# TARGET T0492 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 347 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.144 0.095 0.091 0.031 0.144 0.009 0.013 0.051 0.075 0.264 0.082 2 F 0.071 0.389 0.078 0.016 0.211 0.034 0.071 0.061 0.032 0.020 0.016 3 S 0.085 0.463 0.094 0.006 0.206 0.003 0.007 0.019 0.030 0.058 0.027 4 L 0.063 0.010 0.002 0.005 0.060 0.005 0.006 0.123 0.605 0.083 0.038 5 R 0.002 0.007 0.005 0.009 0.005 0.025 0.053 0.387 0.493 0.012 0.001 6 D 0.009 0.008 0.002 0.001 0.011 0.001 0.004 0.019 0.134 0.793 0.019 7 A 0.185 0.302 0.129 0.014 0.251 0.005 0.007 0.016 0.022 0.037 0.032 8 K 0.003 0.169 0.763 0.039 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 9 C 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.052 0.747 0.147 0.045 0.001 0.001 10 G 0.016 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.006 0.029 0.846 0.091 11 Q 0.055 0.273 0.013 0.004 0.575 0.004 0.007 0.007 0.004 0.051 0.008 12 T 0.529 0.007 0.002 0.005 0.332 0.003 0.005 0.002 0.002 0.023 0.091 13 V 0.058 0.347 0.058 0.022 0.499 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 14 K 0.023 0.407 0.025 0.001 0.544 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 V 0.763 0.003 0.001 0.001 0.152 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 16 V 0.001 0.012 0.001 0.058 0.008 0.734 0.184 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.339 0.038 0.003 0.001 0.566 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 18 L 0.449 0.048 0.005 0.006 0.392 0.015 0.004 0.005 0.002 0.006 0.068 19 H 0.161 0.151 0.044 0.020 0.293 0.019 0.046 0.013 0.007 0.082 0.164 20 G 0.084 0.194 0.255 0.240 0.092 0.030 0.009 0.011 0.008 0.030 0.047 21 T 0.022 0.159 0.141 0.253 0.051 0.088 0.050 0.074 0.055 0.083 0.025 22 G 0.023 0.055 0.067 0.112 0.030 0.088 0.029 0.231 0.133 0.149 0.083 23 A 0.015 0.031 0.013 0.005 0.019 0.004 0.009 0.752 0.107 0.035 0.011 24 L 0.009 0.018 0.010 0.001 0.005 0.001 0.002 0.808 0.102 0.038 0.006 25 K 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.888 0.085 0.008 0.001 26 R 0.004 0.013 0.003 0.001 0.009 0.001 0.006 0.913 0.046 0.003 0.001 27 R 0.001 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.005 0.934 0.044 0.003 0.001 28 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.900 0.069 0.017 0.002 29 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.700 0.267 0.006 0.003 30 D 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.005 0.035 0.821 0.124 0.005 0.001 31 M 0.001 0.540 0.421 0.006 0.021 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 32 G 0.080 0.009 0.002 0.002 0.016 0.002 0.002 0.007 0.025 0.572 0.283 33 I 0.266 0.227 0.029 0.002 0.261 0.002 0.003 0.016 0.050 0.076 0.069 34 T 0.024 0.249 0.501 0.100 0.102 0.005 0.001 0.003 0.002 0.005 0.009 35 R 0.001 0.006 0.006 0.044 0.003 0.217 0.647 0.054 0.020 0.001 0.001 36 G 0.008 0.002 0.011 0.036 0.005 0.005 0.003 0.018 0.066 0.747 0.099 37 C 0.016 0.538 0.092 0.003 0.338 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.001 38 E 0.413 0.015 0.001 0.001 0.548 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 39 I 0.172 0.155 0.005 0.003 0.637 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 40 Y 0.102 0.152 0.009 0.001 0.725 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 41 I 0.577 0.020 0.001 0.001 0.339 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 42 R 0.178 0.132 0.024 0.063 0.314 0.146 0.065 0.012 0.005 0.014 0.046 43 K 0.235 0.159 0.037 0.005 0.489 0.003 0.004 0.007 0.003 0.009 0.049 44 V 0.219 0.076 0.040 0.041 0.179 0.025 0.015 0.014 0.025 0.183 0.182 45 A 0.016 0.266 0.423 0.165 0.060 0.020 0.020 0.012 0.008 0.006 0.006 46 P 0.060 0.191 0.238 0.069 0.074 0.057 0.087 0.107 0.054 0.039 0.024 47 L 0.038 0.203 0.125 0.081 0.108 0.077 0.139 0.084 0.057 0.064 0.026 48 G 0.028 0.030 0.052 0.263 0.033 0.166 0.087 0.028 0.040 0.210 0.064 49 D 0.032 0.307 0.313 0.086 0.119 0.025 0.038 0.020 0.019 0.031 0.010 50 P 0.248 0.186 0.029 0.006 0.362 0.014 0.025 0.024 0.028 0.024 0.055 51 I 0.283 0.071 0.004 0.001 0.582 0.003 0.002 0.004 0.004 0.009 0.037 52 Q 0.379 0.025 0.001 0.001 0.558 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 53 I 0.226 0.061 0.002 0.001 0.699 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 54 N 0.562 0.033 0.005 0.001 0.339 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.056 55 V 0.135 0.059 0.087 0.312 0.110 0.142 0.023 0.026 0.016 0.026 0.063 56 R 0.001 0.014 0.018 0.572 0.001 0.205 0.160 0.020 0.005 0.002 0.001 57 G 0.012 0.012 0.015 0.102 0.012 0.022 0.024 0.068 0.080 0.516 0.137 58 Y 0.083 0.273 0.050 0.014 0.486 0.005 0.007 0.018 0.017 0.029 0.018 59 E 0.263 0.060 0.007 0.001 0.629 0.001 0.004 0.005 0.003 0.004 0.024 60 L 0.199 0.155 0.026 0.002 0.565 0.003 0.003 0.005 0.002 0.004 0.035 61 S 0.451 0.066 0.011 0.001 0.304 0.001 0.003 0.005 0.004 0.022 0.132 62 L 0.087 0.395 0.142 0.014 0.214 0.021 0.031 0.021 0.016 0.035 0.024 63 R 0.018 0.734 0.175 0.004 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 64 K 0.013 0.008 0.002 0.004 0.035 0.010 0.010 0.449 0.445 0.020 0.005 65 S 0.007 0.008 0.010 0.005 0.005 0.005 0.017 0.630 0.256 0.045 0.011 66 A 0.008 0.008 0.002 0.001 0.010 0.003 0.019 0.410 0.255 0.276 0.009 67 A 0.122 0.072 0.007 0.003 0.121 0.004 0.005 0.318 0.220 0.077 0.051 68 E 0.004 0.015 0.009 0.035 0.014 0.041 0.111 0.533 0.195 0.041 0.004 69 M 0.065 0.016 0.007 0.007 0.075 0.007 0.028 0.229 0.091 0.427 0.047 70 I 0.177 0.207 0.014 0.004 0.493 0.003 0.006 0.031 0.015 0.022 0.029 71 E 0.251 0.071 0.015 0.003 0.494 0.004 0.010 0.040 0.016 0.027 0.069 72 V 0.197 0.158 0.057 0.012 0.385 0.006 0.011 0.057 0.024 0.033 0.060 73 E 0.104 0.145 0.064 0.040 0.231 0.046 0.086 0.148 0.055 0.047 0.035