# TARGET T0492 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.3012 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.159 0.305 0.192 0.184 0.046 0.046 0.029 0.004 0.034 0.002 0.001 2 F 0.012 0.613 0.248 0.013 0.063 0.019 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 3 S 0.004 0.122 0.754 0.001 0.007 0.093 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 4 L 0.828 0.031 0.040 0.068 0.004 0.019 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 5 R 0.902 0.017 0.015 0.059 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 6 D 0.209 0.005 0.018 0.698 0.002 0.011 0.043 0.003 0.010 0.001 0.001 7 A 0.129 0.077 0.705 0.042 0.010 0.022 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 8 K 0.073 0.353 0.436 0.037 0.026 0.032 0.006 0.001 0.033 0.002 0.001 9 C 0.063 0.023 0.877 0.026 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 10 G 0.009 0.001 0.010 0.019 0.004 0.001 0.024 0.923 0.001 0.010 0.001 11 Q 0.008 0.213 0.698 0.009 0.010 0.045 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 12 T 0.008 0.546 0.352 0.014 0.008 0.060 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 13 V 0.001 0.746 0.089 0.002 0.151 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 14 K 0.001 0.687 0.258 0.001 0.007 0.030 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 15 V 0.001 0.109 0.784 0.001 0.001 0.104 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 16 V 0.394 0.037 0.003 0.558 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.001 0.535 0.016 0.001 0.444 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 18 L 0.014 0.821 0.065 0.013 0.018 0.025 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 19 H 0.024 0.435 0.163 0.065 0.144 0.036 0.028 0.002 0.096 0.008 0.001 20 G 0.033 0.053 0.092 0.046 0.181 0.005 0.016 0.081 0.003 0.490 0.001 21 T 0.115 0.116 0.480 0.170 0.053 0.018 0.010 0.004 0.016 0.018 0.001 22 G 0.168 0.003 0.037 0.020 0.029 0.003 0.140 0.290 0.001 0.308 0.001 23 A 0.888 0.007 0.035 0.046 0.004 0.010 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 24 L 0.916 0.005 0.009 0.060 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 K 0.988 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.978 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.983 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 I 0.979 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 M 0.983 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 D 0.955 0.003 0.005 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 M 0.346 0.011 0.018 0.619 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 G 0.082 0.003 0.023 0.031 0.012 0.003 0.205 0.559 0.004 0.077 0.001 33 I 0.172 0.170 0.442 0.112 0.026 0.053 0.008 0.001 0.011 0.004 0.001 34 T 0.084 0.448 0.284 0.038 0.055 0.030 0.009 0.001 0.048 0.002 0.001 35 R 0.051 0.033 0.859 0.027 0.003 0.016 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 36 G 0.010 0.003 0.016 0.015 0.021 0.001 0.047 0.859 0.001 0.027 0.001 37 C 0.009 0.351 0.563 0.006 0.027 0.023 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 38 E 0.006 0.240 0.696 0.002 0.002 0.047 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 39 I 0.007 0.807 0.129 0.003 0.027 0.011 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 40 Y 0.002 0.681 0.260 0.001 0.009 0.032 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 41 I 0.005 0.353 0.511 0.001 0.003 0.111 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 42 R 0.369 0.313 0.063 0.191 0.023 0.021 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 43 K 0.010 0.532 0.091 0.010 0.323 0.012 0.012 0.001 0.008 0.001 0.001 44 V 0.019 0.701 0.150 0.032 0.023 0.023 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 45 A 0.011 0.244 0.509 0.001 0.103 0.010 0.008 0.001 0.097 0.016 0.001 46 P 0.132 0.014 0.685 0.018 0.001 0.053 0.001 0.001 0.002 0.001 0.094 47 L 0.095 0.112 0.395 0.306 0.027 0.028 0.018 0.006 0.011 0.002 0.001 48 G 0.013 0.008 0.023 0.020 0.061 0.001 0.074 0.445 0.001 0.354 0.001 49 D 0.005 0.252 0.564 0.004 0.039 0.028 0.006 0.001 0.101 0.001 0.001 50 P 0.064 0.027 0.796 0.020 0.002 0.033 0.002 0.001 0.002 0.001 0.054 51 I 0.010 0.662 0.221 0.011 0.059 0.020 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 52 Q 0.004 0.779 0.158 0.002 0.017 0.019 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 53 I 0.003 0.847 0.085 0.002 0.021 0.019 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 54 N 0.004 0.622 0.269 0.001 0.013 0.065 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 55 V 0.018 0.706 0.122 0.010 0.016 0.059 0.001 0.001 0.066 0.001 0.001 56 R 0.054 0.261 0.402 0.044 0.057 0.032 0.080 0.003 0.048 0.018 0.001 57 G 0.044 0.009 0.035 0.016 0.098 0.003 0.162 0.470 0.001 0.159 0.002 58 Y 0.269 0.373 0.227 0.048 0.055 0.013 0.003 0.001 0.007 0.002 0.001 59 E 0.178 0.441 0.262 0.019 0.017 0.044 0.004 0.001 0.033 0.001 0.002 60 L 0.218 0.472 0.214 0.015 0.016 0.045 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 61 S 0.165 0.524 0.120 0.023 0.072 0.040 0.008 0.002 0.047 0.001 0.001 62 L 0.220 0.358 0.224 0.054 0.072 0.048 0.005 0.001 0.015 0.002 0.001 63 R 0.124 0.227 0.361 0.022 0.074 0.131 0.009 0.003 0.045 0.004 0.001 64 K 0.872 0.020 0.022 0.063 0.005 0.009 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 65 S 0.904 0.012 0.030 0.037 0.006 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 66 A 0.715 0.008 0.014 0.247 0.003 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 67 A 0.504 0.061 0.319 0.050 0.012 0.026 0.011 0.003 0.013 0.002 0.001 68 E 0.762 0.012 0.019 0.199 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 M 0.210 0.219 0.109 0.257 0.099 0.017 0.064 0.003 0.021 0.001 0.001 70 I 0.015 0.705 0.164 0.020 0.025 0.021 0.002 0.001 0.048 0.001 0.001 71 E 0.018 0.494 0.270 0.005 0.011 0.156 0.005 0.001 0.040 0.001 0.001 72 V 0.021 0.665 0.181 0.015 0.010 0.062 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 73 E 0.122 0.353 0.306 0.041 0.053 0.063 0.010 0.002 0.045 0.004 0.001