# TARGET T0492 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.3012 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.079 0.068 0.141 0.107 0.100 0.116 0.086 0.071 0.052 0.044 2 F 0.035 0.052 0.056 0.096 0.116 0.142 0.172 0.122 0.103 0.071 0.036 3 S 0.098 0.212 0.146 0.278 0.155 0.061 0.030 0.011 0.006 0.003 0.001 4 L 0.015 0.006 0.006 0.012 0.017 0.026 0.077 0.127 0.228 0.237 0.250 5 R 0.075 0.123 0.131 0.266 0.199 0.106 0.066 0.018 0.009 0.004 0.002 6 D 0.150 0.253 0.112 0.216 0.108 0.064 0.055 0.020 0.013 0.006 0.004 7 A 0.005 0.003 0.002 0.007 0.013 0.026 0.074 0.106 0.176 0.223 0.365 8 K 0.308 0.377 0.124 0.124 0.042 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 9 C 0.102 0.065 0.029 0.141 0.132 0.129 0.180 0.094 0.067 0.038 0.023 10 G 0.500 0.171 0.071 0.138 0.063 0.028 0.014 0.007 0.004 0.002 0.003 11 Q 0.014 0.061 0.039 0.205 0.198 0.207 0.164 0.062 0.031 0.014 0.006 12 T 0.054 0.154 0.087 0.351 0.212 0.095 0.032 0.009 0.004 0.002 0.001 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.038 0.102 0.271 0.301 0.279 14 K 0.008 0.098 0.099 0.470 0.249 0.057 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.051 0.172 0.290 0.465 16 V 0.007 0.022 0.028 0.214 0.304 0.244 0.132 0.032 0.012 0.003 0.001 17 K 0.127 0.290 0.088 0.243 0.112 0.059 0.050 0.017 0.009 0.003 0.001 18 L 0.005 0.009 0.008 0.041 0.051 0.074 0.145 0.159 0.203 0.179 0.126 19 H 0.150 0.270 0.092 0.212 0.137 0.069 0.042 0.015 0.008 0.004 0.002 20 G 0.119 0.115 0.037 0.096 0.090 0.088 0.126 0.103 0.095 0.078 0.053 21 T 0.174 0.387 0.083 0.171 0.089 0.048 0.029 0.010 0.006 0.002 0.001 22 G 0.656 0.145 0.036 0.081 0.041 0.021 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 23 A 0.380 0.146 0.060 0.123 0.084 0.067 0.069 0.030 0.021 0.012 0.008 24 L 0.013 0.014 0.018 0.042 0.047 0.099 0.241 0.177 0.169 0.118 0.063 25 K 0.011 0.019 0.061 0.163 0.177 0.212 0.188 0.087 0.049 0.023 0.010 26 R 0.031 0.066 0.424 0.212 0.118 0.071 0.043 0.019 0.010 0.005 0.002 27 R 0.006 0.013 0.058 0.126 0.164 0.184 0.217 0.112 0.068 0.036 0.017 28 I 0.004 0.004 0.029 0.014 0.013 0.015 0.058 0.107 0.218 0.284 0.254 29 M 0.004 0.007 0.094 0.109 0.185 0.206 0.227 0.097 0.048 0.017 0.007 30 D 0.011 0.039 0.363 0.185 0.118 0.112 0.092 0.039 0.023 0.013 0.006 31 M 0.003 0.006 0.011 0.019 0.027 0.048 0.156 0.181 0.216 0.206 0.126 32 G 0.082 0.062 0.046 0.052 0.044 0.053 0.111 0.118 0.160 0.139 0.133 33 I 0.013 0.014 0.015 0.031 0.039 0.049 0.098 0.113 0.166 0.184 0.277 34 T 0.052 0.119 0.116 0.198 0.169 0.126 0.107 0.053 0.035 0.017 0.009 35 R 0.300 0.167 0.068 0.188 0.118 0.069 0.053 0.020 0.010 0.005 0.003 36 G 0.397 0.127 0.068 0.140 0.089 0.059 0.045 0.025 0.020 0.015 0.014 37 C 0.008 0.024 0.011 0.066 0.080 0.129 0.234 0.165 0.137 0.092 0.052 38 E 0.025 0.148 0.091 0.348 0.213 0.118 0.043 0.008 0.003 0.001 0.001 39 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.061 0.208 0.310 0.399 40 Y 0.016 0.081 0.048 0.418 0.288 0.102 0.036 0.008 0.003 0.001 0.001 41 I 0.001 0.003 0.001 0.005 0.007 0.009 0.041 0.097 0.252 0.290 0.294 42 R 0.010 0.022 0.022 0.215 0.284 0.232 0.139 0.046 0.022 0.006 0.003 43 K 0.065 0.107 0.057 0.183 0.148 0.135 0.154 0.077 0.046 0.020 0.007 44 V 0.053 0.093 0.051 0.240 0.183 0.130 0.110 0.068 0.042 0.022 0.008 45 A 0.085 0.113 0.029 0.094 0.094 0.098 0.136 0.127 0.110 0.071 0.042 46 P 0.325 0.212 0.058 0.125 0.081 0.054 0.054 0.035 0.028 0.018 0.010 47 L 0.185 0.097 0.027 0.110 0.100 0.102 0.130 0.095 0.076 0.048 0.031 48 G 0.413 0.198 0.051 0.134 0.083 0.047 0.033 0.018 0.012 0.007 0.004 49 D 0.102 0.150 0.045 0.188 0.153 0.128 0.109 0.058 0.039 0.021 0.009 50 P 0.036 0.046 0.025 0.100 0.126 0.155 0.162 0.120 0.105 0.078 0.048 51 I 0.011 0.009 0.006 0.032 0.049 0.077 0.201 0.201 0.184 0.144 0.085 52 Q 0.008 0.039 0.041 0.251 0.237 0.179 0.130 0.059 0.029 0.015 0.010 53 I 0.002 0.002 0.003 0.005 0.006 0.010 0.040 0.102 0.235 0.305 0.292 54 N 0.016 0.051 0.038 0.322 0.295 0.156 0.079 0.026 0.010 0.004 0.002 55 V 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.007 0.032 0.075 0.226 0.293 0.354 56 R 0.029 0.071 0.051 0.351 0.270 0.133 0.070 0.016 0.006 0.002 0.001 57 G 0.306 0.219 0.060 0.148 0.082 0.058 0.062 0.031 0.020 0.009 0.004 58 Y 0.030 0.053 0.051 0.137 0.142 0.142 0.169 0.119 0.078 0.049 0.028 59 E 0.066 0.212 0.110 0.274 0.165 0.106 0.046 0.012 0.005 0.002 0.001 60 L 0.013 0.012 0.011 0.019 0.019 0.027 0.102 0.152 0.249 0.223 0.172 61 S 0.124 0.121 0.098 0.202 0.137 0.097 0.110 0.050 0.033 0.018 0.011 62 L 0.018 0.026 0.027 0.040 0.040 0.048 0.105 0.125 0.199 0.188 0.182 63 R 0.019 0.085 0.105 0.182 0.144 0.159 0.159 0.067 0.043 0.024 0.013 64 K 0.174 0.100 0.268 0.198 0.113 0.067 0.055 0.016 0.007 0.002 0.001 65 S 0.329 0.136 0.303 0.143 0.054 0.021 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 66 A 0.083 0.065 0.242 0.125 0.076 0.115 0.172 0.061 0.037 0.016 0.007 67 A 0.015 0.015 0.185 0.100 0.111 0.157 0.228 0.094 0.056 0.029 0.009 68 E 0.056 0.044 0.741 0.088 0.034 0.019 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 69 M 0.005 0.024 0.233 0.297 0.236 0.128 0.050 0.016 0.007 0.003 0.001 70 I 0.013 0.020 0.118 0.023 0.028 0.045 0.159 0.152 0.196 0.160 0.085 71 E 0.017 0.067 0.360 0.303 0.165 0.059 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 72 V 0.007 0.031 0.266 0.049 0.061 0.066 0.148 0.114 0.115 0.096 0.046 73 E 0.054 0.130 0.237 0.281 0.169 0.057 0.038 0.018 0.010 0.004 0.002