# TARGET T0493 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0493.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1831 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.679 0.154 0.109 0.044 0.012 0.002 0.001 2 N 0.821 0.116 0.049 0.011 0.002 0.001 0.001 3 A 0.645 0.196 0.117 0.031 0.008 0.002 0.001 4 S 0.335 0.254 0.240 0.099 0.053 0.018 0.001 5 Y 0.114 0.165 0.174 0.254 0.188 0.097 0.007 6 R 0.169 0.208 0.241 0.193 0.123 0.060 0.005 7 S 0.089 0.125 0.160 0.237 0.228 0.138 0.022 8 T 0.127 0.203 0.224 0.224 0.132 0.075 0.015 9 Q 0.200 0.259 0.255 0.162 0.083 0.034 0.007 10 Q 0.049 0.166 0.293 0.274 0.152 0.055 0.010 11 I 0.004 0.009 0.016 0.056 0.210 0.564 0.141 12 T 0.006 0.034 0.121 0.252 0.322 0.225 0.040 13 D 0.033 0.247 0.344 0.230 0.094 0.041 0.009 14 F 0.003 0.019 0.074 0.219 0.370 0.263 0.052 15 T 0.001 0.004 0.010 0.043 0.200 0.552 0.191 16 K 0.012 0.118 0.359 0.300 0.154 0.049 0.007 17 E 0.020 0.202 0.298 0.308 0.132 0.034 0.006 18 I 0.004 0.015 0.045 0.123 0.363 0.417 0.032 19 L 0.007 0.023 0.059 0.196 0.427 0.263 0.025 20 V 0.102 0.317 0.319 0.188 0.062 0.012 0.001 21 N 0.201 0.345 0.238 0.143 0.059 0.013 0.001 22 G 0.265 0.313 0.224 0.138 0.042 0.017 0.001 23 E 0.439 0.283 0.170 0.074 0.027 0.007 0.001 24 A 0.234 0.387 0.205 0.122 0.041 0.010 0.001 25 V 0.052 0.068 0.141 0.267 0.322 0.143 0.007 26 T 0.144 0.250 0.268 0.199 0.098 0.038 0.003 27 A 0.113 0.189 0.231 0.232 0.169 0.062 0.004 28 F 0.112 0.157 0.210 0.256 0.197 0.065 0.004 29 D 0.293 0.329 0.203 0.123 0.041 0.011 0.001 30 R 0.469 0.295 0.133 0.074 0.024 0.005 0.001 31 Q 0.548 0.260 0.120 0.051 0.017 0.004 0.001 32 G 0.489 0.281 0.136 0.071 0.018 0.004 0.001 33 D 0.427 0.308 0.161 0.069 0.027 0.007 0.001 34 L 0.124 0.226 0.239 0.240 0.124 0.043 0.004 35 P 0.063 0.104 0.170 0.260 0.264 0.127 0.013 36 N 0.095 0.216 0.259 0.243 0.129 0.050 0.007 37 V 0.048 0.061 0.105 0.168 0.294 0.275 0.049 38 V 0.069 0.114 0.163 0.233 0.224 0.167 0.030 39 V 0.099 0.188 0.249 0.229 0.158 0.069 0.008 40 T 0.120 0.154 0.207 0.254 0.186 0.073 0.006 41 P 0.414 0.305 0.167 0.081 0.024 0.008 0.001 42 N 0.426 0.348 0.142 0.056 0.022 0.006 0.001 43 F 0.198 0.239 0.215 0.213 0.104 0.030 0.001 44 E 0.492 0.285 0.154 0.055 0.011 0.002 0.001 45 A 0.355 0.443 0.124 0.060 0.015 0.003 0.001 46 G 0.047 0.112 0.244 0.267 0.258 0.069 0.003 47 V 0.007 0.022 0.089 0.268 0.395 0.205 0.014 48 D 0.086 0.381 0.345 0.138 0.039 0.009 0.001 49 Q 0.019 0.130 0.284 0.306 0.204 0.053 0.004 50 V 0.002 0.006 0.015 0.056 0.286 0.548 0.087 51 V 0.007 0.036 0.154 0.331 0.314 0.136 0.021 52 D 0.105 0.387 0.301 0.138 0.051 0.017 0.002 53 Q 0.030 0.165 0.289 0.292 0.167 0.052 0.005 54 L 0.008 0.016 0.033 0.131 0.408 0.372 0.031 55 A 0.069 0.316 0.318 0.204 0.073 0.019 0.001 56 M 0.097 0.210 0.205 0.289 0.163 0.036 0.001 57 N 0.175 0.270 0.276 0.196 0.067 0.015 0.001 58 D 0.521 0.271 0.140 0.053 0.012 0.002 0.001 59 S 0.604 0.259 0.098 0.030 0.007 0.001 0.001 60 E 0.625 0.280 0.073 0.018 0.004 0.001 0.001 61 R 0.181 0.276 0.310 0.168 0.056 0.010 0.001 62 D 0.259 0.382 0.211 0.108 0.032 0.008 0.001 63 T 0.014 0.098 0.185 0.325 0.302 0.070 0.005 64 T 0.001 0.002 0.008 0.028 0.181 0.661 0.121 65 A 0.001 0.001 0.005 0.024 0.099 0.489 0.382 66 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.025 0.234 0.732 67 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.219 0.752 68 G 0.001 0.001 0.004 0.021 0.089 0.326 0.558 69 K 0.004 0.015 0.045 0.101 0.212 0.362 0.260 70 S 0.019 0.065 0.126 0.194 0.232 0.289 0.076 71 L 0.057 0.128 0.190 0.252 0.211 0.139 0.023 72 A 0.165 0.253 0.220 0.182 0.109 0.063 0.009 73 E 0.136 0.196 0.212 0.195 0.170 0.081 0.010 74 C 0.061 0.084 0.177 0.280 0.255 0.131 0.012 75 E 0.287 0.383 0.203 0.091 0.026 0.009 0.001 76 A 0.077 0.224 0.339 0.226 0.106 0.027 0.002 77 L 0.011 0.015 0.028 0.111 0.408 0.393 0.034 78 T 0.037 0.144 0.336 0.342 0.113 0.026 0.002 79 K 0.295 0.464 0.188 0.040 0.010 0.003 0.001 80 A 0.032 0.143 0.320 0.340 0.141 0.024 0.001 81 L 0.012 0.017 0.042 0.180 0.514 0.224 0.011 82 K 0.139 0.380 0.309 0.131 0.035 0.006 0.001 83 A 0.457 0.371 0.121 0.039 0.010 0.002 0.001 84 R 0.188 0.276 0.258 0.188 0.074 0.015 0.001 85 G 0.439 0.338 0.139 0.064 0.015 0.005 0.001 86 E 0.188 0.272 0.212 0.196 0.109 0.022 0.001 87 Q 0.237 0.334 0.235 0.135 0.044 0.014 0.001 88 V 0.035 0.066 0.138 0.267 0.337 0.146 0.011 89 T 0.099 0.233 0.280 0.224 0.113 0.048 0.004 90 L 0.051 0.099 0.170 0.240 0.286 0.142 0.012 91 I 0.093 0.122 0.198 0.290 0.210 0.079 0.007 92 Q 0.305 0.323 0.208 0.109 0.041 0.013 0.001 93 T 0.407 0.310 0.162 0.083 0.028 0.009 0.001 94 E 0.472 0.250 0.171 0.072 0.029 0.007 0.001 95 N 0.464 0.360 0.094 0.064 0.015 0.004 0.001 96 Q 0.253 0.225 0.200 0.175 0.117 0.029 0.001 97 R 0.252 0.274 0.234 0.155 0.062 0.023 0.001 98 L 0.153 0.246 0.237 0.205 0.130 0.027 0.003 99 A 0.153 0.333 0.176 0.227 0.079 0.028 0.003 100 P 0.161 0.198 0.249 0.181 0.149 0.056 0.006 101 G 0.034 0.115 0.231 0.304 0.191 0.098 0.027 102 V 0.002 0.006 0.017 0.049 0.213 0.547 0.166 103 I 0.007 0.027 0.059 0.161 0.225 0.307 0.213 104 V 0.002 0.002 0.004 0.009 0.034 0.300 0.648 105 V 0.004 0.006 0.010 0.028 0.072 0.272 0.607 106 P 0.006 0.011 0.016 0.047 0.108 0.276 0.535 107 S 0.018 0.029 0.047 0.091 0.159 0.296 0.359 108 F 0.044 0.073 0.091 0.142 0.192 0.266 0.193 109 L 0.053 0.104 0.139 0.181 0.184 0.207 0.132 110 A 0.050 0.053 0.077 0.123 0.218 0.313 0.166 111 K 0.067 0.096 0.124 0.194 0.194 0.227 0.100 112 G 0.078 0.108 0.159 0.173 0.202 0.198 0.082 113 L 0.028 0.044 0.077 0.126 0.213 0.332 0.181 114 E 0.019 0.045 0.067 0.128 0.194 0.285 0.262 115 F 0.007 0.035 0.073 0.162 0.242 0.288 0.192 116 D 0.007 0.045 0.147 0.253 0.229 0.203 0.116 117 A 0.001 0.003 0.011 0.048 0.219 0.481 0.236 118 V 0.001 0.001 0.003 0.011 0.067 0.439 0.479 119 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.298 0.678 120 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.223 0.751 121 W 0.001 0.002 0.006 0.026 0.084 0.385 0.496 122 N 0.005 0.032 0.110 0.252 0.252 0.241 0.107 123 A 0.004 0.013 0.044 0.163 0.324 0.393 0.059 124 N 0.089 0.262 0.278 0.202 0.114 0.050 0.005 125 Q 0.344 0.345 0.169 0.100 0.035 0.007 0.001 126 E 0.498 0.333 0.099 0.054 0.014 0.002 0.001 127 N 0.351 0.292 0.208 0.099 0.040 0.009 0.001 128 Y 0.204 0.227 0.238 0.229 0.087 0.014 0.001 129 Q 0.455 0.346 0.129 0.054 0.014 0.002 0.001 130 R 0.434 0.292 0.146 0.092 0.032 0.004 0.001 131 E 0.662 0.211 0.084 0.033 0.008 0.002 0.001 132 D 0.535 0.260 0.128 0.054 0.018 0.004 0.001 133 E 0.205 0.261 0.253 0.169 0.084 0.026 0.002 134 R 0.070 0.138 0.227 0.264 0.207 0.084 0.009 135 Q 0.069 0.182 0.217 0.263 0.168 0.085 0.017 136 L 0.022 0.042 0.083 0.138 0.256 0.344 0.115 137 L 0.017 0.026 0.039 0.087 0.178 0.394 0.259 138 Y 0.020 0.031 0.045 0.095 0.156 0.285 0.367 139 T 0.011 0.014 0.018 0.035 0.081 0.287 0.555 140 I 0.012 0.017 0.024 0.058 0.112 0.299 0.477 141 C 0.018 0.030 0.045 0.097 0.175 0.315 0.320 142 S 0.027 0.064 0.107 0.154 0.223 0.295 0.130 143 R 0.022 0.044 0.106 0.170 0.255 0.314 0.089 144 A 0.023 0.049 0.086 0.181 0.305 0.276 0.079 145 M 0.074 0.178 0.241 0.219 0.153 0.104 0.031 146 H 0.100 0.212 0.218 0.233 0.138 0.078 0.020 147 E 0.054 0.132 0.228 0.274 0.173 0.107 0.033 148 L 0.011 0.018 0.028 0.084 0.256 0.460 0.144 149 T 0.033 0.080 0.116 0.205 0.220 0.242 0.105 150 L 0.021 0.030 0.038 0.073 0.140 0.429 0.270 151 V 0.032 0.052 0.076 0.174 0.224 0.297 0.144 152 A 0.061 0.098 0.138 0.207 0.221 0.203 0.072 153 V 0.105 0.135 0.177 0.217 0.203 0.132 0.030 154 G 0.287 0.266 0.192 0.142 0.068 0.037 0.007 155 S 0.359 0.293 0.167 0.099 0.052 0.026 0.005 156 L 0.134 0.160 0.175 0.227 0.180 0.110 0.013 157 S 0.175 0.203 0.255 0.207 0.110 0.044 0.006 158 P 0.145 0.261 0.256 0.200 0.096 0.038 0.006 159 L 0.047 0.067 0.129 0.213 0.301 0.216 0.027 160 L 0.033 0.048 0.098 0.211 0.325 0.253 0.032 161 A 0.170 0.322 0.289 0.149 0.049 0.019 0.002 162 R 0.124 0.263 0.266 0.204 0.105 0.035 0.004 163 V 0.049 0.070 0.124 0.267 0.304 0.171 0.014 164 N 0.202 0.286 0.239 0.170 0.074 0.026 0.003 165 H 0.501 0.279 0.138 0.063 0.016 0.003 0.001 166 A 0.404 0.332 0.180 0.061 0.018 0.005 0.001 167 L 0.122 0.162 0.230 0.245 0.179 0.062 0.002 168 Y 0.142 0.177 0.210 0.261 0.164 0.044 0.001 169 T 0.328 0.443 0.158 0.055 0.014 0.003 0.001 170 L 0.206 0.243 0.230 0.222 0.086 0.012 0.001 171 N 0.508 0.283 0.138 0.059 0.011 0.001 0.001 172 E 0.798 0.160 0.031 0.009 0.001 0.001 0.001 173 A 0.727 0.182 0.071 0.016 0.004 0.001 0.001 174 K 0.767 0.181 0.044 0.008 0.001 0.001 0.001