# TARGET T0492 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 347 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.840 0.002 0.007 0.042 0.001 0.001 0.003 0.070 0.017 0.003 0.009 2 F 0.001 0.015 0.884 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 0.004 0.040 0.008 0.006 0.005 3 S 0.001 0.076 0.656 0.002 0.036 0.083 0.001 0.001 0.015 0.077 0.032 0.001 0.019 4 L 0.001 0.002 0.103 0.002 0.637 0.130 0.001 0.001 0.004 0.049 0.071 0.001 0.002 5 R 0.001 0.001 0.043 0.006 0.728 0.037 0.001 0.001 0.011 0.059 0.109 0.002 0.002 6 D 0.001 0.014 0.062 0.004 0.686 0.017 0.001 0.003 0.060 0.040 0.088 0.004 0.020 7 A 0.001 0.093 0.410 0.003 0.024 0.005 0.002 0.003 0.176 0.141 0.027 0.060 0.054 8 K 0.001 0.016 0.857 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.026 0.040 0.011 0.004 0.038 9 C 0.001 0.009 0.049 0.008 0.033 0.010 0.001 0.001 0.002 0.097 0.782 0.007 0.003 10 G 0.001 0.002 0.039 0.005 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.075 0.852 0.001 0.003 11 Q 0.010 0.003 0.573 0.005 0.015 0.002 0.002 0.001 0.016 0.224 0.087 0.034 0.029 12 T 0.225 0.008 0.068 0.005 0.001 0.002 0.083 0.033 0.089 0.015 0.005 0.023 0.446 13 V 0.462 0.003 0.018 0.004 0.001 0.001 0.083 0.100 0.065 0.003 0.001 0.208 0.054 14 K 0.708 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.045 0.040 0.040 0.001 0.001 0.092 0.066 15 V 0.413 0.003 0.046 0.005 0.001 0.002 0.031 0.039 0.089 0.001 0.001 0.030 0.341 16 V 0.160 0.001 0.025 0.659 0.001 0.001 0.014 0.009 0.049 0.007 0.001 0.051 0.024 17 K 0.273 0.004 0.098 0.034 0.004 0.001 0.026 0.004 0.092 0.043 0.005 0.211 0.206 18 L 0.149 0.009 0.216 0.004 0.013 0.002 0.032 0.009 0.077 0.079 0.006 0.079 0.327 19 H 0.022 0.039 0.520 0.001 0.009 0.003 0.008 0.001 0.055 0.101 0.018 0.101 0.122 20 G 0.002 0.018 0.602 0.001 0.019 0.029 0.001 0.001 0.010 0.137 0.112 0.006 0.063 21 T 0.001 0.001 0.288 0.001 0.024 0.207 0.001 0.001 0.001 0.148 0.326 0.001 0.002 22 G 0.001 0.001 0.030 0.001 0.021 0.735 0.001 0.001 0.001 0.074 0.137 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.018 0.001 0.008 0.940 0.001 0.001 0.001 0.015 0.018 0.001 0.001 24 L 0.001 0.003 0.011 0.001 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 25 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 29 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.958 0.001 0.002 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 30 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.033 0.830 0.001 0.001 0.001 0.007 0.119 0.001 0.001 31 M 0.001 0.001 0.023 0.001 0.082 0.236 0.001 0.001 0.001 0.053 0.600 0.001 0.001 32 G 0.001 0.005 0.051 0.001 0.050 0.020 0.001 0.001 0.006 0.073 0.791 0.002 0.002 33 I 0.001 0.058 0.624 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.016 0.169 0.091 0.006 0.016 34 T 0.001 0.018 0.854 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.092 0.009 0.002 0.013 35 R 0.001 0.002 0.040 0.003 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.101 0.819 0.003 0.002 36 G 0.001 0.001 0.045 0.003 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.115 0.803 0.001 0.007 37 C 0.012 0.010 0.619 0.006 0.013 0.006 0.003 0.001 0.015 0.169 0.026 0.071 0.049 38 E 0.069 0.021 0.100 0.009 0.001 0.002 0.072 0.022 0.143 0.015 0.003 0.014 0.529 39 I 0.265 0.005 0.035 0.013 0.001 0.001 0.078 0.029 0.048 0.005 0.001 0.445 0.074 40 Y 0.495 0.003 0.026 0.003 0.001 0.001 0.052 0.010 0.035 0.003 0.001 0.174 0.200 41 I 0.253 0.003 0.051 0.007 0.002 0.001 0.014 0.001 0.017 0.003 0.001 0.079 0.569 42 R 0.045 0.001 0.006 0.918 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.019 43 K 0.187 0.001 0.026 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.010 0.001 0.680 0.077 44 V 0.207 0.005 0.033 0.002 0.002 0.001 0.023 0.001 0.006 0.010 0.001 0.011 0.699 45 A 0.021 0.014 0.171 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.010 0.001 0.711 0.059 46 P 0.006 0.012 0.333 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.057 0.221 0.006 0.337 47 L 0.001 0.007 0.094 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.690 0.016 0.005 48 G 0.001 0.004 0.071 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.520 0.379 0.006 0.012 49 D 0.002 0.001 0.370 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.518 0.081 0.016 0.008 50 P 0.076 0.019 0.243 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.071 0.006 0.013 0.557 51 I 0.272 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.645 0.038 52 Q 0.486 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.456 53 I 0.544 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.403 0.016 54 N 0.718 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.202 55 V 0.406 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.515 0.039 56 R 0.094 0.003 0.046 0.031 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.066 0.611 0.038 0.104 57 G 0.008 0.001 0.028 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.745 0.009 0.010 58 Y 0.283 0.002 0.064 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.003 0.038 0.012 0.437 0.137 59 E 0.480 0.008 0.013 0.001 0.001 0.001 0.056 0.002 0.006 0.003 0.001 0.029 0.400 60 L 0.532 0.002 0.022 0.029 0.001 0.002 0.126 0.008 0.006 0.006 0.002 0.205 0.060 61 S 0.642 0.002 0.023 0.002 0.001 0.002 0.082 0.002 0.004 0.003 0.002 0.038 0.197 62 L 0.230 0.011 0.138 0.005 0.001 0.011 0.035 0.002 0.011 0.026 0.007 0.366 0.157 63 R 0.087 0.012 0.380 0.006 0.002 0.027 0.003 0.001 0.012 0.113 0.010 0.047 0.301 64 K 0.018 0.011 0.150 0.014 0.104 0.461 0.003 0.001 0.004 0.075 0.085 0.009 0.065 65 S 0.010 0.003 0.097 0.015 0.200 0.485 0.001 0.001 0.002 0.070 0.093 0.015 0.009 66 A 0.002 0.013 0.051 0.002 0.275 0.526 0.001 0.001 0.002 0.030 0.069 0.007 0.022 67 A 0.001 0.003 0.054 0.004 0.326 0.482 0.001 0.001 0.001 0.048 0.057 0.001 0.022 68 E 0.006 0.005 0.041 0.014 0.332 0.279 0.001 0.001 0.002 0.068 0.231 0.016 0.007 69 M 0.011 0.010 0.080 0.009 0.273 0.224 0.003 0.001 0.009 0.048 0.293 0.005 0.034 70 I 0.032 0.023 0.344 0.008 0.055 0.099 0.010 0.001 0.028 0.122 0.100 0.044 0.135 71 E 0.031 0.060 0.262 0.002 0.006 0.020 0.015 0.001 0.050 0.051 0.043 0.387 0.072 72 V 0.004 0.044 0.712 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.020 0.011 0.008 0.014 0.178 73 E 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008