262 0.097 0.078 0.043 31 Q 0.017 0.387 0.157 0.111 0.052 0.065 0.087 0.041 0.031 0.038 0.015 32 G 0.040 0.041 0.060 0.184 0.034 0.033 0.027 0.030 0.036 0.374 0.140 33 D 0.059 0.248 0.303 0.102 0.103 0.019 0.027 0.020 0.026 0.062 0.031 34 L 0.106 0.340 0.177 0.022 0.251 0.012 0.017 0.013 0.016 0.014 0.031 35 P 0.195 0.251 0.037 0.012 0.364 0.022 0.034 0.015 0.018 0.019 0.035 36 N 0.182 0.178 0.019 0.004 0.551 0.009 0.011 0.007 0.006 0.009 0.025 37 V 0.294 0.089 0.010 0.002 0.549 0.004 0.005 0.004 0.004 0.008 0.030 38 V 0.247 0.113 0.020 0.002 0.564 0.003 0.005 0.005 0.003 0.006 0.032 39 V 0.168 0.253 0.104 0.007 0.300 0.010 0.011 0.007 0.006 0.016 0.118 40 T 0.052 0.527 0.196 0.008 0.170 0.003 0.003 0.006 0.004 0.004 0.027 41 P 0.030 0.101 0.052 0.029 0.051 0.088 0.231 0.219 0.114 0.061 0.022 42 N 0.079 0.234 0.249 0.012 0.140 0.008 0.014 0.079 0.039 0.098 0.049 43 F 0.019 0.048 0.011 0.002 0.028 0.003 0.006 0.495 0.309 0.067 0.011 44 E 0.002 0.008 0.005 0.002 0.003 0.006 0.007 0.826 0.127 0.011 0.002 45 A 0.002 0.007 0.003 0.001 0.002 0.002 0.008 0.898 0.064 0.012 0.002 46 G 0.003 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.860 0.065 0.053 0.003 47 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.042 0.003 0.001 48 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.035 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.979 0.010 0.002 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.045 0.010 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.069 0.001 0.001 52 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.949 0.037 0.004 0.001 53 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.908 0.054 0.015 0.001 54 L 0.007 0.007 0.001 0.001 0.010 0.002 0.012 0.790 0.148 0.019 0.004 55 A 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.007 0.044 0.740 0.160 0.030 0.002 56 M 0.020 0.029 0.018 0.004 0.033 0.010 0.086 0.499 0.131 0.157 0.011 57 N 0.054 0.190 0.085 0.017 0.125 0.028 0.085 0.178 0.105 0.096 0.036 58 D 0.098 0.072 0.048 0.024 0.109 0.025 0.054 0.179 0.143 0.174 0.074 59 S 0.055 0.132 0.078 0.033 0.096 0.029 0.076 0.172 0.155 0.144 0.031 60 E 0.091 0.083 0.087 0.076 0.081 0.040 0.038 0.088 0.097 0.233 0.085 61 R 0.062 0.143 0.076 0.046 0.106 0.044 0.098 0.186 0.142 0.067 0.029 62 D 0.089 0.038 0.040 0.041 0.060 0.062 0.065 0.126 0.118 0.263 0.097 63 T 0.090 0.236 0.039 0.020 0.277 0.034 0.066 0.073 0.050 0.074 0.040 64 T 0.298 0.066 0.004 0.002 0.558 0.003 0.004 0.012 0.006 0.019 0.030 65 A 0.107 0.099 0.002 0.001 0.779 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 66 I 0.356 0.035 0.004 0.001 0.581 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.017 67 I 0.364 0.081 0.016 0.012 0.307 0.016 0.022 0.024 0.009 0.032 0.115 68 G 0.094 0.265 0.123 0.036 0.285 0.024 0.015 0.033 0.016 0.023 0.088 69 K 0.063 0.131 0.054 0.031 0.095 0.045 0.062 0.239 0.108 0.121 0.051 70 S 0.051 0.211 0.090 0.014 0.106 0.012 0.029 0.230 0.098 0.116 0.042 71 L 0.015 0.025 0.008 0.003 0.023 0.004 0.008 0.602 0.261 0.040 0.012 72 A 0.003 0.015 0.008 0.003 0.006 0.008 0.017 0.808 0.113 0.015 0.003 73 E 0.008 0.016 0.008 0.001 0.006 0.002 0.009 0.752 0.077 0.115 0.005 74 C 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.954 0.032 0.003 0.001 75 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.014 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.018 0.008 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.060 0.007 0.001 82 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.817 0.156 0.015 0.001 83 A 0.001 0.007 0.007 0.002 0.003 0.006 0.130 0.753 0.071 0.020 0.001 84 R 0.001 0.701 0.253 0.005 0.010 0.003 0.021 0.003 0.002 0.001 0.001 85 G 0.033 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.371 0.580 86 E 0.046 0.625 0.035 0.006 0.223 0.009 0.019 0.010 0.009 0.008 0.011 87 Q 0.255 0.113 0.021 0.006 0.464 0.015 0.021 0.019 0.016 0.023 0.047 88 V 0.211 0.170 0.009 0.004 0.538 0.008 0.010 0.011 0.012 0.007 0.020 89 T 0.142 0.114 0.018 0.001 0.680 0.002 0.004 0.007 0.003 0.003 0.024 90 L 0.409 0.073 0.014 0.004 0.341 0.005 0.010 0.017 0.009 0.026 0.093 91 I 0.102 0.154 0.079 0.059 0.232 0.068 0.066 0.054 0.033 0.071 0.082 92 Q 0.072 0.143 0.120 0.131 0.118 0.066 0.054 0.064 0.048 0.123 0.061 93 T 0.119 0.146 0.090 0.048 0.188 0.025 0.027 0.091 0.082 0.120 0.064 94 E 0.035 0.093 0.043 0.026 0.077 0.040 0.064 0.190 0.290 0.114 0.028 95 N 0.108 0.098 0.040 0.022 0.136 0.022 0.040 0.142 0.139 0.186 0.067 96 Q 0.095 0.148 0.037 0.016 0.192 0.017 0.032 0.131 0.166 0.122 0.044 97 R 0.141 0.126 0.060 0.023 0.218 0.023 0.051 0.115 0.085 0.113 0.045 98 L 0.144 0.127 0.082 0.060 0.160 0.031 0.049 0.069 0.070 0.153 0.055 99 A 0.036 0.236 0.416 0.112 0.098 0.017 0.017 0.025 0.020 0.011 0.013 100 P 0.021 0.055 0.051 0.078 0.026 0.103 0.353 0.150 0.099 0.047 0.017 101 G 0.075 0.159 0.112 0.036 0.131 0.018 0.035 0.029 0.037 0.251 0.117 102 V 0.182 0.169 0.003 0.001 0.603 0.001 0.002 0.005 0.003 0.008 0.023 103 I 0.075 0.176 0.006 0.001 0.729 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 104 V 0.565 0.031 0.005 0.002 0.328 0.002 0.003 0.004 0.002 0.008 0.050 105 V 0.144 0.266 0.051 0.023 0.374 0.031 0.021 0.017 0.010 0.019 0.044 106 P 0.176 0.241 0.060 0.005 0.427 0.004 0.003 0.020 0.009 0.008 0.048 107 S 0.082 0.078 0.009 0.005 0.125 0.010 0.019 0.286 0.310 0.044 0.035 108 F 0.036 0.072 0.032 0.011 0.110 0.022 0.085 0.361 0.185 0.061 0.024 109 L 0.082 0.038 0.022 0.009 0.068 0.016 0.050 0.257 0.131 0.292 0.037 110 A 0.045 0.150 0.126 0.060 0.109 0.054 0.093 0.213 0.084 0.040 0.025 111 K 0.021 0.267 0.127 0.081 0.055 0.068 0.153 0.104 0.071 0.038 0.015 112 G 0.073 0.022 0.041 0.042 0.040 0.013 0.009 0.029 0.046 0.495 0.189 113 L 0.074 0.390 0.057 0.017 0.294 0.014 0.029 0.046 0.037 0.023 0.018 114 E 0.326 0.061 0.022 0.011 0.211 0.016 0.056 0.051 0.041 0.093 0.112 115 F 0.191 0.214 0.038 0.027 0.397 0.024 0.016 0.017 0.020 0.022 0.035 116 D 0.127 0.075 0.042 0.064 0.169 0.160 0.194 0.040 0.028 0.056 0.045 117 A 0.286 0.051 0.004 0.002 0.578 0.002 0.003 0.003 0.003 0.019 0.049 118 V 0.115 0.081 0.001 0.001 0.800 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 119 I 0.191 0.038 0.009 0.001 0.733 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 120 V 0.557 0.044 0.004 0.001 0.313 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.070 121 W 0.087 0.118 0.068 0.096 0.189 0.169 0.101 0.030 0.022 0.060 0.060 122 N 0.142 0.200 0.204 0.068 0.198 0.014 0.008 0.017 0.015 0.049 0.084 123 A 0.047 0.117 0.039 0.031 0.103 0.049 0.074 0.245 0.144 0.115 0.036 124 N 0.064 0.158 0.096 0.066 0.106 0.052 0.047 0.151 0.106 0.110 0.044 125 Q 0.051 0.085 0.033 0.031 0.077 0.034 0.045 0.312 0.216 0.083 0.033 126 E 0.029 0.082 0.051 0.033 0.050 0.048 0.091 0.280 0.178 0.127 0.029 127 N 0.073 0.077 0.034 0.020 0.087 0.018 0.046 0.138 0.109 0.326 0.072 128 Y 0.079 0.301 0.121 0.023 0.181 0.012 0.027 0.087 0.051 0.072 0.047 129 Q 0.057 0.226 0.167 0.055 0.098 0.035 0.048 0.125 0.068 0.081 0.039 130 R 0.073 0.289 0.147 0.025 0.168 0.013 0.023 0.121 0.065 0.047 0.028 131 E 0.028 0.050 0.024 0.011 0.054 0.018 0.033 0.467 0.244 0.056 0.015 132 D 0.016 0.049 0.028 0.011 0.028 0.016 0.039 0.545 0.187 0.066 0.013 133 E 0.036 0.016 0.008 0.003 0.033 0.005 0.015 0.511 0.217 0.128 0.027 134 R 0.033 0.065 0.015 0.007 0.067 0.013 0.018 0.616 0.127 0.026 0.012 135 Q 0.038 0.029 0.010 0.007 0.055 0.009 0.050 0.681 0.081 0.028 0.013 136 L 0.162 0.026 0.005 0.004 0.108 0.003 0.017 0.563 0.050 0.036 0.026 137 L 0.052 0.098 0.007 0.004 0.244 0.007 0.018 0.519 0.037 0.005 0.008 138 Y 0.156 0.020 0.004 0.003 0.180 0.002 0.010 0.559 0.039 0.008 0.018 139 T 0.085 0.034 0.004 0.004 0.155 0.003 0.026 0.638 0.035 0.007 0.010 140 I 0.104 0.052 0.014 0.005 0.145 0.003 0.035 0.582 0.031 0.010 0.019 141 C 0.069 0.036 0.008 0.006 0.056 0.003 0.019 0.699 0.061 0.023 0.021 142 S 0.013 0.031 0.011 0.007 0.032 0.006 0.017 0.780 0.088 0.009 0.006 143 R 0.004 0.006 0.003 0.002 0.005 0.002 0.012 0.851 0.104 0.009 0.002 144 A 0.007 0.005 0.002 0.002 0.008 0.002 0.021 0.809 0.122 0.020 0.003 145 M 0.030 0.014 0.006 0.005 0.029 0.007 0.028 0.717 0.135 0.020 0.008 146 H 0.020 0.019 0.011 0.016 0.028 0.030 0.125 0.611 0.101 0.028 0.009 147 E 0.179 0.048 0.011 0.011 0.227 0.012 0.087 0.274 0.059 0.065 0.028 148 L 0.407 0.068 0.002 0.002 0.459 0.002 0.011 0.029 0.005 0.005 0.011 149 T 0.133 0.111 0.014 0.001 0.693 0.003 0.007 0.012 0.002 0.001 0.022 150 L 0.438 0.063 0.006 0.001 0.422 0.001 0.003 0.010 0.003 0.005 0.049 151 V 0.197 0.177 0.041 0.013 0.318 0.026 0.053 0.052 0.023 0.027 0.073 152 A 0.110 0.224 0.206 0.028 0.203 0.027 0.021 0.027 0.020 0.028 0.105 153 V 0.050 0.323 0.070 0.072 0.110 0.052 0.081 0.086 0.061 0.062 0.032 154 G 0.020 0.046 0.074 0.142 0.028 0.092 0.070 0.062 0.092 0.293 0.083 155 S 0.062 0.317 0.203 0.022 0.128 0.009 0.024 0.053 0.035 0.108 0.039 156 L 0.031 0.329 0.169 0.028 0.059 0.018 0.029 0.096 0.077 0.131 0.032 157 S 0.045 0.393 0.155 0.018 0.116 0.009 0.009 0.160 0.054 0.022 0.021 158 P 0.004 0.035 0.006 0.001 0.010 0.003 0.008 0.717 0.204 0.011 0.002 159 L 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.008 0.755 0.179 0.041 0.002 160 L 0.006 0.006 0.002 0.001 0.009 0.003 0.006 0.767 0.173 0.024 0.003 161 A 0.003 0.008 0.004 0.002 0.007 0.011 0.041 0.722 0.164 0.035 0.003 162 R 0.018 0.011 0.007 0.002 0.014 0.004 0.079 0.584 0.093 0.179 0.010 163 V 0.043 0.246 0.054 0.009 0.133 0.012 0.040 0.268 0.071 0.105 0.018 164 N 0.149 0.091 0.033 0.011 0.144 0.011 0.021 0.354 0.098 0.051 0.036 165 H 0.013 0.018 0.008 0.004 0.022 0.009 0.023 0.548 0.310 0.036 0.008 166 A 0.010 0.028 0.013 0.006 0.019 0.017 0.129 0.568 0.135 0.069 0.007 167 L 0.084 0.046 0.011 0.005 0.082 0.008 0.028 0.348 0.119 0.222 0.048 168 Y 0.075 0.211 0.028 0.011 0.220 0.019 0.037 0.247 0.079 0.042 0.030 169 T 0.145 0.120 0.054 0.012 0.224 0.016 0.039 0.205 0.067 0.063 0.055 170 L 0.123 0.121 0.036 0.014 0.195 0.021 0.052 0.211 0.103 0.083 0.042 171 N 0.073 0.139 0.074 0.036 0.136 0.046 0.084 0.181 0.089 0.097 0.045 172 E 0.118 0.133 0.074 0.027 0.152 0.019 0.036 0.124 0.082 0.155 0.080 173 A 0.072 0.215 0.090 0.029 0.158 0.024 0.041 0.137 0.101 0.090 0.043 174 K 0.083 0.165 0.077 0.029 0.138 0.033 0.055 0.173 0.111 0.089 0.048